seq1 = pF1KSDA0573.tfa, 1218 bp
seq2 = pF1KSDA0573/gi568815589r_99882615.tfa (gi568815589r:99882615_100198840), 316226 bp

>pF1KSDA0573 1218
>gi568815589r:99882615_100198840 (Chr9)

(complement)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-130  (138669-138741)   100% ->
131-170  (140982-141021)   100% ->
171-286  (146309-146424)   100% ->
287-471  (176615-176799)   100% ->
472-587  (178110-178225)   100% ->
588-645  (180528-180585)   100% ->
646-762  (182403-182519)   100% ->
763-874  (191152-191263)   100% ->
875-1016  (192194-192335)   100% ->
1017-1119  (213772-213874)   100% ->
1120-1218  (216128-216226)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCATCCTGCCGTCTTCCTATCCTTACCCGACCTCAGATGCTCCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCATCCTGCCGTCTTCCTATCCTTACCCGACCTCAGATGCTCCCTTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCCTG         GTAACTTGGGTTTTTACTCCTGTAACAACTGAAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCCTGGTG...CAGGTAACTTGGGTTTTTACTCCTGTAACAACTGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAACAAGTCTTGATACAGAGAATATAGATGAAATTTTAA         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 138703 TAACAAGTCTTGATACAGAGAATATAGATGAAATTTTAAGTA...CAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AATGCTGATGTTGCTTTAGTAAATTTTTATGCTGACTG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 140984 AATGCTGATGTTGCTTTAGTAAATTTTTATGCTGACTGGTA...TAGGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 TCGTTTCAGTCAGATGTTGCATCCAATTTTTGAGGAAGCTTCCGATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146312 TCGTTTCAGTCAGATGTTGCATCCAATTTTTGAGGAAGCTTCCGATGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TTAAGGAAGAATTTCCAAATGAAAATCAAGTAGTGTTTGCCAGAGTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146362 TTAAGGAAGAATTTCCAAATGAAAATCAAGTAGTGTTTGCCAGAGTTGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TGTGATCAGCACT         CTGACATAGCCCAGAGATACAGGATAAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 146412 TGTGATCAGCACTGTA...TAGCTGACATAGCCCAGAGATACAGGATAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CAAATACCCAACCCTCAAATTGTTTCGTAATGGGATGATGATGAAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176643 CAAATACCCAACCCTCAAATTGTTTCGTAATGGGATGATGATGAAGAGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AATACAGGGGTCAGCGATCAGTGAAAGCATTGGCAGATTACATCAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176693 AATACAGGGGTCAGCGATCAGTGAAAGCATTGGCAGATTACATCAGGCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAAAAAAGTGACCCCATTCAAGAAATTCGGGACTTAGCAGAAATCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176743 CAAAAAAGTGACCCCATTCAAGAAATTCGGGACTTAGCAGAAATCACCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCTTGAT         CGCAGCAAAAGAAATATCATTGGATATTTTGAGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176793 TCTTGATGTA...CAGCGCAGCAAAAGAAATATCATTGGATATTTTGAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AAAAGGACTCGGACAACTATAGAGTTTTTGAACGAGTAGCGAATATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178144 AAAAGGACTCGGACAACTATAGAGTTTTTGAACGAGTAGCGAATATTTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CATGATGACTGTGCCTTTCTTTCTGCATTTGG         GGATGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 178194 CATGATGACTGTGCCTTTCTTTCTGCATTTGGGTA...TAGGGATGTTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AAAACCGGAAAGATATAGTGGCGACAACATAATCTACAAACCACCAGGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 180537 AAAACCGGAAAGATATAGTGGCGACAACATAATCTACAAACCACCAGGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    646         CATTCTGCTCCGGATATGGTGTACTTGGGAGCTATGACAAAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180587 TA...TAGCATTCTGCTCCGGATATGGTGTACTTGGGAGCTATGACAAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TTTGATGTGACTTACAATTGGATTCAAGATAAATGTGTTCCTCTTGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182445 TTTGATGTGACTTACAATTGGATTCAAGATAAATGTGTTCCTCTTGTCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGAAATAACATTTGAAAATGGAGAG         GAATTGACAGAAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 182495 AGAAATAACATTTGAAAATGGAGAGGTA...CAGGAATTGACAGAAGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GACTGCCTTTTCTCATACTCTTTCACATGAAAGAAGATACAGAAAGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191168 GACTGCCTTTTCTCATACTCTTTCACATGAAAGAAGATACAGAAAGTTTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAAATATTCCAGAATGAAGTAGCTCGGCAATTAATAAGTGAAAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 191218 GAAATATTCCAGAATGAAGTAGCTCGGCAATTAATAAGTGAAAAAGGTA.

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    875      GTACAATAAACTTTTTACATGCCGATTGTGACAAATTTAGACATC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191268 ..AAGGTACAATAAACTTTTTACATGCCGATTGTGACAAATTTAGACATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CTCTTCTGCACATACAGAAAACTCCAGCAGATTGTCCTGTAATCGCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192239 CTCTTCTGCACATACAGAAAACTCCAGCAGATTGTCCTGTAATCGCTATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GACAGCTTTAGGCATATGTATGTGTTTGGAGACTTCAAAGATGTATT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 192289 GACAGCTTTAGGCATATGTATGTGTTTGGAGACTTCAAAGATGTATTGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1017       AATTCCTGGAAAACTCAAGCAATTCGTATTTGACTTACATTCTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192339 ...TAGAATTCCTGGAAAACTCAAGCAATTCGTATTTGACTTACATTCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GAAAACTGCACAGAGAATTCCATCATGGACCTGACCCAACTGATACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213816 GAAAACTGCACAGAGAATTCCATCATGGACCTGACCCAACTGATACAGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CCAGGAGAG         CAAGCCCAAGATGTAGCAAGCAGTCCACCTGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 213866 CCAGGAGAGGTA...TAGCAAGCCCAAGATGTAGCAAGCAGTCCACCTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GAGCTCCTTCCAGAAACTAGCACCCAGTGAATATAGGTATACTCTATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216160 GAGCTCCTTCCAGAAACTAGCACCCAGTGAATATAGGTATACTCTATTGA

   1300     .    :    .
   1202 GGGATCGAGATGAGCTT
        |||||||||||||||||
 216210 GGGATCGAGATGAGCTT