seq1 = pF1KSDA0735.tfa, 2049 bp
seq2 = pF1KSDA0735/gi568815583f_91126264.tfa (gi568815583f:91126264_91392549), 266286 bp

>pF1KSDA0735 2049
>gi568815583f:91126264_91392549 (Chr15)

1-451  (100001-100451)   100% ->
452-632  (125556-125736)   100% ->
633-784  (126106-126257)   100% ->
785-918  (132158-132291)   100% ->
919-1008  (134057-134146)   100% ->
1009-1119  (140319-140429)   100% ->
1120-1208  (141292-141380)   100% ->
1209-1373  (142178-142342)   100% ->
1374-1507  (155465-155598)   100% ->
1508-1708  (157758-157958)   100% ->
1709-1868  (163258-163417)   100% ->
1869-2049  (166106-166286)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGACTACAAGTATCAGGACAATTATGGGGGCTATGCTCCCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGACTACAAGTATCAGGACAATTATGGGGGCTATGCTCCCAGTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGCTATTACCGCGGCAATGAGTCCAACCCAGAAGAAGATGCACAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGCTATTACCGCGGCAATGAGTCCAACCCAGAAGAAGATGCACAGAGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGTCACCGAAGGCCATGATGAGGAAGACGAGATCTATGAGGGCGAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGTCACCGAAGGCCATGATGAGGAAGACGAGATCTATGAGGGCGAGTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGGGTATCCCTCACCCAGATGATGTCAAGGCCAAGCAGGCCAAGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGGGTATCCCTCACCCAGATGATGTCAAGGCCAAGCAGGCCAAGATGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCCTCCAGAATGGACAGCCTTCGGGGCCAGACAGACCTGATGGCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCCCTCCAGAATGGACAGCCTTCGGGGCCAGACAGACCTGATGGCTGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGCTGGAAGATGAGGAGCAGTTGGCCCACCAGTACGAGACCATCATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGCTGGAAGATGAGGAGCAGTTGGCCCACCAGTACGAGACCATCATGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGTGTGGCCATGGCCGCTTCCAGTGGATCCTCTTTTTCGTCTTGGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAGTGTGGCCATGGCCGCTTCCAGTGGATCCTCTTTTTCGTCTTGGGTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCCCTGATGGCCGATGGGGTGGAAGTGTTCGTGGTGAGTTTTGCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGCCCTGATGGCCGATGGGGTGGAAGTGTTCGTGGTGAGTTTTGCCCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCAGTGCAGAGAAGGACATGTGTCTGTCCAGTTCCAAAAAAGGAATGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCAGTGCAGAGAAGGACATGTGTCTGTCCAGTTCCAAAAAAGGAATGCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 G         GGATGATAGTCTACTTGGGAATGATGGCGGGCGCCTTCAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGTA...CAGGGATGATAGTCTACTTGGGAATGATGGCGGGCGCCTTCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCTGGGAGGCCTGGCTGATAAGCTGGGAAGGAAGCGAGTCCTCAGCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125596 CCTGGGAGGCCTGGCTGATAAGCTGGGAAGGAAGCGAGTCCTCAGCATGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTCTGGCCGTCAATGCCTCCTTCGCCTCCCTCTCTTCCTTCGTGCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125646 CTCTGGCCGTCAATGCCTCCTTCGCCTCCCTCTCTTCCTTCGTGCAGGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TATGGAGCCTTCCTCTTCTGCCGACTCATCTCAGGCATCGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 125696 TATGGAGCCTTCCTCTTCTGCCGACTCATCTCAGGCATCGGGTA...CAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TATTGGGGGTGCTCTACCGATTGTTTTTGCCTATTTTTCTGAATTCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126106 TATTGGGGGTGCTCTACCGATTGTTTTTGCCTATTTTTCTGAATTCTTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CTCGGGAGAAGCGAGGAGAACACCTCAGTTGGCTGGGCATCTTCTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126156 CTCGGGAGAAGCGAGGAGAACACCTCAGTTGGCTGGGCATCTTCTGGATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 ACTGGGGGCCTGTACGCATCTGCCATGGCCTGGAGCATCATCCCACACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126206 ACTGGGGGCCTGTACGCATCTGCCATGGCCTGGAGCATCATCCCACACTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TG         GCTGGGGCTTCAGCATGGGGACCAATTACCACTTCCATA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126256 TGGTG...CAGGCTGGGGCTTCAGCATGGGGACCAATTACCACTTCCATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GCTGGAGAGTGTTTGTCATCGTCTGTGCTCTGCCCTGCACCGTGTCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132197 GCTGGAGAGTGTTTGTCATCGTCTGTGCTCTGCCCTGCACCGTGTCCATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GTGGCCCTGAAGTTCATGCCAGAGAGCCCAAGGTTTCTGCTAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 132247 GTGGCCCTGAAGTTCATGCCAGAGAGCCCAAGGTTTCTGCTAGAGGTG..

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    919     ATGGGCAAACATGATGAAGCCTGGATGATTCTCAAGCAAGTCCATG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132297 .CAGATGGGCAAACATGATGAAGCCTGGATGATTCTCAAGCAAGTCCATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ACACCAACATGAGAGCTAAGGGGACCCCAGAGAAAGTGTTCACG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 134103 ACACCAACATGAGAGCTAAGGGGACCCCAGAGAAAGTGTTCACGGTG...

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1009    GTTTCCAACATCAAAACTCCCAAGCAAATGGATGAATTCATTGAGAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140316 CAGGTTTCCAACATCAAAACTCCCAAGCAAATGGATGAATTCATTGAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CCAAAGTTCAACAGGAACCTGGTACCAGCGCTGGCTGGTCAGATTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140366 CCAAAGTTCAACAGGAACCTGGTACCAGCGCTGGCTGGTCAGATTCAAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CCATTTTCAAGCAG         GTCTGGGATAATGCCCTGTACTGTGTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 140416 CCATTTTCAAGCAGGTA...TAGGTCTGGGATAATGCCCTGTACTGTGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ATGGGGCCCTACAGAATGAATACACTGATTCTGGCCGTGGTTTGGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141319 ATGGGGCCCTACAGAATGAATACACTGATTCTGGCCGTGGTTTGGTTTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CATGGCATTCAG         TTACTATGGACTGACAGTTTGGTTTCCTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 141369 CATGGCATTCAGGTA...CAGTTACTATGGACTGACAGTTTGGTTTCCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ATATGATCCGCTATTTTCAAGATGAAGAATACAAGTCTAAAATGAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142207 ATATGATCCGCTATTTTCAAGATGAAGAATACAAGTCTAAAATGAAGGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TTTTTTGGTGAGCATGTGTACGGCGCCACAATCAACTTCACGATGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142257 TTTTTTGGTGAGCATGTGTACGGCGCCACAATCAACTTCACGATGGAAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TCAGATCCACCAACATGGGAAACTTGTGAATGATAA         GTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 142307 TCAGATCCACCAACATGGGAAACTTGTGAATGATAAGTA...CAGGTTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CAAGAATGTACTTTAAACATGTACTCTTTGAGGACACATTCTTTGACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155470 CAAGAATGTACTTTAAACATGTACTCTTTGAGGACACATTCTTTGACGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 TGCTATTTTGAAGACGTAACATCAACAGATACCTACTTCAAAAATTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155520 TGCTATTTTGAAGACGTAACATCAACAGATACCTACTTCAAAAATTGTAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CATTGAATCAACCATCTTTTACAACACAG         ACCTCTACGAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 155570 CATTGAATCAACCATCTTTTACAACACAGGTA...CAGACCTCTACGAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 ACAAGTTCATCAACTGTCGGTTTATCAACTCCACCTTCCTGGAGCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157770 ACAAGTTCATCAACTGTCGGTTTATCAACTCCACCTTCCTGGAGCAGAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GAGGGCTGCCACATGGACTTGGAGCAAGATAATGACTTCCTGATTTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157820 GAGGGCTGCCACATGGACTTGGAGCAAGATAATGACTTCCTGATTTACCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 CGTCAGCTTCCTGGGCAGCCTGTCTGTCTTACCCGGGAACATCATTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157870 CGTCAGCTTCCTGGGCAGCCTGTCTGTCTTACCCGGGAACATCATTTCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 CCCTGCTCATGGATAGAATTGGAAGGCTCAAGATGATTG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 157920 CCCTGCTCATGGATAGAATTGGAAGGCTCAAGATGATTGGTG...CAGGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GGCTCCATGCTAATCTCTGCAGTCTGCTGCTTCTTCCTGTTTTTTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163260 GGCTCCATGCTAATCTCTGCAGTCTGCTGCTTCTTCCTGTTTTTTGGCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 CAGTGAGTCTGCAATGATCGGCTGGCAGTGCCTGTTCTGTGGGACAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163310 CAGTGAGTCTGCAATGATCGGCTGGCAGTGCCTGTTCTGTGGGACAAGCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 TTGCAGCCTGGAATGCTCTGGATGTGATCACAGTGGAGCTGTATCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163360 TTGCAGCCTGGAATGCTCTGGATGTGATCACAGTGGAGCTGTATCCCACC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 AACCAGAG         AGCAACAGCCTTCGGCATTCTCAATGGATTATG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 163410 AACCAGAGGTC...CAGAGCAACAGCCTTCGGCATTCTCAATGGATTATG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 CAAATTTGGCGCCATCCTGGGAAACACCATCTTTGCTTCTTTTGTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166139 CAAATTTGGCGCCATCCTGGGAAACACCATCTTTGCTTCTTTTGTTGGGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 TAACCAAAGTGGTCCCCATCCTTCTGGCTGCTGCTTCTCTGGTTGGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166189 TAACCAAAGTGGTCCCCATCCTTCTGGCTGCTGCTTCTCTGGTTGGGGGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2002 GGCCTGATTGCCCTTCGACTGCCAGAGACTCGAGAACAGGTCCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166239 GGCCTGATTGCCCTTCGACTGCCAGAGACTCGAGAACAGGTCCTGATG