seq1 = pF1KSDA0959.tfa, 2304 bp
seq2 = pF1KSDA0959/gi568815597f_183706374.tfa (gi568815597f:183706374_184026289), 319916 bp

>pF1KSDA0959 2304
>gi568815597f:183706374_184026289 (Chr1)

1-27  (98925-98951)   100% ->
28-138  (100002-100112)   100% ->
139-347  (141193-141401)   100% ->
348-425  (159623-159700)   100% ->
426-610  (174243-174427)   100% ->
611-735  (177413-177537)   100% ->
736-951  (178350-178565)   100% ->
952-1055  (182101-182204)   100% ->
1056-1140  (185704-185788)   100% ->
1141-1230  (191435-191524)   100% ->
1231-1317  (193777-193863)   100% ->
1318-1350  (196195-196227)   100% ->
1351-1472  (198477-198598)   100% ->
1473-1562  (200639-200728)   100% ->
1563-1749  (205709-205895)   100% ->
1750-2004  (210074-210328)   100% ->
2005-2119  (215849-215963)   100% ->
2120-2304  (219732-219916)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAATTGCTTTGGCAAGCTAAAATG         AGCTCGATTCAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  98925 ATGAAATTGCTTTGGCAAGCTAAAATGGTA...CAGAGCTCGATTCAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTGGGGTGAAGAGGTAGAGGAAGGAGCTGTTTACCATGTCACCCTCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100016 CTGGGGTGAAGAGGTAGAGGAAGGAGCTGTTTACCATGTCACCCTCAAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAGTCCAGATTCAACAGGCTGCCAATAAAGGAGCAAGATGGCTAGGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100066 GAGTCCAGATTCAACAGGCTGCCAATAAAGGAGCAAGATGGCTAGGGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    139       GTTGAAGGGGACCAGCTGCCTCCAGGACACACAGTCAGTCAATA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100116 ...CAGGTTGAAGGGGACCAGCTGCCTCCAGGACACACAGTCAGTCAATA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGAAACCTGTAAGATCAGGACCATAAAAGCTGGCACCTTGGAGAAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141237 TGAAACCTGTAAGATCAGGACCATAAAAGCTGGCACCTTGGAGAAGCTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGAGAACCTGCTGACAGCTTTTGGGGACAATGACTTTACCTATATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141287 TGGAGAACCTGCTGACAGCTTTTGGGGACAATGACTTTACCTATATCAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCTTTCTTTCAACGTACAGAGGCTTTGCCTCCACTAAAGAAGTGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141337 ATCTTTCTTTCAACGTACAGAGGCTTTGCCTCCACTAAAGAAGTGCTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACTACTGCTGGACAG         GTATGGAAACCTGACAAGCCCAAACT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 141387 ACTACTGCTGGACAGGTA...CAGGTATGGAAACCTGACAAGCCCAAACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTGAAGAAGATGGAAGCCAAAGTTCATCAGAGTCCAAAATGGTGATCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159649 GTGAAGAAGATGGAAGCCAAAGTTCATCAGAGTCCAAAATGGTGATCAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AA         TGCAATCGCTTCCATACTAAGGGCCTGGCTTGACCAGTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159699 AAGTG...CAGTGCAATCGCTTCCATACTAAGGGCCTGGCTTGACCAGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGCAGAAGACTTCCGAGAGCCCCCTCACTTCCCTTGCTTACAGAAACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174282 TGCAGAAGACTTCCGAGAGCCCCCTCACTTCCCTTGCTTACAGAAACTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGATTATCTCACACGGATGATGCCGGGCTCTGACCCAGAAAGAAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174332 TGGATTATCTCACACGGATGATGCCGGGCTCTGACCCAGAAAGAAGAGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAAAATCTTCTTGAGCAGTTTCAGAAGCAAGAAGTGGAAACTGACA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 174382 CAAAATCTTCTTGAGCAGTTTCAGAAGCAAGAAGTGGAAACTGACAGTG.

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    611      ATGGGCTTCCCAACACGATCTCCTTCAGCCTGGAAGAGGAAGAGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174432 ..CAGATGGGCTTCCCAACACGATCTCCTTCAGCCTGGAAGAGGAAGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AACTGGAGGGTGGAGAGTCAGCAGAATTCACGTGCTTCTCAGAAGATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177458 AACTGGAGGGTGGAGAGTCAGCAGAATTCACGTGCTTCTCAGAAGATCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTGGCAGAGCAGCTGACCTACATGGATGCA         CAACTCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 177508 GTGGCAGAGCAGCTGACCTACATGGATGCAGTA...CAGCAACTCTTCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GAAAGTAGTGCCTCACCACTGCCTGGGCTGCATTTGGTCTCGAAGGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178361 GAAAGTAGTGCCTCACCACTGCCTGGGCTGCATTTGGTCTCGAAGGGATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGAAGGAAAACAAACATTTGGCTCCTACGATCCGTGCCACCATCTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178411 AGAAGGAAAACAAACATTTGGCTCCTACGATCCGTGCCACCATCTCTCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTTAATACCCTCACCAAATGTGTTGTCAGCACCATCCTGGGGGGCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178461 TTTAATACCCTCACCAAATGTGTTGTCAGCACCATCCTGGGGGGCAAAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ACTCAAAACTCAGCAGAGAGCCAAAATCATTGAGAAGTGGATCAACATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178511 ACTCAAAACTCAGCAGAGAGCCAAAATCATTGAGAAGTGGATCAACATCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CTCAT         GAATGTAGACTCCTGAAGAATTTTTCCTCCTTGAGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178561 CTCATGTA...CAGGAATGTAGACTCCTGAAGAATTTTTCCTCCTTGAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCCATCGTTTCGGCACTGCAGTCTAATTCCATCTATCGGTTAAAAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182137 GCCATCGTTTCGGCACTGCAGTCTAATTCCATCTATCGGTTAAAAAAGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TTGGGCTGCCGTCCCAAG         GGACCGAATGCTGATGTTTGAAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 182187 TTGGGCTGCCGTCCCAAGGTA...TAGGGACCGAATGCTGATGTTTGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AACTTTCAGATATCTTCTCAGACCATAATAACCATTTGACCAGCCGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185727 AACTTTCAGATATCTTCTCAGACCATAATAACCATTTGACCAGCCGAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CTACTGATGAAG         GAAGGAACCTCAAAATTTGCAAACCTGGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 185777 CTACTGATGAAGGTG...CAGGAAGGAACCTCAAAATTTGCAAACCTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CAGCAGTGTGAAAGAAAACCAGAAGCGTACCCAGAGGCGGCTGCAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191464 CAGCAGTGTGAAAGAAAACCAGAAGCGTACCCAGAGGCGGCTGCAGCTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGAAGGACATG         GGTGTGATGCAGGGAACTGTGCCCTACCTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 191514 AGAAGGACATGGTA...CAGGGTGTGATGCAGGGAACTGTGCCCTACCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GGCACCTTCCTGACTGACCTGACCATGCTTGACACTGCCCTTCAGGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193807 GGCACCTTCCTGACTGACCTGACCATGCTTGACACTGCCCTTCAGGACTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CATCGAG         GGTGGACTGATAAACTTTGAGAAAAGGAGAAGG 
        |||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||>
 193857 CATCGAGGTG...TAGGGTGGACTGATAAACTTTGAGAAAAGGAGAAGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351         GAATTTGAAGTGATTGCCCAGATAAAGCTCTTACAGTCTGCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196229 TA...TAGGAATTTGAAGTGATTGCCCAGATAAAGCTCTTACAGTCTGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 TGCAACAGCTATTGCATGACCCCAGACCAAAAGTTCATCCAGTGGTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198519 TGCAACAGCTATTGCATGACCCCAGACCAAAAGTTCATCCAGTGGTTCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GAGGCAGCAGCTCCTGACAGAGGAGGAGAG         CTATGCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 198569 GAGGCAGCAGCTCCTGACAGAGGAGGAGAGGTG...CAGCTATGCCCTGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 CATGTGAGATTGAAGCAGCTGCTGACGCCAGCACCACCTCGCCCAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200650 CATGTGAGATTGAAGCAGCTGCTGACGCCAGCACCACCTCGCCCAAGCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CGGAAGAGCATGGTGAAGAGACTCAGCCT         ACTGTTTCTAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 200700 CGGAAGAGCATGGTGAAGAGACTCAGCCTGTG...CAGACTGTTTCTAGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 GTCTGACATGATCACCAGTCCCACTCCCACCAAAGAGCAGCCCAAGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205721 GTCTGACATGATCACCAGTCCCACTCCCACCAAAGAGCAGCCCAAGTCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CTGCCAGCGGGAGCTCTGGTGAAAGCATGGACTCTGTCAGCGTGTCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205771 CTGCCAGCGGGAGCTCTGGTGAAAGCATGGACTCTGTCAGCGTGTCATCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 TGCGAGTCGAACCACTCAGAGGCTGAGGAGGGCTCCATTACTCCCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205821 TGCGAGTCGAACCACTCAGAGGCTGAGGAGGGCTCCATTACTCCCATGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CACCCCTGATGAGCCTCAAAAAAAG         CTCTCTGAGTCCTCCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 205871 CACCCCTGATGAGCCTCAAAAAAAGGTA...CAGCTCTCTGAGTCCTCCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 CATCCTGTTCTTCTATCCATTCCATGGACACAAATTCCTCAGGGATGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210090 CATCCTGTTCTTCTATCCATTCCATGGACACAAATTCCTCAGGGATGTCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 TCCTTAATCAACCCCCTCTCCTCCCCTCCGTCCTGCAACAACAACCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210140 TCCTTAATCAACCCCCTCTCCTCCCCTCCGTCCTGCAACAACAACCCCAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 AATCCACAAGCGCTCTGTCTCGGTGACGTCCATTACCTCGACTGTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210190 AATCCACAAGCGCTCTGTCTCGGTGACGTCCATTACCTCGACTGTGCTGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 CTCCTGTTTACAACCAACAGAATGAAGACACCTGCATAATCCGCATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210240 CTCCTGTTTACAACCAACAGAATGAAGACACCTGCATAATCCGCATCAGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 GTGGAAGACAATAACGGCAACATGTACAAGAGCATCATG         TT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 210290 GTGGAAGACAATAACGGCAACATGTACAAGAGCATCATGGTG...CAGTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 GACGAGCCAGGATAAAACCCCCGCTGTGATCCAGAGAGCCATGCTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215851 GACGAGCCAGGATAAAACCCCCGCTGTGATCCAGAGAGCCATGCTGAAGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 ACAATCTGGACTCAGACCCCGCCGAGGAGTACGAGCTGGTGCAGGTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215901 ACAATCTGGACTCAGACCCCGCCGAGGAGTACGAGCTGGTGCAGGTCATC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 TCGGAGGACAAAG         AACTTGTGATTCCAGACTCAGCAAATGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 215951 TCGGAGGACAAAGGTG...CAGAACTTGTGATTCCAGACTCAGCAAATGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 CTTTTATGCCATGAACAGCCAAGTGAACTTTGACTTCATTTTGCGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219760 CTTTTATGCCATGAACAGCCAAGTGAACTTTGACTTCATTTTGCGCAAAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 AGAACTCCATGGAAGAACAAGTGAAACTGCGTAGCCGGACCAGCTTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219810 AGAACTCCATGGAAGAACAAGTGAAACTGCGTAGCCGGACCAGCTTGACG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 TTGCCCAGGACAGCTAAACGGGGCTGCTGGAGTAACAGACACAGCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219860 TTGCCCAGGACAGCTAAACGGGGCTGCTGGAGTAACAGACACAGCAAAAT

   2450     .
   2298 CACCCTC
        |||||||
 219910 CACCCTC