seq1 = pF1KSDA1260.tfa, 2448 bp
seq2 = pF1KSDA1260/gi568815575r_5792820.tfa (gi568815575r:5792820_6251466), 458647 bp

>pF1KSDA1260 2448
>gi568815575r:5792820_6251466 (ChrX)

(complement)

1-472  (100001-100472)   100% ->
473-625  (222035-222187)   100% ->
626-811  (342228-342413)   100% ->
812-1601  (347601-348390)   100% ->
1602-2448  (357801-358647)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCACGGCCCCAGGGACTGCTATGGCTTCCTTTGTTGTTCACCCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCACGGCCCCAGGGACTGCTATGGCTTCCTTTGTTGTTCACCCCGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCGTCATGTTAAACTCCAATGTCCTCCTGTGGTTAACTGCTCTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGCGTCATGTTAAACTCCAATGTCCTCCTGTGGTTAACTGCTCTTGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAAGTTCACCCTCATTGACAGCCAAGCACAGTATCCAGTTGTCAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCAAGTTCACCCTCATTGACAGCCAAGCACAGTATCCAGTTGTCAACACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AATTATGGCAAAATCCGGGGCCTAAGAACACCGTTACCCAATGAGATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AATTATGGCAAAATCCGGGGCCTAAGAACACCGTTACCCAATGAGATCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGTCCAGTGGAGCAGTACTTAGGGGTCCCCTATGCCTCACCCCCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGTCCAGTGGAGCAGTACTTAGGGGTCCCCTATGCCTCACCCCCCACTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GAGAGAGGCGGTTTCAGCCCCCAGAACCCCCGTCCTCCTGGACTGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GAGAGAGGCGGTTTCAGCCCCCAGAACCCCCGTCCTCCTGGACTGGCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGAAATACTACTCAGTTTGCTGCTGTGTGCCCCCAGCACCTGGATGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGAAATACTACTCAGTTTGCTGCTGTGTGCCCCCAGCACCTGGATGAGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ATCCTTACTGCATGACATGCTGCCCATCTGGTTTACCGCCAATTTGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ATCCTTACTGCATGACATGCTGCCCATCTGGTTTACCGCCAATTTGGATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTTTGATGACCTATGTTCAAGATCAAAATGAAGACTGCCTTTACTTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTTTGATGACCTATGTTCAAGATCAAAATGAAGACTGCCTTTACTTAAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATCTACGTGCCCACGGAAGATG         ATATTCATGATCAGAACAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100451 ATCTACGTGCCCACGGAAGATGGTG...CAGATATTCATGATCAGAACAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TAAGAAGCCCGTCATGGTCTATATCCATGGGGGATCTTACATGGAGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222054 TAAGAAGCCCGTCATGGTCTATATCCATGGGGGATCTTACATGGAGGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCGGCAACATGATTGACGGCAGCATTTTGGCAAGCTACGGAAACGTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222104 CCGGCAACATGATTGACGGCAGCATTTTGGCAAGCTACGGAAACGTCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GTGATCACCATTAACTACCGTCTGGGAATACTAG         GGTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 222154 GTGATCACCATTAACTACCGTCTGGGAATACTAGGTA...TAGGGTTTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AAGTACCGGTGACCAGGCAGCAAAAGGCAACTATGGGCTCCTGGATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 342235 AAGTACCGGTGACCAGGCAGCAAAAGGCAACTATGGGCTCCTGGATCAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TTCAAGCACTGCGGTGGATTGAGGAGAATGTGGGAGCCTTTGGCGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 342285 TTCAAGCACTGCGGTGGATTGAGGAGAATGTGGGAGCCTTTGGCGGGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CCCAAGAGAGTGACCATCTTTGGCTCGGGGGCTGGGGCCTCCTGTGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 342335 CCCAAGAGAGTGACCATCTTTGGCTCGGGGGCTGGGGCCTCCTGTGTCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CCTGTTGACCCTGTCCCACTACTCAGAAG         GTCTCTTCCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 342385 CCTGTTGACCCTGTCCCACTACTCAGAAGGTA...CAGGTCTCTTCCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AGGCCATCATTCAGAGCGGCACCGCCCTGTCCAGCTGGGCAGTGAACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 347613 AGGCCATCATTCAGAGCGGCACCGCCCTGTCCAGCTGGGCAGTGAACTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CAGCCGGCCAAGTACACTCGGATATTGGCAGACAAGGTCGGCTGCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 347663 CAGCCGGCCAAGTACACTCGGATATTGGCAGACAAGGTCGGCTGCAACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GCTGGACACCACGGACATGGTAGAATGCCTGCGGAACAAGAACTACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 347713 GCTGGACACCACGGACATGGTAGAATGCCTGCGGAACAAGAACTACAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AGCTCATCCAGCAGACCATCACCCCGGCCACCTACCACATAGCCTTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 347763 AGCTCATCCAGCAGACCATCACCCCGGCCACCTACCACATAGCCTTCGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CCGGTGATCGACGGCGACGTCATCCCAGACGACCCCCAGATCCTGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 347813 CCGGTGATCGACGGCGACGTCATCCCAGACGACCCCCAGATCCTGATGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GCAAGGCGAGTTCCTCAACTACGACATCATGCTGGGCGTCAACCAAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 347863 GCAAGGCGAGTTCCTCAACTACGACATCATGCTGGGCGTCAACCAAGGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AAGGCCTGAAGTTCGTGGACGGCATCGTGGATAACGAGGACGGTGTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 347913 AAGGCCTGAAGTTCGTGGACGGCATCGTGGATAACGAGGACGGTGTGACG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 CCCAACGACTTTGACTTCTCCGTGTCCAACTTCGTGGACAACCTTTACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 347963 CCCAACGACTTTGACTTCTCCGTGTCCAACTTCGTGGACAACCTTTACGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CTACCCTGAAGGGAAAGACACTTTGCGGGAGACTATCAAGTTCATGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 348013 CTACCCTGAAGGGAAAGACACTTTGCGGGAGACTATCAAGTTCATGTACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CAGACTGGGCCGATAAGGAAAACCCGGAGACGCGGCGGAAAACCCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 348063 CAGACTGGGCCGATAAGGAAAACCCGGAGACGCGGCGGAAAACCCTGGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GCTCTCTTTACTGACCACCAGTGGGTGGCCCCCGCCGTGGCCACCGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 348113 GCTCTCTTTACTGACCACCAGTGGGTGGCCCCCGCCGTGGCCACCGCCGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 CCTGCACGCGCAGTACGGCTCCCCCACCTACTTCTATGCCTTCTATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 348163 CCTGCACGCGCAGTACGGCTCCCCCACCTACTTCTATGCCTTCTATCATC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 ACTGCCAAAGCGAAATGAAGCCCAGCTGGGCAGATTCGGCCCATGGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 348213 ACTGCCAAAGCGAAATGAAGCCCAGCTGGGCAGATTCGGCCCATGGTGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 GAGGTCCCCTATGTCTTCGGCATCCCCATGATCGGTCCCACCGAGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 348263 GAGGTCCCCTATGTCTTCGGCATCCCCATGATCGGTCCCACCGAGCTCTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 CAGTTGTAACTTTTCCAAGAACGACGTCATGCTCAGCGCCGTGGTCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 348313 CAGTTGTAACTTTTCCAAGAACGACGTCATGCTCAGCGCCGTGGTCATGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 CCTACTGGACGAACTTCGCCAAAACTGG         TGATCCAAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 348363 CCTACTGGACGAACTTCGCCAAAACTGGGTA...CAGTGATCCAAATCAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 CCAGTTCCTCAGGATACCAAGTTCATTCACACAAAACCCAACCGCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 357814 CCAGTTCCTCAGGATACCAAGTTCATTCACACAAAACCCAACCGCTTTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 AGAAGTGGCCTGGTCCAAGTATAATCCCAAAGACCAGCTCTATCTGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 357864 AGAAGTGGCCTGGTCCAAGTATAATCCCAAAGACCAGCTCTATCTGCATA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 TTGGCTTGAAACCCAGAGTGAGAGATCACTACCGGGCAACGAAAGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 357914 TTGGCTTGAAACCCAGAGTGAGAGATCACTACCGGGCAACGAAAGTGGCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 TTCTGGTTGGAACTCGTTCCTCATTTGCACAACTTGAACGAGATATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 357964 TTCTGGTTGGAACTCGTTCCTCATTTGCACAACTTGAACGAGATATTCCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 GTATGTTTCAACAACCACAAAGGTTCCTCCACCAGACATGACATCATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358014 GTATGTTTCAACAACCACAAAGGTTCCTCCACCAGACATGACATCATTTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 CCTATGGCACCCGGCGATCTCCCGCCAAGATATGGCCAACCACCAAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358064 CCTATGGCACCCGGCGATCTCCCGCCAAGATATGGCCAACCACCAAACGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 CCAGCAATCACTCCTGCCAACAATCCCAAACACTCTAAGGACCCTCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358114 CCAGCAATCACTCCTGCCAACAATCCCAAACACTCTAAGGACCCTCACAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1965 AACAGGGCCTGAGGACACAACTGTCCTCATTGAAACCAAACGAGATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358164 AACAGGGCCTGAGGACACAACTGTCCTCATTGAAACCAAACGAGATTATT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2015 CCACCGAATTAAGTGTCACCATTGCCGTCGGGGCGTCGCTCCTCTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358214 CCACCGAATTAAGTGTCACCATTGCCGTCGGGGCGTCGCTCCTCTTCCTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2065 AACATCTTAGCTTTTGCGGCGCTGTACTACAAAAAGGACAAGAGGCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358264 AACATCTTAGCTTTTGCGGCGCTGTACTACAAAAAGGACAAGAGGCGCCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2115 TGAGACTCACAGGCGCCCCAGTCCCCAGAGAAACACCACAAATGATATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358314 TGAGACTCACAGGCGCCCCAGTCCCCAGAGAAACACCACAAATGATATCG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2165 CTCACATCCAGAACGAAGAGATCATGTCTCTGCAGATGAAGCAGCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358364 CTCACATCCAGAACGAAGAGATCATGTCTCTGCAGATGAAGCAGCTGGAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2215 CACGATCACGAGTGTGAGTCGCTGCAGGCACACGACACACTGAGGCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358414 CACGATCACGAGTGTGAGTCGCTGCAGGCACACGACACACTGAGGCTCAC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2265 CTGCCCGCCAGACTACACCCTCACGCTGCGCCGGTCGCCAGATGACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358464 CTGCCCGCCAGACTACACCCTCACGCTGCGCCGGTCGCCAGATGACATCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2315 CACTTATGACGCCAAACACCATCACCATGATTCCAAACACACTGACGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358514 CACTTATGACGCCAAACACCATCACCATGATTCCAAACACACTGACGGGG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2365 ATGCAGCCTTTGCACACTTTTAACACCTTCAGTGGAGGACAAAACAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358564 ATGCAGCCTTTGCACACTTTTAACACCTTCAGTGGAGGACAAAACAGTAC

   2450     .    :    .    :    .    :
   2415 AAATTTACCCCACGGACATTCCACCACTAGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358614 AAATTTACCCCACGGACATTCCACCACTAGAGTA