seq1 = pF1KSDA0769.tfa, 2052 bp
seq2 = pF1KSDA0769/gi568815587r_72738794.tfa (gi568815587r:72738794_73115882), 377089 bp

>pF1KSDA0769 2052
>gi568815587r:72738794_73115882 (Chr11)

(complement)

1-74  (100001-100074)   100% ->
75-219  (114749-114893)   100% ->
220-353  (126786-126919)   100% ->
354-408  (130767-130821)   100% ->
409-537  (131667-131795)   100% ->
538-660  (193933-194055)   100% ->
661-756  (213245-213340)   100% ->
757-873  (225938-226054)   100% ->
874-978  (228309-228413)   100% ->
979-1140  (247857-248018)   100% ->
1141-1275  (265994-266128)   100% ->
1276-1359  (272351-272434)   100% ->
1360-1537  (272555-272732)   100% ->
1538-1758  (273042-273262)   100% ->
1759-1888  (274300-274429)   100% ->
1889-1971  (274924-275006)   100% ->
1972-2052  (277009-277089)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGAAGTTGGCTAGTCAATACCTGAAGAGAGATTGGCCTGGAGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGAAGTTGGCTAGTCAATACCTGAAGAGAGATTGGCCTGGAGTAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCTGATGATCGGAATGATTACAG         GAGCATGTATCCCGTTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100051 AGCTGATGATCGGAATGATTACAGGTA...TAGGAGCATGTATCCCGTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGAAATCTTTTCTCGAGGGAACAATGCAGGTAGCCCAGTCTCGGATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114766 GGAAATCTTTTCTCGAGGGAACAATGCAGGTAGCCCAGTCTCGGATGAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATATGTGAAAACTATAAAAACTTCATTTCTGAGCCTGCAAGGACAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114816 ATATGTGAAAACTATAAAAACTTCATTTCTGAGCCTGCAAGGACAGTGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAGCTTAAAAGAACAGCAACTAAAAAGG         TGTGTGGACCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 114866 AAGCTTAAAAGAACAGCAACTAAAAAGGGTA...CAGTGTGTGGACCAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGACAAAGATCCAAACTGAATTACAAGAGACAGTGAAAGATTTAGCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126799 TGACAAAGATCCAAACTGAATTACAAGAGACAGTGAAAGATTTAGCTAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCAAAAAGAAATACTTTGAGACTGAACAGATGGCTCATGCAGTACGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126849 GGCAAAAAGAAATACTTTGAGACTGAACAGATGGCTCATGCAGTACGAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAAGCTGACATCGAGGCAAA         ATCTAAACTTAGTCTTTTTC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 126899 GAAAGCTGACATCGAGGCAAAGTA...TAGATCTAAACTTAGTCTTTTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AATCAAGAATCAGTTTACAGAAGGCAAGTGTAAAG         TTAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 130787 AATCAAGAATCAGTTTACAGAAGGCAAGTGTAAAGGTA...TAGTTAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCCCGGCGATCTGAGTGTAATTCCAAAGCTACCCACGCAAGGAATGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131673 GCCCGGCGATCTGAGTGTAATTCCAAAGCTACCCACGCAAGGAATGATTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCTTCTTACCCTAGCGGCAGCAAATGCACATCAGGATCGCTACTATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131723 TCTTCTTACCCTAGCGGCAGCAAATGCACATCAGGATCGCTACTATCAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGATTTAGTTAACATTATGAAG         GCTCTTGATGGAAATGTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 131773 CAGATTTAGTTAACATTATGAAGGTA...CAGGCTCTTGATGGAAATGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TATGATCATCTCAAGGATTATTTAATAGCCTTCAGCCGGACTGAGCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193951 TATGATCATCTCAAGGATTATTTAATAGCCTTCAGCCGGACTGAGCTAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AACATGCCAAGCTGTGCAGAACACATTCCAGTTTTTATTAGAAAACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194001 AACATGCCAAGCTGTGCAGAACACATTCCAGTTTTTATTAGAAAACTCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCAAG         GTGGTCCGGGACTACAATCTTCAGCTGTTTTTGCAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194051 GCAAGGTA...TAGGTGGTCCGGGACTACAATCTTCAGCTGTTTTTGCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAAAACGCTGTATTTCACAAACCCCAGCCCTTCCAGTTCCAGCCTTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213281 GAAAACGCTGTATTTCACAAACCCCAGCCCTTCCAGTTCCAGCCTTGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CAGTGATACT         AGCCGACAGTTAGAATCAGAAACTGGGACCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 213331 CAGTGATACTGTA...TAGAGCCGACAGTTAGAATCAGAAACTGGGACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAGAGGAGCACAGTCTAAATAAGGAAGCTCGAAAATGGGCCACACGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225969 CAGAGGAGCACAGTCTAAATAAGGAAGCTCGAAAATGGGCCACACGTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCACGTGAGCATAAAAACATTGTTCACCAACAACGG         GTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 226019 GCACGTGAGCATAAAAACATTGTTCACCAACAACGGGTA...TAGGTTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AAATGATCTGGAGTGTCATGGAGCTGCTGTATCAGAACAAAGCCGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228314 AAATGATCTGGAGTGTCATGGAGCTGCTGTATCAGAACAAAGCCGAGCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGCTAGAACAGAAAATAGATGAAGCTAGAGAAAATATTCGTAAAGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228364 AGCTAGAACAGAAAATAGATGAAGCTAGAGAAAATATTCGTAAAGCAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979          ATAATTAAATTGAAAGCTGAAGCCCGGTTGGACCTGCTAAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228414 GTA...TAGATAATTAAATTGAAAGCTGAAGCCCGGTTGGACCTGCTAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GCAGATTGGTGTTTCTGTGGACACATGGCTAAAGAGTGCCATGAACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247898 GCAGATTGGTGTTTCTGTGGACACATGGCTAAAGAGTGCCATGAACCAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TAATGGAAGAACTGGAAAATGAGCGATGGGCCCGCCCTCCTGCAGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247948 TAATGGAAGAACTGGAAAATGAGCGATGGGCCCGCCCTCCTGCAGTGACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AGTAATGGCACTTTACACTCG         CTTAATGCAGATACCGAAAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 247998 AGTAATGGCACTTTACACTCGGTA...TAGCTTAATGCAGATACCGAAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AGAAGAAGGCGAAGAGTTTGAAGATAACATGGATGTTTTCGATGACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266014 AGAAGAAGGCGAAGAGTTTGAAGATAACATGGATGTTTTCGATGACAGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GTTCCAGCCCTTCTGGCACCTTAAGAAATTATCCACTCACCTGCAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266064 GTTCCAGCCCTTCTGGCACCTTAAGAAATTATCCACTCACCTGCAAAGTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GTTTATTCCTACAAG         GCTTCTCAACCAGATGAGTTGACCAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 266114 GTTTATTCCTACAAGGTT...CAGGCTTCTCAACCAGATGAGTTGACCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TGAGGAACATGAGGTGTTAGAAGTGATTGAAGATGGAGATATGGAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272377 TGAGGAACATGAGGTGTTAGAAGTGATTGAAGATGGAGATATGGAAGACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GGGTAAAG         GCTCGAAATAAAGTTGGCCAAGTGGGTTATGTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 272427 GGGTAAAGGTA...CAGGCTCGAAATAAAGTTGGCCAAGTGGGTTATGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CCAGAAAAGTACCTACAGTTTCCCACCTCGAACAGCCTCCTGAGCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272588 CCAGAAAAGTACCTACAGTTTCCCACCTCGAACAGCCTCCTGAGCATGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GCAGTCCCTGGCCGCTTTGGACAGTCGGTCACACACGTCCAGCAATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272638 GCAGTCCCTGGCCGCTTTGGACAGTCGGTCACACACGTCCAGCAATTCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CGGAAGCAGAACTCGTTTCAGGCAGCCTCAACGGAGATGCCAGTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 272688 CGGAAGCAGAACTCGTTTCAGGCAGCCTCAACGGAGATGCCAGTGGTA..

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538     TATGTTTTGTGAAAGCACTTTATGATTATGAGGGCCAGACAGATGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272738 .TAGTATGTTTTGTGAAAGCACTTTATGATTATGAGGGCCAGACAGATGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TGAGTTATCTTTTCCTGAGGGAGCAATAATCCGTATCTTGAACAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273088 TGAGTTATCTTTTCCTGAGGGAGCAATAATCCGTATCTTGAACAAAGAAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 ACCAAGATGATGATGGCTTCTGGGAAGGGGAATTCAATGGGCGTATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273138 ACCAAGATGATGATGGCTTCTGGGAAGGGGAATTCAATGGGCGTATTGGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GTTTTCCCATCGGTGCTAGTGGAAGAACTTTCAGCCTCAGAAAATGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273188 GTTTTCCCATCGGTGCTAGTGGAAGAACTTTCAGCCTCAGAAAATGGTGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CACTCCATGGATGAGAGAGATTCAG         ATCTCTCCTTCCCCCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 273238 CACTCCATGGATGAGAGAGATTCAGGTA...CAGATCTCTCCTTCCCCCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 AGCCACACGCCTCCCTGCCTCCACTGCCGTTGTACGACCAGCCTCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274316 AGCCACACGCCTCCCTGCCTCCACTGCCGTTGTACGACCAGCCTCCCAGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 AGCCCCTACCCCAGCCCAGATAAGAGGAGCTCCCTGTACTTTCCCCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274366 AGCCCCTACCCCAGCCCAGATAAGAGGAGCTCCCTGTACTTTCCCCGGTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 TCCTTCAGCAAACG         AAAAAAGCCTTCATGCTGAGTCACCAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 274416 TCCTTCAGCAAACGGTA...TAGAAAAAAGCCTTCATGCTGAGTCACCAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 GATTCTCACAGGCATCAAGGCATACTCCTGAGACCTCATATGGCAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274951 GATTCTCACAGGCATCAAGGCATACTCCTGAGACCTCATATGGCAAACTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 CGACCT         GTCCGGGCAGCTCCCCCTCCACCTACACAGAATCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275001 CGACCTGTA...CAGGTCCGGGCAGCTCCCCCTCCACCTACACAGAATCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2007 CCGAAGGCCAGCAGAGAAGATTGAAGATGTGGAAATCACACTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277044 CCGAAGGCCAGCAGAGAAGATTGAAGATGTGGAAATCACACTGGTG