seq1 = pF1KSDA0958.tfa, 1272 bp
seq2 = pF1KSDA0958/gi568815577r_45167454.tfa (gi568815577r:45167454_45387871), 220418 bp

>pF1KSDA0958 1272
>gi568815577r:45167454_45387871 (Chr21)

(complement)

1-131  (100001-100131)   100% ->
132-382  (101944-102194)   100% ->
383-527  (104345-104489)   100% ->
528-638  (105413-105523)   100% ->
639-705  (109703-109769)   100% ->
706-831  (110730-110855)   100% ->
832-1012  (117853-118033)   100% ->
1013-1272  (120159-120418)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACACTCAGCTTCGTCTTCCTGCTGCTGGGGGCAGTGTCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGACACTCAGCTTCGTCTTCCTGCTGCTGGGGGCAGTGTCCTGGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCCGGCTTCTGCCTCCGGCCAGGAGTTCTGGCCCGGACAATCGGCGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCCGGCTTCTGCCTCCGGCCAGGAGTTCTGGCCCGGACAATCGGCGGCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATATTCTGTCGGGGGCGGCTTCCCGCAGACG         GTATCTTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100101 ATATTCTGTCGGGGGCGGCTTCCCGCAGACGGTA...CAGGTATCTTCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TATGACGTCAACCCCCCGGAAGGCTTCAACCTGCGCAGGGATGTCTATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101954 TATGACGTCAACCCCCCGGAAGGCTTCAACCTGCGCAGGGATGTCTATAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCGAATCGCCTCTCTCCTGAAGACTCTGCTGAAGACGGAGGAGTGGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102004 CCGAATCGCCTCTCTCCTGAAGACTCTGCTGAAGACGGAGGAGTGGGTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGTCCTGCCTCCATGGGGCCGCCTCTATCACTGGCAGAGTCCTGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102054 TTGTCCTGCCTCCATGGGGCCGCCTCTATCACTGGCAGAGTCCTGACATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CACCAGGTCCGGATTCCCTGGTCTGAGTTTTTTGATCTTCCAAGTCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102104 CACCAGGTCCGGATTCCCTGGTCTGAGTTTTTTGATCTTCCAAGTCTCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TAAAAACATCCCCGTCATCGAGTATGAGCAGTTCATCGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 102154 TAAAAACATCCCCGTCATCGAGTATGAGCAGTTCATCGCAGGTG...CAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AATCTGGTGGGCCCTTTATTGACCAGGTTTACGTCCTGCAAAGTTACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104345 AATCTGGTGGGCCCTTTATTGACCAGGTTTACGTCCTGCAAAGTTACGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGGGGTGGAAAGAAGGGACCTGGGAAGAGAAGGTGGACGAGCGGCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104395 GAGGGGTGGAAAGAAGGGACCTGGGAAGAGAAGGTGGACGAGCGGCCGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TATTGATCAGCTCCTGTACTCCCAGGACAAGCACGAGTACTACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104445 TATTGATCAGCTCCTGTACTCCCAGGACAAGCACGAGTACTACAGGTG..

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    528     AGGATGGTTTTGGGGTTATGAGGAGACCAGGGGTCTAAACGTCTCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104495 .CAGAGGATGGTTTTGGGGTTATGAGGAGACCAGGGGTCTAAACGTCTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TGTCTGTCCGTCCAGGGCTCAGCCTCCATCGTGGCGCCCCTGCTGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105459 TGTCTGTCCGTCCAGGGCTCAGCCTCCATCGTGGCGCCCCTGCTGCTGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AAACACATCAGCCCG         GTCCGTGATGTTAGACAGAGCCGAGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105509 AAACACATCAGCCCGGTG...CAGGTCCGTGATGTTAGACAGAGCCGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACCTACTTCACGACCACTATGGAGGGAAAGAATACTGGGAT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 109729 ACCTACTTCACGACCACTATGGAGGGAAAGAATACTGGGATGTG...CAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACCCGTCGCAGCATGGTGTTTGCCAGGCACCTGCGGGAGGTGGGAGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110730 ACCCGTCGCAGCATGGTGTTTGCCAGGCACCTGCGGGAGGTGGGAGACGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GTTCAGGAGCAGACATCTCAACTCCACGGACGACGCAGACAGGATCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110780 GTTCAGGAGCAGACATCTCAACTCCACGGACGACGCAGACAGGATCCCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCCAGGAGGACTGGATGAAGATGAAG         GTCAAGCTGGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 110830 TCCAGGAGGACTGGATGAAGATGAAGGTA...TAGGTCAAGCTGGGCTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCGCTAGGGGGCCCCTACCTGGGAGTCCACCTGAGAAGAAAAGATTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117868 GCGCTAGGGGGCCCCTACCTGGGAGTCCACCTGAGAAGAAAAGATTTCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTGGGGTCACAGACAGGATGTACCCAGTCTGGAAGGGGCCGTGAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117918 CTGGGGTCACAGACAGGATGTACCCAGTCTGGAAGGGGCCGTGAGGAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCCGCAGCCTCATGAAGACCCACCGGCTGGACAAGGTGTTTGTGGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117968 TCCGCAGCCTCATGAAGACCCACCGGCTGGACAAGGTGTTTGTGGCCACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GATGCCGTCAGAAAGG         AATATGAAGAGCTAAAAAAGCTGTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 118018 GATGCCGTCAGAAAGGGTA...CAGAATATGAAGAGCTAAAAAAGCTGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 ACCCGAGATGGTGAGGTTTGAACCCACGTGGGAGGAGCTGGAGCTCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120184 ACCCGAGATGGTGAGGTTTGAACCCACGTGGGAGGAGCTGGAGCTCTACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGGACGGAGGCGTTGCGATTATTGACCAGTGGATCTGCGCACACGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120234 AGGACGGAGGCGTTGCGATTATTGACCAGTGGATCTGCGCACACGCCAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TGCCTGCCCACGTCACTGTCGGCCGAGAGCGGGTCGGGTGGCTTTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120284 TGCCTGCCCACGTCACTGTCGGCCGAGAGCGGGTCGGGTGGCTTTCAAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GTTCTTCTGTCCCAAGTACTCGGTGTCAGAGCAGATGGTCGCCTGTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120334 GTTCTTCTGTCCCAAGTACTCGGTGTCAGAGCAGATGGTCGCCTGTGTTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .
   1238 ACAGTGGTCATTTCCATACTGTTTGCCTCCTCGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120384 ACAGTGGTCATTTCCATACTGTTTGCCTCCTCGTC