seq1 = pF1KSDA1229.tfa, 1908 bp
seq2 = pF1KSDA1229/gi568815597r_86252858.tfa (gi568815597r:86252858_86487027), 234170 bp

>pF1KSDA1229 1908
>gi568815597r:86252858_86487027 (Chr1)

(complement)

1-113  (100001-100113)   100% ->
114-246  (101438-101570)   100% ->
247-372  (102227-102352)   100% ->
373-435  (103832-103894)   100% ->
436-507  (104026-104097)   100% ->
508-624  (104670-104786)   99% ->
625-810  (110610-110795)   100% ->
811-920  (114488-114597)   99% ->
921-1056  (115875-116010)   99% ->
1057-1143  (118306-118392)   100% ->
1144-1254  (126492-126602)   100% ->
1255-1359  (128137-128241)   100% ->
1360-1518  (130426-130584)   100% ->
1519-1604  (132169-132254)   100% ->
1605-1767  (132336-132498)   99% ->
1768-1893  (134044-134169)   99% ->
1894-1908  (134820-134834)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAAGGCTGTAAATGATGGAAGTCATTCAGAAGAACTCTTTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAAGGCTGTAAATGATGGAAGTCATTCAGAAGAACTCTTTTGCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTTAAAACTATATCAGAGAAAGAAGATTTACCACGGTGTACCAGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTTAAAACTATATCAGAGAAAGAAGATTTACCACGGTGTACCAGTGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTCATCTCAGCTG         CCTGAAGCAGGACATTCTAAATGAAAAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTCATCTCAGCTGGTA...TAGCCTGAAGCAGGACATTCTAAATGAAAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACTGAATTGGAAGCAACACTTAAGGAAGCGGAGTTGGTAACTCATTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101466 ACTGAATTGGAAGCAACACTTAAGGAAGCGGAGTTGGTAACTCATTCTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAATTGCTTTTGCCACTATTTAAGGACACCATTGAAAAGATTAATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101516 AGAATTGCTTTTGCCACTATTTAAGGACACCATTGAAAAGATTAATTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAAAT         GCGAATCTTTCTGCATTGAATTTGAAGATTTCTGAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101566 AAAATGTG...CAGGCGAATCTTTCTGCATTGAATTTGAAGATTTCTGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGAAGGAAATATTAATAAAAGAATTAGACACCTTCAAAAGTGTAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102263 CAGAAGGAAATATTAATAAAAGAATTAGACACCTTCAAAAGTGTAAAACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGCTTTAGAACATCTTCTTAGAAAGAGAGACTACAAACAA         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102313 AGCTTTAGAACATCTTCTTAGAAAGAGAGACTACAAACAAGTA...CAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAGGAGACAATTTATCCAGCATGTTGCTAGAAAATCTAACTGATAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103833 CAGGAGACAATTTATCCAGCATGTTGCTAGAAAATCTAACTGATAATGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGTGAAAATACT         AATCTTAAGAAGAAGGTATTTGAAAAGGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 103883 AGTGAAAATACTGTA...AAGAATCTTAAGAAGAAGGTATTTGAAAAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGCCCATATCCAAGAACTTTCTTGTTTGTTTCAGAGTGAAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 104055 GGCCCATATCCAAGAACTTTCTTGTTTGTTTCAGAGTGAAAAGGTA...C

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    508   GCAAATACTTTGAAAGCAAACCGTTTTTCCCAATCAGTAAAAGTAGTA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104668 AGGCAAATACTTTGAAAGCAAACCGTTTTTCCCAATCAGTAAAAGTAGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CATGAACGACTACAGATCCAAATTCATAAAAGGGAAGCTGAGAACGATAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 104718 CATGAACGACTACAGATCCAAATTCATAAAAGGGAAGCCGAGAACGATAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTTGAAAGAATATGTAAAG         AGCTTAGAAACCAAGATAGCCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 104768 GTTGAAAGAATATGTAAAGGTT...TAGAGCTTAGAAACCAAGATAGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGTGGAACCTGCAATCAAGAATGAATAAGAATGAGGCTATAGTGATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110632 AGTGGAACCTGCAATCAAGAATGAATAAGAATGAGGCTATAGTGATGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAAGCAAGTAGGCAAAAAACTGTAGCTTTAAAAAAGGCATCTAAAGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110682 GAAGCAAGTAGGCAAAAAACTGTAGCTTTAAAAAAGGCATCTAAAGTTTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CAAACAAAGGCTTGACCATTTTACAGGAGCTATTGAAAAGCTTACTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110732 CAAACAAAGGCTTGACCATTTTACAGGAGCTATTGAAAAGCTTACTTCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAATTAGAGATCAG         GAAGCCAAGTTGTCTGAAACAATTTCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 110782 AAATTAGAGATCAGGTA...TAGGAAGCCAAGTTGTCTGAAACAATTTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCTTCCAATGCCTGGAAAAGTCATTATGAGAAAATTGTAATAGAAAAAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 114515 GCTTCCAATGCCTGGAAAAGTCATTATGAGAAAATTGTGATAGAAAAAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CGAATTGGAAGTACAGATTGAAACAATGAAAAA         GCAAATCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 114565 CGAATTGGAAGTACAGATTGAAACAATGAAAAAGTA...AAGGCAAATCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTAATCTTTTGGAAGATCTGAAGAAAATGGAAGACCATGGAAAAAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115883 TTAATCTTTTGGAAGATCTGAAGAAAATGGAAGACCATGGAAAAAATTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TGTGAAGAAATTCTTAGAAAAGTTCACTCAATTGAACATGAAAATGAAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 115933 TGTGAAGAAATTCTTAGAAAAGTTCACTCAATTGAATATGAAAATGAAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TCTGAATCTTGAGAATACAAAATTAAAG         CTTAGATTCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 115983 TCTGAATCTTGAGAATACAAAATTAAAGGTA...TAGCTTAGATTCCCAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GTAGAATTACTGAGTCAAAGAATATGAACATTTTGATTGTTCTTGATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118319 GTAGAATTACTGAGTCAAAGAATATGAACATTTTGATTGTTCTTGATATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CTTTGCTACATTTCTTCTGAAAAG         ACTACACTTGCTGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 118369 CTTTGCTACATTTCTTCTGAAAAGGTA...TAGACTACACTTGCTGCTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GAAGGATGAAGTTGTATCTGTTGAAAATGAACTCTCAGAATTGCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126509 GAAGGATGAAGTTGTATCTGTTGAAAATGAACTCTCAGAATTGCAAGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TAGAAAAAAAACAGAAAACCCTTATTGAAATGTATAAAACTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 126559 TAGAAAAAAAACAGAAAACCCTTATTGAAATGTATAAAACTCAGGTG...

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1255    GTACAAAAGTTGCAAGAAGCAGCTGAAATAGTAAAAAGCAGATGTGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128134 CAGGTACAAAAGTTGCAAGAAGCAGCTGAAATAGTAAAAAGCAGATGTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 AAATTTGCTACATAAAAATAACCAAATAACAAAAACCAAAAATAAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128184 AAATTTGCTACATAAAAATAACCAAATAACAAAAACCAAAAATAAAAATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TAGAGAAG         ATGAGAGGCCAGATGGAGTCTCATCTGAAGGAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 128234 TAGAGAAGGTA...CAGATGAGAGGCCAGATGGAGTCTCATCTGAAGGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 TTAGAGCGTGTCTGCGATTCCTTGACGGCGGCGGAACGGAGGCTTCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130459 TTAGAGCGTGTCTGCGATTCCTTGACGGCGGCGGAACGGAGGCTTCACGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GTGTCAGGAGAGTCTGCAGTGCTGCAAGGGGAAGTGTGCAGACCAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130509 GTGTCAGGAGAGTCTGCAGTGCTGCAAGGGGAAGTGTGCAGACCAGGAAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 ACACCATTAGGGAGCTTCAGGGCCAG         GTTGATGGAAATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 130559 ACACCATTAGGGAGCTTCAGGGCCAGGTG...TAGGTTGATGGAAATCAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 AATCTTCTGACAAAGCTTTCTCTGGAAGAGGAAAACTGTCTTATTCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132184 AATCTTCTGACAAAGCTTTCTCTGGAAGAGGAAAACTGTCTTATTCAGCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GAAGTGTGAAAACCTTCAACA         AAAATTAGAACAGATGGACG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 132234 GAAGTGTGAAAACCTTCAACAGTA...AAGAAAATTAGAACAGATGGACG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CAGAAAATAAAGAGCTTGAGAAGAAGCTGGCAAACCAAGAAGAATGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132356 CAGAAAATAAAGAGCTTGAGAAGAAGCTGGCAAACCAAGAAGAATGTCTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 AAGCACAGCAATCTTAAGTTTAAAGAGAAATCTGCAGAATATACAGCATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 132406 AAGCACAGCAATCTTAAGTTTAAAGAGAAATCTGCAGAGTATACAGCATT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GGCCAGACAACTGGAAGCTGCTTTAGAAGAAGGAAGACAAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 132456 GGCCAGACAACTGGAAGCTGCTTTAGAAGAAGGAAGACAAAAGGTA...C

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1768   GTTGCTGAAGAAATAGAGAAAATGTCATCTAGAGAGAGTGCTTTACAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134042 AGGTTGCTGAAGAAATAGAGAAAATGTCATCTAGAGAGAGTGCTTTACAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 ATTAAAATATTAGATCTGGAAACTGAGCTTAGAAAGAAAAATGAAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 134092 ATTAAAATATTAGATCTGGAAACTGAGCTTAGAAAGAAAAATGAAGAACA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 AAATCAACTTGTTTGCAAAATGAACAGT         GATCCAGAGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 134142 AAATCAACTTGTTTGCAAAATGAACAGTGTA...CAGGATCCAGAGACTC

   2050 
   1907 CA
        ||
 134833 CA