seq1 = pF1KSDA0948.tfa, 1563 bp
seq2 = pF1KSDA0948/gi568815591r_45000328.tfa (gi568815591r:45000328_45209237), 208910 bp

>pF1KSDA0948 1563
>gi568815591r:45000328_45209237 (Chr7)

(complement)

1-411  (100001-100411)   100% ->
412-735  (103474-103797)   100% ->
736-846  (105795-105905)   100% ->
847-991  (106747-106891)   100% ->
992-1237  (107168-107413)   100% ->
1238-1349  (107624-107735)   100% ->
1350-1464  (107866-107980)   100% ->
1465-1563  (108812-108910)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCTCACCTGGTAAAGCGATGCACGTGCCTCCTGAGAGAAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGCTCACCTGGTAAAGCGATGCACGTGCCTCCTGAGAGAAGCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCGTCAGGCCCCTGCCATGGCTCCAGTTGGCCGACTGAGACTTGCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCGTCAGGCCCCTGCCATGGCTCCAGTTGGCCGACTGAGACTTGCCTGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAGCCCATAAGACTCTGACTTCCTCAGCCACCTCACCCATTTCCCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TAGCCCATAAGACTCTGACTTCCTCAGCCACCTCACCCATTTCCCACCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCAGGTTCCTTGATGGAGCCGGTGGAGAAGGAACGAGCATCTACTCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCAGGTTCCTTGATGGAGCCGGTGGAGAAGGAACGAGCATCTACTCCCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATAGAGAAGCAGGTGGACCACCTCATCAAGAAGGCCACAAGGCCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATAGAGAAGCAGGTGGACCACCTCATCAAGAAGGCCACAAGGCCAGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGCTCCTGGAGCTACTTGGTGGCAGTCACGACTTGGACAGCAATCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGCTCCTGGAGCTACTTGGTGGCAGTCACGACTTGGACAGCAATCAAGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCAATGGTACTTATCCGGCTCTCTCACTTGCTGTCTGAGAAGCCAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCAATGGTACTTATCCGGCTCTCTCACTTGCTGTCTGAGAAGCCAGAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TAAAGGCTTGCTCATACAGGATGCCCACTTTCATCAACTTCTCTGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TAAAGGCTTGCTCATACAGGATGCCCACTTTCATCAACTTCTCTGTCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCAACAGTCAG         ATTGCCTCGGTCTGGCATGGTACCCTCTCG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCAACAGTCAGGTG...TAGATTGCCTCGGTCTGGCATGGTACCCTCTCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAGCTGCTGGGAAGCCTGTATGCTCTGGGCATCCCCAAGGCCTCCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103504 AAGCTGCTGGGAAGCCTGTATGCTCTGGGCATCCCCAAGGCCTCCAAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCTGCAGTCGGTGGAGCAGGAGGTCCGCTGGCGCATGCGGAAGCTCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103554 GCTGCAGTCGGTGGAGCAGGAGGTCCGCTGGCGCATGCGGAAGCTCAAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACAAGCACCTGGCCTTCCTGGCAGAGTCCTGTGCCACCCTCTCACAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103604 ACAAGCACCTGGCCTTCCTGGCAGAGTCCTGTGCCACCCTCTCACAGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CAGCACTCGCAGGAGCTGCTGGCTGAGCTGCTCACACACCTGGAAAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103654 CAGCACTCGCAGGAGCTGCTGGCTGAGCTGCTCACACACCTGGAAAGGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TTGGACAGAAATTGAAGATTCCCACACATTAGTGACCGTCATGATGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103704 TTGGACAGAAATTGAAGATTCCCACACATTAGTGACCGTCATGATGAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TGGGACACCTCTCGGAGCCACTAATGAACCGCCTGGAAGACAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 103754 TGGGACACCTCTCGGAGCCACTAATGAACCGCCTGGAAGACAAGGTA...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    736    CACGTCCTGAACAGAGCGCAGGACATCACCCTGCCCCACCTGTGCAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105792 CAGCACGTCCTGAACAGAGCGCAGGACATCACCCTGCCCCACCTGTGCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CGTACTTCTGGCTTTTGCGCGTCTGAACTTCCATCCAGACCAAGAGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105842 CGTACTTCTGGCTTTTGCGCGTCTGAACTTCCATCCAGACCAAGAGGATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AGTTCTTCAGCCTG         GTACATGAGAAGCTGGGGTCAGAGCTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 105892 AGTTCTTCAGCCTGGTA...CAGGTACATGAGAAGCTGGGGTCAGAGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CCAGGCCTGGAGCCAGCCCTGCAGGTGGACCTGGTGTGGGCCCTGTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106774 CCAGGCCTGGAGCCAGCCCTGCAGGTGGACCTGGTGTGGGCCCTGTGTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GCTGCAGCAGGCACGGGAAGCAGAGCTGCAAGCCGTCCTCCACCCTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106824 GCTGCAGCAGGCACGGGAAGCAGAGCTGCAAGCCGTCCTCCACCCTGAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TTCACATCCAATTTCTAG         GGGGCAAGTCTCAGAAGGATCAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 106874 TTCACATCCAATTTCTAGGTG...TAGGGGGCAAGTCTCAGAAGGATCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AACACCTTCCAGAAGCTGCTCCACATCAACGCCACTGCCCTGCTGGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107191 AACACCTTCCAGAAGCTGCTCCACATCAACGCCACTGCCCTGCTGGAGTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CCCCGAGTACTCGGGTCCCCTTCTGCCTGCCTCGGCTGTGGCCCCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107241 CCCCGAGTACTCGGGTCCCCTTCTGCCTGCCTCGGCTGTGGCCCCTGGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 CCTCAGCCCTTGACAGGAAGGTGACCCCCCTGCAAAAGGAGCTGCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107291 CCTCAGCCCTTGACAGGAAGGTGACCCCCCTGCAAAAGGAGCTGCAGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 ACGCTGAAGGGGCTGCTGGGGAGCGCCGACAAGGGCAGCCTCGAGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107341 ACGCTGAAGGGGCTGCTGGGGAGCGCCGACAAGGGCAGCCTCGAGGTGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CACGCAGTATGGCTGGGTGCTGG         ATGCTGAGGTGCTGCTGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 107391 CACGCAGTATGGCTGGGTGCTGGGTG...CAGATGCTGAGGTGCTGCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 ACAGTGACGGCGAGTTTCTGCCCGTAAGGGACTTTGTGGCACCTCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107642 ACAGTGACGGCGAGTTTCTGCCCGTAAGGGACTTTGTGGCACCTCACCTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GCCCAGCCAACTGGGAGCCAGTCACCACCTCCAGGGTCTAAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 107692 GCCCAGCCAACTGGGAGCCAGTCACCACCTCCAGGGTCTAAGAGGTA...

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1350    GCTAGCGTTCTTGCGGTGGGAGTTCCCCAACTTCAACAGCCGAAGCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107863 CAGGCTAGCGTTCTTGCGGTGGGAGTTCCCCAACTTCAACAGCCGAAGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 AGGACTTGCTGGGTCGCTTTGTTCTGGCCCGGCGACACATAGTGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107913 AGGACTTGCTGGGTCGCTTTGTTCTGGCCCGGCGACACATAGTGGCTGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 GGCTTCCTGATAGTGGAC         GTCCCATTCTATGAGTGGCTGGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 107963 GGCTTCCTGATAGTGGACGTG...TAGGTCCCATTCTATGAGTGGCTGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 ACTCAAGTCTGAATGGCAGAAAGGCGCCTACCTCAAGGACAAGATGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108835 ACTCAAGTCTGAATGGCAGAAAGGCGCCTACCTCAAGGACAAGATGCGCA

   1600     .    :    .    :    .
   1538 AAGCGGTGGCTGAGGAGCTGGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||
 108885 AAGCGGTGGCTGAGGAGCTGGCCAAG