seq1 = pF1KSDA1048.tfa, 2589 bp
seq2 = pF1KSDA1048/gi568815596r_69382589.tfa (gi568815596r:69382589_69743040), 360452 bp

>pF1KSDA1048 2589
>gi568815596r:69382589_69743040 (Chr2)

(complement)

1-163  (100001-100163)   100% ->
164-282  (186063-186181)   100% ->
283-391  (198497-198605)   100% ->
392-534  (200376-200518)   100% ->
535-656  (210879-211000)   100% ->
657-738  (212335-212416)   100% ->
739-871  (212901-213033)   100% ->
872-975  (215722-215825)   100% ->
976-1055  (217929-218008)   100% ->
1056-1210  (222053-222207)   100% ->
1211-1497  (223801-224087)   100% ->
1498-1776  (228292-228570)   99% ->
1777-2006  (233581-233810)   100% ->
2007-2164  (235463-235620)   100% ->
2165-2269  (237368-237472)   100% ->
2270-2365  (246961-247056)   100% ->
2366-2589  (260229-260452)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGAAGTTTTTCGACTCCCGGCGAGAGCAGGGCGGCTCTGGCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGAAGTTTTTCGACTCCCGGCGAGAGCAGGGCGGCTCTGGCCTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCGGCTCCAGCGGAGGAGGGGGCAGCACCTCGGGCCTGGGCAGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCGGCTCCAGCGGAGGAGGGGGCAGCACCTCGGGCCTGGGCAGTGGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACATCGGAAGAGTCTTCGGCATCGGGCGACAGCAGGTCACAGTGGACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACATCGGAAGAGTCTTCGGCATCGGGCGACAGCAGGTCACAGTGGACGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGTTGGCGGAAG         GTGGATTTGCTATTGTATTTCTGGTGAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGTTGGCGGAAGGTA...CAGGTGGATTTGCTATTGTATTTCTGGTGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GACAAGCAATGGGATGAAATGTGCCTTGAAACGCATGTTTGTCAACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186091 GACAAGCAATGGGATGAAATGTGCCTTGAAACGCATGTTTGTCAACAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCATGATCTCCAGGTGTGCAAGAGAGAAATCCAGATAATG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 186141 AGCATGATCTCCAGGTGTGCAAGAGAGAAATCCAGATAATGGTA...CAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGGGATCTTTCAGGGCACAAGAATATTGTGGGTTACATTGATTCTAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198497 AGGGATCTTTCAGGGCACAAGAATATTGTGGGTTACATTGATTCTAGTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAACAACGTGAGTAGCGGTGATGTATGGGAAGTGCTCATTCTGATGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198547 CAACAACGTGAGTAGCGGTGATGTATGGGAAGTGCTCATTCTGATGGACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTTGTAGAG         GTGGCCAGGTGGTAAACCTGATGAACCAGCGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 198597 TTTGTAGAGGTA...CAGGTGGCCAGGTGGTAAACCTGATGAACCAGCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGCAAACAGGCTTTACAGAGAATGAAGTGCTCCAGATATTTTGTGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200408 CTGCAAACAGGCTTTACAGAGAATGAAGTGCTCCAGATATTTTGTGATAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTGTGAAGCTGTTGCCCGCCTGCATCAGTGCAAAACTCCTATTATCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200458 CTGTGAAGCTGTTGCCCGCCTGCATCAGTGCAAAACTCCTATTATCCACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGGACCTGAAG         GTTGAAAACATCCTCTTGCATGACCGAGGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 200508 GGGACCTGAAGGTA...CAGGTTGAAAACATCCTCTTGCATGACCGAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CACTATGTCCTGTGTGACTTTGGAAGCGCCACCAACAAATTCCAGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210909 CACTATGTCCTGTGTGACTTTGGAAGCGCCACCAACAAATTCCAGAATCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACAAACTGAGGGAGTCAATGCAGTAGAAGATGAGATTAAGAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 210959 ACAAACTGAGGGAGTCAATGCAGTAGAAGATGAGATTAAGAAGTA...TA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    657  ATACACAACGCTGTCCTATCGAGCACCAGAAATGGTCAACCTGTACAGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212334 GATACACAACGCTGTCCTATCGAGCACCAGAAATGGTCAACCTGTACAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGCAAAATCATCACTACGAAGGCAGACATTTGG         GCTCTTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 212384 GGCAAAATCATCACTACGAAGGCAGACATTTGGGTA...TAGGCTCTTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ATGTTTGTTGTATAAATTATGCTACTTCACTTTGCCATTTGGGGAAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212909 ATGTTTGTTGTATAAATTATGCTACTTCACTTTGCCATTTGGGGAAAGTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGGTGGCAATTTGTGATGGAAACTTCACAATTCCTGATAATTCTCGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212959 AGGTGGCAATTTGTGATGGAAACTTCACAATTCCTGATAATTCTCGATAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TCTCAAGACATGCACTGCCTAATTA         GGTATATGTTGGAACC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 213009 TCTCAAGACATGCACTGCCTAATTAGTA...TAGGGTATATGTTGGAACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGACCCTGACAAAAGGCCGGATATTTACCAGGTGTCCTACTTCTCATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215738 AGACCCTGACAAAAGGCCGGATATTTACCAGGTGTCCTACTTCTCATTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGCTACTCAAGAAAGAGTGCCCAATTCCAAATGTACAG         AAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 215788 AGCTACTCAAGAAAGAGTGCCCAATTCCAAATGTACAGGTA...TAGAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TCTCCCATTCCTGCAAAGCTTCCTGAACCAGTGAAAGCCAGTGAGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217932 TCTCCCATTCCTGCAAAGCTTCCTGAACCAGTGAAAGCCAGTGAGGCAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGCAAAAAAGACCCAGCCAAAGGCCAG         ACTGACAGATCCCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 217982 TGCAAAAAAGACCCAGCCAAAGGCCAGGTA...TAGACTGACAGATCCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TTCCCACCACAGAGACTTCAATTGCACCCCGCCAGAGGCCTAAAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222067 TTCCCACCACAGAGACTTCAATTGCACCCCGCCAGAGGCCTAAAGCTGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CAGACTCAGCCGAACCCAGGAATCCTTCCCATCCAGCCAGCGCTGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222117 CAGACTCAGCCGAACCCAGGAATCCTTCCCATCCAGCCAGCGCTGACACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCGGAAGAGGGCCACTGTTCAGCCCCCACCTCAGGCTGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 222167 CCGGAAGAGGGCCACTGTTCAGCCCCCACCTCAGGCTGCAGGTT...CAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GATCCAGCAATCAGCCTGGCCTTTTAGCCAGTGTTCCCCAACCAAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223801 GATCCAGCAATCAGCCTGGCCTTTTAGCCAGTGTTCCCCAACCAAAACCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CAAGCCCCACCCAGCCAGCCTCTGCCGCAAACTCAGGCCAAGCAGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223851 CAAGCCCCACCCAGCCAGCCTCTGCCGCAAACTCAGGCCAAGCAGCCACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GGCTCCTCCCACTCCACAGCAGACGCCTTCTACTCAGGCCCAGGGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223901 GGCTCCTCCCACTCCACAGCAGACGCCTTCTACTCAGGCCCAGGGTCTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CCGCTCAGGCCCAGGCCACACCCCAGCACCAGCAGCAACTCTTCCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223951 CCGCTCAGGCCCAGGCCACACCCCAGCACCAGCAGCAACTCTTCCTCAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CAGCAACAGCAGCAGCAACAGCCACCGCCAGCACAGCAGCAGCCGGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224001 CAGCAACAGCAGCAGCAACAGCCACCGCCAGCACAGCAGCAGCCGGCAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CACGTTTTACCAGCAGCAGCAGGCCCAGACTCAGCAG         TTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 224051 CACGTTTTACCAGCAGCAGCAGGCCCAGACTCAGCAGGTA...CAGTTTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AGGCAGTACATCCAGCAACCCAGCAACCAGCAATTGCTCAGTTCCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 228296 AGGCAGTACATCCAGCAACCCAGAAACCAGCAATTGCTCAGTTCCCTGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GTGTCCCAAGGAGGCTCTCAACAGCAGCTAATGCAGAATTTCTACCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228346 GTGTCCCAAGGAGGCTCTCAACAGCAGCTAATGCAGAATTTCTACCAGCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GCAGCAGCAGCAGCAACAACAACAGCAACAGCAACAGCTGGCCACAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228396 GCAGCAGCAGCAGCAACAACAACAGCAACAGCAACAGCTGGCCACAGCCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 TGCATCAACAACAGCTGATGACTCAGCAGGCTGCCTTGCAGCAAAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228446 TGCATCAACAACAGCTGATGACTCAGCAGGCTGCCTTGCAGCAAAAGCCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 ACTATGGCAGCAGGACAGCAGCCCCAGCCACAGCCAGCTGCAGCCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228496 ACTATGGCAGCAGGACAGCAGCCCCAGCCACAGCCAGCTGCAGCCCCACA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GCCAGCCCCTGCCCAGGAGCCAGCG         ATTCAAGCCCCAGTAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 228546 GCCAGCCCCTGCCCAGGAGCCAGCGGTA...CAGATTCAAGCCCCAGTAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 GACAACAGCCAAAGGTTCAGACAACCCCACCTCCTGCCGTCCAGGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233597 GACAACAGCCAAAGGTTCAGACAACCCCACCTCCTGCCGTCCAGGGGCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 AAAGTTGGATCTCTCACTCCACCCTCATCCCCCAAAACCCAACGTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233647 AAAGTTGGATCTCTCACTCCACCCTCATCCCCCAAAACCCAACGTGCTGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 GCACAGGCGTATTCTCAGTGACGTAACCCACAGTGCAGTCTTTGGGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233697 GCACAGGCGTATTCTCAGTGACGTAACCCACAGTGCAGTCTTTGGGGTCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 CTGCCAGCAAATCAACCCAGCTGCTCCAGGCAGCTGCAGCTGAGGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233747 CTGCCAGCAAATCAACCCAGCTGCTCCAGGCAGCTGCAGCTGAGGCCAGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 CTCAATAAGTCCAA         GTCTGCAACCACCACTCCATCAGGCTC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 233797 CTCAATAAGTCCAAGTA...TAGGTCTGCAACCACCACTCCATCAGGCTC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 TCCTCGGACCTCTCAACAAAACGTTTATAATCCTTCAGAAGGGTCTACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235490 TCCTCGGACCTCTCAACAAAACGTTTATAATCCTTCAGAAGGGTCTACGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 GGAATCCCTTTGATGACGATAATTTCTCCAAACTCACAGCTGAAGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235540 GGAATCCCTTTGATGACGATAATTTCTCCAAACTCACAGCTGAAGAACTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 CTAAACAAGGACTTTGCCAAGCTTGGGGAAG         GCAAACATCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 235590 CTAAACAAGGACTTTGCCAAGCTTGGGGAAGGTG...CAGGCAAACATCC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 CGAGAAGCTTGGAGGCTCAGCTGAGAGTTTGATCCCAGGCTTTCAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237378 CGAGAAGCTTGGAGGCTCAGCTGAGAGTTTGATCCCAGGCTTTCAATCAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 CCCAAGGTGATGCTTTTGCTACGACCTCATTTTCTGCTGGAACTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 237428 CCCAAGGTGATGCTTTTGCTACGACCTCATTTTCTGCTGGAACTGGTT..

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2270     CTGAAAAAAGGAAGGGTGGGCAGACTGTGGACTCTGGCCTCCCGCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237478 .CAGCTGAAAAAAGGAAGGGTGGGCAGACTGTGGACTCTGGCCTCCCGCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 TCTAAGCGTGTCTGATCCTTTCATTCCTCTTCAAGTACCTGATGCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247007 TCTAAGCGTGTCTGATCCTTTCATTCCTCTTCAAGTACCTGATGCACCAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2366          AAAAACTAATTGAGGGACTCAAATCTCCTGACACTTCTCTT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247057 GTA...TAGAAAAACTAATTGAGGGACTCAAATCTCCTGACACTTCTCTT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2407 CTGCTCCCTGACCTCTTGCCTATGACAGATCCTTTTGGTAGCACTTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 260270 CTGCTCCCTGACCTCTTGCCTATGACAGATCCTTTTGGTAGCACTTCTGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2457 TGCTGTAATTGGTAAAGTCATCATCTCTGTTTCTTCAGTCATGCATGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 260320 TGCTGTAATTGGTAAAGTCATCATCTCTGTTTCTTCAGTCATGCATGATA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2507 TGTGTGCCTGTTTCAAGAATGACAAGTACCTAGTTAACCAATCCCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 260370 TGTGTGCCTGTTTCAAGAATGACAAGTACCTAGTTAACCAATCCCTGGGG

   2700     .    :    .    :    .    :
   2557 AATAGCCCTGCCACCCCAGAAGCCAAGGCTATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 260420 AATAGCCCTGCCACCCCAGAAGCCAAGGCTATT