seq1 = pF1KSDA1152.tfa, 1053 bp
seq2 = pF1KSDA1152/gi568815584f_76054364.tfa (gi568815584f:76054364_76273694), 219331 bp

>pF1KSDA1152 1053
>gi568815584f:76054364_76273694 (Chr14)

1-662  (100001-100662)   100% ->
663-727  (112300-112364)   100% ->
728-904  (117480-117656)   100% ->
905-1053  (119183-119331)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGAGCTGGTACACGACTTAGCCTCAGCCTTGGAGCAGACATCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGAGCTGGTACACGACTTAGCCTCAGCCTTGGAGCAGACATCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGAATAAGCTTGGTGAACTGTGGGAGGAGATGGCGCTGAGCCCCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGAATAAGCTTGGTGAACTGTGGGAGGAGATGGCGCTGAGCCCCCGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCAGAGGCGGCAGCTTCGGAAACGCCGAGGTCGGAAGCGTCGTTCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCAGAGGCGGCAGCTTCGGAAACGCCGAGGTCGGAAGCGTCGTTCTGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCACTCACCTGGCAGAGCATACCTGCTGCTACAGCGAGGCCTCTGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCACTCACCTGGCAGAGCATACCTGCTGCTACAGCGAGGCCTCTGAGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AAGTCTGGATGAGGCCACTAAGGACTGTCGAGAAGTGGCTCCGGTGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AAGTCTGGATGAGGCCACTAAGGACTGTCGAGAAGTGGCTCCGGTGACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATTTTAGTGACTCTGATGACACAATGGTAGCCAAACGACACCCAGCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATTTTAGTGACTCTGATGACACAATGGTAGCCAAACGACACCCAGCTCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AATGCCATTGTCAAGAGTAAGCAACATTCTTGGCATGAATCTGACTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AATGCCATTGTCAAGAGTAAGCAACATTCTTGGCATGAATCTGACTCCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TACTGAAAATGCACCTTGTCGACCACTCAGGCGCAGGCGGAAGGTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TACTGAAAATGCACCTTGTCGACCACTCAGGCGCAGGCGGAAGGTGAAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GAGTGACATCAGAGGTGGCTGCTAGCCTTCAGCAGAAGCTGAAGGTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GAGTGACATCAGAGGTGGCTGCTAGCCTTCAGCAGAAGCTGAAGGTGTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GATTGGAGCTATGAGAGAGGCTGCAGGTTCAAGTCTGCTAAGAAGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GATTGGAGCTATGAGAGAGGCTGCAGGTTCAAGTCTGCTAAGAAGCAGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCTGTCCCGCTGGAAGGAGAATACTCCCTGGACCTCATCAGGCCACGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCTGTCCCGCTGGAAGGAGAATACTCCCTGGACCTCATCAGGCCACGGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGTGTGAATCAGCAGAAAATAGGACTTTCCTAAGCAAAACAGGAAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGTGTGAATCAGCAGAAAATAGGACTTTCCTAAGCAAAACAGGAAGGAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAAAGGATGGAGTGTGAAACAGATGAACAAAAACAGGGCTCTGATGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GAAAGGATGGAGTGTGAAACAGATGAACAAAAACAGGGCTCTGATGAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CATGTCAGAATG         TGAAACCAGCAGTGTGTGTAGCAGCAGTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CATGTCAGAATGGTG...CAGTGAAACCAGCAGTGTGTGTAGCAGCAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ACACTGGGCTCTTTACCAATGATGAAGGGCGACAAG         GTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 112329 ACACTGGGCTCTTTACCAATGATGAAGGGCGACAAGGTA...TAGGTGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GACGAACAGAGTGATTGGTTCTATGAAGGAGAATGTGTCCCAGGATTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117485 GACGAACAGAGTGATTGGTTCTATGAAGGAGAATGTGTCCCAGGATTCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TGTCCCTAATCTTCTGCCCAAGTGGGCTCCTGATCATTGTTCTGAAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117535 TGTCCCTAATCTTCTGCCCAAGTGGGCTCCTGATCATTGTTCTGAAGTAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AAAGAATGGATTCTGGATTGGATAAATTTTCAGATTCCACATTCCTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117585 AAAGAATGGATTCTGGATTGGATAAATTTTCAGATTCCACATTCCTTTTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CCTTCTCGGCCAGCTCAAAGAG         GGTACCATACTCGCTTGAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 117635 CCTTCTCGGCCAGCTCAAAGAGGTG...TAGGGTACCATACTCGCTTGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TCGTCTACCTGGAGCTGCAGCTCGATGCCTCAGAAAGGGGCGAAGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119202 TCGTCTACCTGGAGCTGCAGCTCGATGCCTCAGAAAGGGGCGAAGAAGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TGGTTGGGAAGGTGATACCTCTCACAGTTAGCTTGGCTCAGTGGGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119252 TGGTTGGGAAGGTGATACCTCTCACAGTTAGCTTGGCTCAGTGGGGAGAT

   1050     .    :    .    :    .    :
   1024 AATATTCCCTATGGGAGTTGTGTATCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 119302 AATATTCCCTATGGGAGTTGTGTATCCTAT