seq1 = pF1KSDA0475.tfa, 1227 bp
seq2 = pF1KSDA0475/gi568815597f_178943848.tfa (gi568815597f:178943848_179172141), 228294 bp

>pF1KSDA0475 1227
>gi568815597f:178943848_179172141 (Chr1)

1-377  (100001-100377)   100% ->
378-464  (106432-106518)   100% ->
465-574  (110682-110791)   100% ->
575-746  (120080-120251)   100% ->
747-938  (120458-120649)   100% ->
939-998  (122953-123012)   100% ->
999-1227  (128066-128294)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCTAAAGCAGCGAGTCGTGCTGTTAGCAATTCTCCTTGTCATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCTAAAGCAGCGAGTCGTGCTGTTAGCAATTCTCCTTGTCATTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TATCTTCACCAAAGTTTTCCTGATTGACAACTTAGATACATCAGCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TATCTTCACCAAAGTTTTCCTGATTGACAACTTAGATACATCAGCTGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCGGGAGGACCAGAGGGCCTTTCACCGAATGATGACTGGCTTGCGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCGGGAGGACCAGAGGGCCTTTCACCGAATGATGACTGGCTTGCGGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGCTGGCACCCAAGCTGGACCATACCTTGCAGTCTCCCTGGGAGATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGCTGGCACCCAAGCTGGACCATACCTTGCAGTCTCCCTGGGAGATTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGCCCAGTGGGTGGTTCCCCGGGAAGTGTACCCTGAAGAGACACCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGCCCAGTGGGTGGTTCCCCGGGAAGTGTACCCTGAAGAGACACCAGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGGGGCAGTCATGCATGCCATGGCCACCAAGAAAATCATTAAAGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGGGGCAGTCATGCATGCCATGGCCACCAAGAAAATCATTAAAGCTGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGGGTTATAAAGGGACACAGCTGAAAGCCTTACTGATACTTGAAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGGGTTATAAAGGGACACAGCTGAAAGCCTTACTGATACTTGAAGGAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCAGAAAGTTGTTTTCAAACCTAAGCG         GTATAGCCGAGACC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100351 CCAGAAAGTTGTTTTCAAACCTAAGCGGTA...CAGGTATAGCCGAGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATGTGGTGGAAGGGGAACCGTATGCTGGTTATGATAGACACAATGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106446 ATGTGGTGGAAGGGGAACCGTATGCTGGTTATGATAGACACAATGCAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GTAGCAGCCTTTCACTTGGACAG         GATTCTGGGTTTCCACCG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 106496 GTAGCAGCCTTTCACTTGGACAGGTG...CAGGATTCTGGGTTTCCACCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGCCCCCTTGGTAGTTGGCAGATTTGTTAATCTTCGGACAGAGATCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110700 AGCCCCCTTGGTAGTTGGCAGATTTGTTAATCTTCGGACAGAGATCAAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTGTCGCCACAGAGCAGCTGTTGAGCACCTTCCTAACTGTAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 110750 CTGTCGCCACAGAGCAGCTGTTGAGCACCTTCCTAACTGTAGGTA...TA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    575  GAAACAATACTTGTTTTTATGGGAAGTGCTATTACTGCCGAGAAACAGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120079 GGAAACAATACTTGTTTTTATGGGAAGTGCTATTACTGCCGAGAAACAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ACCAGCTTGTGCTGATGGAGACATAATGGAGGGATCTGTCACACTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120129 ACCAGCTTGTGCTGATGGAGACATAATGGAGGGATCTGTCACACTTTGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTCCAGATGTGTGGCCTCTGCAGAAGCACCGTCACCCATGGGGCAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120179 TTCCAGATGTGTGGCCTCTGCAGAAGCACCGTCACCCATGGGGCAGGACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TACCGAGAAGGCAAATTGGCCAG         GTGGGAGTATGATGAGAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 120229 TACCGAGAAGGCAAATTGGCCAGGTA...CAGGTGGGAGTATGATGAGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTACTGTGATGCTGTGAAGAAAACGTCCCCTTATGACTCTGGCCCGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120476 CTACTGTGATGCTGTGAAGAAAACGTCCCCTTATGACTCTGGCCCGCGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCTTGGACATCATTGACACAGCTGTCTTTGATTACCTGATTGGCAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120526 TCTTGGACATCATTGACACAGCTGTCTTTGATTACCTGATTGGCAATGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GACCGCCATCACTATGAGAGCTTTCAAGATGATGAAGGCGCTAGTATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120576 GACCGCCATCACTATGAGAGCTTTCAAGATGATGAAGGCGCTAGTATGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CATCCTTCTTGATAATGCCAAAAG         CTTTGGGAACCCCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 120626 CATCCTTCTTGATAATGCCAAAAGGTG...CAGCTTTGGGAACCCCTCGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGGATGAAAGAAGCATTCTTGCCCCTCTCTATCAGTGTTGCAT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 122970 TGGATGAAAGAAGCATTCTTGCCCCTCTCTATCAGTGTTGCATGTA...C

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    999   CATTCGGGTGTCCACCTGGAACAGACTGAACTACCTAAAGAATGGTGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128064 AGCATTCGGGTGTCCACCTGGAACAGACTGAACTACCTAAAGAATGGTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCTAAAGTCTGCCTTAAAATCTGCCATGGCCCATGACCCCATCTCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128114 GCTAAAGTCTGCCTTAAAATCTGCCATGGCCCATGACCCCATCTCCCCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TGCTCTCTGATCCTCATCTGGACGCCGTGGACCAGCGGCTCCTGAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128164 TGCTCTCTGATCCTCATCTGGACGCCGTGGACCAGCGGCTCCTGAGTGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CTGGCCACCGTGAAGCAGTGCACCGACCAGTTTGGGATGGACACAGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128214 CTGGCCACCGTGAAGCAGTGCACCGACCAGTTTGGGATGGACACAGTACT

   1250     .    :    .    :    .    :
   1197 GGTGGAAGACAGGATGCCTCTCTCACACTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 128264 GGTGGAAGACAGGATGCCTCTCTCACACTTG