seq1 = pF1KSDA0723.tfa, 2541 bp
seq2 = pF1KSDA0723/gi568815593f_139207416.tfa (gi568815593f:139207416_139429392), 221977 bp

>pF1KSDA0723 2541
>gi568815593f:139207416_139429392 (Chr5)

1-912  (100001-100912)   100% ->
913-974  (107260-107321)   100% ->
975-1016  (108282-108323)   100% ->
1017-1129  (108661-108773)   100% ->
1130-1182  (109638-109690)   100% ->
1183-1308  (110181-110306)   100% ->
1309-1434  (111493-111618)   100% ->
1435-1602  (111919-112086)   100% ->
1603-1734  (114483-114614)   100% ->
1735-1778  (115048-115091)   100% ->
1779-2148  (115183-115552)   100% ->
2149-2371  (118025-118247)   100% ->
2372-2493  (118748-118869)   100% ->
2494-2541  (121930-121977)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCAAGTCATTCCAGCAGTCATCTCTCAGTAGGGACTCACAGGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCAAGTCATTCCAGCAGTCATCTCTCAGTAGGGACTCACAGGGTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGGCGTGACCTGTCTGCGGCAGGAATAGGCCTTCTTGCTGCTGCTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGGCGTGACCTGTCTGCGGCAGGAATAGGCCTTCTTGCTGCTGCTACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTCTTTAAGTATGCCAGCATCTCTTGGAAGGATGAACCAGGGTACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTCTTTAAGTATGCCAGCATCTCTTGGAAGGATGAACCAGGGTACTGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCCTTGCTAGTTTAATGAATCTTGGAATGAGTTCTTCATTGAATCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCCTTGCTAGTTTAATGAATCTTGGAATGAGTTCTTCATTGAATCAACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGGAGCTCATAGTGCACTGTCTTCTGCTAGTACTTCTTCCCATAATTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGGAGCTCATAGTGCACTGTCTTCTGCTAGTACTTCTTCCCATAATTTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGTCTATATTTAACATTGGAAGTAGAGGTCCACTCCCTTTATCTTCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGTCTATATTTAACATTGGAAGTAGAGGTCCACTCCCTTTATCTTCTCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CACCGTGGAGATGCAGACCAGGCCAGTAACATTTTGGCCAGCTTTGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CACCGTGGAGATGCAGACCAGGCCAGTAACATTTTGGCCAGCTTTGGTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTCTGCTAGAGACTTAGATGAACTGAGTCGTTATCCAGAGGACAAGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTCTGCTAGAGACTTAGATGAACTGAGTCGTTATCCAGAGGACAAGATTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTCCTGAGAATTTGCCCCAAATCCTTCTACAGCTTAAAAGGAGGAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTCCTGAGAATTTGCCCCAAATCCTTCTACAGCTTAAAAGGAGGAGAACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAAGAAGGCCCTACCTTGAGTTATGGTAGAGATGGCAGATCTGCTACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAAGAAGGCCCTACCTTGAGTTATGGTAGAGATGGCAGATCTGCTACACG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGAGCCACCATACAGAGTACCTAGGGATGATTGGGAAGAAAAAAGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGAGCCACCATACAGAGTACCTAGGGATGATTGGGAAGAAAAAAGGCACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTAGAAGAGATAGTTTTGATGATCGTGGTCCTAGTCTCAACCCAGTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTAGAAGAGATAGTTTTGATGATCGTGGTCCTAGTCTCAACCCAGTGCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GATTATGACCATGGAAGTCGTTCTCAAGAATCTGGTTATTATGACAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GATTATGACCATGGAAGTCGTTCTCAAGAATCTGGTTATTATGACAGAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGATTATGAAGATGACAGATTAAGAGATGGAGAAAGGTGTAGGGATGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGATTATGAAGATGACAGATTAAGAGATGGAGAAAGGTGTAGGGATGATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CTTTTTTTGGTGAGACCTCGCATAACTATCATAAATTTGACAGTGAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CTTTTTTTGGTGAGACCTCGCATAACTATCATAAATTTGACAGTGAGTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GAGAGAATGGGACGTGGTCCTGGCCCCTTACAAGAGAGATCTCTCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GAGAGAATGGGACGTGGTCCTGGCCCCTTACAAGAGAGATCTCTCTTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GAAAAAGAGAGGCGCTCCTCCAAGTAGCAATATTGAAGACTTCCATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GAAAAAGAGAGGCGCTCCTCCAAGTAGCAATATTGAAGACTTCCATGGAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCTTACCGAAGGGTTATCCCCATCTGTGCTCTATATGTGATTTGCCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCTTACCGAAGGGTTATCCCCATCTGTGCTCTATATGTGATTTGCCAGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CATTCTAATAAG         GAGTGGAGTCAACATATCAATGGAGCAAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CATTCTAATAAGGTG...CAGGAGTGGAGTCAACATATCAATGGAGCAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TCACAGTCGTCGATGCCAGCTTCTTCTTGAAAT         CTACCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 107289 TCACAGTCGTCGATGCCAGCTTCTTCTTGAAATGTA...AAGCTACCCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AATGGAATCCTGACAATGATACAGGACACACAAT         GGGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 108290 AATGGAATCCTGACAATGATACAGGACACACAATGTA...TAGGGGTGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CCATTCATGTTGCAGCAGTCTACAAATCCAGCACCAGGAATTCTGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108668 CCATTCATGTTGCAGCAGTCTACAAATCCAGCACCAGGAATTCTGGGACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TCCACCTCCCTCATTTCATCTTGGGGGACCAGCAGTTGGACCAAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108718 TCCACCTCCCTCATTTCATCTTGGGGGACCAGCAGTTGGACCAAGAGGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 ATCTGG         GTGCTGGAAATGGAAACCTGCAAGGACCTAGACAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108768 ATCTGGGTA...AAGGTGCTGGAAATGGAAACCTGCAAGGACCTAGACAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 ATGCAGAAAGGCAGAGTG         GAAACTAGCAGAGTTGTTCACAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 109673 ATGCAGAAAGGCAGAGTGGTC...TAGGAAACTAGCAGAGTTGTTCACAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CATGGATTTTCAACGAGGGAAAAACTTGAGATACCAGCTATTACAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110204 CATGGATTTTCAACGAGGGAAAAACTTGAGATACCAGCTATTACAGCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TAGAACCATTTGGAGTCATTTCAAATCATCTGATTCTAAATAAAATTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110254 TAGAACCATTTGGAGTCATTTCAAATCATCTGATTCTAAATAAAATTAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GAG         GCATTTATTGAAATGGCAACCACAGAGGATGCTCAGGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110304 GAGGTA...CAGGCATTTATTGAAATGGCAACCACAGAGGATGCTCAGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CGCAGTGGATTATTACACAACCACACCAGCGTTAGTATTTGGCAAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111531 CGCAGTGGATTATTACACAACCACACCAGCGTTAGTATTTGGCAAGCCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 TGAGAGTTCATTTATCCCAGAAGTATAAAAGAATAAAG         AAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 111581 TGAGAGTTCATTTATCCCAGAAGTATAAAAGAATAAAGGTA...AAGAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CCTGAAGGAAAGCCAGATCAGAAGTTTGATCAAAAGCAAGAGCTTGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111922 CCTGAAGGAAAGCCAGATCAGAAGTTTGATCAAAAGCAAGAGCTTGGACG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 TGTGATACATCTCAGCAATTTGCCGCATTCTGGCTATTCTGATAGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111972 TGTGATACATCTCAGCAATTTGCCGCATTCTGGCTATTCTGATAGTGCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 TTCTCAAGCTTGCTGAGCCTTATGGGAAAATAAAGAATTACATATTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112022 TTCTCAAGCTTGCTGAGCCTTATGGGAAAATAAAGAATTACATATTGATG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 AGGATGAAAAGTCAG         GCTTTTATTGAGATGGAGACAAGAGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 112072 AGGATGAAAAGTCAGGTA...AAGGCTTTTATTGAGATGGAGACAAGAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 AGATGCAATGGCAATGGTTGACCATTGTTTGAAAAAAGCCCTTTGGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114509 AGATGCAATGGCAATGGTTGACCATTGTTTGAAAAAAGCCCTTTGGTTTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 AGGGGAGATGTGTGAAGGTTGACCTGTCTGAGAAATATAAAAAACTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114559 AGGGGAGATGTGTGAAGGTTGACCTGTCTGAGAAATATAAAAAACTGGTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 CTGAGG         ATTCCAAACAGAGGCATTGATTTACTGAAAAAAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114609 CTGAGGGTA...TAGATTCCAAACAGAGGCATTGATTTACTGAAAAAAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 TAAATCCCG         AAAAAGATCTTACTCTCCAGATGGCAAAGAAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 115083 TAAATCCCGGTA...CAGAAAAAGATCTTACTCTCCAGATGGCAAAGAAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 CTCCAAGTGATAAGAAATCCAAAACTGATGGTTCCCAGAAGACTGAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115215 CTCCAAGTGATAAGAAATCCAAAACTGATGGTTCCCAGAAGACTGAGAGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 TCAACCGAAGGTAAAGAACAAGAAGAGAAGTCCGGTGAAGATGGTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115265 TCAACCGAAGGTAAAGAACAAGAAGAGAAGTCCGGTGAAGATGGTGAGAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 AGACACAAAGGATGACCAGACAGAGCAGGAACCTAATATGCTTCTTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115315 AGACACAAAGGATGACCAGACAGAGCAGGAACCTAATATGCTTCTTGAAT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 CTGAAGATGAGCTACTTGTAGATGAAGAAGAAGCAGCAGCACTGCTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115365 CTGAAGATGAGCTACTTGTAGATGAAGAAGAAGCAGCAGCACTGCTAGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 AGTGGCAGTTCAGTGGGAGACGAGACCGATCTTGCTAATTTAGGTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115415 AGTGGCAGTTCAGTGGGAGACGAGACCGATCTTGCTAATTTAGGTGATGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 GGCTTCTGATGGGAAAAAGGAACCATCAGATAAAGCTGTGAAAAAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115465 GGCTTCTGATGGGAAAAAGGAACCATCAGATAAAGCTGTGAAAAAAGATG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 GAAGTGCTTCAGCAGCAGCAAAGAAAAAGCTTAAAAAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 115515 GAAGTGCTTCAGCAGCAGCAAAGAAAAAGCTTAAAAAGGTA...AAGGTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 GACAAGATCGAGGAACTTGATCAAGAAAACGAAGCAGCGTTGGAAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118028 GACAAGATCGAGGAACTTGATCAAGAAAACGAAGCAGCGTTGGAAAATGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 AATTAAAAATGAGGAAAACACAGAACCAGGTGCTGAATCTTCTGAGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118078 AATTAAAAATGAGGAAAACACAGAACCAGGTGCTGAATCTTCTGAGAACG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2252 CTGATGATCCCAACAAAGATACAAGTGAAAACGCAGATGGTCAAAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118128 CTGATGATCCCAACAAAGATACAAGTGAAAACGCAGATGGTCAAAGTGAT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2302 GAGAACAAGGACGACTATACAATCCCAGATGAGTATAGAATTGGACCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118178 GAGAACAAGGACGACTATACAATCCCAGATGAGTATAGAATTGGACCATA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2352 TCAGCCCAATGTTCCTGTTG         GTATAGACTATGTGATACCTA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 118228 TCAGCCCAATGTTCCTGTTGGTG...TAGGTATAGACTATGTGATACCTA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2393 AAACAGGGTTTTACTGTAAGCTGTGTTCACTCTTTTATACAAATGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118769 AAACAGGGTTTTACTGTAAGCTGTGTTCACTCTTTTATACAAATGAAGAA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2443 GTTGCAAAGAATACTCATTGCAGCAGCCTTCCTCATTATCAGAAATTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118819 GTTGCAAAGAATACTCATTGCAGCAGCCTTCCTCATTATCAGAAATTAAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2493 G         AAATTTCTGAATAAATTGGCAGAAGAACGCAGACAGAAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118869 GGTA...TAGAAATTTCTGAATAAATTGGCAGAAGAACGCAGACAGAAGA

   2650     .
   2534 AGGAAACT
        ||||||||
 121970 AGGAAACT