seq1 = pF1KSDA0362.tfa, 3288 bp
seq2 = pF1KSDA0362/gi568815585f_112868537.tfa (gi568815585f:112868537_113196484), 327948 bp

>pF1KSDA0362 3288
>gi568815585f:112868537_113196484 (Chr13)

1-178  (100001-100178)   100% ->
179-262  (146227-146310)   100% ->
263-377  (156108-156222)   100% ->
378-468  (176735-176825)   100% ->
469-588  (192057-192176)   100% ->
589-705  (195768-195884)   100% ->
706-855  (196400-196549)   100% ->
856-980  (197510-197634)   100% ->
981-1095  (201523-201637)   100% ->
1096-1215  (205908-206027)   100% ->
1216-1407  (206462-206653)   100% ->
1408-1599  (207430-207621)   100% ->
1600-1759  (208516-208675)   100% ->
1760-1833  (209827-209900)   100% ->
1834-1907  (210130-210203)   100% ->
1908-1974  (212677-212743)   100% ->
1975-2090  (213891-214006)   100% ->
2091-2160  (215462-215531)   100% ->
2161-2253  (216356-216448)   100% ->
2254-2346  (216550-216642)   100% ->
2347-2472  (217588-217713)   100% ->
2473-2694  (218699-218920)   99% ->
2695-2787  (219171-219263)   100% ->
2788-2866  (219791-219869)   100% ->
2867-2933  (220026-220092)   100% ->
2934-3052  (221074-221192)   100% ->
3053-3174  (225978-226099)   100% ->
3175-3288  (227835-227948)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCCTGCGGGGAGGGGCTGGTCCATCCCCGGCCAGCCACGGACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCCTGCGGGGAGGGGCTGGTCCATCCCCGGCCAGCCACGGACCCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCATGGACCCAGCGACCCACGGACCTGCTTACCTGGGCGCGGCGCGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCATGGACCCAGCGACCCACGGACCTGCTTACCTGGGCGCGGCGCGGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCATGCGGCCACACGGAAGGGGCGCGCTGGGCTGCTGCGGCCTCTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCATGCGGCCACACGGAAGGGGCGCGCTGGGCTGCTGCGGCCTCTGCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCTACACCTGCCACGGGGCGGCCGGAG         ATGAAATCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100151 TTCTACACCTGCCACGGGGCGGCCGGAGGTA...CAGATGAAATCATGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCAGGACATCGTCCCGCTCTGTGCTGCCGACATCCAGGACCAGCTAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146240 CCAGGACATCGTCCCGCTCTGTGCTGCCGACATCCAGGACCAGCTAAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCGCTTTGCTTACCTGTCCG         GTGGGCGGGGGCAGGACGGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 146290 AGCGCTTTGCTTACCTGTCCGGTG...CAGGTGGGCGGGGGCAGGACGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGCCCGGTTATCACCTTCCCTGACTACCCGGCCTTCAGCGAGATTCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156128 AGCCCGGTTATCACCTTCCCTGACTACCCGGCCTTCAGCGAGATTCCGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAGGAGTTCCAGAATGTCATGACCTACCTCACCAGCATCCCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 156178 CAAGGAGTTCCAGAATGTCATGACCTACCTCACCAGCATCCCCAGGTA..

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    378     CCTGCAGGACGCTGGCATCGGATTCATCCTGGTGATAGACCGGCGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156228 .CAGCCTGCAGGACGCTGGCATCGGATTCATCCTGGTGATAGACCGGCGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CGGGACAAATGGACCTCCGTGAAGGCGTCCGTCCTGCGCATCGCA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 176781 CGGGACAAATGGACCTCCGTGAAGGCGTCCGTCCTGCGCATCGCAGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    469     GCATCTTTCCCGGCAAACCTGCAGCTCGTCCTCGTGCTTCGCCCGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176831 .CAGGCATCTTTCCCGGCAAACCTGCAGCTCGTCCTCGTGCTTCGCCCGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CGGGTTTTTTCCAAAGGACTCTCTCCGACATCGCTTTCAAATTCAATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192103 CGGGTTTTTTCCAAAGGACTCTCTCCGACATCGCTTTCAAATTCAATAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GATGACTTTAAGATGAAGGTGCCG         GTCATAATGCTGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 192153 GATGACTTTAAGATGAAGGTGCCGGTA...CAGGTCATAATGCTGAGCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CGTACCAGACTTACACGGTTACATCGATAAGTCGCAGCTGACCGAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195785 CGTACCAGACTTACACGGTTACATCGATAAGTCGCAGCTGACCGAGGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGGTGGGACCCTGGACTACTGCCACTCCCGGTGGCTGTGCCAGCGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195835 TGGGTGGGACCCTGGACTACTGCCACTCCCGGTGGCTGTGCCAGCGCACG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706          GCCATCGAAAGTTTCGCCCTCATGGTGAAGCAGACGGCTCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195885 GTG...AAGGCCATCGAAAGTTTCGCCCTCATGGTGAAGCAGACGGCTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GATGCTGCAGTCCTTCGGGACCGAGCTGGCTGAAACAGAGCTGCCCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196441 GATGCTGCAGTCCTTCGGGACCGAGCTGGCTGAAACAGAGCTGCCCAATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACGTCCAGTCGACAAGCTCAGTGCTGTGTGCGCACACAGAGAAGAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196491 ACGTCCAGTCGACAAGCTCAGTGCTGTGTGCGCACACAGAGAAGAAGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAGGCGAAG         GAGGATTTGAGGCTGGCACTGAAAGAGGGGCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 196541 AAGGCGAAGGTA...CAGGAGGATTTGAGGCTGGCACTGAAAGAGGGGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAGTGTCCTGGAGAGCCTCAGGGAGCTGCAGGCTGAGGGCTCAGAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197542 CAGTGTCCTGGAGAGCCTCAGGGAGCTGCAGGCTGAGGGCTCAGAGCCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTGTGAACCAGGACCAGCTTGACAACCAGGCCACCGTGCAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 197592 GTGTGAACCAGGACCAGCTTGACAACCAGGCCACCGTGCAGAGGTG...C

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    981   GCTCCTGGCCCAGCTGAACGAAACCGAGGCTGCCTTCGATGAGTTCTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201521 AGGCTCCTGGCCCAGCTGAACGAAACCGAGGCTGCCTTCGATGAGTTCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGCAAAGCATCAGCAGAAACTGGAGCAGTGTCTGCAGCTCCGGCACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201571 GGCAAAGCATCAGCAGAAACTGGAGCAGTGTCTGCAGCTCCGGCACTTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGCAGGGCTTCCGGGAG         GTCAAAGCCATCTTGGACGCAGCG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 201621 AGCAGGGCTTCCGGGAGGTG...CAGGTCAAAGCCATCTTGGACGCAGCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TCCCAGAAGATAGCAACCTTCACAGACATCGGCAACAGCCTGGCGCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205932 TCCCAGAAGATAGCAACCTTCACAGACATCGGCAACAGCCTGGCGCATGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGAGCACCTGCTGAGGGACCTGGCCAGCTTCGAGGAGAAATCAGGC    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 205982 GGAGCACCTGCTGAGGGACCTGGCCAGCTTCGAGGAGAAATCAGGCGTA.

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1216      GTGGCCGTGGAGAGGGCCCGGGCCCTGTCTCTGGACGGCGAGCAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206032 ..CAGGTGGCCGTGGAGAGGGCCCGGGCCCTGTCTCTGGACGGCGAGCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CTCATTGGGAACAAGCACTACGCGGTAGACTCCATCCGCCCAAAGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206507 CTCATTGGGAACAAGCACTACGCGGTAGACTCCATCCGCCCAAAGTGCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GGAGCTCCGGCACCTCTGTGACCAGTTCTCTGCGGAGATCGCAAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206557 GGAGCTCCGGCACCTCTGTGACCAGTTCTCTGCGGAGATCGCAAGGAGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GGGGGCTGCTCAGCAAGTCCCTGGAGCTGCACCGCCGCCTGGAGACG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 206607 GGGGGCTGCTCAGCAAGTCCCTGGAGCTGCACCGCCGCCTGGAGACGGTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1408       TCCATGAAGTGGTGTGATGAAGGGATTTACCTGCTGGCCTCACA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206657 ...CAGTCCATGAAGTGGTGTGATGAAGGGATTTACCTGCTGGCCTCACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 ACCTGTGGACAAGTGCCAGTCCCAGGACGGCGCGGAGGCTGCCCTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207474 ACCTGTGGACAAGTGCCAGTCCCAGGACGGCGCGGAGGCTGCCCTCCAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AAATCGAGAAGTTTTTGGAGACCGGTGCGGAAAATAAGATCCAGGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207524 AAATCGAGAAGTTTTTGGAGACCGGTGCGGAAAATAAGATCCAGGAGCTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AACGCGATTTACAAGGAATACGAATCCATCCTCAACCAAGATCTCATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 207574 AACGCGATTTACAAGGAATACGAATCCATCCTCAACCAAGATCTCATGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1600        GAGCACGTGCGAAAGGTCTTCCAGAAGCAGGCAAGCATGGAGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207624 A...CAGGAGCACGTGCGAAAGGTCTTCCAGAAGCAGGCAAGCATGGAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 AGGTGTTCCACCGCAGGCAGGCCAGCCTGAAGAAGCTGGCGGCCAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208559 AGGTGTTCCACCGCAGGCAGGCCAGCCTGAAGAAGCTGGCGGCCAGGCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 ACGCGGCCCGTGCAGCCGGTGGCCCCCAGACCCGAGGCACTGGCAAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208609 ACGCGGCCCGTGCAGCCGGTGGCCCCCAGACCCGAGGCACTGGCAAAGTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 GCCCTGCCCCTCCCCAG         GCATTCGGCGAGGCTCTGAGAACT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 208659 GCCCTGCCCCTCCCCAGGTC...CAGGCATTCGGCGAGGCTCTGAGAACT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CCAGCTCCGAGGGCGGTGCGCTCCGGAGAGGGCCCTACCGGAGGGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209851 CCAGCTCCGAGGGCGGTGCGCTCCGGAGAGGGCCCTACCGGAGGGCCAAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834          AGTGAGATGAGTGAGAGCCGGCAGGGCCGCGGCTCAGCGGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209901 GTG...CAGAGTGAGATGAGTGAGAGCCGGCAGGGCCGCGGCTCAGCGGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GGAGGAGGAGGAAAGCCTGGCCATCCTGCGCAG         GCACGTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 210171 GGAGGAGGAGGAAAGCCTGGCCATCCTGCGCAGGTG...CAGGCACGTGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 TGAGCGAGCTCCTGGACACAGAACGGGCCTACGTGGAGGAGCTGCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212685 TGAGCGAGCTCCTGGACACAGAACGGGCCTACGTGGAGGAGCTGCTGTGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 GTCCTGGAG         GGCTACGCCGCGGAGATGGATAACCCACTGAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 212735 GTCCTGGAGGTG...CAGGGCTACGCCGCGGAGATGGATAACCCACTGAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 GGCTCACCTCCTGTCAACAGGCCTTCACAACAAGAAGGATGTTTTGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213923 GGCTCACCTCCTGTCAACAGGCCTTCACAACAAGAAGGATGTTTTGTTTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 GAAACATGGAGGAAATCTATCACTTCCACAACAG         GATATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 213973 GAAACATGGAGGAAATCTATCACTTCCACAACAGGTG...TAGGATATTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 CTCAGGGAGCTGGAAAACTACACTGACTGCCCAGAACTGGTTGGAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215469 CTCAGGGAGCTGGAAAACTACACTGACTGCCCAGAACTGGTTGGAAGATG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 CTTTCTGGAGAGG         ATGGAAGATTTCCAGATCTATGAGAAGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 215519 CTTTCTGGAGAGGGTA...CAGATGGAAGATTTCCAGATCTATGAGAAGT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 ACTGTCAGAACAAGCCCCGCTCTGAGAGCCTGTGGAGACAGTGCTCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216384 ACTGTCAGAACAAGCCCCGCTCTGAGAGCCTGTGGAGACAGTGCTCCGAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 TGCCCGTTTTTCCAG         GAATGCCAGAGAAAGCTGGACCACAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 216434 TGCCCGTTTTTCCAGGTT...CAGGAATGCCAGAGAAAGCTGGACCACAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2280 GCTGAGCCTGGACTCCTACCTGCTGAAGCCAGTGCAGAGGATCACCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216576 GCTGAGCCTGGACTCCTACCTGCTGAAGCCAGTGCAGAGGATCACCAAGT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2330 ACCAGCTGCTGCTCAAG         GAAATGCTGAAATACAGCAGGAAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 216626 ACCAGCTGCTGCTCAAGGTG...CAGGAAATGCTGAAATACAGCAGGAAC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2371 TGCGAGGGGGCTGAGGACCTGCAGGAGGCGCTGAGCTCCATCCTGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217612 TGCGAGGGGGCTGAGGACCTGCAGGAGGCGCTGAGCTCCATCCTGGGCAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2421 CCTGAAGGCCGTGAACGACTCCATGCACCTCATCGCTATCACCGGCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217662 CCTGAAGGCCGTGAACGACTCCATGCACCTCATCGCTATCACCGGCTATG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2471 AC         GGGAATCTCGGCGACCTGGGCAAGCTGCTGATGCAGGGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217712 ACGTA...TAGGGGAATCTCGGCGACCTGGGCAAGCTGCTGATGCAGGGC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2512 TCATTCAGCGTCTGGACCGACCACAAGAGGGGCCACACCAAGGTGAAGGA
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218738 TCGTTCAGCGTCTGGACCGACCACAAGAGGGGCCACACCAAGGTGAAGGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2562 GCTGGCCAGGTTCAAGCCCATGCAGCGGCACCTGTTCCTGCACGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218788 GCTGGCCAGGTTCAAGCCCATGCAGCGGCACCTGTTCCTGCACGAGAAGG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2612 CAGTGCTCTTCTGCAAGAAGAGGGAGGAGAATGGGGAGGGGTATGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218838 CAGTGCTCTTCTGCAAGAAGAGGGAGGAGAATGGGGAGGGGTATGAGAAA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2662 GCTCCCTCCTACAGCTACAAGCAGTCCTTAAAC         ATGGCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 218888 GCTCCCTCCTACAGCTACAAGCAGTCCTTAAACGTA...CAGATGGCTGC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2703 CGTTGGCATTACGGAGAACGTGAAGGGAGATGCTAAGAAGTTCGAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219179 CGTTGGCATTACGGAGAACGTGAAGGGAGATGCTAAGAAGTTCGAGATCT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2753 GGTACAACGCGCGCGAGGAGGTCTACATCGTCCAG         GCGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 219229 GGTACAACGCGCGCGAGGAGGTCTACATCGTCCAGGTG...CAGGCGCCA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2794 ACTCCTGAGATTAAAGCCGCGTGGGTGAATGAAATTCGGAAAGTGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219797 ACTCCTGAGATTAAAGCCGCGTGGGTGAATGAAATTCGGAAAGTGCTGAC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2844 CAGCCAGCTGCAGGCTTGTAGAG         AAGCCAGCCAGCACCGGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 219847 CAGCCAGCTGCAGGCTTGTAGAGGTG...CAGAAGCCAGCCAGCACCGGG

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2885 CGCTGGAGCAGTCACAGAGCCTGCCCCTGCCGGCCCCGACCAGCACCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 220044 CGCTGGAGCAGTCACAGAGCCTGCCCCTGCCGGCCCCGACCAGCACCAGG

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2934         TCCCTCAAGAGGAAACTCAAGGAACATCAAGAAGCTGGAAGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220094 TG...CAGTCCCTCAAGAGGAAACTCAAGGAACATCAAGAAGCTGGAAGA

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2976 AAGGAAAACAGACCCCCTAAGCCTGGAGGGATACGTCAGCTCAGCGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221116 AAGGAAAACAGACCCCCTAAGCCTGGAGGGATACGTCAGCTCAGCGCCAC

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3026 TGACAAAGCCCCCCGAAAAGGGCAAAG         GTTGGAGCAAAACG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 221166 TGACAAAGCCCCCCGAAAAGGGCAAAGGTG...TAGGTTGGAGCAAAACG

   3300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3067 TCCCACTCACTGGAGGCACCTGAGGACGACGGGGGCTGGTCAAGTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225992 TCCCACTCACTGGAGGCACCTGAGGACGACGGGGGCTGGTCAAGTGCAGA

   3350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3117 GGAGCAGATTAACTCGTCCGACGCAGAGGAGGACGGCGGGTTGGGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226042 GGAGCAGATTAACTCGTCCGACGCAGAGGAGGACGGCGGGTTGGGCCCCA

   3400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3167 AGAAGCTG         GTTCCAGGTAAATACACGGTCGTGGCGGACCAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 226092 AGAAGCTGGTA...CAGGTTCCAGGTAAATACACGGTCGTGGCGGACCAC

   3450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3208 GAGAAGGGAGGCCCCGATGCGCTGCGCGTGAGGAGCGGGGACGTGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227868 GAGAAGGGAGGCCCCGATGCGCTGCGCGTGAGGAGCGGGGACGTGGTGGA

   3500     .    :    .    :    .    :
   3258 GCTGGTGCAGGAGGGCGACGAGGGCCTCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 227918 GCTGGTGCAGGAGGGCGACGAGGGCCTCTGG