seq1 = pF1KSDA0378.tfa, 2871 bp
seq2 = pF1KSDA0378/gi568815595r_55599377.tfa (gi568815595r:55599377_56535007), 935631 bp

>pF1KSDA0378 2871
>gi568815595r:55599377_56535007 (Chr3)

(complement)

1-657  (100001-100657)   100% ->
658-1074  (238573-238989)   100% ->
1075-1149  (361488-361562)   100% ->
1150-1305  (385876-386031)   100% ->
1306-1473  (395332-395499)   100% ->
1474-1641  (454024-454191)   100% ->
1642-1779  (515977-516114)   100% ->
1780-1920  (524419-524559)   100% ->
1921-2061  (527687-527827)   100% ->
2062-2255  (542758-542951)   100% ->
2256-2403  (584437-584583)   97% ->
2404-2564  (646459-646619)   100% ->
2565-2712  (800090-800237)   100% ->
2713-2847  (835496-835630)   100% ->
2848-2871  (851149-851172)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTATGGAAGTGCAAGAACAATCACCAATCTGGAAGGTAGCCCTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTATGGAAGTGCAAGAACAATCACCAATCTGGAAGGTAGCCCTTCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCCCCTCGTTTGCCAAGGTCTCCTCGTTTGGGCCACCGAAGAACAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATCCCCTCGTTTGCCAAGGTCTCCTCGTTTGGGCCACCGAAGAACAAGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGGGGGAGGTGGAGGAACAGGCAAGACTCTGTCTATGGAGAATATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTGGGGGAGGTGGAGGAACAGGCAAGACTCTGTCTATGGAGAATATCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCCTCAATGCAGCCTATGCTACGTCTGGACCCATGTATCTGAGTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCCTCAATGCAGCCTATGCTACGTCTGGACCCATGTATCTGAGTGATCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGAAGGGGTGGCTTCAACAACCTACCCAAAGGGCACTATGACTCTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGAAGGGGTGGCTTCAACAACCTACCCAAAGGGCACTATGACTCTGGGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGGCTACAAATCGAGCTGTATATGGAGGCCGTGTCACAGCCATGGGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGGCTACAAATCGAGCTGTATATGGAGGCCGTGTCACAGCCATGGGGAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGTCCCAATATTGCTTCTGCTGGACTTTCCCACACAGATGTCCTTTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGTCCCAATATTGCTTCTGCTGGACTTTCCCACACAGATGTCCTTTCATA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CACAGATCAACATGGTGGGCTGACTGGCTCATCCCATCATCACCACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CACAGATCAACATGGTGGGCTGACTGGCTCATCCCATCATCACCACCACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGGTCCCCTCCATGTTGAGGCAGGTAAGAGACAGCACAATGTTAGATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGGTCCCCTCCATGTTGAGGCAGGTAAGAGACAGCACAATGTTAGATCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAGGCCCAGCTGAAAGAACTGCAGAGAGAGAATGACCTCCTCCGGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CAGGCCCAGCTGAAAGAACTGCAGAGAGAGAATGACCTCCTCCGGAAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCTAGACATCAAGGACAGCAAATTGGGATCTTCCATGAACAGTATTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCTAGACATCAAGGACAGCAAATTGGGATCTTCCATGAACAGTATTAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTTTCTGGAGTCCTGAGCTTAAGAAGGAGAGAGTCTTGAGGAAAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTTTCTGGAGTCCTGAGCTTAAGAAGGAGAGAGTCTTGAGGAAAGAAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCAGCGCGGATGTCTGTCCTCAAGGAGCAGATGAGGGTTTCCCATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCAGCGCGGATGTCTGTCCTCAAGGAGCAGATGAGGGTTTCCCATGAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AAATCAG         CACCTACAGTTGACAATCCAGGCCCTTCAAGATG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AAATCAGGTA...CAGCACCTACAGTTGACAATCCAGGCCCTTCAAGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGCTGCGAACCCAGAGAGACCTCAACCACCTCCTCCAGCAAGAGAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238607 AGCTGCGAACCCAGAGAGACCTCAACCACCTCCTCCAGCAAGAGAGTGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AACCGAGGAGCGGAGCACTTCACCATCGAGCTGACCGAGGAGAACTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238657 AACCGAGGAGCGGAGCACTTCACCATCGAGCTGACCGAGGAGAACTTTAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCGGCTCCAAGCCGAGCATGACAGGCAGGCTAAGGAGCTGTTCCTTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238707 GCGGCTCCAAGCCGAGCATGACAGGCAGGCTAAGGAGCTGTTCCTTTTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GGAAGACATTAGAGGAAATGGAGCTGAGAATTGAAACGCAGAAACAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238757 GGAAGACATTAGAGGAAATGGAGCTGAGAATTGAAACGCAGAAACAAACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CTCAATGCCCGAGATGAGTCAATTAAAAAACTTCTTGAGATGTTGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238807 CTCAATGCCCGAGATGAGTCAATTAAAAAACTTCTTGAGATGTTGCAAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TAAAGGCTTGCCATCCAAAAGCCTGGAGGATGACAATGAGCGAACGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238857 TAAAGGCTTGCCATCCAAAAGCCTGGAGGATGACAATGAGCGAACGCGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GGATGGCAGAGGCTGAGTCTCAGGTCAGCCACTTGGAAGTGATTTTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238907 GGATGGCAGAGGCTGAGTCTCAGGTCAGCCACTTGGAAGTGATTTTAGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CAGAAAGAGAAGGAAAACATACATCTTAGAGAG         GAATTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 238957 CAGAAAGAGAAGGAAAACATACATCTTAGAGAGGTA...CAGGAATTGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CCGAAGAAGCCAACTTCAGCCGGAGCCAGCCAAGACGAAGGCTCTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 361496 CCGAAGAAGCCAACTTCAGCCGGAGCCAGCCAAGACGAAGGCTCTCCAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 CTGTCATCGAAATGAAG         GACACAAAAATCGCTTCATTGGAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 361546 CTGTCATCGAAATGAAGGTA...CAGGACACAAAAATCGCTTCATTGGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 CGAAACATAAGGGATCTTGAGGATGAGATCCAGATGTTAAAAGCCAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 385900 CGAAACATAAGGGATCTTGAGGATGAGATCCAGATGTTAAAAGCCAATGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TGTGCTGAACACTGAGGACCGCGAAGAAGAGATCAAACAAATTGAGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 385950 TGTGCTGAACACTGAGGACCGCGAAGAAGAGATCAAACAAATTGAGGTTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 ACAAAAGTCACTCCAAGTTTATGAAGACCAAG         ATTGATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 386000 ACAAAAGTCACTCCAAGTTTATGAAGACCAAGGTA...CAGATTGATCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 CTGAAGCAGGAACTTTCAAAGAAAGAGTCGGAACTTCTTGCCTTACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 395341 CTGAAGCAGGAACTTTCAAAGAAAGAGTCGGAACTTCTTGCCTTACAAAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 AAAGCTTGAAACCCTCAGCAATCAAAATTCAGATTGCAAGCAACACATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 395391 AAAGCTTGAAACCCTCAGCAATCAAAATTCAGATTGCAAGCAACACATTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 AAGTGCTCAAAGAGTCACTTACTGCCAAAGAACAGAGGGCTGCCATCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 395441 AAGTGCTCAAAGAGTCACTTACTGCCAAAGAACAGAGGGCTGCCATCCTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 CAGACTGAG         GTAGATGCGCTGAGATTACGACTGGAAGAAAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 395491 CAGACTGAGGTA...CAGGTAGATGCGCTGAGATTACGACTGGAAGAAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 AGAATCTTTCCTCAATAAAAAAACAAAACAGCTACAGGACCTCACAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 454056 AGAATCTTTCCTCAATAAAAAAACAAAACAGCTACAGGACCTCACAGAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 AGAAGGGGACACTGGCCGGTGAAATTCGTGACATGAAAGATATGTTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 454106 AGAAGGGGACACTGGCCGGTGAAATTCGTGACATGAAAGATATGTTAGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 GTGAAGGAAAGAAAAATCAATGTTCTTCAGAAAAAG         ATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 454156 GTGAAGGAAAGAAAAATCAATGTTCTTCAGAAAAAGGTG...TAGATTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 AAACTTGCAAGAACAACTTAGGGATAAAGACAAGCAACTGACCAACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 515982 AAACTTGCAAGAACAACTTAGGGATAAAGACAAGCAACTGACCAACCTGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 AAGACAGAGTGAAGTCCTTGCAGACGGATTCCAGTAATACAGATACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 516032 AAGACAGAGTGAAGTCCTTGCAGACGGATTCCAGTAATACAGATACTGCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 CTGGCGACGCTAGAGGAAGCTCTGTCAGAGAAG         GAGAGAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 516082 CTGGCGACGCTAGAGGAAGCTCTGTCAGAGAAGGTG...CAGGAGAGAAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 AATTGAGCGCTTGAAAGAACAGCGAGAAAGAGATGATCGGGAAAGACTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 524427 AATTGAGCGCTTGAAAGAACAGCGAGAAAGAGATGATCGGGAAAGACTAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 AAGAGATAGAATCCTTCCGAAAAGAGAACAAAGACCTGAAAGAGAAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 524477 AAGAGATAGAATCCTTCCGAAAAGAGAACAAAGACCTGAAAGAGAAGGTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 AATGCTTTACAGGCTGAACTGACTGAGAAAGAG         TCTAGTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 524527 AATGCTTTACAGGCTGAACTGACTGAGAAAGAGGTG...CAGTCTAGTTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 AATTGACCTCAAAGAACATGCATCTTCATTAGCCTCTGCGGGGCTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 527695 AATTGACCTCAAAGAACATGCATCTTCATTAGCCTCTGCGGGGCTGAAAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1979 GGGATTCCAAATTAAAATCTCTAGAAATAGCCATTGAACAAAAGAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 527745 GGGATTCCAAATTAAAATCTCTAGAAATAGCCATTGAACAAAAGAAAGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2029 GAATGTAGCAAATTGGAAGCACAGTTAAAAAAG         GCACATAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 527795 GAATGTAGCAAATTGGAAGCACAGTTAAAAAAGGTA...AAGGCACATAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 TATTGAAGATGACTCCAGGATGAACCCTGAGTTTGCAGACCAAATAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 542766 TATTGAAGATGACTCCAGGATGAACCCTGAGTTTGCAGACCAAATAAAAC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2120 AGCTCGATAAAGAGGCGTCTTACTACCGCGACGAGTGTGGCAAGGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 542816 AGCTCGATAAAGAGGCGTCTTACTACCGCGACGAGTGTGGCAAGGCCCAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2170 GCGGAAGTGGACCGGTTGCTGGAGATCCTCAAGGAGGTGGAGAATGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 542866 GCGGAAGTGGACCGGTTGCTGGAGATCCTCAAGGAGGTGGAGAATGAGAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2220 GAATGACAAGGACAAGAAGATCGCAGAACTGGAGAG          CTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>-||| 
 542916 GAATGACAAGGACAAGAAGATCGCAGAACTGGAGAGGTA...CTGACTTT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2260 ACTCTCAGGCATATGAAAGATCAGAATAAGAAGGTGGCCAACCTCAAGCA
        --||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 584442   TCTCAGGCATATGAAAGATCAGAATAAGAAGGTGGCCAACCTCAAGCA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2310 CAATCAACAGTTGGAAAAGAAGAAAAATGCTCAGTTACTAGAAGAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 584490 CAATCAACAGTTGGAAAAGAAGAAAAATGCTCAGTTACTAGAAGAAGTGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2360 GCAGGCGAGAAGACAGCATGGCTGACAACTCACAGCATTTGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 584540 GCAGGCGAGAAGACAGCATGGCTGACAACTCACAGCATTTGCAGGTA...

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2404    ATAGAGGAACTGATGAATGCACTGGAGAAGACCAGACAGGAACTGGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 646456 CAGATAGAGGAACTGATGAATGCACTGGAGAAGACCAGACAGGAACTGGA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2451 TGCCACCAAAGCACGCCTCGCCTCCACACAACAGTCCCTGGCCGAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 646506 TGCCACCAAAGCACGCCTCGCCTCCACACAACAGTCCCTGGCCGAAAAAG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2501 AAGCGCACTTGGCCAACCTCCGGATTGAGAGGAGGAAACAGCTGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 646556 AAGCGCACTTGGCCAACCTCCGGATTGAGAGGAGGAAACAGCTGGAGGAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2551 ATCCTGGAGATGAA         ACAGGAAGCACTACTTGCAGCCATCAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 646606 ATCCTGGAGATGAAGTG...CAGACAGGAAGCACTACTTGCAGCCATCAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2592 TGAAAAAGATGCAAACATTGCCTTGCTGGAATTGTCTGCCTCCAAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 800117 TGAAAAAGATGCAAACATTGCCTTGCTGGAATTGTCTGCCTCCAAAAAGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2642 AAAAGACGCAGGAAGAAGTCATGGCCCTCAAGCGGGAAAAAGACCGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 800167 AAAAGACGCAGGAAGAAGTCATGGCCCTCAAGCGGGAAAAAGACCGACTA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2692 GTACATCAATTAAAGCAGCAG         ACCCAGAACAGAATGAAGTT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 800217 GTACATCAATTAAAGCAGCAGGTG...CAGACCCAGAACAGAATGAAGTT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2733 GATGGCAGACAACTATGATGATGACCATCACCATTACCACCACCACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 835516 GATGGCAGACAACTATGATGATGACCATCACCATTACCACCACCACCACC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2783 ATCACCACCACCATCGATCTCCTGGGAGGTCGCAACATTCCAATCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 835566 ATCACCACCACCATCGATCTCCTGGGAGGTCGCAACATTCCAATCACAGG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2833 CCCTCTCCGGACCAG         GATGACGAGGAGGGCATATGGGCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 835616 CCCTCTCCGGACCAGGTC...CAGGATGACGAGGAGGGCATATGGGCA