seq1 = pF1KSDA0778.tfa, 3060 bp
seq2 = pF1KSDA0778/gi568815597f_160020905.tfa (gi568815597f:160020905_160239985), 219081 bp

>pF1KSDA0778 3060
>gi568815597f:160020905_160239985 (Chr1)

6-117  (99995-100106)   97% ->
118-177  (100288-100347)   100% ->
178-381  (102309-102512)   100% ->
382-495  (103039-103152)   100% ->
496-630  (103392-103526)   100% ->
631-748  (104232-104349)   100% ->
749-1017  (106648-106916)   100% ->
1018-1216  (107748-107946)   99% ->
1217-1326  (108076-108185)   100% ->
1327-1461  (108362-108496)   100% ->
1462-1651  (109198-109387)   100% ->
1652-1827  (109518-109693)   100% ->
1828-1964  (113580-113716)   100% ->
1965-2115  (114241-114391)   100% ->
2116-2284  (114530-114698)   100% ->
2285-2439  (114935-115089)   100% ->
2440-2563  (115343-115466)   100% ->
2564-2709  (115666-115811)   100% ->
2710-2840  (115997-116127)   100% ->
2841-2942  (118736-118837)   100% ->
2943-3034  (118989-119080)   100% ->
3035-3060  (120390-120415)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      6 CCGTGGGGCTGGCCGTGAGTACTCACCTGCCGCCACCACGGCAGAGAATG
        || |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99995 CCCTCAGGCTGGCCGTGAGTACTCACCTGCCGCCACCACGGCAGAGAATG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     56 GGGGCGGCAAGAAGAAACAGAAGGAGAAGGAACTGGATGAGCTGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100045 GGGGCGGCAAGAAGAAACAGAAGGAGAAGGAACTGGATGAGCTGAAGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    106 GAGGTGGCAATG         GATGACCACAAGCTGTCCTTGGATGAGCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100095 GAGGTGGCAATGGTG...CAGGATGACCACAAGCTGTCCTTGGATGAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    147 GGGCCGCAAATACCAAGTGGACCTGTCCAAG         GGCCTCACCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100317 GGGCCGCAAATACCAAGTGGACCTGTCCAAGGTG...CAGGGCCTCACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    188 ACCAGCGGGCTCAGGACGTTCTGGCTCGAGATGGGCCCAACGCCCTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102319 ACCAGCGGGCTCAGGACGTTCTGGCTCGAGATGGGCCCAACGCCCTCACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    238 CCACCTCCCACAACCCCTGAGTGGGTCAAGTTCTGCCGTCAGCTTTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102369 CCACCTCCCACAACCCCTGAGTGGGTCAAGTTCTGCCGTCAGCTTTTCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    288 GGGGTTCTCCATCCTGCTGTGGATTGGGGCTATCCTCTGCTTCCTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102419 GGGGTTCTCCATCCTGCTGTGGATTGGGGCTATCCTCTGCTTCCTGGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    338 ACGGCATCCAGGCTGCCATGGAGGATGAACCATCCAACGACAAT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 102469 ACGGCATCCAGGCTGCCATGGAGGATGAACCATCCAACGACAATGTG...

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    382    CTATATCTGGGTGTGGTGCTGGCAGCTGTGGTCATTGTCACTGGCTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103036 CAGCTATATCTGGGTGTGGTGCTGGCAGCTGTGGTCATTGTCACTGGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    429 CTTCTCCTACTACCAGGAGGCCAAGAGCTCCAAGATCATGGATTCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103086 CTTCTCCTACTACCAGGAGGCCAAGAGCTCCAAGATCATGGATTCCTTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    479 AGAACATGGTACCTCAG         CAAGCCCTTGTGATCCGGGAGGGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 103136 AGAACATGGTACCTCAGGTA...CAGCAAGCCCTTGTGATCCGGGAGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    520 GAGAAGATGCAGATCAACGCAGAGGAAGTGGTGGTGGGAGACCTGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103416 GAGAAGATGCAGATCAACGCAGAGGAAGTGGTGGTGGGAGACCTGGTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    570 GGTGAAGGGTGGAGACCGCGTCCCTGCTGACCTCCGGATCATCTCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103466 GGTGAAGGGTGGAGACCGCGTCCCTGCTGACCTCCGGATCATCTCTTCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    620 ATGGCTGTAAG         GTGGATAACTCATCCTTAACAGGAGAGTCG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103516 ATGGCTGTAAGGTG...CAGGTGGATAACTCATCCTTAACAGGAGAGTCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    661 GAGCCCCAGACCCGCTCCCCCGAGTTCACCCATGAGAACCCCCTGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104262 GAGCCCCAGACCCGCTCCCCCGAGTTCACCCATGAGAACCCCCTGGAGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    711 CCGCAATATCTGTTTCTTCTCCACCAACTGTGTTGAAG         GCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 104312 CCGCAATATCTGTTTCTTCTCCACCAACTGTGTTGAAGGTG...CAGGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    752 CTGCCAGGGGCATTGTGATTGCCACAGGAGACCGGACGGTGATGGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106651 CTGCCAGGGGCATTGTGATTGCCACAGGAGACCGGACGGTGATGGGCCGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802 ATAGCTACTCTCGCCTCAGGCCTGGAGGTTGGGCGGACACCCATAGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106701 ATAGCTACTCTCGCCTCAGGCCTGGAGGTTGGGCGGACACCCATAGCAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    852 GGAGATTGAACACTTCATCCAGCTGATCACAGGGGTCGCTGTATTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106751 GGAGATTGAACACTTCATCCAGCTGATCACAGGGGTCGCTGTATTCCTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 GGGTCTCCTTCTTCGTGCTCTCCCTCATCCTGGGCTACAGCTGGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106801 GGGTCTCCTTCTTCGTGCTCTCCCTCATCCTGGGCTACAGCTGGCTGGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 GCAGTCATCTTCCTCATCGGCATCATAGTGGCCAACGTGCCTGAGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106851 GCAGTCATCTTCCTCATCGGCATCATAGTGGCCAACGTGCCTGAGGGGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 TCTGGCCACTGTCACT         GTGTGCCTGACCCTGACAGCCAAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 106901 TCTGGCCACTGTCACTGTG...CAGGTGTGCCTGACCCTGACAGCCAAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 GCATGGCACGGAAGAACTGCCTGGTGAAGAACCTGGAGGCGGTGGAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107773 GCATGGCACGGAAGAACTGCCTGGTGAAGAACCTGGAGGCGGTGGAGACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 CTGGGCTCCACGTCCACCATCTGCTCAGACAAGACGGGCACCCTCACCCA
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 107823 CTGGGCTCCACGTCCACCATCTGCTCGGACAAGACGGGCACCCTCACCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 GAACCGCATGACCGTCGCCCACATGTGGTTCGACAACCAAATCCATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107873 GAACCGCATGACCGTCGCCCACATGTGGTTCGACAACCAAATCCATGAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 CTGACACCACCGAAGATCAGTCTG         GGGCCACTTTTGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 107923 CTGACACCACCGAAGATCAGTCTGGTG...CAGGGGCCACTTTTGACAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 CGATCCCCTACGTGGACGGCCCTGTCTCGAATTGCTGGTCTCTGCAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108093 CGATCCCCTACGTGGACGGCCCTGTCTCGAATTGCTGGTCTCTGCAACCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 CGCCGTCTTCAAGGCAGGACAGGAGAACATCTCCGTGTCTAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 108143 CGCCGTCTTCAAGGCAGGACAGGAGAACATCTCCGTGTCTAAGGTA...C

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1327   CGGGACACAGCTGGTGATGCCTCTGAGTCAGCTCTGCTCAAGTGCATT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108360 AGCGGGACACAGCTGGTGATGCCTCTGAGTCAGCTCTGCTCAAGTGCATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 GAGCTCTCCTGTGGCTCAGTGAGGAAAATGAGAGACAGAAACCCCAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108410 GAGCTCTCCTGTGGCTCAGTGAGGAAAATGAGAGACAGAAACCCCAAGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 GGCAGAGATTCCTTTCAACTCTACCAACAAGTACCAG         CTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 108460 GGCAGAGATTCCTTTCAACTCTACCAACAAGTACCAGGTC...CAGCTGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 CTATCCACGAGCGAGAAGACAGCCCCCAGAGCCACGTGCTGGTGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109202 CTATCCACGAGCGAGAAGACAGCCCCCAGAGCCACGTGCTGGTGATGAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 GGGGCCCCAGAGCGCATTCTGGACCGGTGCTCCACCATCCTGGTGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109252 GGGGCCCCAGAGCGCATTCTGGACCGGTGCTCCACCATCCTGGTGCAGGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 CAAGGAGATCCCGCTCGACAAGGAGATGCAAGATGCCTTTCAAAATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109302 CAAGGAGATCCCGCTCGACAAGGAGATGCAAGATGCCTTTCAAAATGCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 ACATGGAGCTGGGGGGACTTGGGGAGCGTGTGCTGG         GATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 109352 ACATGGAGCTGGGGGGACTTGGGGAGCGTGTGCTGGGTG...TAGGATTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 TGTCAACTGAATCTGCCATCTGGAAAGTTTCCTCGGGGCTTCAAATTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109523 TGTCAACTGAATCTGCCATCTGGAAAGTTTCCTCGGGGCTTCAAATTCGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 CACGGATGAGCTGAACTTTCCCACGGAGAAGCTTTGCTTTGTGGGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109573 CACGGATGAGCTGAACTTTCCCACGGAGAAGCTTTGCTTTGTGGGGCTCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 TGTCTATGATTGACCCTCCCCGGGCTGCTGTGCCAGATGCTGTGGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109623 TGTCTATGATTGACCCTCCCCGGGCTGCTGTGCCAGATGCTGTGGGCAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 TGCCGAAGCGCAGGCATCAAG         GTGATCATGGTAACCGGGGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 109673 TGCCGAAGCGCAGGCATCAAGGTA...TAGGTGATCATGGTAACCGGGGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1848 TCACCCTATCACAGCCAAGGCCATTGCCAAAGGCGTGGGCATCATATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113600 TCACCCTATCACAGCCAAGGCCATTGCCAAAGGCGTGGGCATCATATCAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 AGGGTAACGAGACTGTGGAGGACATTGCAGCCCGGCTCAACATTCCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113650 AGGGTAACGAGACTGTGGAGGACATTGCAGCCCGGCTCAACATTCCCATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 AGTCAAGTCAACCCCAG         AGAAGCCAAGGCATGCGTGGTGCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 113700 AGTCAAGTCAACCCCAGGTG...CAGAGAAGCCAAGGCATGCGTGGTGCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 CGGCTCTGACCTGAAGGACATGACATCGGAGCAGCTCGATGAGATCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114265 CGGCTCTGACCTGAAGGACATGACATCGGAGCAGCTCGATGAGATCCTCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 AGAACCACACAGAGATCGTCTTTGCTCGAACGTCTCCCCAGCAGAAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114315 AGAACCACACAGAGATCGTCTTTGCTCGAACGTCTCCCCAGCAGAAGCTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 ATCATTGTGGAGGGATGTCAGAGGCAG         GGAGCCATTGTGGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 114365 ATCATTGTGGAGGGATGTCAGAGGCAGGTG...CAGGGAGCCATTGTGGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2130 CGTGACGGGTGACGGGGTGAACGACTCCCCTGCATTGAAGAAGGCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114544 CGTGACGGGTGACGGGGTGAACGACTCCCCTGCATTGAAGAAGGCTGACA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2180 TTGGCATTGCCATGGGCATCTCTGGCTCTGACGTCTCTAAGCAGGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114594 TTGGCATTGCCATGGGCATCTCTGGCTCTGACGTCTCTAAGCAGGCAGCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2230 GACATGATCCTGCTGGATGACAACTTTGCCTCCATCGTCACGGGGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114644 GACATGATCCTGCTGGATGACAACTTTGCCTCCATCGTCACGGGGGTGGA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2280 GGAGG         GCCGCCTGATCTTTGACAACTTGAAGAAATCCATCG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114694 GGAGGGTG...CAGGCCGCCTGATCTTTGACAACTTGAAGAAATCCATCG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2321 CCTACACCCTGACCAGCAACATCCCCGAGATCACCCCCTTCCTGCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114971 CCTACACCCTGACCAGCAACATCCCCGAGATCACCCCCTTCCTGCTGTTC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2371 ATCATTGCCAACATCCCCCTACCTCTGGGCACTGTGACCATCCTTTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115021 ATCATTGCCAACATCCCCCTACCTCTGGGCACTGTGACCATCCTTTGCAT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2421 TGACCTGGGCACAGATATG         GTCCCTGCCATCTCCTTGGCCT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 115071 TGACCTGGGCACAGATATGGTG...CAGGTCCCTGCCATCTCCTTGGCCT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2462 ATGAGGCAGCTGAGAGTGATATCATGAAGCGGCAGCCACGAAACTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115365 ATGAGGCAGCTGAGAGTGATATCATGAAGCGGCAGCCACGAAACTCCCAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2512 ACGGACAAGCTGGTGAATGAGAGGCTCATCAGCATGGCCTACGGACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115415 ACGGACAAGCTGGTGAATGAGAGGCTCATCAGCATGGCCTACGGACAGAT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2562 CG         GGATGATCCAGGCACTGGGTGGCTTCTTCACCTACTTTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115465 CGGTG...CAGGGATGATCCAGGCACTGGGTGGCTTCTTCACCTACTTTG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2603 TGATCCTGGCAGAGAACGGTTTCCTGCCATCACGGCTACTGGGAATCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115705 TGATCCTGGCAGAGAACGGTTTCCTGCCATCACGGCTACTGGGAATCCGC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2653 CTCGACTGGGATGACCGGACCATGAATGATCTGGAGGACAGCTATGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115755 CTCGACTGGGATGACCGGACCATGAATGATCTGGAGGACAGCTATGGACA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2703 GGAGTGG         ACCTATGAGCAGCGGAAGGTGGTGGAGTTCACGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115805 GGAGTGGGTG...CAGACCTATGAGCAGCGGAAGGTGGTGGAGTTCACGT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2744 GCCACACGGCATTCTTTGCCAGCATCGTGGTGGTGCAGTGGGCTGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116031 GCCACACGGCATTCTTTGCCAGCATCGTGGTGGTGCAGTGGGCTGACCTC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2794 ATCATCTGCAAGACCCGCCGCAACTCAGTCTTCCAGCAGGGCATGAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 116081 ATCATCTGCAAGACCCGCCGCAACTCAGTCTTCCAGCAGGGCATGAAGTG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2841       GAACAAGATCCTGATTTTTGGGCTCCTGGAGGAGACGGCGTTGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116131 ...CAGGAACAAGATCCTGATTTTTGGGCTCCTGGAGGAGACGGCGTTGG

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2885 CTGCCTTTCTCTCTTACTGCCCAGGCATGGGTGTAGCCCTCCGCATGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118780 CTGCCTTTCTCTCTTACTGCCCAGGCATGGGTGTAGCCCTCCGCATGTAC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2935 CCGCTCAA         AGTCACCTGGTGGTTCTGCGCCTTCCCCTACAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 118830 CCGCTCAAGTG...CAGAGTCACCTGGTGGTTCTGCGCCTTCCCCTACAG

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2976 CCTCCTCATCTTCATCTATGATGAGGTCCGAAAGCTCATCCTGCGGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119022 CCTCCTCATCTTCATCTATGATGAGGTCCGAAAGCTCATCCTGCGGCGGT

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :
   3026 ATCCTGGTG         GCTGGGTGGAGAAGGAGACATACTAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 119072 ATCCTGGTGGTA...CAGGCTGGGTGGAGAAGGAGACATACTAC