seq1 = pF1KSDA1083.tfa, 1752 bp
seq2 = pF1KSDA1083/gi568815596f_31963832.tfa (gi568815596f:31963832_32254493), 290662 bp

>pF1KSDA1083 1752
>gi568815596f:31963832_32254493 (Chr2)

1-415  (100001-100415)   100% ->
416-502  (123661-123747)   100% ->
503-586  (125691-125774)   100% ->
587-774  (150807-150994)   100% ->
775-908  (151871-152004)   100% ->
909-1002  (152288-152381)   100% ->
1003-1077  (163117-163191)   100% ->
1078-1149  (164577-164648)   100% ->
1150-1225  (172732-172807)   100% ->
1226-1317  (173046-173137)   100% ->
1318-1397  (173278-173357)   100% ->
1398-1440  (178073-178115)   100% ->
1441-1520  (179505-179584)   100% ->
1521-1591  (181106-181176)   100% ->
1592-1632  (183387-183427)   100% ->
1633-1752  (190543-190662)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATTCTCCGGGTGGACGAGGGAAGAAGAAAGGCTCCGGCGGCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATTCTCCGGGTGGACGAGGGAAGAAGAAAGGCTCCGGCGGCGCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAACCCGGTGCCTCCCAGGCCTCCGCCCCCTTGCCTGGCCCCCGCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAACCCGGTGCCTCCCAGGCCTCCGCCCCCTTGCCTGGCCCCCGCCCCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGCCGCCGGGCCGGCCCCTCCGCCCGAGTCGCCGCATAAGCGGAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGCCGCCGGGCCGGCCCCTCCGCCCGAGTCGCCGCATAAGCGGAACCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TACTATTTCTCCTACCCGCTGTTTGTAGGCTTCGCGCTGCTGCGTTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TACTATTTCTCCTACCCGCTGTTTGTAGGCTTCGCGCTGCTGCGTTTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGCCTTCCACCTGGGGCTCCTCTTCGTGTGGCTCTGCCAGCGCTTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGCCTTCCACCTGGGGCTCCTCTTCGTGTGGCTCTGCCAGCGCTTCTCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCGCCCTCATGGCAGCCAAGAGGAGCTCCGGGGCCGCGCCAGCACCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCGCCCTCATGGCAGCCAAGAGGAGCTCCGGGGCCGCGCCAGCACCTGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCGGCCTCGGCCCCGGCGCCGGTGCCGGGCGGCGAGGCCGAGCGCGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCGGCCTCGGCCCCGGCGCCGGTGCCGGGCGGCGAGGCCGAGCGCGTCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGTCTTCCACAAACAGGCCTTCGAGTACATCTCCATTGCCCTGCGCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGTCTTCCACAAACAGGCCTTCGAGTACATCTCCATTGCCCTGCGCATCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATGAGGATGAGAAAG         CAGGACAGAAGGAGCAAGCTGTGGAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATGAGGATGAGAAAGGTA...AAGCAGGACAGAAGGAGCAAGCTGTGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TGGTATAAGAAAGGTATTGAAGAACTGGAAAAAGGAATAGCTGTTATAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123687 TGGTATAAGAAAGGTATTGAAGAACTGGAAAAAGGAATAGCTGTTATAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TACAGGACAAG         GTGAACAGTGTGAAAGAGCTAGACGCCTTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 123737 TACAGGACAAGGTA...CAGGTGAACAGTGTGAAAGAGCTAGACGCCTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AAGCTAAAATGATGACTAATTTGGTTATGGCCAAGGACCGCTTACAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125721 AAGCTAAAATGATGACTAATTTGGTTATGGCCAAGGACCGCTTACAACTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTAG         AAAGTGGAGCTGTTCCAAAAAGAAAAGACCCCTTAAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125771 CTAGGTA...CAGAAAGTGGAGCTGTTCCAAAAAGAAAAGACCCCTTAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ACACACTAGTAATTCACTGCCTCGTTCAAAAACAGTTATGAAAACTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150844 ACACACTAGTAATTCACTGCCTCGTTCAAAAACAGTTATGAAAACTGGAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CTGCAGGCCTTTCAGGCCACCATAGAGCACCTAGTTACAGTGGTTTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150894 CTGCAGGCCTTTCAGGCCACCATAGAGCACCTAGTTACAGTGGTTTATCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ATGGTTTCTGGAGTGAAACAGGGATCTGGTCCTGCTCCTACCACTCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150944 ATGGTTTCTGGAGTGAAACAGGGATCTGGTCCTGCTCCTACCACTCATAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 G         GGTACTCCGAAAACAAATAGGACAAATAAACCTTCTACCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150994 GGTA...AAGGGTACTCCGAAAACAAATAGGACAAATAAACCTTCTACCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTACAACTGCTACTCGTAAGAAAAAAGACTTGAAGAATTTTAGGAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151911 CTACAACTGCTACTCGTAAGAAAAAAGACTTGAAGAATTTTAGGAATGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GACAGCAACCTTGCTAACCTTATAATGAATGAAATTGTGGACAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 151961 GACAGCAACCTTGCTAACCTTATAATGAATGAAATTGTGGACAAGTA...

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    909    TGGAACAGCTGTTAAATTTGATGATATAGCTGGTCAAGACTTGGCAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152285 TAGTGGAACAGCTGTTAAATTTGATGATATAGCTGGTCAAGACTTGGCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AACAAGCATTGCAAGAAATTGTTATTCTTCCTTCTCTGAGGCCTGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 152335 AACAAGCATTGCAAGAAATTGTTATTCTTCCTTCTCTGAGGCCTGAGGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1003       TTGTTCACAGGGCTTAGAGCTCCTGCCAGAGGGCTGTTACTCTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152385 ...TAGTTGTTCACAGGGCTTAGAGCTCCTGCCAGAGGGCTGTTACTCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGGTCCACCTGGGAATGGGAAGACAATGCTG         GCTAAAGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 163161 TGGTCCACCTGGGAATGGGAAGACAATGCTGGTA...AAGGCTAAAGCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TAGCTGCAGAATCGAATGCAACCTTCTTTAATATAAGTGCTGCAAGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164587 TAGCTGCAGAATCGAATGCAACCTTCTTTAATATAAGTGCTGCAAGTTTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ACTTCAAAATAC         GTGGGAGAAGGAGAGAAATTGGTGAGGGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 164637 ACTTCAAAATACGTG...TAGGTGGGAGAAGGAGAGAAATTGGTGAGGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TCTTTTTGCTGTGGCTCGAGAACTTCAACCTTCTATAATTTTTATAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 172761 TCTTTTTGCTGTGGCTCGAGAACTTCAACCTTCTATAATTTTTATAGGTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1226       ATGAAGTTGATAGCCTTTTGTGTGAAAGAAGAGAAGGGGAGCAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172811 ...TAGATGAAGTTGATAGCCTTTTGTGTGAAAGAAGAGAAGGGGAGCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GATGCTAGTAGACGCCTAAAAACTGAATTTCTAATAGAATTTGATGGT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 173090 GATGCTAGTAGACGCCTAAAAACTGAATTTCTAATAGAATTTGATGGTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1318        GTACAGTCTGCTGGAGATGACAGAGTACTTGTAATGGGTGCAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173140 A...TAGGTACAGTCTGCTGGAGATGACAGAGTACTTGTAATGGGTGCAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CTAATAGGCCACAAGAGCTTGATGAGGCTGTTCTCAG         GCGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 173321 CTAATAGGCCACAAGAGCTTGATGAGGCTGTTCTCAGGTA...TAGGCGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TTCATCAAACGGGTATATGTGTCTTTACCAAATGAGGAG         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 178077 TTCATCAAACGGGTATATGTGTCTTTACCAAATGAGGAGGTA...CAGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 AAGACTACTTTTGCTTAAAAATCTGTTATGTAAACAAGGAAGTCCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179507 AAGACTACTTTTGCTTAAAAATCTGTTATGTAAACAAGGAAGTCCATTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CCCAAAAAGAACTAGCACAACTTGCTAG         AATGACTGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 179557 CCCAAAAAGAACTAGCACAACTTGCTAGGTG...CAGAATGACTGATGGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TACTCAGGAAGTGACCTAACAGCTTTGGCAAAAGATGCAGCACTGGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181119 TACTCAGGAAGTGACCTAACAGCTTTGGCAAAAGATGCAGCACTGGGTCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TATCCGAG         AACTAAAACCAGAACAGGTGAAGAATATGTCTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 181169 TATCCGAGGTA...CAGAACTAAAACCAGAACAGGTGAAGAATATGTCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CCAGTGAG         ATGAGAAATATTCGATTATCTGACTTCACTGAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 183420 CCAGTGAGGTA...TAGATGAGAAATATTCGATTATCTGACTTCACTGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 TCCTTGAAAAAAATAAAACGCAGCGTCAGCCCTCAAACTTTAGAAGCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190576 TCCTTGAAAAAAATAAAACGCAGCGTCAGCCCTCAAACTTTAGAAGCGTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .
   1716 CATACGTTGGAACAAGGACTTTGGAGATACCACTGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190626 CATACGTTGGAACAAGGACTTTGGAGATACCACTGTT