seq1 = pF1KSDA1266.tfa, 1611 bp
seq2 = pF1KSDA1266/gi568815596f_42509458.tfa (gi568815596f:42509458_42823035), 313578 bp

>pF1KSDA1266 1611
>gi568815596f:42509458_42823035 (Chr2)

1-22  (69722-69743)   100% ->
23-149  (100001-100127)   100% ->
150-213  (130716-130779)   100% ->
214-331  (134670-134787)   100% ->
332-434  (146743-146845)   100% ->
435-534  (150306-150405)   100% ->
535-723  (172944-173132)   100% ->
724-798  (186308-186382)   100% ->
799-857  (188319-188377)   100% ->
858-979  (194740-194861)   100% ->
980-1131  (198446-198597)   100% ->
1132-1354  (199417-199639)   100% ->
1355-1441  (209531-209617)   100% ->
1442-1588  (213432-213578)   100% ->
1589-1611  (243917-243939)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTCGCAGATAAGCATGCTA         AAGAAATTGAGGAAGAATC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
  69722 ATGCTCGCAGATAAGCATGCTAGTA...TAGAAGAAATTGAGGAAGAATC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGAAACAACAGTTGAGGCTGACTTGACCGATAAGCAGAAACATCAGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100020 TGAAACAACAGTTGAGGCTGACTTGACCGATAAGCAGAAACATCAGTTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AACATAGGGAACTCTTTTTGTCACGCCAGTATGAATCTCTGCCCGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100070 AACATAGGGAACTCTTTTTGTCACGCCAGTATGAATCTCTGCCCGCAACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATATCAG         GGGAAAGTGCAGTGTTGCCCTTCTGAATGAGAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100120 CATATCAGGTA...CAGGGGAAAGTGCAGTGTTGCCCTTCTGAATGAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGAATCAGTATTGTCATATCTTGATAAGGAG         GATACCTTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 130749 AGAATCAGTATTGTCATATCTTGATAAGGAGGTA...CAGGATACCTTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TCTACTCATTGGTCTATGACCCCTCATTGAAAACACTATTAGCTGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134680 TCTACTCATTGGTCTATGACCCCTCATTGAAAACACTATTAGCTGACAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GGTGAAATCAGAGTGGGACCTAGATATCAAGCAGACATTCCAGAAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134730 GGTGAAATCAGAGTGGGACCTAGATATCAAGCAGACATTCCAGAAATGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTTAGAAG         GAGAATCAGATGAGAGGGAACAATCAAAATTGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 134780 GTTAGAAGGTA...CAGGAGAATCAGATGAGAGGGAACAATCAAAATTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AAGTTAAAGTTTGGGATCCAAATAGCCCACTTACGGATCGACAGATTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146776 AAGTTAAAGTTTGGGATCCAAATAGCCCACTTACGGATCGACAGATTGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAGTTTTTAGTTGTAGCACG         TGCTGTTGGGACATTCGCCAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 146826 CAGTTTTTAGTTGTAGCACGGTG...CAGTGCTGTTGGGACATTCGCCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGCCCTGGATTGCAGCAGTTCTGTGAGGCAGCCTAGTTTGCATATGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150327 AGCCCTGGATTGCAGCAGTTCTGTGAGGCAGCCTAGTTTGCATATGAGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTGCTGCAGCTTCCCGAGACATCACCTTG         TTTCACGCTATG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 150377 CTGCTGCAGCTTCCCGAGACATCACCTTGGTA...TAGTTTCACGCTATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GATACATTGTATAGACACAGCTATGATTTGAGCAGTGCCATTAGTGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172956 GATACATTGTATAGACACAGCTATGATTTGAGCAGTGCCATTAGTGTCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGTACCACTCGGAGGACCTGTTTTATGCAGAGATGAAATGGAGGAATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173006 AGTACCACTCGGAGGACCTGTTTTATGCAGAGATGAAATGGAGGAATGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAGCCTCTGAAGCTAGCTTATTTGAAGAGGCACTGGAAAAATATGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173056 CAGCCTCTGAAGCTAGCTTATTTGAAGAGGCACTGGAAAAATATGGCAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GACTTCAATGACATACGGCAAGATTTT         CTTCCTTGGAAATC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 173106 GACTTCAATGACATACGGCAAGATTTTGTA...CAGCTTCCTTGGAAATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 ATTGACTAGCATCATTGAATATTATTACATGTGGAAAACTACTGACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186322 ATTGACTAGCATCATTGAATATTATTACATGTGGAAAACTACTGACAGAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATGTGCAACAG         AAACGTCTAAAAGCAGCAGAAGCTGAGAGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 186372 ATGTGCAACAGGTA...TAGAAACGTCTAAAAGCAGCAGAAGCTGAGAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AAACTGAAACAAGTATATATCCCAACCTA         CAAACCAAATCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 188349 AAACTGAAACAAGTATATATCCCAACCTAGTA...CAGCAAACCAAATCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CAACCAAATATCCACTAGTAATGGGAAGCCTGGTGCTGTGAATGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194752 CAACCAAATATCCACTAGTAATGGGAAGCCTGGTGCTGTGAATGGAGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TGGGGACCACGTTCCAGCCTCAGAATCCTCTCTTAGGGAGAGCCTGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194802 TGGGGACCACGTTCCAGCCTCAGAATCCTCTCTTAGGGAGAGCCTGTGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AGCTGCTATG         CTACACAGTCTCACCAGTGGTATTCTTGGGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 194852 AGCTGCTATGGTA...TAGCTACACAGTCTCACCAGTGGTATTCTTGGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CCCACCTAATATGCAGTGTAGATTATGTGCAATTTGTTGGCTTTATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198477 CCCACCTAATATGCAGTGTAGATTATGTGCAATTTGTTGGCTTTATTGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AAAAATATGGAGGCTTGAAAATGCCCACCCAGTCAGAAGAAGAGAAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198527 AAAAATATGGAGGCTTGAAAATGCCCACCCAGTCAGAAGAAGAGAAGTTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TCTCCTAGCCCAACTACAGAG         GACCCTCGTGTTAGAAGTCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 198577 TCTCCTAGCCCAACTACAGAGGTA...CAGGACCCTCGTGTTAGAAGTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CGTGTCCCGCCAGGCCATGCAGGGAATGCCAGTCCGAAACACTGGGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199437 CGTGTCCCGCCAGGCCATGCAGGGAATGCCAGTCCGAAACACTGGGAGTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CAAAGTCTGCAGTGAAGACCCGCCAAGCTTTCTTCCTTCATACTACATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199487 CAAAGTCTGCAGTGAAGACCCGCCAAGCTTTCTTCCTTCATACTACATAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TTCACAAAATTTGCTCGTCAGGTCTGCAAAAATACCCTCCGGCTGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199537 TTCACAAAATTTGCTCGTCAGGTCTGCAAAAATACCCTCCGGCTGCGGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GGCAGCAAGACGGCCGTTTGTTGCTATTAATTATGCTGCCATTAGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199587 GGCAGCAAGACGGCCGTTTGTTGCTATTAATTATGCTGCCATTAGGGCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AAT         ATGCAGACAGACATGCTGAACTATCTGGAAGTCCACTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199637 AATGTA...CAGATGCAGACAGACATGCTGAACTATCTGGAAGTCCACTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 AAAAGCAAAAGCACTAGGAAGCCTTTGGCATGTATCATTGGGTATTTAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 209569 AAAAGCAAAAGCACTAGGAAGCCTTTGGCATGTATCATTGGGTATTTAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442         AGATCCATCCTGCAAAGAAACCTAATGTAATTCGATCTACAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209619 TG...CAGAGATCCATCCTGCAAAGAAACCTAATGTAATTCGATCTACAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 CAAGCCTGCAAACCCCAACTACCAAGCGGATGCTAACAACTCCAAATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213474 CAAGCCTGCAAACCCCAACTACCAAGCGGATGCTAACAACTCCAAATCAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 ACATCTCTGAGCATTCTGGGGAAAAGAAACTACAGTCATCACAATGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213524 ACATCTCTGAGCATTCTGGGGAAAAGAAACTACAGTCATCACAATGGTCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .
   1584 GGATG         AACTCACGTGCTGTGTGTCAGAC
        |||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 213574 GGATGGTA...TAGAACTCACGTGCTGTGTGTCAGAC