seq1 = pF1KSDA0426.tfa, 1812 bp
seq2 = pF1KSDA0426/gi568815592r_28282492.tfa (gi568815592r:28282492_28498405), 215914 bp

>pF1KSDA0426 1812
>gi568815592r:28282492_28498405 (Chr6)

(complement)

1-402  (100001-100402)   100% ->
403-547  (105360-105504)   100% ->
548-1694  (106664-107810)   99% ->
1695-1812  (115797-115914)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCATCTACTTGGGCTATCCAGGCCCACATGGACCAGGATGAACCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCATCTACTTGGGCTATCCAGGCCCACATGGACCAGGATGAACCTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAGTAAAGATAGAGGAAGAGAAATATACCACCAGACAGGATTGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAAGTAAAGATAGAGGAAGAGAAATATACCACCAGACAGGATTGGGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCGTAAAAACAACACCCATAGCAGAGAGGTCTTCCGTCAGTACTTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCGTAAAAACAACACCCATAGCAGAGAGGTCTTCCGTCAGTACTTCAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGTTCTGCTACCAGGAGACATCTGGTCCCCGTGAGGCTTTGAGCCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGTTCTGCTACCAGGAGACATCTGGTCCCCGTGAGGCTTTGAGCCGACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCGAGAACTTTGCCATCAGTGGCTGAGGCCAGAGACCCACACCAAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCGAGAACTTTGCCATCAGTGGCTGAGGCCAGAGACCCACACCAAAGAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGATTCTGGAGCTGCTGGTGCTGGAGCAGTTCCTGACCATCCTACCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGATTCTGGAGCTGCTGGTGCTGGAGCAGTTCCTGACCATCCTACCTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGCTCCAGGCCTGGGTGCAGGAGCAGCATCCAGAGAGTGGGGAGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAGCTCCAGGCCTGGGTGCAGGAGCAGCATCCAGAGAGTGGGGAGGAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGTGACTGTGCTGGAGGATTTAGAGAGAGAACTGGATGAACCAGGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGTGACTGTGCTGGAGGATTTAGAGAGAGAACTGGATGAACCAGGAGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AG         GTCTCAGTCCACACTGGGGAACAGGAAATGTTCTTGCAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGGTG...CAGGTCTCAGTCCACACTGGGGAACAGGAAATGTTCTTGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGACGGTACGTCTACGAAAAGAAGGAGAACCCAGTATGTCCCTCCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105399 GAGACGGTACGTCTACGAAAAGAAGGAGAACCCAGTATGTCCCTCCAGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CATGAAAGCCCAGCCAAAGTATGAATCTCCAGAACTTGAATCCCAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105449 CATGAAAGCCCAGCCAAAGTATGAATCTCCAGAACTTGAATCCCAACAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGCAAG         TTTTAGATGTTGAGACTGGAAATGAGTATGGGAAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105499 AGCAAGGTA...TAGTTTTAGATGTTGAGACTGGAAATGAGTATGGGAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTAAAGCAAGAAGTTTCTGAAGAAATGGAACCACATGGGAAGACATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106699 TTAAAGCAAGAAGTTTCTGAAGAAATGGAACCACATGGGAAGACATCCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TAAATTTGAAAATGATATGTCCAAGTCTGCTAGGTGTGGAGAAACTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106749 TAAATTTGAAAATGATATGTCCAAGTCTGCTAGGTGTGGAGAAACTCGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AACCTGAAGAAATAACAGAAGAGCCCTCTGCTTGCTCCAGAGAAGATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106799 AACCTGAAGAAATAACAGAAGAGCCCTCTGCTTGCTCCAGAGAAGATAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CAACCTACCTGTGATGAAAATGGAGTAAGCCTGACTGAGAACTCTGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106849 CAACCTACCTGTGATGAAAATGGAGTAAGCCTGACTGAGAACTCTGACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TACTGAACATCAGAGAATCTGTCCAGGAGAAGAATCTTACGGATGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106899 TACTGAACATCAGAGAATCTGTCCAGGAGAAGAATCTTACGGATGTGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ACTGTGGAAAAGCTTTTAGTCAGCACTCACACCTCATAGAACATCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106949 ACTGTGGAAAAGCTTTTAGTCAGCACTCACACCTCATAGAACATCAGAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 ATCCATACTGGAGACAGACCCTACAAATGCGAAGAATGTGGAAAAGCTTT
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106999 ATCCATACTGGAGATAGACCCTACAAATGCGAAGAATGTGGAAAAGCTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CCGTGGGAGAACTGTGCTTATTCGACACAAAATAATACACACTGGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107049 CCGTGGGAGAACTGTGCTTATTCGACACAAAATAATACACACTGGAGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AACCGTATAAGTGTAATGAATGTGGCAAAGCCTTTGGCCGGTGGTCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107099 AACCGTATAAGTGTAATGAATGTGGCAAAGCCTTTGGCCGGTGGTCAGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CTTAACCAACATCAGAGACTTCACACAGGAGAAAAACACTATCACTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107149 CTTAACCAACATCAGAGACTTCACACAGGAGAAAAACACTATCACTGTAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TGACTGTGGCAAAGCCTTTAGTCAGAAAGCAGGCCTCTTTCACCATATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107199 TGACTGTGGCAAAGCCTTTAGTCAGAAAGCAGGCCTCTTTCACCATATCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 AGATCCACACAAGAGACAAACCTTATCAGTGCACTCAGTGTAATAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107249 AGATCCACACAAGAGACAAACCTTATCAGTGCACTCAGTGTAATAAAAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 TTTAGTCGGCGTTCCATACTTACTCAGCATCAAGGAGTTCATACCGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107299 TTTAGTCGGCGTTCCATACTTACTCAGCATCAAGGAGTTCATACCGGCGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CAAGCCGTATGAGTGCAACGAGTGTGGAAAAGCCTTTGTTTATAACTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107349 CAAGCCGTATGAGTGCAACGAGTGTGGAAAAGCCTTTGTTTATAACTCAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 CCCTTGTTTCCCATCAGGAAATCCACCACAAAGAAAAATGCTATCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107399 CCCTTGTTTCCCATCAGGAAATCCACCACAAAGAAAAATGCTATCAGTGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 AAGGAATGTGGGAAATCCTTCAGTCAGAGTGGCCTTATTCAGCATCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107449 AAGGAATGTGGGAAATCCTTCAGTCAGAGTGGCCTTATTCAGCATCAGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 AATTCACACTGGGGAAAAACCCTACAAATGTGACGTATGTGAAAAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107499 AATTCACACTGGGGAAAAACCCTACAAATGTGACGTATGTGAAAAAGCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 TTATTCAAAGGACAAGTCTTACAGAACATCAGCGAATTCACACTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107549 TTATTCAAAGGACAAGTCTTACAGAACATCAGCGAATTCACACTGGAGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 AGACCCTATAAATGTGATAAGTGTGGGAAGGCGTTTACTCAAAGATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107599 AGACCCTATAAATGTGATAAGTGTGGGAAGGCGTTTACTCAAAGATCAGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 CCTCACGGAACATCAGAGAATCCACACTGGAGAGAGGCCCTACAAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107649 CCTCACGGAACATCAGAGAATCCACACTGGAGAGAGGCCCTACAAGTGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 ATGAGTGTGGGAATGCCTTCCGAGGAATCACCAGCCTCATTCAGCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107699 ATGAGTGTGGGAATGCCTTCCGAGGAATCACCAGCCTCATTCAGCATCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 AGAATCCACACTGGGGAGAAGCCCTACCAATGTGATGAGTGTGGAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107749 AGAATCCACACTGGGGAGAAGCCCTACCAATGTGATGAGTGTGGAAAAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 CTTCAGACAGAG         GAAGAAGACCAGCTACAAGGAAATACTTC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 107799 CTTCAGACAGAGGTC...CAGGAAGAAGACCAGCTACAAGGAAATACTTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 TGAAAAATCACTCTGAACCCCAAGCTGGAGTGAATCTTCTCCTGAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115826 TGAAAAATCACTCTGAACCCCAAGCTGGAGTGAATCTTCTCCTGAGCTCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .
   1774 CTCATTCCAGAATGGCAATCTTGTTTCAGGAGAGATCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115876 CTCATTCCAGAATGGCAATCTTGTTTCAGGAGAGATCTC