seq1 = pF1KSDA0923.tfa, 1842 bp
seq2 = pF1KSDA0923/gi568815597r_84547436.tfa (gi568815597r:84547436_84771219), 223784 bp

>pF1KSDA0923 1842
>gi568815597r:84547436_84771219 (Chr1)

(complement)

1-43  (100001-100043)   100% ->
44-213  (100405-100574)   100% ->
214-426  (101327-101539)   100% ->
427-537  (104988-105098)   100% ->
538-673  (106668-106803)   100% ->
674-749  (108690-108765)   100% ->
750-927  (108845-109022)   100% ->
928-1078  (112752-112902)   100% ->
1079-1215  (114736-114872)   100% ->
1216-1389  (115215-115388)   100% ->
1390-1504  (119223-119337)   100% ->
1505-1670  (120693-120858)   100% ->
1671-1842  (123613-123784)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAGATTGGATGACTGTTACAGATCCAGGTCTGTCTTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100001 ATGGGAGATTGGATGACTGTTACAGATCCAGGTCTGTCTTCAGGTA...C

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   AAAGCAAAACTATCTCTCAATATACCTCAGAAACAAAGATGTCTCCAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100403 AGAAAGCAAAACTATCTCTCAATATACCTCAGAAACAAAGATGTCTCCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAAGTTTATACTCACAGCAAGTGCTATGTTCTTCAATACCTTTATCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100453 CAAGTTTATACTCACAGCAAGTGCTATGTTCTTCAATACCTTTATCGAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATGTGCACAGTTTTTTCAGTGCCTTCTGCACAGAAGATAATATTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100503 AATGTGCACAGTTTTTTCAGTGCCTTCTGCACAGAAGATAATATTGAACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGTATCTCATATCTTGATCAG         GAATTGACTACTTTTGGTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100553 GAGTATCTCATATCTTGATCAGGTA...CAGGAATTGACTACTTTTGGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTCCTTCATTATATGAAGAATCCAAAGGTAAAGAGACAAAGAGAGAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101346 TTCCTTCATTATATGAAGAATCCAAAGGTAAAGAGACAAAGAGAGAGTTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATATAGTAGCTGTACTAAATTGTATGAATGAGCTGCTTGTGCTTCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101396 AATATAGTAGCTGTACTAAATTGTATGAATGAGCTGCTTGTGCTTCAGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAGAACCTTCTAGCTCAGGAAAATGTGGAGACACAGAATTTGAAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101446 GAAGAACCTTCTAGCTCAGGAAAATGTGGAGACACAGAATTTGAAGCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAAGTGATATGGACCATCTACAGAGCTGCTACTCAAAACTTAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 101496 GAAGTGATATGGACCATCTACAGAGCTGCTACTCAAAACTTAAGGTA...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    427    GAACAACTGGAAACCTCCAGGAGGGAAATGATTGGGCTTCAGGAAAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104985 TAGGAACAACTGGAAACCTCCAGGAGGGAAATGATTGGGCTTCAGGAAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGACAGACAGTTACAATGTAAGAACAGGAATTTGCATCAGCTACTAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105035 AGACAGACAGTTACAATGTAAGAACAGGAATTTGCATCAGCTACTAAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATGAGAAAGATGAG         GTGCAAAAATTACAAAATATCATTGCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 105085 ATGAGAAAGATGAGGTG...CAGGTGCAAAAATTACAAAATATCATTGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGTCGAGCTACTCAGTATAATCATGATATGAAGAGAAAAGAGCGTGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106695 AGTCGAGCTACTCAGTATAATCATGATATGAAGAGAAAAGAGCGTGAATA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TAATAAACTGAAGGAACGTCTACATCAACTTGTTATGAACAAGAAAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106745 TAATAAACTGAAGGAACGTCTACATCAACTTGTTATGAACAAGAAAGATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGAAAATAG         CTATGGACATTTTGAATTATGTCGGGAGAGCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106795 AGAAAATAGGTA...TAGCTATGGACATTTTGAATTATGTCGGGAGAGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GATGGAAAAAGAGGCTCCTGGAGGACTGGTAAAACTGAAGCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 108722 GATGGAAAAAGAGGCTCCTGGAGGACTGGTAAAACTGAAGCCAGGTA...

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    750    GAATGAAGATGAAATGTATAAAATTCTCTTGAATGATTATGAATATC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108842 CAGGAATGAAGATGAAATGTATAAAATTCTCTTGAATGATTATGAATATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GTCAGAAACAAATCCTAATGGAAAATGCAGAACTTAAGAAGGTTCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108892 GTCAGAAACAAATCCTAATGGAAAATGCAGAACTTAAGAAGGTTCTTCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CAAATGAAAAAGGAAATGATTTCTCTTCTTTCTCCCCAAAAGAAGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108942 CAAATGAAAAAGGAAATGATTTCTCTTCTTTCTCCCCAAAAGAAGAAACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TAGAGAAAGAGTAGATGATAGTACAGGAACT         GTTATTTCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 108992 TAGAGAAAGAGTAGATGATAGTACAGGAACTGTA...TAGGTTATTTCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATGTTGAAGAAGATGCCGGGGAACTAAGCAGAGAGAGTATGTGGGACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112762 ATGTTGAAGAAGATGCCGGGGAACTAAGCAGAGAGAGTATGTGGGACCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TCCTGTGAAACTGTGAGAGAGCAGCTTACAAACAGCATCAGAAAACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112812 TCCTGTGAAACTGTGAGAGAGCAGCTTACAAACAGCATCAGAAAACAGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GAGAATTTTGAAAAGTCATGTAGAAAAGCTTGATAACCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 112862 GAGAATTTTGAAAAGTCATGTAGAAAAGCTTGATAACCAAGGTA...TAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTTCAAAGGTACACCTGGAAGGTTTTAATGATGAAGATGTAATCTCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114736 TTTCAAAGGTACACCTGGAAGGTTTTAATGATGAAGATGTAATCTCACGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CAAGACCATGAACAAGAAACTGAAAAACTCGAGTTAGAAATTCAGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114786 CAAGACCATGAACAAGAAACTGAAAAACTCGAGTTAGAAATTCAGCAGTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TAAAGAAATGATTAAAACTCAGCAACAGCTTTTACAG         CAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 114836 TAAAGAAATGATTAAAACTCAGCAACAGCTTTTACAGGTG...TAGCAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGCTCGCTACTGCATATGATGATGATACCACTTCACTATTACGAGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115219 AGCTCGCTACTGCATATGATGATGATACCACTTCACTATTACGAGACTGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TATTTGTTGGAAGAAAAGGAACGTCTCAAAGAAGAATGGTCCCTTTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115269 TATTTGTTGGAAGAAAAGGAACGTCTCAAAGAAGAATGGTCCCTTTTTAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AGAGCAGAAAAAGAATTTTGAGAGGGAGAGACGAAGCTTTACAGAAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115319 AGAGCAGAAAAAGAATTTTGAGAGGGAGAGACGAAGCTTTACAGAAGCCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CTATTCGCCTGGGATTGGAG         AGAAAGGCATTTGAAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 115369 CTATTCGCCTGGGATTGGAGGTA...TAGAGAAAGGCATTTGAAGAAGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 AGAGCCAGTTGGTTAAAGCAGCAGTTTCTAAATATGACTACCTTTGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119244 AGAGCCAGTTGGTTAAAGCAGCAGTTTCTAAATATGACTACCTTTGACCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CCAGAACTCAGAAAATGTGAAACTTTTCAGTGCCTTCTCAGGAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 119294 CCAGAACTCAGAAAATGTGAAACTTTTCAGTGCCTTCTCAGGAAGTG...

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1505    GTTCTGATTGGGACAATCTTATAGTGCACTCGAGGCAGCCGCAAAAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120690 CAGGTTCTGATTGGGACAATCTTATAGTGCACTCGAGGCAGCCGCAAAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AAGCCTCACAGTGTGTCTAATGGGTCTCCAGTTTGCATGTCTAAACTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120740 AAGCCTCACAGTGTGTCTAATGGGTCTCCAGTTTGCATGTCTAAACTTAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TAAATCTCTTCCTGCTTCACCTTCCACTTCAGACTTTTGCCAGACACGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120790 TAAATCTCTTCCTGCTTCACCTTCCACTTCAGACTTTTGCCAGACACGTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 CCTGCATATCTGAACATAG         TTCAATCAATGTACTGAATATA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 120840 CCTGCATATCTGAACATAGGTA...CAGTTCAATCAATGTACTGAATATA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 ACTGCTGAAGAAATTAAACCAAATCAGGTTGGAGGAGAATGTACAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123635 ACTGCTGAAGAAATTAAACCAAATCAGGTTGGAGGAGAATGTACAAATCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 AAAATGGAGTGTGGCATCAAGACCTGGATCACAGGAAGGTTGCTATAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123685 AAAATGGAGTGTGGCATCAAGACCTGGATCACAGGAAGGTTGCTATAGTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 GATGCTCCTTGAGCTACACAAATTCTCATGTAGAAAAAGATGACTTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123735 GATGCTCCTTGAGCTACACAAATTCTCATGTAGAAAAAGATGACTTACCT