seq1 = pF1KSDA0436.tfa, 1914 bp
seq2 = pF1KSDA0436/gi568815596r_44221359.tfa (gi568815596r:44221359_44446342), 224984 bp

>pF1KSDA0436 1914
>gi568815596r:44221359_44446342 (Chr2)

(complement)

1-75  (100001-100075)   100% ->
76-142  (101757-101823)   100% ->
143-349  (102392-102598)   100% ->
350-485  (103791-103926)   100% ->
486-702  (106980-107196)   100% ->
703-888  (107807-107992)   100% ->
889-1086  (113687-113884)   100% ->
1087-1262  (117231-117406)   100% ->
1263-1479  (119415-119631)   100% ->
1480-1629  (122932-123081)   100% ->
1630-1753  (123489-123612)   100% ->
1754-1827  (124443-124516)   100% ->
1828-1914  (124898-124984)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGCATTTGAAAAAGTGAGAACAAAATTAGAAACACAGCCACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGCATTTGAAAAAGTGAGAACAAAATTAGAAACACAGCCACAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAATATGAAATCATCAATGTGGAA         GTTAAACATGGTGGTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100051 AGAATATGAAATCATCAATGTGGAAGTA...CAGGTTAAACATGGTGGTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGTTTATTACCAAGAAGGTTGTTGCTTGGTTCGTTCCAAAGATGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101773 TTGTTTATTACCAAGAAGGTTGTTGCTTGGTTCGTTCCAAAGATGAAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 G         CAGACAATGATAATTATGAAGTTTTATTCAATTTGGAGGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101823 GGTA...CAGCAGACAATGATAATTATGAAGTTTTATTCAATTTGGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACTTAAGTTAGACCAGCCCTTCATTGATTGTATCAGAGTTGCTCCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102432 ACTTAAGTTAGACCAGCCCTTCATTGATTGTATCAGAGTTGCTCCAGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAAAATATGTGGCTGCCAAGATAAGAACTGAAGATTCTGAAGCATCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102482 AAAAATATGTGGCTGCCAAGATAAGAACTGAAGATTCTGAAGCATCTACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGTGTAATTATAAAGCTCAGCGATCAGCCCGTAATGGAAGCTTCTTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102532 TGTGTAATTATAAAGCTCAGCGATCAGCCCGTAATGGAAGCTTCTTTCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAATGTGTCCAGTTTTG         AATGGGTAAAGGACGAGGAAGATG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 102582 GAATGTGTCCAGTTTTGGTA...CAGAATGGGTAAAGGACGAGGAAGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGATGTTTTATTCTACACCTTCCAGAGGAACCTTCGCTGTCATGACGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103815 AAGATGTTTTATTCTACACCTTCCAGAGGAACCTTCGCTGTCATGACGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TATCGAGCCACTTTTGGTGATAACAAACGTAATGAACGCTTTTACACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103865 TATCGAGCCACTTTTGGTGATAACAAACGTAATGAACGCTTTTACACAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAAAGACCCAAG         CTACTTTGTTTTCCTTTATCTTACAAAAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 103915 AAAAGACCCAAGGTA...TAGCTACTTTGTTTTCCTTTATCTTACAAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACAGTCGTTTCCTCACCATAAATATTATGAACAAGACTACTTCTGAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107009 ACAGTCGTTTCCTCACCATAAATATTATGAACAAGACTACTTCTGAAGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGGTTGATAGATGGCCTGAGCCCTTGGGACCCACCAGTACTTATCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107059 TGGTTGATAGATGGCCTGAGCCCTTGGGACCCACCAGTACTTATCCAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCGAATACATGGGGTCCTTTACTATGTTGAACACAGAGATGATGAATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107109 GCGAATACATGGGGTCCTTTACTATGTTGAACACAGAGATGATGAATTAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACATTCTCACTAATGTTGGAGAACCTACAGAATTTAAG         CTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 107159 ACATTCTCACTAATGTTGGAGAACCTACAGAATTTAAGGTA...TAGCTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATGAGAACAGCGGCTGATACCCCTGCAATTATGAATTGGGATTTATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107810 ATGAGAACAGCGGCTGATACCCCTGCAATTATGAATTGGGATTTATTTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TACAATGAAGAGAAATACAAAAGTGATAGACTTGGACATGTTTAAGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107860 TACAATGAAGAGAAATACAAAAGTGATAGACTTGGACATGTTTAAGGATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACTGTGTTCTATTTCTGAAGCACAGCAATCTCCTTTATGTTAATGTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107910 ACTGTGTTCTATTTCTGAAGCACAGCAATCTCCTTTATGTTAATGTGATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GGTCTGGCTGATGATTCAGTTCGGTCTCTAAAG         CTCCCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 107960 GGTCTGGCTGATGATTCAGTTCGGTCTCTAAAGGTA...TAGCTCCCTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TTGGGCCTGTGGATTCATAATGGATACAAATTCTGACCCAAAGAACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113695 TTGGGCCTGTGGATTCATAATGGATACAAATTCTGACCCAAAGAACTGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCTTTCAACTTTGCTCTCCAATACGTCCCCCAAAATATTACACATACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113745 CCTTTCAACTTTGCTCTCCAATACGTCCCCCAAAATATTACACATACAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TTTGCAGAAGGCAAACTGTTTGAGGAAACTGGGCATGAAGACCCAATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113795 TTTGCAGAAGGCAAACTGTTTGAGGAAACTGGGCATGAAGACCCAATCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AAAGACTAGTCGCGTTTTACGTCTAGAAGCCAAAAGCAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 113845 AAAGACTAGTCGCGTTTTACGTCTAGAAGCCAAAAGCAAGGTA...TAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ATGGAAAATTAGTGCCAATGACTGTTTTCCACAAAACTGACTCTGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117232 ATGGAAAATTAGTGCCAATGACTGTTTTCCACAAAACTGACTCTGAGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TTGCAGAAGAAACCTCTCTTGGTACATGTATATGGAGCTTATGGAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117282 TTGCAGAAGAAACCTCTCTTGGTACATGTATATGGAGCTTATGGAATGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TTTGAAAATGAATTTCAGGCCTGAGAGGCGGGTCCTGGTGGATGATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117332 TTTGAAAATGAATTTCAGGCCTGAGAGGCGGGTCCTGGTGGATGATGGAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GGATATTAGCATACTGCCATGTTCG         AGGTGGTGGTGAGTTA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 117382 GGATATTAGCATACTGCCATGTTCGGTG...CAGAGGTGGTGGTGAGTTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GGCCTCCAGTGGCACGCTGATGGCCGCCTAACTAAAAAACTCAATGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119431 GGCCTCCAGTGGCACGCTGATGGCCGCCTAACTAAAAAACTCAATGGCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TGCTGATTTAGAGGCTTGCATTAAGACGCTTCATGGCCAAGGCTTTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119481 TGCTGATTTAGAGGCTTGCATTAAGACGCTTCATGGCCAAGGCTTTTCTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 AGCCAAGTCTAACAACCCTGACTGCTTTCAGTGCTGGAGGGGTGCTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119531 AGCCAAGTCTAACAACCCTGACTGCTTTCAGTGCTGGAGGGGTGCTTGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GGAGCATTGTGTAATTCTAATCCAGAGCTGGTGAGAGCGGTGACTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119581 GGAGCATTGTGTAATTCTAATCCAGAGCTGGTGAGAGCGGTGACTTTGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 G         GCACCTTTCTTGGATGTTCTCAACACCATGATGGACACTA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119631 GGTG...TAGGCACCTTTCTTGGATGTTCTCAACACCATGATGGACACTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CACTTCCTCTGACATTAGAAGAATTAGAAGAATGGGGGAATCCTTCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122972 CACTTCCTCTGACATTAGAAGAATTAGAAGAATGGGGGAATCCTTCATCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GATGAAAAACACAAGAACTACATAAAACGTTACTGTCCCTATCAAAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123022 GATGAAAAACACAAGAACTACATAAAACGTTACTGTCCCTATCAAAATAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 TAAACCTCAG         CATTATCCTTCAATTCACATAACGGCATATG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 123072 TAAACCTCAGGTA...CAGCATTATCCTTCAATTCACATAACGGCATATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 AAAACGATGAACGGGTACCTCTGAAAGGAATTGTAAGTTATACTGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123520 AAAACGATGAACGGGTACCTCTGAAAGGAATTGTAAGTTATACTGAGAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 CTCAAGGAAGCCATCGCGGAGCATGCTAAGGACACAGGTGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 123570 CTCAAGGAAGCCATCGCGGAGCATGCTAAGGACACAGGTGAAGGTA...C

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1754   GCTATCAGACCCCTAATATTATTCTAGATATTCAGCCTGGAGGCAATC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124441 AGGCTATCAGACCCCTAATATTATTCTAGATATTCAGCCTGGAGGCAATC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 ATGTAATTGAGGATTCTCACAAAAAG         ATTACAGCCCAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 124491 ATGTAATTGAGGATTCTCACAAAAAGGTA...TAGATTACAGCCCAAATT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 AAATTCCTGTACGAGGAACTTGGACTTGACAGCACCAGTGTTTTCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124913 AAATTCCTGTACGAGGAACTTGGACTTGACAGCACCAGTGTTTTCGAGGA

   2000     .    :    .    :
   1893 TCTTAAGAAATACCTGAAATTC
        ||||||||||||||||||||||
 124963 TCTTAAGAAATACCTGAAATTC