seq1 = pF1KSDA1072.tfa, 2271 bp
seq2 = pF1KSDA1072/gi568815581f_58655998.tfa (gi568815581f:58655998_59081028), 425031 bp

>pF1KSDA1072 2271
>gi568815581f:58655998_59081028 (Chr17)

1-470  (100001-100464)   98% ->
471-589  (299652-299770)   100% ->
590-789  (309697-309896)   100% ->
790-978  (313542-313730)   100% ->
979-1122  (316135-316278)   100% ->
1123-1216  (316835-316928)   100% ->
1217-2271  (323977-325031)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGGCTGCATCCCTGAGGAGAAAACTTACCGGCGCTTCCTGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGGCTGCATCCCTGAGGAGAAAACTTACCGGCGCTTCCTGGAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTCCTGGGCGAGTTTCGCGGACCGTGCGGCGGCGGCGAGCCGGAGCCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-
 100051 ATTCCTGGGCGAGTTTCGCGGACCGTGCGGCGGCGGCGAGCCGGAGCCG 

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACCCGAACCCGAACCCGAACCCGAACCCGAACCCGAGTCCGAGCCCGAG
        -----|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100100      GAACCCGAACCCGAACCCGAACCCGAACCCGAGTCCGAGCCCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCGAACCTGAACTGGTAGAAGCTGAGGCGGCCGAGGCTTCGGTAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100145 CCCGAACCTGAACTGGTAGAAGCTGAGGCGGCCGAGGCTTCGGTAGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACCCGGGGAGGAGGCGGCCACGGTAGCCGCGACGGAGGAGGGGGACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100195 ACCCGGGGAGGAGGCGGCCACGGTAGCCGCGACGGAGGAGGGGGACCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGCAAGACCCGGAGCCCGAGGAGGAGGCGGCGGTTGAGGGTGAGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100245 AGCAAGACCCGGAGCCCGAGGAGGAGGCGGCGGTTGAGGGTGAGGAGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGGAGGGCGCGGCGACGGCGGCGGCAGCCCCGGGGCACTCGGCCGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100295 GAGGAGGGCGCGGCGACGGCGGCGGCAGCCCCGGGGCACTCGGCCGTGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCCGCCGCCGCCCCAGCTGCCGCCTTTGCCCCCGCTCCCGCGACCGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100345 GCCGCCGCCGCCCCAGCTGCCGCCTTTGCCCCCGCTCCCGCGACCGCTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAGAGCGCATCACCCGCGAGGAGGTGGAGGGCGAAAGCCTGGACCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100395 CAGAGCGCATCACCCGCGAGGAGGTGGAGGGCGAAAGCCTGGACCTGTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTGCAGCAGCTCTACAAATA         TAATTGCCCTTCCTTTTTGGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100445 CTGCAGCAGCTCTACAAATAGTT...CAGTAATTGCCCTTCCTTTTTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGCTGCTTTAGCCAGAGCCACATCAGATGAAGTCCTTCAGAGTGATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 299673 TGCTGCTTTAGCCAGAGCCACATCAGATGAAGTCCTTCAGAGTGATCTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTGCACATTATATCCCAAAGGAAACGGATGGCACAGAAGGGACTGTGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 299723 CTGCACATTATATCCCAAAGGAAACGGATGGCACAGAAGGGACTGTGGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    590        AGATTGAGACAGTGAAATTGGCCCGTTCTGTCTTCAGCAAACT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 299773 G...CAGAGATTGAGACAGTGAAATTGGCCCGTTCTGTCTTCAGCAAACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 ACACGAGATTTGCTGCAGCTGGGTGAAAGACTTCCCCCTCCGCAGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 309740 ACACGAGATTTGCTGCAGCTGGGTGAAAGACTTCCCCCTCCGCAGGAGAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCCAGCTTTATTATGAGACATCAATCCATGCCATCAAAAACATGCGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 309790 CCCAGCTTTATTATGAGACATCAATCCATGCCATCAAAAACATGCGCAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AAAATGGAGGACAAACATGTCTGCATTCCTGACTTTAATATGCTCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 309840 AAAATGGAGGACAAACATGTCTGCATTCCTGACTTTAATATGCTCTTCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CCTAGAG         GACCAGGAAGAACAAGCTTACTTTGCAGTGTTTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 309890 CCTAGAGGTA...CAGGACCAGGAAGAACAAGCTTACTTTGCAGTGTTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ATGGCCATGGGGGAGTAGATGCTGCTATTTATGCCTCCATTCACCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 313576 ATGGCCATGGGGGAGTAGATGCTGCTATTTATGCCTCCATTCACCTCCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GTTAACTTAGTCCGCCAGGAGATGTTCCCCCATGATCCTGCTGAGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 313626 GTTAACTTAGTCCGCCAGGAGATGTTCCCCCATGATCCTGCTGAGGCCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GTGCAGGGCCTTCCGGGTCACTGATGAGCGGTTTGTGCAGAAAGCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 313676 GTGCAGGGCCTTCCGGGTCACTGATGAGCGGTTTGTGCAGAAAGCAGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GGGAG         AGCTTAAGATGTGGGACCACAGGAGTGGTGACTTTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 313726 GGGAGGTA...CAGAGCTTAAGATGTGGGACCACAGGAGTGGTGACTTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 ATCAGAGGCAACATGCTACATGTGGCCTGGGTGGGTGATTCCCAGGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 316171 ATCAGAGGCAACATGCTACATGTGGCCTGGGTGGGTGATTCCCAGGTTAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GCTTGTGAGAAAGGGCCAAGCTGTTGAACTAATGAAGCCACACAAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 316221 GCTTGTGAGAAAGGGCCAAGCTGTTGAACTAATGAAGCCACACAAACCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 ACAGAGAG         GATGAAAAGCAGAGAATTGAGGCCCTTGGAGGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 316271 ACAGAGAGGTA...TAGGATGAAAAGCAGAGAATTGAGGCCCTTGGAGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TGCGTAGTCTGGTTTGGTGCCTGGAGGGTGAATGGAAGTCTGTCGGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 316868 TGCGTAGTCTGGTTTGGTGCCTGGAGGGTGAATGGAAGTCTGTCGGTTTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CAGAGCTATTG         GAGATGCTGAACATAAGCCATATATCTGTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 316918 CAGAGCTATTGGTA...CAGGAGATGCTGAACATAAGCCATATATCTGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GGGATGCAGATTCTGCCTCCACTGTTCTGGATGGGACCGAAGACTACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324007 GGGATGCAGATTCTGCCTCCACTGTTCTGGATGGGACCGAAGACTACCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 ATTCTGGCCTGTGATGGCTTCTATGACACCGTGAACCCTGATGAGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324057 ATTCTGGCCTGTGATGGCTTCTATGACACCGTGAACCCTGATGAGGCAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 GAAAGTTGTGTCCGACCACCTGAAAGAGAATAATGGAGACAGCAGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324107 GAAAGTTGTGTCCGACCACCTGAAAGAGAATAATGGAGACAGCAGCATGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 TTGCCCACAAATTAGTGGCATCAGCTCGTGATGCTGGGTCAAGTGATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324157 TTGCCCACAAATTAGTGGCATCAGCTCGTGATGCTGGGTCAAGTGATAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 ATCACGGTTATTGTGGTATTCCTGAGGGACATGAACAAAGCTGTAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324207 ATCACGGTTATTGTGGTATTCCTGAGGGACATGAACAAAGCTGTAAATGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 TAGTGAGGAATCAGATTGGACAGAGAACTCTTTTCAAGGAGGGCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324257 TAGTGAGGAATCAGATTGGACAGAGAACTCTTTTCAAGGAGGGCAAGAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 ATGGTGGGGATGATAAGGAGAATCATGGAGAGTGCAAACGCCCTTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324307 ATGGTGGGGATGATAAGGAGAATCATGGAGAGTGCAAACGCCCTTGGCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 CAGCACCAGTGCTCAGCACCAGCCGACCTAGGCTATGATGGGCGTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324357 CAGCACCAGTGCTCAGCACCAGCCGACCTAGGCTATGATGGGCGTGTGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 TTCATTCACTGATAGAACTAGCCTGAGCCCAGGGTCCCAAATCAACGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324407 TTCATTCACTGATAGAACTAGCCTGAGCCCAGGGTCCCAAATCAACGTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 TGGAAGACCCAGGCTACCTAGATCTCACACAAATAGAAGCAAGCAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324457 TGGAAGACCCAGGCTACCTAGATCTCACACAAATAGAAGCAAGCAAACCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 CACAGTGCCCAGTTTTTGCTACCAGTTGAGATGTTTGGTCCTGGTGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324507 CACAGTGCCCAGTTTTTGCTACCAGTTGAGATGTTTGGTCCTGGTGCACC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 AAAGAAAGCAAATCTTATTAATGAGTTAATGATGGAGAAAAAATCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324557 AAAGAAAGCAAATCTTATTAATGAGTTAATGATGGAGAAAAAATCAGTTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 AGTCATCATTGCCTGAATGGAGTGGTGCTGGAGAGTTTCCCACTGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324607 AGTCATCATTGCCTGAATGGAGTGGTGCTGGAGAGTTTCCCACTGCTTTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 AATTTGGGTTCAACAGGGGAGCAGATATACAGAATGCAGAGCTTGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324657 AATTTGGGTTCAACAGGGGAGCAGATATACAGAATGCAGAGCTTGTCTCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 TGTCTGTTCAGGGTTGGAAAATGAACAGTTCAAATCCCCGGGAAACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324707 TGTCTGTTCAGGGTTGGAAAATGAACAGTTCAAATCCCCGGGAAACAGAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1997 TTTCTAGATTGTCTCATTTACGCCACCACTACTCAAAGAAGTGGCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324757 TTTCTAGATTGTCTCATTTACGCCACCACTACTCAAAGAAGTGGCACAGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2047 TTCAGGTTTAATCCAAAGTTTTATTCATTTCTCTCTGCTCAAGAGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324807 TTCAGGTTTAATCCAAAGTTTTATTCATTTCTCTCTGCTCAAGAGCCTTC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2097 CCACAAAATAGGCACTAGCCTGTCCTCACTTACTGGAAGTGGGAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324857 CCACAAAATAGGCACTAGCCTGTCCTCACTTACTGGAAGTGGGAAGAGAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2147 ATAGGATAAGAAGTTCTCTGCCATGGAGGCAAAATAGTTGGAAAGGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324907 ATAGGATAAGAAGTTCTCTGCCATGGAGGCAAAATAGTTGGAAAGGGTAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2197 AGTGAAAACATGAGGAAGCTCAGAAAGACTCATGATATTCCATGCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324957 AGTGAAAACATGAGGAAGCTCAGAAAGACTCATGATATTCCATGCCCAGA

   2300     .    :    .    :    .
   2247 TCTTCCTTGGAGCTATAAAATAGAA
        |||||||||||||||||||||||||
 325007 TCTTCCTTGGAGCTATAAAATAGAA