seq1 = pF1KSDA1264.tfa, 2157 bp
seq2 = pF1KSDA1264/gi568815578r_9439465.tfa (gi568815578r:9439465_9744328), 304864 bp

>pF1KSDA1264 2157
>gi568815578r:9439465_9744328 (Chr20)

(complement)

1-204  (100001-100204)   100% ->
205-990  (163399-164184)   100% ->
991-1482  (177945-178436)   100% ->
1483-1616  (181305-181438)   100% ->
1617-1743  (186595-186721)   100% ->
1744-1869  (199835-199960)   100% ->
1870-2004  (201609-201743)   100% ->
2005-2157  (204712-204864)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTTGGGAAGAAAAAGAAAAAGATTGAAATATCTGGCCCGTCCAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTTGGGAAGAAAAAGAAAAAGATTGAAATATCTGGCCCGTCCAACTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAACACAGGGTTCATACTGGGTTTGATCCACAAGAGCAGAAGTTTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAACACAGGGTTCATACTGGGTTTGATCCACAAGAGCAGAAGTTTACCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCTTCCCCAGCAGTGGCACAGCCTGTTAGCAGATACGGCCAACAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCTTCCCCAGCAGTGGCACAGCCTGTTAGCAGATACGGCCAACAGGCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGCCTATGGTGGACCCTTCATGCATCACACCCATCCAGCTGGCTCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGCCTATGGTGGACCCTTCATGCATCACACCCATCCAGCTGGCTCCTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAAG         ACAATCGTTAGAGGAAACAAACCCTGCAAGGAAACCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAAGGTA...CAGACAATCGTTAGAGGAAACAAACCCTGCAAGGAAACCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCATCAACGGCCTGCTAGAGGATTTTGACAACATCTCGGTGACTCGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163436 CCATCAACGGCCTGCTAGAGGATTTTGACAACATCTCGGTGACTCGCTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AACTCCCTAAGGAAAGAAAGCCCACCCACCCCAGATCAGGGAGCCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163486 AACTCCCTAAGGAAAGAAAGCCCACCCACCCCAGATCAGGGAGCCTCCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCACGGTCCAGGCCACGCGGAAGAAAATGGCTTCATCACCTTCTCCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163536 CCACGGTCCAGGCCACGCGGAAGAAAATGGCTTCATCACCTTCTCCCAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATTCCAGCGAATCCGATACTACTGCTGACTACACGACCGAAAAGTACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163586 ATTCCAGCGAATCCGATACTACTGCTGACTACACGACCGAAAAGTACAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGAAGAGTCTCTATGGAGATGATCTGGATCCGTATTATAGAGGCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163636 GAGAAGAGTCTCTATGGAGATGATCTGGATCCGTATTATAGAGGCAGCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CGCAGCCAAGCAAAATGGGCACGTAATGAAAATGAAGCACGGGGAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163686 CGCAGCCAAGCAAAATGGGCACGTAATGAAAATGAAGCACGGGGAGGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACTATTCTGAGGTGAAGCCTTTGAAATCCGATTTTGCCAGATTTTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163736 ACTATTCTGAGGTGAAGCCTTTGAAATCCGATTTTGCCAGATTTTCTGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GATTATCACTCACATTTGGACTCACTGAGCAAACCAAGTGAATACAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163786 GATTATCACTCACATTTGGACTCACTGAGCAAACCAAGTGAATACAGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCTCAAGTGGGAGTATCAGAGAGCCTCGAGTAGCTCCCCTCTGGATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163836 CCTCAAGTGGGAGTATCAGAGAGCCTCGAGTAGCTCCCCTCTGGATTATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CATTCCAATTCACACCTTCTAGAACTGCAGGGACCAGCGGGTGCTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163886 CATTCCAATTCACACCTTCTAGAACTGCAGGGACCAGCGGGTGCTCCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GAGAGCCTGGCGTACAGTGAAAGTGAATGGGGACCCAGCCTGGATGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163936 GAGAGCCTGGCGTACAGTGAAAGTGAATGGGGACCCAGCCTGGATGACTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TGACAGGAGGCCAAAGTCTTCGTACCTGAATCAGACAAGCCCTCAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163986 TGACAGGAGGCCAAAGTCTTCGTACCTGAATCAGACAAGCCCTCAGCCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCATGCGGCAGAGGTCCAGGTCAGGCTCGGGACTCCAGGAACCGATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164036 CCATGCGGCAGAGGTCCAGGTCAGGCTCGGGACTCCAGGAACCGATGATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CCATTTGGAGCAAGTGCATTTAAAACCCATCCCCAAGGACACTCCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164086 CCATTTGGAGCAAGTGCATTTAAAACCCATCCCCAAGGACACTCCTACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CTCCTACACCTACCCTCGCTTGTCCGAGCCCACAATGTGCATTCCAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 164136 CTCCTACACCTACCCTCGCTTGTCCGAGCCCACAATGTGCATTCCAAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    991         GTGGATTACGATCGAGCACAGATGGTCCTCAGCCCTCCACTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164186 TA...CAGGTGGATTACGATCGAGCACAGATGGTCCTCAGCCCTCCACTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TCAGGGTCTGACACCTACCCCAGGGGCCCTGCCAAACTACCTCAAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177987 TCAGGGTCTGACACCTACCCCAGGGGCCCTGCCAAACTACCTCAAAGTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 AAGCAAATCGGGCTATTCCTCAAGCAGTCACCAGTACCCGTCTGGGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178037 AAGCAAATCGGGCTATTCCTCAAGCAGTCACCAGTACCCGTCTGGGTACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 ACAAAGCCACCTTGTACCATCACCCCTCCCTGCAGAGCAGTTCGCAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178087 ACAAAGCCACCTTGTACCATCACCCCTCCCTGCAGAGCAGTTCGCAGTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 ATCTCCACGGCTTCCTACCTGAGCTCCCTCAGCCTCTCATCCAGCACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178137 ATCTCCACGGCTTCCTACCTGAGCTCCCTCAGCCTCTCATCCAGCACCTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CCCGCCGCCCAGCTGGGGCTCCTCCTCCGACCAGCAGCCCTCCAGGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178187 CCCGCCGCCCAGCTGGGGCTCCTCCTCCGACCAGCAGCCCTCCAGGGTGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 CCCATGAACAGTTTCGGGCGGCCCTGCAGCTGGTGGTCAGCCCAGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178237 CCCATGAACAGTTTCGGGCGGCCCTGCAGCTGGTGGTCAGCCCAGGAGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 CCCAGGGAATACTTGGCCAACTTTATCAAAATCGGGGAAGGCTCAACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178287 CCCAGGGAATACTTGGCCAACTTTATCAAAATCGGGGAAGGCTCAACCGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 CATCGTATGCATCGCCACCGAGAAACACACAGGGAAACAAGTTGCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178337 CATCGTATGCATCGCCACCGAGAAACACACAGGGAAACAAGTTGCAGTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 AGAAAATGGACCTCCGGAAGCAACAGAGACGAGAACTGCTTTTCAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178387 AGAAAATGGACCTCCGGAAGCAACAGAGACGAGAACTGCTTTTCAATGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483          GTCGTGATCATGCGGGATTACCACCATGACAATGTGGTTGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178437 GTA...CAGGTCGTGATCATGCGGGATTACCACCATGACAATGTGGTTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 CATGTACAGCAGCTACCTTGTCGGCGATGAGCTCTGGGTGGTCATGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181346 CATGTACAGCAGCTACCTTGTCGGCGATGAGCTCTGGGTGGTCATGGAGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 TTCTAGAAGGTGGTGCCTTGACAGACATTGTGACTCACACCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 181396 TTCTAGAAGGTGGTGCCTTGACAGACATTGTGACTCACACCAGGTA...C

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1617   AATGAATGAAGAACAGATAGCTACTGTCTGCCTGTCAGTTCTGAGAGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186593 AGAATGAATGAAGAACAGATAGCTACTGTCTGCCTGTCAGTTCTGAGAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 TCTCTCCTACCTTCATAACCAAGGAGTGATTCACAGGGACATAAAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186643 TCTCTCCTACCTTCATAACCAAGGAGTGATTCACAGGGACATAAAAAGTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 ACTCCATCCTCCTGACAAGCGATGGCCGG         ATAAAGTTGTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 186693 ACTCCATCCTCCTGACAAGCGATGGCCGGGTA...CAGATAAAGTTGTCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 GATTTTGGTTTCTGTGCTCAAGTTTCCAAAGAGGTGCCGAAGAGGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199847 GATTTTGGTTTCTGTGCTCAAGTTTCCAAAGAGGTGCCGAAGAGGAAATC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 ATTGGTTGGCACTCCCTACTGGATGGCCCCTGAGGTGATTTCTAGGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199897 ATTGGTTGGCACTCCCTACTGGATGGCCCCTGAGGTGATTTCTAGGCTAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 CTTATGGGACAGAG         GTGGACATCTGGTCCCTCGGGATCATG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 199947 CTTATGGGACAGAGGTA...CAGGTGGACATCTGGTCCCTCGGGATCATG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 GTGATAGAAATGATTGATGGCGAGCCCCCCTACTTCAATGAGCCTCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201636 GTGATAGAAATGATTGATGGCGAGCCCCCCTACTTCAATGAGCCTCCCCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 CCAGGCGATGCGGAGGATCCGGGACAGTTTACCTCCAAGAGTGAAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201686 CCAGGCGATGCGGAGGATCCGGGACAGTTTACCTCCAAGAGTGAAGGACC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1997 TACACAAG         GTTTCTTCAGTGCTCCGGGGATTCCTAGACTTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 201736 TACACAAGGTG...CAGGTTTCTTCAGTGCTCCGGGGATTCCTAGACTTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038 ATGTTGGTGAGGGAGCCCTCTCAGAGAGCAACAGCCCAGGAACTCCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204745 ATGTTGGTGAGGGAGCCCTCTCAGAGAGCAACAGCCCAGGAACTCCTCGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2088 ACATCCATTCTTAAAACTAGCAGGTCCACCGTCTTGCATCGTCCCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204795 ACATCCATTCTTAAAACTAGCAGGTCCACCGTCTTGCATCGTCCCCCTCA

   2200     .    :    .    :
   2138 TGAGACAATACAGGCATCAC
        ||||||||||||||||||||
 204845 TGAGACAATACAGGCATCAC