seq1 = pF1KSDA1379.tfa, 1332 bp
seq2 = pF1KSDA1379/gi568815592f_34426306.tfa (gi568815592f:34426306_34632527), 206222 bp

>pF1KSDA1379 1332
>gi568815592f:34426306_34632527 (Chr6)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-220  (101027-101183)   100% ->
221-456  (102337-102572)   100% ->
457-612  (103092-103247)   100% ->
613-788  (103361-103536)   100% ->
789-909  (103938-104058)   100% ->
910-1037  (104155-104282)   100% ->
1038-1225  (105295-105482)   100% ->
1226-1332  (106116-106222)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCAGCTCCTACGATGAGGCCTCACTGGCGCCAGAGGAGACCACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCAGCTCCTACGATGAGGCCTCACTGGCGCCAGAGGAGACCACCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCTTCTGGGAG         GTGGGGAACTACAAGCGGACCGTGAAGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCTTCTGGGAGGTG...CAGGTGGGGAACTACAAGCGGACCGTGAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCATCGATGACGGCCACCGTCTATGCAACGACCTGATGAACTGCGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101055 GCATCGATGACGGCCACCGTCTATGCAACGACCTGATGAACTGCGTGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGCGCGCCAAGATCGAGAAGGCGTACGGGCAGCAGCTCACCGACTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101105 GAGCGCGCCAAGATCGAGAAGGCGTACGGGCAGCAGCTCACCGACTGGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAGCGTTGGCGCCAGCTCATCGAGAAAG         GCCCACAGTATG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 101155 CAAGCGTTGGCGCCAGCTCATCGAGAAAGGTG...CAGGCCCACAGTATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCAGCCTGGAGCGGGCCTGGGGTGCCATAATGACAGAGGCAGACAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102349 GCAGCCTGGAGCGGGCCTGGGGTGCCATAATGACAGAGGCAGACAAGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGCGAGCTGCACCAGGAGGTGAAGAACAATCTGCTGAATGAGGACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102399 AGCGAGCTGCACCAGGAGGTGAAGAACAATCTGCTGAATGAGGACCTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAGGTGAAGAACTGGCAGAAGGACGCCTATCACAAGCAGATCATGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102449 GAAGGTGAAGAACTGGCAGAAGGACGCCTATCACAAGCAGATCATGGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCTTCAAGGAGACGAAGGAGGCTGAAGATGGCTTCCGCAAGGCCCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102499 GCTTCAAGGAGACGAAGGAGGCTGAAGATGGCTTCCGCAAGGCCCAGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCTTGGGCCAAGAAGATGAAGGAG         CTGGAGGCAGCCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102549 CCTTGGGCCAAGAAGATGAAGGAGGTG...CAGCTGGAGGCAGCCAAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGCCTACCATTTGGCTTGCAAAGAGGAAAAGCTGGCCATGACACGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103109 GGCCTACCATTTGGCTTGCAAAGAGGAAAAGCTGGCCATGACACGGGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGAACAGCAAGACGGAGCAATCGGTCACACCTGAGCAGCAAAAGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103159 TGAACAGCAAGACGGAGCAATCGGTCACACCTGAGCAGCAAAAGAAGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAGGACAAAGTGGACAAGTGCAAGCAGGATGTGCAGAAG         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 103209 CAGGACAAAGTGGACAAGTGCAAGCAGGATGTGCAGAAGGTG...CAGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACAGGAGAAGTATGAGAAAGTGCTGGAAGATGTGGGCAAGACCACACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103363 ACAGGAGAAGTATGAGAAAGTGCTGGAAGATGTGGGCAAGACCACACCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGTACATGGAGAACATGGAGCAGGTGTTTGAGCAATGCCAGCAATTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103413 AGTACATGGAGAACATGGAGCAGGTGTTTGAGCAATGCCAGCAATTTGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GAAAAGCGGCTGGTCTTCCTCAAGGAGGTGCTGCTGGACATCAAACGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103463 GAAAAGCGGCTGGTCTTCCTCAAGGAGGTGCTGCTGGACATCAAACGGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCTCAACCTGGCTGAGAACAGCAG         CTACATCCATGTGTACC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 103513 CCTCAACCTGGCTGAGAACAGCAGGTA...CAGCTACATCCATGTGTACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTGAGCTGGAGCAGGCCATCCGGGGGGCTGATGCCCAGGAAGACCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103955 GTGAGCTGGAGCAGGCCATCCGGGGGGCTGATGCCCAGGAAGACCTCAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TGGTTCCGCAGCACCAGTGGCCCCGGCATGCCCATGAACTGGCCCCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104005 TGGTTCCGCAGCACCAGTGGCCCCGGCATGCCCATGAACTGGCCCCAGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGAG         GAGTGGAACCCAGACCTTCCTCACACCACCACCAAGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104055 TGAGGTG...CAGGAGTGGAACCCAGACCTTCCTCACACCACCACCAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGGAGAAACAGCCTAAGAAGGCAGAGGGAGTGGCGCTGACCAATGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104192 AGGAGAAACAGCCTAAGAAGGCAGAGGGAGTGGCGCTGACCAATGCCACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GGGGCGGTAGAGTCCACATCCCAGGCTGGGGACCGCGGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 104242 GGGGCGGTAGAGTCCACATCCCAGGCTGGGGACCGCGGCAGGTG...CAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGTTAGCAGCTACGACAGAGGCCAGCCCTACGCCACCGAGTGGTCAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105295 TGTTAGCAGCTACGACAGAGGCCAGCCCTACGCCACCGAGTGGTCAGACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACGAGAGTGGGAACCCCTTTGGGGGCAGTGAGACCAACGGGGGCGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105345 ACGAGAGTGGGAACCCCTTTGGGGGCAGTGAGACCAACGGGGGCGCCAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CCCTTTGAGGACGACTCCAAGGGAGTGCGCGTGCGGGCACTCTACGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105395 CCCTTTGAGGACGACTCCAAGGGAGTGCGCGTGCGGGCACTCTACGACTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TGACGGCCAGGAGCAGGACGAGCTCAGCTTTAAGGCCG         GAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 105445 TGACGGCCAGGAGCAGGACGAGCTCAGCTTTAAGGCCGGTA...CAGGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ACGAACTCACCAAGCTGGGCGAGGAGGATGAGCAGGGCTGGTGCCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106119 ACGAACTCACCAAGCTGGGCGAGGAGGATGAGCAGGGCTGGTGCCGTGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CGGCTGGACAGCGGGCAGCTGGGCCTCTACCCTGCCAACTACGTGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106169 CGGCTGGACAGCGGGCAGCTGGGCCTCTACCCTGCCAACTACGTGGAGGC

   1400 
   1329 TATC
        ||||
 106219 TATC