seq1 = pF1KSDA1242.tfa, 1479 bp
seq2 = pF1KSDA1242/gi568815579f_3422990.tfa (gi568815579f:3422990_3634833), 211844 bp

>pF1KSDA1242 1479
>gi568815579f:3422990_3634833 (Chr19)

1-69  (100001-100069)   100% ->
70-195  (102879-103004)   100% ->
196-259  (103131-103194)   100% ->
260-387  (103270-103397)   100% ->
388-470  (103991-104073)   100% ->
471-654  (104642-104825)   100% ->
655-720  (107803-107868)   100% ->
721-823  (108725-108827)   100% ->
824-1008  (108922-109106)   100% ->
1009-1242  (109428-109661)   100% ->
1243-1347  (110305-110409)   100% ->
1348-1440  (111432-111524)   100% ->
1441-1479  (111806-111844)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCAGGACTATGAGCGGCGCCTGCTTCGCCAGATCGTCATCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACCAGGACTATGAGCGGCGCCTGCTTCGCCAGATCGTCATCCAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAGAACACGATGCCACGC         GTCACAGAGATGCGGCGGACCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100051 TGAGAACACGATGCCACGCGTG...CAGGTCACAGAGATGCGGCGGACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGACGCCTGCCAGCTCCCCAGTGTCCTCGCCCAGCAAGCACGGAGACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102901 TGACGCCTGCCAGCTCCCCAGTGTCCTCGCCCAGCAAGCACGGAGACCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCATCCCCTCCAGAGCCGGAGCCAACTGGAGCGTGAACTTCCACAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102951 TTCATCCCCTCCAGAGCCGGAGCCAACTGGAGCGTGAACTTCCACAGGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAAC         GAGAATGAGAAGTCTCCCAGTCAGAACCGGAAAGCCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103001 TAACGTG...CAGGAGAATGAGAAGTCTCCCAGTCAGAACCGGAAAGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGACGCCACCTCAGACAACGGCAAAG         ACGGCCTGGCCTAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103168 AGGACGCCACCTCAGACAACGGCAAAGGTT...CAGACGGCCTGGCCTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TCTGCCCTGCTCAAGAATGAGCTGCTGGGTGCCGGCATCGAGAAGGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103284 TCTGCCCTGCTCAAGAATGAGCTGCTGGGTGCCGGCATCGAGAAGGTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGACCCGCAGACTGAGGACCGCAGGCTGCAGCCCTCCACGCCTGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103334 GGACCCGCAGACTGAGGACCGCAGGCTGCAGCCCTCCACGCCTGAGAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGGTCTGTTCACG         TATTCCCTTAGCACCAAGCGCTCCAGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103384 AGGGTCTGTTCACGGTA...CAGTATTCCCTTAGCACCAAGCGCTCCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCCGATGACGGCAACGATGTGTCTCCCTACTCCCTGTCTCCCGTCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104018 CCCGATGACGGCAACGATGTGTCTCCCTACTCCCTGTCTCCCGTCAGCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAAGAG         CCAGAAGCTGCTCCGGTCCCCCCGGAAACCCACCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104068 CAAGAGGTG...CAGCCAGAAGCTGCTCCGGTCCCCCCGGAAACCCACCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GCAAGATCTCCAAGATCCCCTTCAAGGTGCTGGACGCGCCCGAGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104677 GCAAGATCTCCAAGATCCCCTTCAAGGTGCTGGACGCGCCCGAGCTGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GACGACTTCTACCTCAATCTGGTGGACTGGTCGTCCCTCAATGTGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104727 GACGACTTCTACCTCAATCTGGTGGACTGGTCGTCCCTCAATGTGCTCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CGTGGGGCTAGGCACCTGCGTGTACCTGTGGAGTGCCTGTACCAGCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 104777 CGTGGGGCTAGGCACCTGCGTGTACCTGTGGAGTGCCTGTACCAGCCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    655         GTGACGCGGCTCTGTGACCTCTCAGTGGAAGGGGACTCAGTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104827 TG...CAGGTGACGCGGCTCTGTGACCTCTCAGTGGAAGGGGACTCAGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ACCTCCGTGGGCTGGTCTGAGCGG         GGGAACCTGGTGGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 107845 ACCTCCGTGGGCTGGTCTGAGCGGGTG...TAGGGGAACCTGGTGGCGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGGCACACACAAGGGCTTCGTGCAGATCTGGGACGCAGCCGCAGGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108742 GGGCACACACAAGGGCTTCGTGCAGATCTGGGACGCAGCCGCAGGGAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGCTGTCCATGTTGGAGGGCCACACGGCACGCGTCG         GGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 108792 AGCTGTCCATGTTGGAGGGCCACACGGCACGCGTCGGTG...CAGGGGCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CTGGCCTGGAATGCTGAGCAGCTGTCGTCCGGGAGCCGCGACCGCATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108927 CTGGCCTGGAATGCTGAGCAGCTGTCGTCCGGGAGCCGCGACCGCATGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCTGCAGAGGGACATCCGCACCCCGCCACTGCAGTCGGAGCGGCGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108977 CCTGCAGAGGGACATCCGCACCCCGCCACTGCAGTCGGAGCGGCGGCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGGGCCACCGGCAGGAGGTGTGCGGGCTCAAGTGGTCCACAGACCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109027 AGGGCCACCGGCAGGAGGTGTGCGGGCTCAAGTGGTCCACAGACCACCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTCCTCGCCTCGGGGGGCAACGACAACAAG         CTGCTGGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 109077 CTCCTCGCCTCGGGGGGCAACGACAACAAGGTA...CAGCTGCTGGTCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GAATCACTCGAGCCTGAGCCCCGTGCAGCAGTACACGGAGCACCTGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109439 GAATCACTCGAGCCTGAGCCCCGTGCAGCAGTACACGGAGCACCTGGCGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CCGTGAAGGCCATCGCCTGGTCCCCACATCAGCACGGGCTGCTGGCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109489 CCGTGAAGGCCATCGCCTGGTCCCCACATCAGCACGGGCTGCTGGCCTCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GGGGGCGGCACAGCTGACCGCTGTATCCGCTTCTGGAACACGCTGACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109539 GGGGGCGGCACAGCTGACCGCTGTATCCGCTTCTGGAACACGCTGACAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 ACAACCACTGCAGTGTATCGACACGGGCTCCCAAGTGTGCAATCTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109589 ACAACCACTGCAGTGTATCGACACGGGCTCCCAAGTGTGCAATCTGGCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GGTCCAAGCACGCCAACGAGCTG         GTGAGCACGCACGGCTAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 109639 GGTCCAAGCACGCCAACGAGCTGGTG...CAGGTGAGCACGCACGGCTAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TCACAGAACCAGATCCTTGTCTGGAAGTACCCCTCCCTGACCCAGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110323 TCACAGAACCAGATCCTTGTCTGGAAGTACCCCTCCCTGACCCAGGTGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CAAGCTGACCGGGCACTCCTACCGCGTGCTGTACCTG         GCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 110373 CAAGCTGACCGGGCACTCCTACCGCGTGCTGTACCTGGTG...CAGGCAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGTCCCCTGATGGGGAGGCCATCGTCACTGGTGCTGGAGACGAGACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111436 TGTCCCCTGATGGGGAGGCCATCGTCACTGGTGCTGGAGACGAGACCCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AGGTTCTGGAACGTCTTTAGCAAAACCCGTTCGACAAAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 111486 AGGTTCTGGAACGTCTTTAGCAAAACCCGTTCGACAAAGGTA...CAGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .
   1443 GTCTGTGTCTGTGCTCAACCTCTTCACCAGGATCCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111808 GTCTGTGTCTGTGCTCAACCTCTTCACCAGGATCCGG