seq1 = pF1KSDA1142.tfa, 1314 bp
seq2 = pF1KSDA1142/gi568815579f_39069554.tfa (gi568815579f:39069554_39278576), 209023 bp

>pF1KSDA1142 1314
>gi568815579f:39069554_39278576 (Chr19)

1-204  (100001-100204)   100% ->
205-639  (104023-104457)   100% ->
640-773  (105378-105511)   100% ->
774-900  (105759-105885)   100% ->
901-1026  (107037-107162)   100% ->
1027-1161  (108122-108256)   100% ->
1162-1314  (108871-109023)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTTGGGAAGAGGAAGAAGCGGGTGGAGATCTCCGCGCCGTCCAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTTGGGAAGAGGAAGAAGCGGGTGGAGATCTCCGCGCCGTCCAACTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAGCACCGCGTGCACACGGGCTTCGACCAGCACGAGCAGAAGTTCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGAGCACCGCGTGCACACGGGCTTCGACCAGCACGAGCAGAAGTTCACGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCTGCCCCGCCAGTGGCAGAGCCTGATCGAGGAGTCGGCTCGCCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCTGCCCCGCCAGTGGCAGAGCCTGATCGAGGAGTCGGCTCGCCGGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGCCCCTCGTCGACCCCGCCTGCATCACCTCCATCCAGCCCGGGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGCCCCTCGTCGACCCCGCCTGCATCACCTCCATCCAGCCCGGGGCCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAAG         GGGGAGCCTCATGACGTGGCCCCTAACGGGCCATCAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAAGGTA...CAGGGGGAGCCTCATGACGTGGCCCCTAACGGGCCATCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGGGGGGCCTGGCCATCCCCCAGTCCTCCTCCTCCTCCTCCCGGCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104060 CGGGGGGCCTGGCCATCCCCCAGTCCTCCTCCTCCTCCTCCCGGCCTCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACCCGAGCCCGAGGTGCCCCCAGCCCTGGAGTGCTGGGACCCCACGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104110 ACCCGAGCCCGAGGTGCCCCCAGCCCTGGAGTGCTGGGACCCCACGCCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGAGCCCCAGCTGGCCCCTCCAGCCTGCACCCCCGCCGCCCCTGCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104160 AGAGCCCCAGCTGGCCCCTCCAGCCTGCACCCCCGCCGCCCCTGCTGTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTGGGCCCCCTGGCCCCCGCTCACCACAGCGGGAGCCACAGCGAGTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104210 CTGGGCCCCCTGGCCCCCGCTCACCACAGCGGGAGCCACAGCGAGTATCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CATGAGCAGTTCCGGGCTGCCCTGCAGCTGGTGGTGGACCCAGGCGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104260 CATGAGCAGTTCCGGGCTGCCCTGCAGCTGGTGGTGGACCCAGGCGACCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCGCTCCTACCTGGACAACTTCATCAAGATTGGCGAGGGCTCCACGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104310 CCGCTCCTACCTGGACAACTTCATCAAGATTGGCGAGGGCTCCACGGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCGTGTGCATCGCCACCGTGCGCAGCTCGGGCAAGCTGGTGGCCGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104360 TCGTGTGCATCGCCACCGTGCGCAGCTCGGGCAAGCTGGTGGCCGTCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AAGATGGACCTGCGCAAGCAGCAGAGGCGCGAGCTGCTCTTCAACGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104410 AAGATGGACCTGCGCAAGCAGCAGAGGCGCGAGCTGCTCTTCAACGAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    640        GTGGTAATCATGAGGGACTACCAGCACGAGAATGTGGTGGAGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104460 G...CAGGTGGTAATCATGAGGGACTACCAGCACGAGAATGTGGTGGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TGTACAACAGCTACCTGGTGGGGGACGAGCTCTGGGTGGTCATGGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105421 TGTACAACAGCTACCTGGTGGGGGACGAGCTCTGGGTGGTCATGGAGTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CTGGAAGGAGGCGCCCTCACCGACATCGTCACCCACACCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 105471 CTGGAAGGAGGCGCCCTCACCGACATCGTCACCCACACCAGGTA...CAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GATGAACGAGGAGCAGATCGCGGCCGTGTGCCTTGCAGTGCTGCAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105759 GATGAACGAGGAGCAGATCGCGGCCGTGTGCCTTGCAGTGCTGCAGGCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TGTCGGTGCTCCACGCCCAGGGCGTCATCCACCGGGACATCAAGAGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105809 TGTCGGTGCTCCACGCCCAGGGCGTCATCCACCGGGACATCAAGAGCGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TCGATCCTGCTGACCCATGATGGCAGG         GTGAAGCTGTCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 105859 TCGATCCTGCTGACCCATGATGGCAGGGTG...CAGGTGAAGCTGTCAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CTTTGGGTTCTGCGCCCAGGTGAGCAAGGAAGTGCCCCGAAGGAAGTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107051 CTTTGGGTTCTGCGCCCAGGTGAGCAAGGAAGTGCCCCGAAGGAAGTCGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TGGTCGGCACGCCCTACTGGATGGCCCCAGAGCTCATCTCCCGCCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107101 TGGTCGGCACGCCCTACTGGATGGCCCCAGAGCTCATCTCCCGCCTTCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TACGGGCCAGAG         GTAGACATCTGGTCGCTGGGGATAATGGT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 107151 TACGGGCCAGAGGTG...CAGGTAGACATCTGGTCGCTGGGGATAATGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GATTGAGATGGTGGACGGAGAGCCCCCCTACTTCAACGAGCCACCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108151 GATTGAGATGGTGGACGGAGAGCCCCCCTACTTCAACGAGCCACCCCTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AAGCCATGAAGATGATTCGGGACAACCTGCCACCCCGACTGAAGAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108201 AAGCCATGAAGATGATTCGGGACAACCTGCCACCCCGACTGAAGAACCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CACAAG         GTGTCGCCATCCCTGAAGGGCTTCCTGGACCGCCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108251 CACAAGGTA...CAGGTGTCGCCATCCCTGAAGGGCTTCCTGGACCGCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GCTGGTGCGAGACCCTGCCCAGCGGGCCACGGCAGCCGAGCTGCTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108906 GCTGGTGCGAGACCCTGCCCAGCGGGCCACGGCAGCCGAGCTGCTGAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 ACCCATTCCTGGCCAAGGCAGGGCCGCCTGCCAGCATCGTGCCCCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108956 ACCCATTCCTGGCCAAGGCAGGGCCGCCTGCCAGCATCGTGCCCCTCATG

   1350     .    :    .
   1297 CGCCAGAACCGCACCAGA
        ||||||||||||||||||
 109006 CGCCAGAACCGCACCAGA