seq1 = pF1KSDA1253.tfa, 1359 bp
seq2 = pF1KSDA1253/gi568815592r_122345047.tfa (gi568815592r:122345047_122571737), 226691 bp

>pF1KSDA1253 1359
>gi568815592r:122345047_122571737 (Chr6)

(complement)

1-39  (100001-100039)   100% ->
40-201  (113057-113218)   100% ->
202-371  (115088-115257)   100% ->
372-451  (117508-117587)   100% ->
452-589  (117831-117968)   100% ->
590-759  (119681-119850)   100% ->
760-850  (119984-120074)   100% ->
851-995  (124473-124617)   100% ->
996-1226  (124734-124964)   100% ->
1227-1359  (126559-126691)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAGCGTCCTGGGGCTGTGCTCCATGGCGAGCTGG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100001 ATGGGGAGCGTCCTGGGGCTGTGCTCCATGGCGAGCTGGGTA...CAGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ACCATGTTTGTGTGGAAGTGCCCCGTGTTTGCTATGCCGATGCTGTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113059 ACCATGTTTGTGTGGAAGTGCCCCGTGTTTGCTATGCCGATGCTGTCCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGGAAACAACTCCACTGTAACTAGATTGATCTATGCACTTTTCTTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113109 GTGGAAACAACTCCACTGTAACTAGATTGATCTATGCACTTTTCTTGCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTTGGAGTATGTGTAGCTTGTGTAATGTTGATACCAGGAATGGAAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113159 GTTGGAGTATGTGTAGCTTGTGTAATGTTGATACCAGGAATGGAAGAACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACTGAATAAG         ATTCCTGGATTTTGTGAGAATGAGAAAGGTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 113209 ACTGAATAAGGTT...TAGATTCCTGGATTTTGTGAGAATGAGAAAGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGTCCCTTGTAACATTTTGGTTGGCTATAAAGCTGTATATCGTTTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115119 TTGTCCCTTGTAACATTTTGGTTGGCTATAAAGCTGTATATCGTTTGTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTGGTTTGGCTATGTTCTATCTTCTTCTCTCTTTACTAATGATCAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115169 TTTGGTTTGGCTATGTTCTATCTTCTTCTCTCTTTACTAATGATCAAAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAGAGTAGCAGTGATCCTAGAGCTGCAGTGCACAATGG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 115219 GAAGAGTAGCAGTGATCCTAGAGCTGCAGTGCACAATGGGTA...TAGAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTTGGTTCTTTAAATTTGCTGCAGCAATTGCAATTATTATTGGGGCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117510 TTTGGTTCTTTAAATTTGCTGCAGCAATTGCAATTATTATTGGGGCATTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTCATTCCAGAAGGAACTTTTACAACTG         TGTGGTTTTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 117560 TTCATTCCAGAAGGAACTTTTACAACTGGTA...CAGTGTGGTTTTATGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGGCATGGCAGGTGCCTTTTGTTTCATCCTCATACAACTAGTCTTACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117844 AGGCATGGCAGGTGCCTTTTGTTTCATCCTCATACAACTAGTCTTACTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGATTTTGCACATTCATGGAATGAATCGTGGGTTGAAAAAATGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117894 TTGATTTTGCACATTCATGGAATGAATCGTGGGTTGAAAAAATGGAAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGGAACTCGAGATGTTGGTATGCAG         CCTTGTTATCAGCTAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 117944 GGGAACTCGAGATGTTGGTATGCAGGTA...CAGCCTTGTTATCAGCTAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGCTCTGAATTATCTGCTGTCTTTAGTTGCTATCGTCCTGTTCTTTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119697 AGCTCTGAATTATCTGCTGTCTTTAGTTGCTATCGTCCTGTTCTTTGTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACTACACTCATCCAGCCAGTTGTTCAGAAAACAAGGCGTTCATCAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119747 ACTACACTCATCCAGCCAGTTGTTCAGAAAACAAGGCGTTCATCAGTGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AACATGCTCCTCTGCGTTGGTGCTTCTGTAATGTCTATACTGCCAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119797 AACATGCTCCTCTGCGTTGGTGCTTCTGTAATGTCTATACTGCCAAAAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCAA         GAATCACAACCAAGATCTGGTTTGTTACAGTCTTCAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119847 CCAAGTA...TAGGAATCACAACCAAGATCTGGTTTGTTACAGTCTTCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TAATTACAGTCTACACAATGTATTTGACATGGTCAGCTATGACCAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120021 TAATTACAGTCTACACAATGTATTTGACATGGTCAGCTATGACCAATGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCAG         AAACAAATTGCAACCCAAGTCTACTAAGCATAATTGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120071 CCAGGTG...CAGAAACAAATTGCAACCCAAGTCTACTAAGCATAATTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTACAATACAACAAGCACTGTCCCAAAGGAAGGGCAGTCAGTCCAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124510 CTACAATACAACAAGCACTGTCCCAAAGGAAGGGCAGTCAGTCCAGTGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GGCATGCTCAAGGAATTATAGGACTAATTCTCTTTTTGTTGTGTGTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124560 GGCATGCTCAAGGAATTATAGGACTAATTCTCTTTTTGTTGTGTGTATTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TATTCCAG         CATCCGTACTTCAAACAATAGTCAGGTTAATAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 124610 TATTCCAGGTA...CAGCATCCGTACTTCAAACAATAGTCAGGTTAATAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 ACTGACTCTAACAAGTGATGAATCTACATTAATAGAAGATGGTGGAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124767 ACTGACTCTAACAAGTGATGAATCTACATTAATAGAAGATGGTGGAGCTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GAAGTGATGGATCACTGGAGGATGGGGACGATGTTCACCGAGCTGTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124817 GAAGTGATGGATCACTGGAGGATGGGGACGATGTTCACCGAGCTGTAGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AATGAAAGGGATGGTGTCACTTACAGTTATTCCTTCTTTCACTTCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124867 AATGAAAGGGATGGTGTCACTTACAGTTATTCCTTCTTTCACTTCATGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TTTCCTGGCTTCACTTTATATCATGATGACCCTTACCAACTGGTACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 124917 TTTCCTGGCTTCACTTTATATCATGATGACCCTTACCAACTGGTACAGGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1227        GTATGAACCCTCTCGTGAGATGAAAAGTCAGTGGACAGCTGTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124967 A...TAGGTATGAACCCTCTCGTGAGATGAAAAGTCAGTGGACAGCTGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TGGGTGAAAATCTCTTCCAGTTGGATTGGCATCGTGCTGTATGTTTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126602 TGGGTGAAAATCTCTTCCAGTTGGATTGGCATCGTGCTGTATGTTTGGAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 ACTCGTGGCACCACTTGTTCTTACAAATCGTGATTTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126652 ACTCGTGGCACCACTTGTTCTTACAAATCGTGATTTTGAC