seq1 = pF1KSDA0859.tfa, 2097 bp
seq2 = pF1KSDA0859/gi568815597f_171681968.tfa (gi568815597f:171681968_171896753), 214786 bp

>pF1KSDA0859 2097
>gi568815597f:171681968_171896753 (Chr1)

1-153  (100001-100153)   100% ->
154-913  (101773-102532)   100% ->
914-1113  (103912-104111)   100% ->
1114-1309  (105768-105963)   100% ->
1310-1474  (108485-108649)   100% ->
1475-1693  (110050-110268)   100% ->
1694-1825  (112429-112560)   100% ->
1826-2097  (114515-114786)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACCTCTTACCTAAAAGTTCCAGGGAGTTTGGCTCCGTTGACTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACCTCTTACCTAAAAGTTCCAGGGAGTTTGGCTCCGTTGACTATTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGAAGTTCTTCCAGCAGCGAGGAAAGAAAGCTTTCGAGTGGTATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGAAGTTCTTCCAGCAGCGAGGAAAGAAAGCTTTCGAGTGGTATGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTACCTGGAACTGTGCGGGGTGCTACATAAATATATCAAGCCCAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTACCTGGAACTGTGCGGGGTGCTACATAAATATATCAAGCCCAGGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAG         GTGCTGGTGATTGGGTGTGGCAACTCAGAACTGAGTGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGGTG...CAGGTGCTGGTGATTGGGTGTGGCAACTCAGAACTGAGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAACTGTATGATGTGGGCTATCGGGATATAGTGAACATCGACATCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101811 GCAACTGTATGATGTGGGCTATCGGGATATAGTGAACATCGACATCAGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGTTGTCATCAAGCAAATGAAGGAATGTAATGCCACCCGACGGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101861 AGGTTGTCATCAAGCAAATGAAGGAATGTAATGCCACCCGACGGCCCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATGAGCTTCTTGAAGATGGACATGACGCAGATGGAGTTTCCTGATGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101911 ATGAGCTTCTTGAAGATGGACATGACGCAGATGGAGTTTCCTGATGCCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GTTCCAGGTGGTGTTGGACAAGGGCACCCTGGATGCTGTCCTGACAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101961 GTTCCAGGTGGTGTTGGACAAGGGCACCCTGGATGCTGTCCTGACAGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGGAAGAGAAGACCTTACAACAGGTGGACAGGATGCTGGCTGAGGTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102011 AGGAAGAGAAGACCTTACAACAGGTGGACAGGATGCTGGCTGAGGTTGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CGTGTCCTGCAGGTGGGCGGTCGCTATCTCTGCATCTCCCTGGCTCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102061 CGTGTCCTGCAGGTGGGCGGTCGCTATCTCTGCATCTCCCTGGCTCAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TCACATCCTGAAGAAAGCAGTGGGCCACTTCTCCCGGGAGGGGTGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102111 TCACATCCTGAAGAAAGCAGTGGGCCACTTCTCCCGGGAGGGGTGGATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGAGGGTGCACCAAGTGGCCAACAGCCAGGACCAGGTGTTGGAAGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102161 TGAGGGTGCACCAAGTGGCCAACAGCCAGGACCAGGTGTTGGAAGCAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CCTCAGTTCTCCTTGCCTGTCTTTGCCTTCATCATGACCAAGTTCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102211 CCTCAGTTCTCCTTGCCTGTCTTTGCCTTCATCATGACCAAGTTCAGGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGTCCCTGGCTCTGCCCTTCAGATCTTTGAGCTGTGTGCTCAGGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102261 AGTCCCTGGCTCTGCCCTTCAGATCTTTGAGCTGTGTGCTCAGGAGCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCAAGCCTGTGCGGCTGGAGAGTGCCGAGCGGCTGGCCGAGGCGGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102311 GCAAGCCTGTGCGGCTGGAGAGTGCCGAGCGGCTGGCCGAGGCGGTGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GAGCGACAGCAGTATGCCTGGCTGTGCAGCCAGCTGCGCCGCAAGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102361 GAGCGACAGCAGTATGCCTGGCTGTGCAGCCAGCTGCGCCGCAAGGCCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCTGGGGAGTGTGTCTCTGGACTTGTGCGATGGGGACACGGGGGAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102411 GCTGGGGAGTGTGTCTCTGGACTTGTGCGATGGGGACACGGGGGAGCCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GCTACACCCTCCACGTGGTGGACAGCCCCACTGTGAAACCATCGCGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102461 GCTACACCCTCCACGTGGTGGACAGCCCCACTGTGAAACCATCGCGGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AATCATTTTGCGATTTTCATCA         TCCCTCAGGGCCGGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102511 AATCATTTTGCGATTTTCATCAGTG...TAGTCCCTCAGGGCCGGGAGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CGAGTGGCTCTTTGGCATGGATGAGGGCCGGAAACAGCTGGCGGCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103931 CGAGTGGCTCTTTGGCATGGATGAGGGCCGGAAACAGCTGGCGGCCAGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CTGGCTTCAGGAGGTTGATTACAGTGGCCCTTCACCGAGGTCAGCAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103981 CTGGCTTCAGGAGGTTGATTACAGTGGCCCTTCACCGAGGTCAGCAGTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GAAAGCATGGACCACATCCAAGCTGAGCTGTCGGCTAGAGTCATGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104031 GAAAGCATGGACCACATCCAAGCTGAGCTGTCGGCTAGAGTCATGGAGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GGCCCCAGCTGGGATGCCCACCCAGCAGCAG         GTCCCCTTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 104081 GGCCCCAGCTGGGATGCCCACCCAGCAGCAGGTA...CAGGTCCCCTTTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TGTCTGTGGGTGGGGACATTGGGGTCCGGACCGTTCAGCACCAAGACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105778 TGTCTGTGGGTGGGGACATTGGGGTCCGGACCGTTCAGCACCAAGACTGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 AGCCCCTTGAGCGGTGACTATGTCATTGAGGATGTGCAAGGGGATGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105828 AGCCCCTTGAGCGGTGACTATGTCATTGAGGATGTGCAAGGGGATGACAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 GCGATACTTCCGTCGACTGATCTTCCTCAGCAACAGGAATGTGGTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105878 GCGATACTTCCGTCGACTGATCTTCCTCAGCAACAGGAATGTGGTGCAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CCGAAGCCAGGTTGCTGAAGGATGTGTCTCACAAAG         CCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 105928 CCGAAGCCAGGTTGCTGAAGGATGTGTCTCACAAAGGTG...TAGCCCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 AAGAAGCGGAAAAAGGACAGGAAGAAGCAGCGGCCTGCTGATGCGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108490 AAGAAGCGGAAAAAGGACAGGAAGAAGCAGCGGCCTGCTGATGCGGAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CCTCCCTGCAGCCCCGGGGCAGTCCATTGATAAGAGTTACCTGTGTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108540 CCTCCCTGCAGCCCCGGGGCAGTCCATTGATAAGAGTTACCTGTGTTGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 AACACCACAAAGCCATGATCGCTGGCCTTGCCCTGCTGAGAAACCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108590 AACACCACAAAGCCATGATCGCTGGCCTTGCCCTGCTGAGAAACCCAGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 CTACTCCTAG         AGATCCCACTGGCATTGTTGGTGGTAGGCCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 108640 CTACTCCTAGGTG...CAGAGATCCCACTGGCATTGTTGGTGGTAGGCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 GGGCGGGGGCAGCCTCCCCCTCTTTGTCCACGATCATTTTCCAAAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110081 GGGCGGGGGCAGCCTCCCCCTCTTTGTCCACGATCATTTTCCAAAGTCCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 GCATTGATGCTGTGGAGATCGATCCCTCCATGTTGGAAGTGGCCACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110131 GCATTGATGCTGTGGAGATCGATCCCTCCATGTTGGAAGTGGCCACCCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 TGGTTTGGCTTCTCCCAGAGTGACCGAATGAAGGTCCACATTGCAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110181 TGGTTTGGCTTCTCCCAGAGTGACCGAATGAAGGTCCACATTGCAGATGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 CCTGGACTATATCGCCAGCTTGGCAGGAGGAGGAGAAG         CAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 110231 CCTGGACTATATCGCCAGCTTGGCAGGAGGAGGAGAAGGTA...CAGCAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 GGCCTTGCTACGATGTCATAATGTTTGATGTTGACAGTAAGGACCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112432 GGCCTTGCTACGATGTCATAATGTTTGATGTTGACAGTAAGGACCCAACA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 CTGGGAATGAGTTGTCCGCCCCCAGCATTTGTGGAGCAATCTTTTCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112482 CTGGGAATGAGTTGTCCGCCCCCAGCATTTGTGGAGCAATCTTTTCTACA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 GAAGGTTAAAAGCATCTTGACTCCTGAAG         GTGTTTTTATTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 112532 GAAGGTTAAAAGCATCTTGACTCCTGAAGGTA...TAGGTGTTTTTATTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 TCAACCTTGTGTGCCGAGACTTGGGGCTAAAAGACTCAGTGCTGGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114527 TCAACCTTGTGTGCCGAGACTTGGGGCTAAAAGACTCAGTGCTGGCTGGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 CTCAAGGCAGTGTTCCCCCTCCTATATGTCCGGCGAATTGAGGGTGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114577 CTCAAGGCAGTGTTCCCCCTCCTATATGTCCGGCGAATTGAGGGTGAAGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1938 GAATGAGATCCTGTTCTGTCAGCTGCACCCTGAGCAAAAACTTGCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114627 GAATGAGATCCTGTTCTGTCAGCTGCACCCTGAGCAAAAACTTGCCACAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1988 CAGAGCTCCTAGAAACAGCCCAGGCTTTGGAGCGGACCCTGAGGAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114677 CAGAGCTCCTAGAAACAGCCCAGGCTTTGGAGCGGACCCTGAGGAAGCCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038 GGGAGGGGTTGGGATGACACGTATGTCTTGTCAGATATGCTCAAGACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114727 GGGAGGGGTTGGGATGACACGTATGTCTTGTCAGATATGCTCAAGACGGT

   2150     .    :
   2088 GAAAATTGTG
        ||||||||||
 114777 GAAAATTGTG