seq1 = pF1KSDA1350.tfa, 2634 bp
seq2 = pF1KSDA1350/gi568815594f_119159836.tfa (gi568815594f:119159836_119393208), 233373 bp

>pF1KSDA1350 2634
>gi568815594f:119159836_119393208 (Chr4)

1-90  (100001-100090)   100% ->
91-237  (100672-100818)   100% ->
238-387  (101880-102029)   100% ->
388-550  (107485-107647)   100% ->
551-703  (108433-108585)   100% ->
704-850  (109856-110002)   100% ->
851-1589  (111461-112199)   100% ->
1590-1666  (113797-113873)   100% ->
1667-1763  (131330-131426)   100% ->
1764-2634  (132503-133373)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGGAAAGGCATGAACGCTTTAAACCTGAAATGTTTGCAGAATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTGGAAAGGCATGAACGCTTTAAACCTGAAATGTTTGCAGAATTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACAAGCAGCAAATACAACAGATGACTATAGGAAATGTCCT         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100051 ACAAGCAGCAAATACAACAGATGACTATAGGAAATGTCCTGTA...TAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTAACTGTGGCCAAAAAATAAAAATTCGCCGTGTTTTAATGAATTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100673 GTAACTGTGGCCAAAAAATAAAAATTCGCCGTGTTTTAATGAATTGCCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGATTGTTACAATTGGTTTAGTCTGGGACTCCGAGCATTCTGACTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100723 GAGATTGTTACAATTGGTTTAGTCTGGGACTCCGAGCATTCTGACTTGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGAAGCTGTTGTTCGGAATCTAGCAACACATCTTTATCTTCCTGGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100773 CGAAGCTGTTGTTCGGAATCTAGCAACACATCTTTATCTTCCTGGGGTA.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    238      CTTTTTTATAGAGTTACTGATGAAAATGCCAAAAATAGTGAACTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100823 ..CAGCTTTTTTATAGAGTTACTGATGAAAATGCCAAAAATAGTGAACTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACCTTGTTGGTATGATCTGCTACACCAGCCAACATTATTGTGCCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101925 AACCTTGTTGGTATGATCTGCTACACCAGCCAACATTATTGTGCCTTTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATTTCACACCAAAAGTTCCAAATGGGTATTTTTTGATGATGCAAATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101975 ATTTCACACCAAAAGTTCCAAATGGGTATTTTTTGATGATGCAAATGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAGAG         ATTGGAACTAGATGGAAAGATGTTGTCTCCAAATGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102025 AAGAGGTA...AAGATTGGAACTAGATGGAAAGATGTTGTCTCCAAATGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATTCGATGCCACTTTCAGCCACTACTTTTGTTTTATGCAAACCCAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107521 ATTCGATGCCACTTTCAGCCACTACTTTTGTTTTATGCAAACCCAGATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CACAGCAGTTTCTACTGAGGATGCACTCAGGCAGGTCATCAGCTGGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107571 CACAGCAGTTTCTACTGAGGATGCACTCAGGCAGGTCATCAGCTGGTCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATTACAAATCTGTTGCAGAAAATATGG         GATGTGAAAAGCCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 107621 ATTACAAATCTGTTGCAGAAAATATGGGTA...AAGGATGTGAAAAGCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTAATTCATAAGTCAGATAATTTAAAAGAAAATGGATTTGGTGATCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108447 GTAATTCATAAGTCAGATAATTTAAAAGAAAATGGATTTGGTGATCAGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AAAGCAGAGAGAAAATCAGAAATTTCCAACTGATAATATTTCATCATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108497 AAAGCAGAGAGAAAATCAGAAATTTCCAACTGATAATATTTCATCATCTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATCGGAGCCACAGTCACACAGGTGTAGGGAAAGGACCAG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 108547 ATCGGAGCCACAGTCACACAGGTGTAGGGAAAGGACCAGGTA...CAGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAGTTAAGTCACATTGATCAAAGGGAAAAGATAAAAGACATTTCCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109858 AAGTTAAGTCACATTGATCAAAGGGAAAAGATAAAAGACATTTCCAGAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ATGTGCTCTGAAAGCTATTGAACAGAAAAACTTACTTTCTTCACAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109908 ATGTGCTCTGAAAGCTATTGAACAGAAAAACTTACTTTCTTCACAAAGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAGATTTAGAGAAGGGACAAAGAAAAGATTTAGGACGACATAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 109958 AAGATTTAGAGAAGGGACAAAGAAAAGATTTAGGACGACATAGAGGTA..

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851     ATTTGGTTGATGAAGACCTTTCACATTTCCAATCTGGATCACCTCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110008 .AAGATTTGGTTGATGAAGACCTTTCACATTTCCAATCTGGATCACCTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGCCCCAAATGGTTTTAAACAACATGGGAATCCACATCTATATCATAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111507 TGCCCCAAATGGTTTTAAACAACATGGGAATCCACATCTATATCATAGTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AAGGAAAAGGATCATATAAACATGACCGAGTTGTACCTCAGAGTCGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111557 AAGGAAAAGGATCATATAAACATGACCGAGTTGTACCTCAGAGTCGAGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TCTGCACAAATAATAAGTTCAAGTAAATCCCAGATTCTTGCTCCAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111607 TCTGCACAAATAATAAGTTCAAGTAAATCCCAGATTCTTGCTCCAGGAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GAAAATAACTGGCAAAGTTAAGAGTGACAATGGCACTGGATATGACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111657 GAAAATAACTGGCAAAGTTAAGAGTGACAATGGCACTGGATATGACACAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ACAGCAGCCAAGATTCTAGGGATAGAGGAAACAGCTGTGATAGCAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111707 ACAGCAGCCAAGATTCTAGGGATAGAGGAAACAGCTGTGATAGCAGCAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AAAAGCCGGAACCGAGGTTGGAAACCTATGAGAGAAACATTAAATGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111757 AAAAGCCGGAACCGAGGTTGGAAACCTATGAGAGAAACATTAAATGTTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TAGTATTTTTAGTGAAAGTGAAAAAAGACAGCATAGTCCAAGACATAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111807 TAGTATTTTTAGTGAAAGTGAAAAAAGACAGCATAGTCCAAGACATAAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CAAATATCAGTAATAAGCCTAAATCTAGCAAGGATCCGAGTTTTAGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111857 CAAATATCAGTAATAAGCCTAAATCTAGCAAGGATCCGAGTTTTAGTAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 TGGCCAAAAGAGAATCCAAAGCAAAAAGGTTTAATGACCATATATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111907 TGGCCAAAAGAGAATCCAAAGCAAAAAGGTTTAATGACCATATATGAAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 TGAAATGAAGCAGGAAATAGGAAGCAGAAGTTCCCTTGAATCTAATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111957 TGAAATGAAGCAGGAAATAGGAAGCAGAAGTTCCCTTGAATCTAATGGAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 AAGGAGCAGAGAAAAATAAAGGCCTTGTAGAGGGTAAAGTGCATGGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112007 AAGGAGCAGAGAAAAATAAAGGCCTTGTAGAGGGTAAAGTGCATGGTGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 AATTGGCAGATGCAAAGGACTGAGTCTGGATATGAAAGCAGTGATCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112057 AATTGGCAGATGCAAAGGACTGAGTCTGGATATGAAAGCAGTGATCACAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 CAGTAATGGTTCTACTAATTTGGACTCACCTGTTATCGATGGAAATGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112107 CAGTAATGGTTCTACTAATTTGGACTCACCTGTTATCGATGGAAATGGTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 CAGTAATGGATATCAGTGGTGTTAAAGAAACAGTATGCTTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 112157 CAGTAATGGATATCAGTGGTGTTAAAGAAACAGTATGCTTCAGGTA...T

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1590   TGACCAGATTACGACAAGCAACCTAAATAAAGAACGTGGGGACTGTAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113795 AGTGACCAGATTACGACAAGCAACCTAAATAAAGAACGTGGGGACTGTAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 CTCCCTTCAGAGCCAACATCACTTAGAAG         GCTTTAGAAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 113845 CTCCCTTCAGAGCCAACATCACTTAGAAGGTA...TAGGCTTTAGAAAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 AACTCAGGAATTTGGAAGCAGGCTATAAATCTCATGAATTCCACCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131342 AACTCAGGAATTTGGAAGCAGGCTATAAATCTCATGAATTCCACCCAGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 TCACATTTACAAATAAAAAATCATTTGATAAAAAG         ATCACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 131392 TCACATTTACAAATAAAAAATCATTTGATAAAAAGGTA...CAGATCACA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 TGTACATGAAGACAATGGAAAGTTATTTCCTTCATCCAGTCTACAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132509 TGTACATGAAGACAATGGAAAGTTATTTCCTTCATCCAGTCTACAAATAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 CCAAGGACCATAATGCAAGAGAACATATCCACCAGTCAGATGAACAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132559 CCAAGGACCATAATGCAAGAGAACATATCCACCAGTCAGATGAACAGAAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 CTTGAAAAACCGAATGAATGCAAATTTTCTGAGTGGCTTAATATAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132609 CTTGAAAAACCGAATGAATGCAAATTTTCTGAGTGGCTTAATATAGAAAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 TTCTGAGAGAACAGGTTTGCCTTTTCACGTTGATAACTCTGCTTCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132659 TTCTGAGAGAACAGGTTTGCCTTTTCACGTTGATAACTCTGCTTCTGGGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 AGAGAGTGAACAGTAATGAACCATCTTCATTATGGTCTTCACACCTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132709 AGAGAGTGAACAGTAATGAACCATCTTCATTATGGTCTTCACACCTAAGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 ACTGTTGGGTTAAAGCCAGAAACTGCTCCTCTCATCCAGCAACAAAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132759 ACTGTTGGGTTAAAGCCAGAAACTGCTCCTCTCATCCAGCAACAAAATAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 CATGGATCAATGTTACTTTGAGAACTCTCTATCCACAGAATGTATAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132809 CATGGATCAATGTTACTTTGAGAACTCTCTATCCACAGAATGTATAATTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2120 GGTCAGCCAGCAGATCTGATGGGTGTCAGATGCCAAAACTTTTTTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132859 GGTCAGCCAGCAGATCTGATGGGTGTCAGATGCCAAAACTTTTTTGCCAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2170 AATCTACCACCCCCTTTGCCACCAAAGAAATATGCTATAACCAGTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132909 AATCTACCACCCCCTTTGCCACCAAAGAAATATGCTATAACCAGTGTGCC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2220 ACAGTCAGAGAAAAGCGAATCTACACCTGATGTCAAACTTACAGAGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132959 ACAGTCAGAGAAAAGCGAATCTACACCTGATGTCAAACTTACAGAGGTGT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2270 TTAAAGCTACCTCTCATCTTCCGAAGCACAGGTTAAGTACAGCTTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 133009 TTAAAGCTACCTCTCATCTTCCGAAGCACAGTTTAAGTACAGCTTCAGAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2320 CCAAGTTTAGAAGTGAGTACACATATGAATGATGAAAGACATAAAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133059 CCAAGTTTAGAAGTGAGTACACATATGAATGATGAAAGACATAAAGAAAC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2370 ATTTCAAGTGAGAGAATGTTTTGGCAACACACCAAACTGTCCATCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133109 ATTTCAAGTGAGAGAATGTTTTGGCAACACACCAAACTGTCCATCCAGCT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2420 CCTCAACTAACGATTTTCAGGCAAACTCAGGTGCCATTGATGCATTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133159 CCTCAACTAACGATTTTCAGGCAAACTCAGGTGCCATTGATGCATTTTGC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2470 CAACCAGAACTAGACTCTATTTCTACCTGTCCAAATGAGACAGTTTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133209 CAACCAGAACTAGACTCTATTTCTACCTGTCCAAATGAGACAGTTTCATT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2520 AACTACCTATTTTTCAGTTGATAGCTGCATGACGGATACATATAGATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133259 AACTACCTATTTTTCAGTTGATAGCTGCATGACGGATACATATAGATTGA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2570 AATACCATCAGAGGCCCAAGCTCTCTTTTCCAGAGAGCAGTGGCTTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133309 AATACCATCAGAGGCCCAAGCTCTCTTTTCCAGAGAGCAGTGGCTTTTGT

   2700     .    :    .
   2620 AATAATTCACTATCT
        |||||||||||||||
 133359 AATAATTCACTATCT