seq1 = pF1KSDA0936.tfa, 1896 bp
seq2 = pF1KSDA0936/gi568815592r_52905152.tfa (gi568815592r:52905152_53141236), 236085 bp

>pF1KSDA0936 1896
>gi568815592r:52905152_53141236 (Chr6)

(complement)

1-101  (100001-100101)   100% ->
102-156  (103244-103298)   100% ->
157-278  (108583-108704)   100% ->
279-358  (110093-110172)   100% ->
359-491  (121878-122010)   100% ->
492-663  (122736-122907)   100% ->
664-831  (124987-125154)   100% ->
832-1152  (127255-127575)   100% ->
1153-1343  (129010-129200)   100% ->
1344-1492  (129320-129468)   100% ->
1493-1621  (131670-131798)   100% ->
1622-1744  (134800-134922)   100% ->
1745-1896  (135934-136085)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATAGATACACAACAATCAGGCAGCTCGGGGATGGAACCTACGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATAGATACACAACAATCAGGCAGCTCGGGGATGGAACCTACGGTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTCCTGCTGGGAAGAAGCATTGAGTCTGGGGAGCTGATCGCTATTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTCCTGCTGGGAAGAAGCATTGAGTCTGGGGAGCTGATCGCTATTAAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 A         AATGAAAAGAAAATTTTATTCCTGGGAGGAATGCATGAAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTA...TAGAATGAAAAGAAAATTTTATTCCTGGGAGGAATGCATGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTCGGGAGGTTAAG         TCTTTAAAGAAGCTCAACCATGCCAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 103284 CTTCGGGAGGTTAAGGTA...TAGTCTTTAAAGAAGCTCAACCATGCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTAGTCAAATTAAAAGAAGTTATCAGGGAAAATGATCATCTTTATTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108609 TGTAGTCAAATTAAAAGAAGTTATCAGGGAAAATGATCATCTTTATTTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCTTCGAGTACATGAAGGAAAATCTTTACCAGCTCATTAAAGAGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 108659 TCTTCGAGTACATGAAGGAAAATCTTTACCAGCTCATTAAAGAGAGGTA.

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    279      AAATAAGTTGTTTCCTGAGTCTGCTATAAGGAATATCATGTATCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108709 ..CAGAAATAAGTTGTTTCCTGAGTCTGCTATAAGGAATATCATGTATCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GATATTACAAGGACTCGCATTTATTCACAAACACG         GCTTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 110138 GATATTACAAGGACTCGCATTTATTCACAAACACGGTA...TAGGCTTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TTCATCGAGACTTAAAGCCTGAGAACCTCCTCTGCATGGGACCAGAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121884 TTCATCGAGACTTAAAGCCTGAGAACCTCCTCTGCATGGGACCAGAACTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTGAAAATTGCAGACTTTGGTTTGGCCCGAGAAATACGATCAAAACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121934 GTGAAAATTGCAGACTTTGGTTTGGCCCGAGAAATACGATCAAAACCTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ATATACAGATTATGTATCTACCAGATG         GTACAGGGCTCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 121984 ATATACAGATTATGTATCTACCAGATGGTG...CAGGTACAGGGCTCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AAGTACTCCTGAGGTCTACCAACTACAGCTCCCCCATTGACGTCTGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122750 AAGTACTCCTGAGGTCTACCAACTACAGCTCCCCCATTGACGTCTGGGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTGGGCTGCATCATGGCAGAAGTTTACACCCTCAGGCCACTCTTCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122800 GTGGGCTGCATCATGGCAGAAGTTTACACCCTCAGGCCACTCTTCCCTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGCCAGTGAAATTGACACAATATTCAAAATTTGCCAAGTGCTGGGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122850 AGCCAGTGAAATTGACACAATATTCAAAATTTGCCAAGTGCTGGGGACAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAAAAAAG         ACTGACTGGCCTGAAGGCTATCAACTTTCAAGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 122900 CAAAAAAGGTA...CAGACTGACTGGCCTGAAGGCTATCAACTTTCAAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCAATGAACTTCCGTTGGCCACAGTGTGTACCCAATAACTTAAAGACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125020 GCAATGAACTTCCGTTGGCCACAGTGTGTACCCAATAACTTAAAGACCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GATTCCCAATGCTAGCAGTGAAGCAGTCCAGCTCCTGAGAGACATGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125070 GATTCCCAATGCTAGCAGTGAAGCAGTCCAGCTCCTGAGAGACATGCTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGTGGGATCCCAAGAAACGACCAACAGCTAGTCAG         GCACTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 125120 AGTGGGATCCCAAGAAACGACCAACAGCTAGTCAGGTT...CAGGCACTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CGATATCCTTACTTCCAAGTTGGACACCCACTAGGCAGCACCACACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127261 CGATATCCTTACTTCCAAGTTGGACACCCACTAGGCAGCACCACACAAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCTTCAGGATTCAGAAAAACCACAGAAAGGCATCCTGGAAAAGGCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127311 CCTTCAGGATTCAGAAAAACCACAGAAAGGCATCCTGGAAAAGGCAGGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CACCTCCTTATATTAAGCCAGTCCCACCTGCCCAGCCACCAGCCAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127361 CACCTCCTTATATTAAGCCAGTCCCACCTGCCCAGCCACCAGCCAAGCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CACACACGAATTTCTTCACGACAGCATCAAGCCAGCCAGCCCCCTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127411 CACACACGAATTTCTTCACGACAGCATCAAGCCAGCCAGCCCCCTCTGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TCTCACGTACCCCTACAAAGCAGAGGTCTCCAGGACAGATCACCCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127461 TCTCACGTACCCCTACAAAGCAGAGGTCTCCAGGACAGATCACCCAAGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ATCTCCAGGAGGACAAGCCAAGCCCGTTGCTTTTCCCATCCCTCCACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127511 ATCTCCAGGAGGACAAGCCAAGCCCGTTGCTTTTCCCATCCCTCCACAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AAGCATCCACAGTCG         AAAATCACAGCTGGCCTGGAGCACAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 127561 AAGCATCCACAGTCGGTG...CAGAAAATCACAGCTGGCCTGGAGCACAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AAATGGTGAGATAAAGCCAAAGAGTAGGAGAAGGTGGGGTCTTATTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129036 AAATGGTGAGATAAAGCCAAAGAGTAGGAGAAGGTGGGGTCTTATTTCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GGTCAACAAAGGATTCAGATGATTGGGCTGACTTGGATGACTTGGATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129086 GGTCAACAAAGGATTCAGATGATTGGGCTGACTTGGATGACTTGGATTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AGTCCATCCCTCAGCAGGATTGACCTGAAAAACAAGAAAAGACAGAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129136 AGTCCATCCCTCAGCAGGATTGACCTGAAAAACAAGAAAAGACAGAGTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TGACACTCTCTGCAG         GTTTGAGAGTGTTTTGGACCTGAAGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 129186 TGACACTCTCTGCAGGCA...CAGGTTTGAGAGTGTTTTGGACCTGAAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CCTCTGAGCCTGTGGGCACAGGAAACAGTGCCCCCACCCAGACGTCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129346 CCTCTGAGCCTGTGGGCACAGGAAACAGTGCCCCCACCCAGACGTCATAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CAGCGGCGAGACACGCCCACCCTGAGATCTGCAGCCAAGCAGCACTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129396 CAGCGGCGAGACACGCCCACCCTGAGATCTGCAGCCAAGCAGCACTATTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GAAGCACTCTCGATACTTGCCTG         GGATCAGTATAAGAAATG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 129446 GAAGCACTCTCGATACTTGCCTGGTA...CAGGGATCAGTATAAGAAATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GCATACTCTCGAATCCAGGCAAGGAATTTATTCCACCTAATCCATGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131688 GCATACTCTCGAATCCAGGCAAGGAATTTATTCCACCTAATCCATGGTCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 AGTTCTGGCTTGTCTGGAAAATCTTCAGGGACAATGTCAGTAATCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131738 AGTTCTGGCTTGTCTGGAAAATCTTCAGGGACAATGTCAGTAATCAGCAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 AGTAAATTCAG         TTGGTTCCAGCTCTACAAGTTCTAGTGGAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 131788 AGTAAATTCAGGTG...CAGTTGGTTCCAGCTCTACAAGTTCTAGTGGAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 TGACTGGAAACTATGTCCCTTCCTTTCTGAAAAAAGAAATCGGTTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134830 TGACTGGAAACTATGTCCCTTCCTTTCTGAAAAAAGAAATCGGTTCTGCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 ATGCAGAGGGTACACCTAGCACCTATTCCAGACCCTTCCCCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 134880 ATGCAGAGGGTACACCTAGCACCTATTCCAGACCCTTCCCCTGGTG...C

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1745   GTTATTCCTCCCTGAAGGCCATGAGACCTCATCCTGGGCGACCATTCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135932 AGGTTATTCCTCCCTGAAGGCCATGAGACCTCATCCTGGGCGACCATTCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TCCACACCCAGCCTAGAAGCACTCCTGGGTTGATACCACGGCCTCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135982 TCCACACCCAGCCTAGAAGCACTCCTGGGTTGATACCACGGCCTCCAGCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 GCCCAGCCAGTGCATGGCCGGACAGACTGGGCTTCCAAGTACGCATCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136032 GCCCAGCCAGTGCATGGCCGGACAGACTGGGCTTCCAAGTACGCATCTCG

   2000 
   1893 GCGA
        ||||
 136082 GCGA