seq1 = pF1KSDA1100.tfa, 1296 bp
seq2 = pF1KSDA1100/gi568815593r_176429031.tfa (gi568815593r:176429031_176632472), 203442 bp

>pF1KSDA1100 1296
>gi568815593r:176429031_176632472 (Chr5)

(complement)

1-107  (100001-100107)   100% ->
108-297  (100280-100469)   100% ->
298-465  (100843-101010)   100% ->
466-639  (101452-101625)   100% ->
640-801  (101730-101891)   100% ->
802-926  (102267-102391)   100% ->
927-1014  (102655-102742)   100% ->
1015-1136  (102829-102950)   100% ->
1137-1236  (103086-103185)   100% ->
1237-1296  (103383-103442)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGACCATGGGCTCTGGCAGTGACTAGGTGGCCACCCTCCGCCCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGACCATGGGCTCTGGCAGTGACTAGGTGGCCACCCTCCGCCCCCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCCAGCGGCGATTCTCTGCGGGACCTGGCAGCACCCCGGGCCAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGCCAGCGGCGATTCTCTGCGGGACCTGGCAGCACCCCGGGCCAGCTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGGAAG         CCCTGGCCTCGAGGGCCCCCTGGCCAGCCCGCCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGGAAGGTA...CAGCCCTGGCCTCGAGGGCCCCCTGGCCAGCCCGCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCCGGGATGAGCGCTTACCCTCCCAGCAGCCGCCGTCCCGACCTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100314 GCCCGGGATGAGCGCTTACCCTCCCAGCAGCCGCCGTCCCGACCTCCACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTCCCCGTAGAGGAGCGCCGAGCCTCGGCTCCTGCCGGCGGGAGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100364 CCTCCCCGTAGAGGAGCGCCGAGCCTCGGCTCCTGCCGGCGGGAGCCCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAATGCTGCACCCAGCCACCCAGCAGAGCCCGTTCATGGTTGATCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100414 GAATGCTGCACCCAGCCACCCAGCAGAGCCCGTTCATGGTTGATCTCCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGCAG         GTGCACCAGGGACCTGTCCCTCTGTCCTACACGGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100464 GAGCAGGTA...CAGGTGCACCAGGGACCTGTCCCTCTGTCCTACACGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACCACAGTGACGACCCAAGGCTTCCCCTTGCCTACAGGCCAGCACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100878 CACCACAGTGACGACCCAAGGCTTCCCCTTGCCTACAGGCCAGCACATCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGGCTGCAGTGCCCAGCAGCTCCCAGCATGCTCCGTGATGTTCAGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100928 CTGGCTGCAGTGCCCAGCAGCTCCCAGCATGCTCCGTGATGTTCAGTGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGCATTACCCCCTCTGCTGCCTCCCGCCCCCG         CTTATCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100978 CAGCATTACCCCCTCTGCTGCCTCCCGCCCCCGGTG...CAGCTTATCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGCGTGCACCATGCAGCAGCTGCCTGTGCCCTATCAGGCCTACCCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101460 GGCGTGCACCATGCAGCAGCTGCCTGTGCCCTATCAGGCCTACCCCCACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCATCTCCAGTGACCACTACATCCTGCACCCCCCACCACCGGCCCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101510 TCATCTCCAGTGACCACTACATCCTGCACCCCCCACCACCGGCCCCACCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCCCAGCCCACCCACATGGCGCCCCTGGGGCAGTTTGTGTCTCTGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101560 CCCCAGCCCACCCACATGGCGCCCCTGGGGCAGTTTGTGTCTCTGCAGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCAGCACCCTCGGATG         CCCCTCCAGCGGCTCGACAACGACG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 101610 CCAGCACCCTCGGATGGTG...CAGCCCCTCCAGCGGCTCGACAACGACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGGACCTGCGTGGGGACCAGCCCTCCCTGGGCAGCTTCACCTACTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101755 TGGACCTGCGTGGGGACCAGCCCTCCCTGGGCAGCTTCACCTACTCCACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TCTGCGCCTGGCCCAGCCCTTTCCCCGTCGGTGCCCCTGCACTACCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101805 TCTGCGCCTGGCCCAGCCCTTTCCCCGTCGGTGCCCCTGCACTACCTGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCACGATCCGCTGCACCAGGAGCTGTCCTTTGGTGTG         CCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 101855 CCACGATCCGCTGCACCAGGAGCTGTCCTTTGGTGTGGTG...CAGCCAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATTCTCACATGATGCCACGGAGACTGAGCACCCAGAGATACCGCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102271 ATTCTCACATGATGCCACGGAGACTGAGCACCCAGAGATACCGCCTGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CAGCCACTGCCCCCGCCGCCCCCACCCCCACCCCCACCACCCTACTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102321 CAGCCACTGCCCCCGCCGCCCCCACCCCCACCCCCACCACCCTACTACCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CAGCTTCCTGCCCTACTTCCT         CTCGATGCTGCCAATGTCAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102371 CAGCTTCCTGCCCTACTTCCTGTA...TAGCTCGATGCTGCCAATGTCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CAACAGCAATGGGGCCCACCATCAGCCTGGACCTGGACGTGGATGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102675 CAACAGCAATGGGGCCCACCATCAGCCTGGACCTGGACGTGGATGATGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAGATGGAGAACTATGAG         GCCCTCCTGAACCTGGCCGAGCG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102725 GAGATGGAGAACTATGAGGTC...CAGGCCCTCCTGAACCTGGCCGAGCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCTGGGAGATGCCAAGCCCCGGGGTCTCACCAAAGCAGACATAGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102852 GCTGGGAGATGCCAAGCCCCGGGGTCTCACCAAAGCAGACATAGAGCAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TCCCGTCGTACCGCTTTAACCCGGACAGCCATCAGTCGGAGCAGACGCT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102902 TCCCGTCGTACCGCTTTAACCCGGACAGCCATCAGTCGGAGCAGACGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1137         GTGTGTGGTCTGCTTCAGTGACTTCGAGGCGCGGCAGCTGCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102952 TG...CAGGTGTGTGGTCTGCTTCAGTGACTTCGAGGCGCGGCAGCTGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCGAGTCCTCCCCTGCAACCATGAGTTCCACACCAAGTGTGTTGACAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103128 CCGAGTCCTCCCCTGCAACCATGAGTTCCACACCAAGTGTGTTGACAAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GGTTGAAG         GCCAACCGGACGTGTCCCATCTGCCGGGCCGAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 103178 GGTTGAAGGTA...CAGGCCAACCGGACGTGTCCCATCTGCCGGGCCGAC

   1350     .    :    .    :    .
   1270 GCCTCCGAGGTGCCCAGGGAGGCTGAG
        |||||||||||||||||||||||||||
 103416 GCCTCCGAGGTGCCCAGGGAGGCTGAG