seq1 = pF1KSDA0696.tfa, 1626 bp
seq2 = pF1KSDA0696/gi568815593r_171768638.tfa (gi568815593r:171768638_172106502), 337865 bp

>pF1KSDA0696 1626
>gi568815593r:171768638_172106502 (Chr5)

(complement)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-147  (148805-148906)   100% ->
148-373  (195706-195931)   100% ->
374-560  (206403-206589)   100% ->
561-651  (207409-207499)   100% ->
652-789  (214899-215036)   100% ->
790-908  (228374-228492)   100% ->
909-1158  (229969-230218)   100% ->
1159-1277  (233513-233631)   100% ->
1278-1388  (235645-235755)   100% ->
1389-1467  (236696-236774)   100% ->
1468-1626  (237707-237865)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCCGACTCGGTGATTGAGGACAAGACCATCGAGCTCATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGGAGCCCGACTCGGTGATTGAGGACAAGACCATCGAGCTCATGGTG..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     TGTTCTGTGCCAAGGTCTTTGTGGCTAGGCTGCGCCAACCTGGTAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .CAGTGTTCTGTGCCAAGGTCTTTGTGGCTAGGCTGCGCCAACCTGGTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAGCATGTGCGCACTGAGTTGCCTGCAGAGCATGCCCAGTGTCAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148851 AGAGCATGTGCGCACTGAGTTGCCTGCAGAGCATGCCCAGTGTCAGATGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCCAG         ATAAGTAATGGAACATCATCTGTGATCGTCTCCAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148901 CTCCAGGTG...TAGATAAGTAATGGAACATCATCTGTGATCGTCTCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAAGAGGCCATCAGAAGGAAACTATCAAAAAGAAAAAGACTTGTGTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195741 AAAGAGGCCATCAGAAGGAAACTATCAAAAAGAAAAAGACTTGTGTATTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AATATTTTGACCAGTGGTCTGAATCAGATCAAGTGGAATTTGTGGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195791 AATATTTTGACCAGTGGTCTGAATCAGATCAAGTGGAATTTGTGGAACAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTTATTTCACGAATGTGTCATTATCAGCATGGACATATTAACTCTTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195841 CTTATTTCACGAATGTGTCATTATCAGCATGGACATATTAACTCTTACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAGCCCATGTTGCAGCGGGACTTTATTACCGCTTTACCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 195891 GAAGCCCATGTTGCAGCGGGACTTTATTACCGCTTTACCAGGTA...TAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCAAGGCTTAGATCACATAGCAGAAAACATTCTTTCGTACCTGGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206403 AGCAAGGCTTAGATCACATAGCAGAAAACATTCTTTCGTACCTGGATGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGGTCTCTGTGTGCAGCAGAGCTGGTATGTAAAGAATGGCAGCGAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206453 AGGTCTCTGTGTGCAGCAGAGCTGGTATGTAAAGAATGGCAGCGAGTGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTCAGAAGGAATGCTTTGGAAGAAGCTGATTGAACGAATGGTACGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206503 CTCAGAAGGAATGCTTTGGAAGAAGCTGATTGAACGAATGGTACGCACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATCCCCTATGGAAAGGACTTTCAGAAAGAAGAGGGTG         GGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 206553 ATCCCCTATGGAAAGGACTTTCAGAAAGAAGAGGGTGGTA...CAGGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGTACCTGTTTAAAAACAGACCCACAGATGGCCCTCCAAATTCATTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207413 CAGTACCTGTTTAAAAACAGACCCACAGATGGCCCTCCAAATTCATTTTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TAGGTCATTATACCCAAAGATTATCCAGGATATAGAG         ACTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 207463 TAGGTCATTATACCCAAAGATTATCCAGGATATAGAGGTA...TAGACTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TAGAATCTAACTGGCGGTGTGGACGACACAACTTGCAGAGGATTCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214903 TAGAATCTAACTGGCGGTGTGGACGACACAACTTGCAGAGGATTCAGTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CGCTCTGAAAATAGTAAAGGTGTCTACTGTTTACAGTACGATGATGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214953 CGCTCTGAAAATAGTAAAGGTGTCTACTGTTTACAGTACGATGATGAAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AATTATCAGTGGCCTACGAGATAATTCTATTAAG         ATATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 215003 AATTATCAGTGGCCTACGAGATAATTCTATTAAGGTG...TAGATATGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATAAAACCAGCCTGGAATGTTTGAAAGTGTTAACAGGACACACAGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228381 ATAAAACCAGCCTGGAATGTTTGAAAGTGTTAACAGGACACACAGGCTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTCCTCTGTCTGCAGTATGATGAGCGTGTCATTGTAACTGGCTCTTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228431 GTCCTCTGTCTGCAGTATGATGAGCGTGTCATTGTAACTGGCTCTTCAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TTCTACGGTGAG         AGTGTGGGATGTGAACACGGGTGAAGTTC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 228481 TTCTACGGTGAGGTG...TAGAGTGTGGGATGTGAACACGGGTGAAGTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTAACACATTGATCCACCACAATGAGGCTGTATTGCACTTACGCTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229998 TTAACACATTGATCCACCACAATGAGGCTGTATTGCACTTACGCTTCAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AATGGACTGATGGTGACCTGTTCCAAGGACCGCTCCATTGCTGTGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230048 AATGGACTGATGGTGACCTGTTCCAAGGACCGCTCCATTGCTGTGTGGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CATGGCTTCTGCGACCGACATCACTTTACGCCGTGTCCTGGTTGGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230098 CATGGCTTCTGCGACCGACATCACTTTACGCCGTGTCCTGGTTGGCCACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GGGCTGCCGTCAATGTAGTAGACTTTGACGACAAGTACATCGTGTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230148 GGGCTGCCGTCAATGTAGTAGACTTTGACGACAAGTACATCGTGTCTGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TCTGGTGACAGGACCATCAAA         GTCTGGAGCACGAGCACCTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 230198 TCTGGTGACAGGACCATCAAAGTA...CAGGTCTGGAGCACGAGCACCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGAATTTGTTCGTACTCTCAATGGGCACAAGCGGGGCATTGCCTGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233533 TGAATTTGTTCGTACTCTCAATGGGCACAAGCGGGGCATTGCCTGTCTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGTACAGGGATCGCCTGGTTGTTAGTGGATCATCAGATAATACCATTAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 233583 AGTACAGGGATCGCCTGGTTGTTAGTGGATCATCAGATAATACCATTAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1278         GCTCTGGGATATTGAATGTGGTGCCTGTTTAAGAGTCCTAGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233633 TG...AAGGCTCTGGGATATTGAATGTGGTGCCTGTTTAAGAGTCCTAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GGGACATGAAGAATTGGTCCGATGCATCCGGTTTGATAACAAGAGGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235687 GGGACATGAAGAATTGGTCCGATGCATCCGGTTTGATAACAAGAGGATTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TCAGTGGGGCCTATGATGG         GAAAATTAAAGTTTGGGACTTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 235737 TCAGTGGGGCCTATGATGGGTA...TAGGAAAATTAAAGTTTGGGACTTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CAAGCTGCTCTTGACCCTCGAGCCCCAGCAAGCACATTGTGTTTGCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236718 CAAGCTGCTCTTGACCCTCGAGCCCCAGCAAGCACATTGTGTTTGCGCAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 ATTGGTG         GAACATTCTGGACGTGTGTTTCGGCTCCAGTTTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236768 ATTGGTGGTA...TAGGAACATTCTGGACGTGTGTTTCGGCTCCAGTTTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 ATGAGTTTCAGATCATCAGCAGCTCCCATGATGACACTATTTTGATTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237741 ATGAGTTTCAGATCATCAGCAGCTCCCATGATGACACTATTTTGATTTGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GATTTCTTAAATGTGCCTCCCAGTGCCCAGAATGAGACCCGTTCTCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237791 GATTTCTTAAATGTGCCTCCCAGTGCCCAGAATGAGACCCGTTCTCCCTC

   1700     .    :    .    :    .
   1602 CAGAACATACACTTACATCTCTAGA
        |||||||||||||||||||||||||
 237841 CAGAACATACACTTACATCTCTAGA