seq1 = pF1KSDA0885.tfa, 2394 bp
seq2 = pF1KSDA0885/gi568815597r_114618172.tfa (gi568815597r:114618172_114839890), 221719 bp

>pF1KSDA0885 2394
>gi568815597r:114618172_114839890 (Chr1)

(complement)

1-199  (100001-100199)   100% ->
200-309  (101819-101928)   100% ->
310-402  (102328-102420)   100% ->
403-500  (103036-103133)   100% ->
501-582  (105368-105449)   100% ->
583-711  (105774-105902)   100% ->
712-837  (106034-106159)   100% ->
838-1050  (107075-107287)   100% ->
1051-1191  (109243-109383)   100% ->
1192-1356  (109469-109633)   100% ->
1357-1464  (112801-112908)   100% ->
1465-1640  (113505-113680)   100% ->
1641-1753  (114558-114670)   100% ->
1754-1873  (115889-116008)   100% ->
1874-2052  (119174-119352)   100% ->
2053-2216  (120149-120312)   100% ->
2217-2349  (121146-121278)   100% ->
2350-2394  (121675-121719)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTTTGATCCAAACCTTCTCCACAACAATGGACATAATGGGTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCTTTGATCCAAACCTTCTCCACAACAATGGACATAATGGGTACCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAATGGTACTTCAGCAGCACTGCGTGAAACTGGGGTTATTGAAAAACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAATGGTACTTCAGCAGCACTGCGTGAAACTGGGGTTATTGAAAAACTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAACCTCTTACGGATTTATTCAGTGTTCAGAACGTCAAGCTAGACTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TAACCTCTTACGGATTTATTCAGTGTTCAGAACGTCAAGCTAGACTTTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCCACTGTTCACAGTATAATGGCAACCTGCAAGACTTAAAAGTAGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100151 TTCCACTGTTCACAGTATAATGGCAACCTGCAAGACTTAAAAGTAGGAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    200         ATGATGTTGAATTTGAAGTATCATCGGACCGACGGACTGGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TA...TAGATGATGTTGAATTTGAAGTATCATCGGACCGACGGACTGGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AACCCATTGCTGTTAAACTGGTGAAGATAAAACAAGAAATCCTCCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101861 AACCCATTGCTGTTAAACTGGTGAAGATAAAACAAGAAATCCTCCCTGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAACGAATGAATGGACAA         GTTGTGTGCGCTGTTCCTCACAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 101911 GAACGAATGAATGGACAAGTT...TAGGTTGTGTGCGCTGTTCCTCACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTAGAGAGTAAATCTCCAGCTGCCCCGGGTCAGAGTCCAACAGGGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102351 CTTAGAGAGTAAATCTCCAGCTGCCCCGGGTCAGAGTCCAACAGGGAGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TATGCTACGAACGTAATGGG         GAAGTGTTTTATCTGACTTAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102401 TATGCTACGAACGTAATGGGGTA...CAGGAAGTGTTTTATCTGACTTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCCCTGAAGATGTCGAAGGGAACGTTCAGCTGGAAACTGGAGATAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103057 ACCCCTGAAGATGTCGAAGGGAACGTTCAGCTGGAAACTGGAGATAAAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAACTTTGTAATTGATAACAATAAACA         TACTGGTGCTGTAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103107 AAACTTTGTAATTGATAACAATAAACAGTA...TAGTACTGGTGCTGTAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTGCTCGCAACATTATGCTGTTGAAAAAGAAACAAGCCCGCTGTCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105382 GTGCTCGCAACATTATGCTGTTGAAAAAGAAACAAGCCCGCTGTCAGGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTAGTTTGTGCCATGAAG         GAGGCATTTGGCTTTATTGAAAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 105432 GTAGTTTGTGCCATGAAGGTA...CAGGAGGCATTTGGCTTTATTGAAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGGTGATGTTGTAAAAGAGATATTCTTTCACTATAGTGAATTTAAGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105797 AGGTGATGTTGTAAAAGAGATATTCTTTCACTATAGTGAATTTAAGGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACTTAGAAACCTTACAGCCTGGCGATGATGTGGAATTCACAATCAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105847 ACTTAGAAACCTTACAGCCTGGCGATGATGTGGAATTCACAATCAAGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGAAAT         GGTAAAGAAGTTGCAACAGATGTCAGACTATTGCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105897 AGAAATGTA...TAGGGTAAAGAAGTTGCAACAGATGTCAGACTATTGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCAAGGAACAGTCATTTTTGAAGATATCAGCATTGAACATTTTGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106069 TCAAGGAACAGTCATTTTTGAAGATATCAGCATTGAACATTTTGAAGGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTGTAACCAAAGTTATCCCAAAAGTACCCAGTAAAAACCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106119 CTGTAACCAAAGTTATCCCAAAAGTACCCAGTAAAAACCAGGTA...CAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AATGACCCATTGCCAGGACGCATCAAAGTTGACTTTGTGATCCCTAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107075 AATGACCCATTGCCAGGACGCATCAAAGTTGACTTTGTGATCCCTAAAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ACTTCCCTTTGGAGACAAAGATACGAAATCCAAGGTGACCCTGCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107125 ACTTCCCTTTGGAGACAAAGATACGAAATCCAAGGTGACCCTGCTGGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTGACCATGTTAGGTTTAATATTTCAACAGACCGACGTGACAAATTAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107175 GTGACCATGTTAGGTTTAATATTTCAACAGACCGACGTGACAAATTAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CGAGCAACCAATATAGAAGTTCTGTCAAATACATTTCAGTTCACTAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107225 CGAGCAACCAATATAGAAGTTCTGTCAAATACATTTCAGTTCACTAATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGCCCGAGAAATG         GGTGTGATTGCTGCCATGAGAGATGGTT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 107275 AGCCCGAGAAATGGTA...CAGGGTGTGATTGCTGCCATGAGAGATGGTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTGGTTTCATCAAGTGTGTGGATCGTGATGTTCGTATGTTCTTCCACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109271 TTGGTTTCATCAAGTGTGTGGATCGTGATGTTCGTATGTTCTTCCACTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AGTGAAATTCTGGATGGGAACCAGCTCCATATTGCAGATGAAGTAGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109321 AGTGAAATTCTGGATGGGAACCAGCTCCATATTGCAGATGAAGTAGAGTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TACTGTGGTTCCT         GATATGCTCTCTGCTCAAAGAAATCATG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 109371 TACTGTGGTTCCTGTG...TAGGATATGCTCTCTGCTCAAAGAAATCATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CTATTAGGATTAAAAAACTTCCCAAGGGCACGGTTTCATTTCATTCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109497 CTATTAGGATTAAAAAACTTCCCAAGGGCACGGTTTCATTTCATTCCCAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TCAGATCACCGTTTTCTGGGCACGGTAGAAAAAGAAGCCACTTTTTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109547 TCAGATCACCGTTTTCTGGGCACGGTAGAAAAAGAAGCCACTTTTTCCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TCCTAAAACCACTAGCCCAAATAAAGGCAAAGAGAAG         GAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 109597 TCCTAAAACCACTAGCCCAAATAAAGGCAAAGAGAAGGTA...TAGGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CTGAGGATGGCATTATTGCTTATGATGACTGTGGGGTGAAACTGACTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112805 CTGAGGATGGCATTATTGCTTATGATGACTGTGGGGTGAAACTGACTATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GCTTTTCAAGCCAAGGATGTGGAAGGATCTACTTCTCCTCAAATAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112855 GCTTTTCAAGCCAAGGATGTGGAAGGATCTACTTCTCCTCAAATAGGAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TAAG         GTTGAATTTAGTATTAGTGACAAACAGAGGCCTGGAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112905 TAAGGCA...CAGGTTGAATTTAGTATTAGTGACAAACAGAGGCCTGGAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AGCAGGTTGCAACTTGTGTGCGACTTTTAGGTCGTAATTCTAACTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113542 AGCAGGTTGCAACTTGTGTGCGACTTTTAGGTCGTAATTCTAACTCCAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AGGCTCTTGGGTTATGTGGCAACTCTGAAGGATAATTTTGGATTTATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113592 AGGCTCTTGGGTTATGTGGCAACTCTGAAGGATAATTTTGGATTTATTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 AACAGCCAATCATGATAAGGAAATCTTTTTCCATTACAG         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 113642 AACAGCCAATCATGATAAGGAAATCTTTTTCCATTACAGGTA...TAGTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 AGTTCTCTGGTGATGTTGATAGCCTGGAACTGGGGGACATGGTCGAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114560 AGTTCTCTGGTGATGTTGATAGCCTGGAACTGGGGGACATGGTCGAGTAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 AGCTTGTCCAAAGGCAAAGGCAACAAAGTCAGTGCAGAAAAAGTGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114610 AGCTTGTCCAAAGGCAAAGGCAACAAAGTCAGTGCAGAAAAAGTGAACAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 AACACACTCAG         TGAATGGCATTACTGAGGAAGCTGATCCCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 114660 AACACACTCAGGTA...TAGTGAATGGCATTACTGAGGAAGCTGATCCCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CCATTTACTCTGGCAAAGTAATTCGCCCCCTGAGGAGTGTTGATCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115919 CCATTTACTCTGGCAAAGTAATTCGCCCCCTGAGGAGTGTTGATCCAACA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CAGACTGAGTACCAAGGAATGATTGAGATTGTGGAGGAGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 115969 CAGACTGAGTACCAAGGAATGATTGAGATTGTGGAGGAGGGTA...CAGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 CGATATGAAAGGTGAGGTCTATCCATTTGGCATCGTTGGGATGGCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119175 CGATATGAAAGGTGAGGTCTATCCATTTGGCATCGTTGGGATGGCCAACA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 AAGGGGATTGCCTGCAGAAAGGGGAGAGCGTCAAGTTCCAATTGTGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119225 AAGGGGATTGCCTGCAGAAAGGGGAGAGCGTCAAGTTCCAATTGTGTGTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 CTGGGCCAAAATGCACAAACTATGGCTTACAACATCACACCCCTGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119275 CTGGGCCAAAATGCACAAACTATGGCTTACAACATCACACCCCTGCGCAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 GGCCACAGTGGAATGTGTGAAAGATCAG         TTTGGCTTCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 119325 GGCCACAGTGGAATGTGTGAAAGATCAGGTA...CAGTTTGGCTTCATTA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 ACTATGAAGTAGGAGATAGCAAGAAGCTCTTTTTCCATGTGAAAGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120162 ACTATGAAGTAGGAGATAGCAAGAAGCTCTTTTTCCATGTGAAAGAAGTT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 CAGGATGGCATTGAGCTACAGGCAGGAGATGAGGTGGAGTTCTCAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120212 CAGGATGGCATTGAGCTACAGGCAGGAGATGAGGTGGAGTTCTCAGTGAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 TCTTAATCAGCGCACTGGCAAGTGCAGCGCCTGTAATGTTTGGCGAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120262 TCTTAATCAGCGCACTGGCAAGTGCAGCGCCTGTAATGTTTGGCGAGTCT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 G         TGAGGGCCCCAAGGCTGTTGCAGCTCCTCGACCTGATCGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120312 GGTG...CAGTGAGGGCCCCAAGGCTGTTGCAGCTCCTCGACCTGATCGG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 TTGGTCAATCGCTTGAAGAATATCACTCTGGATGATGCCAGTGCTCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121186 TTGGTCAATCGCTTGAAGAATATCACTCTGGATGATGCCAGTGCTCCTCG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 CCTAATGGTTCTTCGTCAGCCAAGGGGACCAGATAACTCAATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 121236 CCTAATGGTTCTTCGTCAGCCAAGGGGACCAGATAACTCAATGGTA...C

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2350   GGGTTTGGTGCAGAAAGAAAGATCCGTCAAGCTGGTGTCATTGAC
        >>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121673 AGGGGTTTGGTGCAGAAAGAAAGATCCGTCAAGCTGGTGTCATTGAC