seq1 = pF1KSDA1274.tfa, 2568 bp
seq2 = pF1KSDA1274/gi568815588f_70425952.tfa (gi568815588f:70425952_70666730), 240779 bp

>pF1KSDA1274 2568
>gi568815588f:70425952_70666730 (Chr10)

1-185  (100001-100185)   100% ->
186-288  (103278-103380)   100% ->
289-468  (103938-104117)   99% ->
469-633  (105339-105503)   100% ->
634-794  (106670-106830)   100% ->
795-870  (107044-107119)   100% ->
871-1022  (107971-108122)   100% ->
1023-1122  (108474-108573)   100% ->
1123-1227  (108788-108892)   100% ->
1228-1323  (111860-111955)   100% ->
1324-1452  (112329-112457)   100% ->
1453-1569  (112941-113057)   100% ->
1570-1725  (113141-113296)   100% ->
1726-1908  (113629-113811)   100% ->
1909-2049  (115151-115291)   100% ->
2050-2121  (115512-115583)   100% ->
2122-2262  (121355-121495)   100% ->
2263-2418  (138413-138568)   99% ->
2419-2568  (140630-140779)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTACAACGGCCAGCACAGCCCAGCAGACGGTCTCGGCAGGCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTACAACGGCCAGCACAGCCCAGCAGACGGTCTCGGCAGGCACCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTTGAGGGCCTACAGGGCAGTGGCACGATGGACAGTCGGCACTCCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATTTGAGGGCCTACAGGGCAGTGGCACGATGGACAGTCGGCACTCCGTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCATCCACTCCTTCCAGAGCACTAGCTTGCATAACAGCAAGGCCAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCATCCACTCCTTCCAGAGCACTAGCTTGCATAACAGCAAGGCCAAGTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCATCCCCAACAAGGTGGCCCCTGTTGTGATCAC         GTACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100151 ATCATCCCCAACAAGGTGGCCCCTGTTGTGATCACGTG...CAGGTACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGCAAGGAGGAGTTCCAGATCCATGATGAGCTGCTCAAGGCTCATTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103284 CTGCAAGGAGGAGTTCCAGATCCATGATGAGCTGCTCAAGGCTCATTACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGTTGGGCCGGCTCTCGGACAACACCCCTGAGCACTACCTGGTGCAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103334 CGTTGGGCCGGCTCTCGGACAACACCCCTGAGCACTACCTGGTGCAAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    289       GGCCGCTACTTCCTGGTGCGGGATGTCACTGAGAAGATGGATGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103384 ...CAGGGCCGCTACTTCCTGGTGCGGGATGTCACTGAGAAGATGGATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTGGGCACCGTGGGAAGCTGTGGGGCCCCCAACTTCCGGCAGGTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103982 GCTGGGCACCGTGGGAAGCTGTGGGGCCCCCAACTTCCGGCAGGTGCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTGGGCTCACTGTGTTCGGCATGGGACAGCCCAGCCTCTTAGGGTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 104032 GTGGGCTCACTGTGTTCGGCATGGGACAGCCCAGCCTCTCAGGGTTCAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CGGGTCCTCCAGAAACTCCAGAAGGACGGACATAGG         GAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 104082 CGGGTCCTCCAGAAACTCCAGAAGGACGGACATAGGGTA...CAGGAGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGTCATCTTCTGTGTGCGGGAGGAACCTGTGCTTTTCCTGCGTGCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105344 TGTCATCTTCTGTGTGCGGGAGGAACCTGTGCTTTTCCTGCGTGCAGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGGACTTTGTGTCCTACACACCTCGAGACAAGCAGAACCTTCATGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105394 AGGACTTTGTGTCCTACACACCTCGAGACAAGCAGAACCTTCATGAGAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTCCAGGGCCTTGGACCCGGGGTCCGGGTGGAGAGCCTGGAGCTGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105444 CTCCAGGGCCTTGGACCCGGGGTCCGGGTGGAGAGCCTGGAGCTGGCCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCGGAAAGAG         ATCCACGACTTTGCCCAGCTGAGCGAGAACA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 105494 CCGGAAAGAGGTG...TAGATCCACGACTTTGCCCAGCTGAGCGAGAACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CATACCATGTGTACCATAACACCGAGGACCTGTGGGGGGAGCCCCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106701 CATACCATGTGTACCATAACACCGAGGACCTGTGGGGGGAGCCCCATGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTGGCCATCCATGGTGAGGACGACTTGCATGTGACGGAGGAGGTGTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106751 GTGGCCATCCATGGTGAGGACGACTTGCATGTGACGGAGGAGGTGTACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCGGCCCCTCTTCCTGCAGCCCACCTACAG         GTACCACCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 106801 GCGGCCCCTCTTCCTGCAGCCCACCTACAGGTA...CAGGTACCACCGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGCCCCTGCCCGAGCAAGGGAGTCCCCTGGAGGCCCAGTTGGACGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107055 TGCCCCTGCCCGAGCAAGGGAGTCCCCTGGAGGCCCAGTTGGACGCCTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GTCAGTGTTCTCCGG         GAGACCCCCAGCCTGCTGCAGCTCCG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 107105 GTCAGTGTTCTCCGGGTA...CAGGAGACCCCCAGCCTGCTGCAGCTCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGATGCCCACGGGCCTCCCCCAGCCCTCGTCTTCAGCTGCCAGATGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107997 TGATGCCCACGGGCCTCCCCCAGCCCTCGTCTTCAGCTGCCAGATGGGCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGGGCAGGACCAACCTGGGCATGGTCCTGGGCACCCTCATCCTGCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108047 TGGGCAGGACCAACCTGGGCATGGTCCTGGGCACCCTCATCCTGCTTCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CGCAGTGGGACCACCTCCCAGCCAGA         GGCTGCCCCCACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 108097 CGCAGTGGGACCACCTCCCAGCCAGAGTG...CAGGGCTGCCCCCACGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGCCAAGCCCCTGCCTATGGAGCAGTTCCAGGTGATCCAGAGCTTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108489 GGCCAAGCCCCTGCCTATGGAGCAGTTCCAGGTGATCCAGAGCTTTCTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GCATGGTGCCCCAGGGAAGGAGGATGGTGGAAGAG         GTGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 108539 GCATGGTGCCCCAGGGAAGGAGGATGGTGGAAGAGGTG...CAGGTGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AGAGCCATCACTGCCTGTGCCGAGTTGCATGACCTGAAAGAAGTGGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108794 AGAGCCATCACTGCCTGTGCCGAGTTGCATGACCTGAAAGAAGTGGTCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGAAAACCAGAAGAAGTTAGAAGGTATCCGACCGGAGAGCCCAGCCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 108844 GGAAAACCAGAAGAAGTTAGAAGGTATCCGACCGGAGAGCCCAGCCCAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1228         GGAAGCGGCAGCCGACACAGCGTCTGGCAGAGGGCGCTGTGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108894 TG...CAGGGAAGCGGCAGCCGACACAGCGTCTGGCAGAGGGCGCTGTGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AGCCTGGAGCGATACTTCTACCTGATCCTGTTTAACTACTACCTTCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111902 AGCCTGGAGCGATACTTCTACCTGATCCTGTTTAACTACTACCTTCATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GCAG         TACCCGCTGGCCTTTGCCCTCAGTTTCAGCCGCTGGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111952 GCAGGTG...CAGTACCCGCTGGCCTTTGCCCTCAGTTTCAGCCGCTGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TGTGTGCCCACCCTGAGCTGTACCGCCTGCCCGTGACGCTGAGCTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112366 TGTGTGCCCACCCTGAGCTGTACCGCCTGCCCGTGACGCTGAGCTCAGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GGCCCTGTGGCTCCGAGGGACCTCATCGCCAGGGGCTCCCTA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 112416 GGCCCTGTGGCTCCGAGGGACCTCATCGCCAGGGGCTCCCTAGTG...CA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1453  CGGGAGGACGATCTGGTCTCCCCGGACGCGCTCAGCACTGTCAGAGAGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112940 GCGGGAGGACGATCTGGTCTCCCCGGACGCGCTCAGCACTGTCAGAGAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TGGATGTGGCCAACTTCCGGCGGGTGCCCCGCATGCCCATCTACGGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112990 TGGATGTGGCCAACTTCCGGCGGGTGCCCCGCATGCCCATCTACGGCACG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GCCCAGCCCAGCGCCAAG         GCCCTGGGGAGCATCCTGGCCTA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 113040 GCCCAGCCCAGCGCCAAGGTG...CAGGCCCTGGGGAGCATCCTGGCCTA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CCTGACGGACGCCAAGAGGAGGCTGCGGAAGGTTGTCTGGGTGAGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113164 CCTGACGGACGCCAAGAGGAGGCTGCGGAAGGTTGTCTGGGTGAGCCTTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 GGGAGGAGGCCGTGTTGGAGTGTGACGGGCACACCTACAGCCTGCGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113214 GGGAGGAGGCCGTGTTGGAGTGTGACGGGCACACCTACAGCCTGCGGTGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CCTGGGCCCCCTGTGGCTCCTGACCAGCTGGAG         ACCCTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 113264 CCTGGGCCCCCTGTGGCTCCTGACCAGCTGGAGGTG...CAGACCCTGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 GGCCCAGCTGAAGGCCCATCTAAGCGAGCCTCCCCCAGGCAAGGAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113637 GGCCCAGCTGAAGGCCCATCTAAGCGAGCCTCCCCCAGGCAAGGAGGGCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CCCTGACCTACAGGTTCCAGACCTGCCTTACCATGCAGGAGGTCTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113687 CCCTGACCTACAGGTTCCAGACCTGCCTTACCATGCAGGAGGTCTTCAGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CAGCACCGCAGGGCCTGTCCTGGCCTCACCTACCACCGCATCCCCATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113737 CAGCACCGCAGGGCCTGTCCTGGCCTCACCTACCACCGCATCCCCATGCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 GGACTTCTGTGCCCCCCGAGAGGAG         GACTTTGACCAGCTGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 113787 GGACTTCTGTGCCCCCCGAGAGGAGGTG...CAGGACTTTGACCAGCTGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 TGGAGGCCCTGCGGGCCGCCCTCTCCAAGGACCCAGGCACTGGCTTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115167 TGGAGGCCCTGCGGGCCGCCCTCTCCAAGGACCCAGGCACTGGCTTCGTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 TTCAGCTGCCTCAGCGGCCAGGGCCGTACCACAACTGCGATGGTGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115217 TTCAGCTGCCTCAGCGGCCAGGGCCGTACCACAACTGCGATGGTGGTGGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 TGTCCTGGCCTTCTGGCACATCCAA         GGCTTCCCCGAGGTGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 115267 TGTCCTGGCCTTCTGGCACATCCAAGTA...CAGGGCTTCCCCGAGGTGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 GTGAGGAGGAGCTCGTGAGTGTGCCTGATGCCAAGTTCACTAAGGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115528 GTGAGGAGGAGCTCGTGAGTGTGCCTGATGCCAAGTTCACTAAGGGTGAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 TTTCAG         GTAGTAATGAAGGTGGTGCAGCTGCTACCCGATGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115578 TTTCAGGTG...CAGGTAGTAATGAAGGTGGTGCAGCTGCTACCCGATGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 GCACCGTGTGAAGAAGGAGGTGGACGCAGCGCTGGACACTGTCAGCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121390 GCACCGTGTGAAGAAGGAGGTGGACGCAGCGCTGGACACTGTCAGCGAGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 CCATGACGCCCATGCACTACCACCTGCGGGAGATCATCATCTGCACCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121440 CCATGACGCCCATGCACTACCACCTGCGGGAGATCATCATCTGCACCTAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 CGCCAG         GCGAAGGCAGCGAAAGAGGCGCAGGAAATGCGGAG
        ||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 121490 CGCCAGGTG...CAGGCGAAGGCAGCGAAAGAGGCGCAAGAAATGCGGAG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 GCTGCAGCTGCGGAGCCTGCAGTACTTGGAGCGCTATGTCTGCCTGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138448 GCTGCAGCTGCGGAGCCTGCAGTACTTGGAGCGCTATGTCTGCCTGATTC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 TCTTCAACGCGTACCTCCACCTGGAGAAGGCCGACTCCTGGCAGAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138498 TCTTCAACGCGTACCTCCACCTGGAGAAGGCCGACTCCTGGCAGAGGCCC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 TTCAGCACCTGGATGCAGGAG         GTGGCATCGAAGGCTGGCAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 138548 TTCAGCACCTGGATGCAGGAGGTG...CAGGTGGCATCGAAGGCTGGCAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2439 CTACGAGATCCTTAACGAGCTGGGCTTCCCCGAGCTGGAGAGCGGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140650 CTACGAGATCCTTAACGAGCTGGGCTTCCCCGAGCTGGAGAGCGGGGAGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2489 ACCAGCCCTTCTCCAGGCTGCGCTACCGGTGGCAGGAGCAGAGCTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140700 ACCAGCCCTTCTCCAGGCTGCGCTACCGGTGGCAGGAGCAGAGCTGCAGC

   2700     .    :    .    :    .    :
   2539 CTCGAGCCCTCTGCCCCCGAGGACTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 140750 CTCGAGCCCTCTGCCCCCGAGGACTTGCTG