seq1 = pF1KSDA1284.tfa, 2826 bp
seq2 = pF1KSDA1284/gi568815594f_127533035.tfa (gi568815594f:127533035_127816433), 283399 bp

>pF1KSDA1284 2826
>gi568815594f:127533035_127816433 (Chr4)

1-146  (100001-100146)   100% ->
147-682  (110487-111022)   99% ->
683-768  (123602-123687)   100% ->
769-972  (130347-130550)   99% ->
973-1091  (136002-136120)   100% ->
1092-1181  (141090-141179)   100% ->
1182-1259  (151375-151452)   100% ->
1260-1449  (154644-154833)   100% ->
1450-1503  (166976-167029)   100% ->
1504-1566  (171194-171256)   100% ->
1567-1788  (172557-172778)   100% ->
1789-2271  (173453-173935)   100% ->
2272-2369  (175537-175634)   100% ->
2370-2559  (177879-178068)   100% ->
2560-2717  (180902-181059)   100% ->
2718-2826  (183291-183399)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCTGTGGCTTCGTGCGATTCGCGTCCGAGCTCAGACGAGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTCTGTGGCTTCGTGCGATTCGCGTCCGAGCTCAGACGAGCTCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGAGACCCCTCTTCACAAGAAGAAGATGAGGACTATGATTTTGAAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGAGACCCCTCTTCACAAGAAGAAGATGAGGACTATGATTTTGAAGATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGTCAGCGACTCGGGTTCATATTCCTCAGCGAGTAGCGATTATGA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100101 GGGTCAGCGACTCGGGTTCATATTCCTCAGCGAGTAGCGATTATGAGTA.

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    147      TGATCTTGAGCCTGAATGGCTGGACAGTGTGCAGAAAAATGGAGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ..TAGTGATCTTGAGCCTGAATGGCTGGACAGTGTGCAGAAAAATGGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTGTTTTATTTGGAATTGAGTGAGGATGAAGAAGAAAGCCTCCTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110532 GCTGTTTTATTTGGAATTGAGTGAGGATGAAGAAGAAAGCCTCCTTCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGACACCAACTGTGAACCATGTCAGGTTCAGTGAAAATGAGATTATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110582 AGACACCAACTGTGAACCATGTCAGGTTCAGTGAAAATGAGATTATCATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAAGATGACTACAAAGAAAGAAAAAAGTATGAACCCAAACTCAAGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110632 GAAGATGACTACAAAGAAAGAAAAAAGTATGAACCCAAACTCAAGCAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TACCAAAATTTTAAGAAGGAAAAGACTTTTACCCAAGCGCTGCAATAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110682 TACCAAAATTTTAAGAAGGAAAAGACTTTTACCCAAGCGCTGCAATAAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AAAATAGCAATGACAATGGACCAGTATCCATTCTAAAGCATCAGTCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110732 AAAATAGCAATGACAATGGACCAGTATCCATTCTAAAGCATCAGTCCAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAGAAGACAGGAGTCATTGTCCAACAGCGGTACAAAGATGTGAATGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 110782 CAGAAGACAGGAGTCATTGTCCAACAGCGATACAAAGATGTGAATGTTTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGTAAACCCCAAAAAGCTAACTGTTATCAAAGCCAAAGAGCAGCTCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110832 TGTAAACCCCAAAAAGCTAACTGTTATCAAAGCCAAAGAGCAGCTCAAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TTCTGGAAGTGCTGGTTGGAATTATTCATCAGACCAAGTGGAGCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110882 TTCTGGAAGTGCTGGTTGGAATTATTCATCAGACCAAGTGGAGCTGGAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AGAACCGGAAAGCAGGGTGATGGAGAGAGGCTTGTGGTTCATGGCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110932 AGAACCGGAAAGCAGGGTGATGGAGAGAGGCTTGTGGTTCATGGCCTGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCCAGGGGGATCTGCTATGAAGAGCGGTCAGGTACTCATTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 110982 GCCAGGGGGATCTGCTATGAAGAGCGGTCAGGTACTCATTGGTA...CAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GTGATGTCCTTGTTGCTGTGAATGATGTCGATGTTACTACTGAAAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123602 GTGATGTCCTTGTTGCTGTGAATGATGTCGATGTTACTACTGAAAACATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GAGAGAGTTCTGTCTTGCATTCCTGGACCTATGCAG         GTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 123652 GAGAGAGTTCTGTCTTGCATTCCTGGACCTATGCAGGTA...AAGGTGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 ACTGACATTTGAAAATGCATATGATGTGAAAAGGGAGACATCCCATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 130352 ACTGACATTTGAAAATGCATATGATGTGAAAAGGGAGACGTCCCATCCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GACAGAAAAAGACACAGTCCAACACAAGTGATTTAGTCAAGCTTCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130402 GACAGAAAAAGACACAGTCCAACACAAGTGATTTAGTCAAGCTTCTCTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GGAGAAGAGGTTGAAGGTATCCAGCAGAGTGGCCTAAACACTCCTCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130452 GGAGAAGAGGTTGAAGGTATCCAGCAGAGTGGCCTAAACACTCCTCATAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CATTATGTATCTCACACTACAGCTCGACTCAGAAACCTCAAAGGAAGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 130502 CATTATGTATCTCACACTACAGCTCGACTCAGAAACCTCAAAGGAAGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    973         CAGGAAATTCTTTATCATTATCCAATGTCTGAAGCATCTCAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130552 TG...CAGCAGGAAATTCTTTATCATTATCCAATGTCTGAAGCATCTCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AAACTTAAAAGTGTGAGAGGGATTTTTCTCACACTCTGTGACATGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136044 AAACTTAAAAGTGTGAGAGGGATTTTTCTCACACTCTGTGACATGCTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 AAACGTAACTGGGACACAAGTTACTAG         TTCATCCCTCCTTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 136094 AAACGTAACTGGGACACAAGTTACTAGGTA...TAGTTCATCCCTCCTTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TAAATGGAAAACAAATTCATGTGGCTTATTGGAAAGAATCTGACAAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141104 TAAATGGAAAACAAATTCATGTGGCTTATTGGAAAGAATCTGACAAGTTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TTGCTAATTGGCCTGCCTGCTGAAGA         AGTTCCTCTTCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 141154 TTGCTAATTGGCCTGCCTGCTGAAGAGTA...TAGAGTTCCTCTTCCTCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TCTAAGGAACATGATAGAAAATGTCATCCAAACCTTAAAATTTATGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151390 TCTAAGGAACATGATAGAAAATGTCATCCAAACCTTAAAATTTATGTATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GTTCTTTAGATAG         TGCCTTTTGCCAGATTGAGAATGTTCCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 151440 GTTCTTTAGATAGGTA...CAGTGCCTTTTGCCAGATTGAGAATGTTCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CGTTTGGATCATTTTTTTAACTTGTTCTTTCAAAGAGCACTTCAGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154672 CGTTTGGATCATTTTTTTAACTTGTTCTTTCAAAGAGCACTTCAGCCTGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GAAACTGCATTCCAGCGCCAGTCCCAGTGCTCAGCAGTACGATGCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154722 GAAACTGCATTCCAGCGCCAGTCCCAGTGCTCAGCAGTACGATGCTTCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 GTGCAGTACTTTTAGACAACCTCCCTGGAGTCCGGTGGCTCACACTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154772 GTGCAGTACTTTTAGACAACCTCCCTGGAGTCCGGTGGCTCACACTTCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CTGGAAATCAAG         ATGGAATTAGACATGGCATTAAGTGACTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 154822 CTGGAAATCAAGGTA...TAGATGGAATTAGACATGGCATTAAGTGACTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GGAGGCTGCAGATTTTGCAGAACTG         TCCGAGGATTACTATG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 167005 GGAGGCTGCAGATTTTGCAGAACTGGTA...CAGTCCGAGGATTACTATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 ACATGAGGCGGCTGTATACAATTTTGGGGTCTTCTCTATTTTACAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 171210 ACATGAGGCGGCTGTATACAATTTTGGGGTCTTCTCTATTTTACAAGGTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1567       GGTTATTTGATATGCAGTCATTTGCCCAAGGATGATCTTATTGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171260 ...AAGGGTTATTTGATATGCAGTCATTTGCCCAAGGATGATCTTATTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TATTGCCGTATACTGTCGCCACTATTGCCTGCTGCCTTTAGCAGCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172601 TATTGCCGTATACTGTCGCCACTATTGCCTGCTGCCTTTAGCAGCAAAAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 AAAGAATTGGTCAGTTGATCATATGGAGAGAAGTGTTTCCTCAGCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172651 AAAGAATTGGTCAGTTGATCATATGGAGAGAAGTGTTTCCTCAGCATCAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 CTCCGACCTTTGGCAGACTCAAGCACTGAAGTCTTTCCGGAACCTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172701 CTCCGACCTTTGGCAGACTCAAGCACTGAAGTCTTTCCGGAACCTGAAGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 AAGATATTTTTTGCTAGTTGTTGGCTTG         AAACATTATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 172751 AAGATATTTTTTGCTAGTTGTTGGCTTGGTA...TAGAAACATTATATGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 TATGTGTACTATTAGAAGCTGGAGGTTGCGCATCCAAAGCTATTGGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173466 TATGTGTACTATTAGAAGCTGGAGGTTGCGCATCCAAAGCTATTGGGAGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 CCTGGACCAGACTGTGTATATGTGGATCAAGTCAAAACAACTCTTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173516 CCTGGACCAGACTGTGTATATGTGGATCAAGTCAAAACAACTCTTCACCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 GCTGGATGGAGTAGATTCTCGCATAGATGAACGGCTAGCATCTTCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173566 GCTGGATGGAGTAGATTCTCGCATAGATGAACGGCTAGCATCTTCTCCAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 TCCCCTGTTTGTCTTGTGCTGACTGGTTCCTTACTGGATCACGTGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173616 TCCCCTGTTTGTCTTGTGCTGACTGGTTCCTTACTGGATCACGTGAAAAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 ACAGATAGCTTGACCACTTCGCCTATTCTCAGTAGGCTACAAGGTACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173666 ACAGATAGCTTGACCACTTCGCCTATTCTCAGTAGGCTACAAGGTACTTC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 CAAAGTAGCAACTTCTCCAACATGCAGAAGAACGCTTTTTGGTGACTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173716 CAAAGTAGCAACTTCTCCAACATGCAGAAGAACGCTTTTTGGTGACTATT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 CCTTAAAGACACGCAAGCCTAGTCCTTCCTGTAGTAGTGGAGGATCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173766 CCTTAAAGACACGCAAGCCTAGTCCTTCCTGTAGTAGTGGAGGATCTGAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 AATGGTTGTGAAGGTGGAGAAGATGATGGCTTTAGCCCCCATACTACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173816 AATGGTTGTGAAGGTGGAGAAGATGATGGCTTTAGCCCCCATACTACACC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 GGATGCAGTACGGAAGCAAAGAGAATCTCAGGGCTCTGATGGTTTAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173866 GGATGCAGTACGGAAGCAAAGAGAATCTCAGGGCTCTGATGGTTTAGAAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2252 AAAGTGGGACCTTGCTTAAG         GTCACTAAAAAGAAGTCTACT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 173916 AAAGTGGGACCTTGCTTAAGGTG...CAGGTCACTAAAAAGAAGTCTACT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 CTTCCAAATCCATTTCATTTGGGAAACTTGAAAAAGGACCTTCCAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175558 CTTCCAAATCCATTTCATTTGGGAAACTTGAAAAAGGACCTTCCAGAAAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2343 AGAATTAGAAATATATAACACAGTGAA         ACTGACATCTGGTC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 175608 AGAATTAGAAATATATAACACAGTGAAGTA...AAGACTGACATCTGGTC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2384 CTGAGAACACACTTTTCCACTACGTTGCCTTAGAAACAGTGCAAGGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177893 CTGAGAACACACTTTTCCACTACGTTGCCTTAGAAACAGTGCAAGGAATC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2434 TTTATTACTCCTACCCTTGAAGAGGTGGCACAGCTAAGTGGCTCTATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177943 TTTATTACTCCTACCCTTGAAGAGGTGGCACAGCTAAGTGGCTCTATCCA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2484 CCCTCAGCTAATAAAGAATTTCCATCAGTGTTGTCTTTCCATTCGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177993 CCCTCAGCTAATAAAGAATTTCCATCAGTGTTGTCTTTCCATTCGTGCAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2534 TTTTCCAACAGACATTGGTGGAAGAG         AAAAAGAAAGGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 178043 TTTTCCAACAGACATTGGTGGAAGAGGTA...CAGAAAAAGAAAGGACTA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2575 AATAGTGGAGACCATTCAGATTCTGCAAAGTCAGTGTCTTCTCTTAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180917 AATAGTGGAGACCATTCAGATTCTGCAAAGTCAGTGTCTTCTCTTAACCC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2625 TGTTAAAGAACATGGTGTGTTGTTTGAATGTTCACCTGGAAACTGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180967 TGTTAAAGAACATGGTGTGTTGTTTGAATGTTCACCTGGAAACTGGACTG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2675 ATCAGAAAAAAGCACCACCAGTTATGGCTTACTGGGTAGTAGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 181017 ATCAGAAAAAAGCACCACCAGTTATGGCTTACTGGGTAGTAGGGTA...C

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2718   GAGACTTTTTCTTCATCCAAAACCTCAAGAACTTTATGTCTGTTTTCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183289 AGGAGACTTTTTCTTCATCCAAAACCTCAAGAACTTTATGTCTGTTTTCA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2766 TGACTCAGTCACAGAAATTGCCATTGAAATAGCTTTTAAATTGTTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183339 TGACTCAGTCACAGAAATTGCCATTGAAATAGCTTTTAAATTGTTCTTTG

   2950     .    :
   2816 GGTTAACCTTG
        |||||||||||
 183389 GGTTAACCTTG