seq1 = pF1KSDA0263.tfa, 1323 bp
seq2 = pF1KSDA0263/gi568815595r_49627125.tfa (gi568815595r:49627125_49848040), 220916 bp

>pF1KSDA0263 1323
>gi568815595r:49627125_49848040 (Chr3)

(complement)

1-223  (100001-100223)   100% ->
224-434  (109619-109829)   100% ->
435-616  (115069-115250)   100% ->
617-792  (119763-119938)   100% ->
793-1323  (120386-120916)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGTGTTTGTCAAACCATGGAAGTGGGGCAGTATGGCAAGAATGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGTGTTTGTCAAACCATGGAAGTGGGGCAGTATGGCAAGAATGCAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCGGGCTGGAGACCGGGGAGTCCTCCTGGAGCCCTTCATCCACCAAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCGGGCTGGAGACCGGGGAGTCCTCCTGGAGCCCTTCATCCACCAAGTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGGACACAGCAGCATGATGCGTTACGACGATCACACTGTGTGCAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGGACACAGCAGCATGATGCGTTACGACGATCACACTGTGTGCAAGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCATCTCCCGGGAACAGCGCTTTTACGAGTCCCTCCCTCCCGAAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTCATCTCCCGGGAACAGCGCTTTTACGAGTCCCTCCCTCCCGAAATGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAGTTCACCCCTGAATACAAAG         GCGTGGTATCTGTCTGTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100201 GGAGTTCACCCCTGAATACAAAGGTC...CAGGCGTGGTATCTGTCTGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGAGGGGGACAGTGATGGTTACATCAACTTAGTGGCCTATCCTTATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109637 TTGAGGGGGACAGTGATGGTTACATCAACTTAGTGGCCTATCCTTATGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAAAGTGAGACTGTGGAACAGGATGACACAACAGAACGGGAGCAACCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109687 GAAAGTGAGACTGTGGAACAGGATGACACAACAGAACGGGAGCAACCTCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCGCAAACACTCCCGCCGGAGCCTGCACCGGTCAGGCAGTGGCAGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109737 GCGCAAACACTCCCGCCGGAGCCTGCACCGGTCAGGCAGTGGCAGTGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACAAGGAGGAGAAAGCCAGCCTGTCCCTTGAGACCTCTGAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 109787 ACAAGGAGGAGAAAGCCAGCCTGTCCCTTGAGACCTCTGAGAGGTA...T

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    435   CTCACAGGAGGCAAAGAGTCCGAAGGTGGAGCTGCACAGCCACTCAGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115067 AGCTCACAGGAGGCAAAGAGTCCGAAGGTGGAGCTGCACAGCCACTCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGTCCCTTTCCAGATGCTAGATGGCAACAGTGGCTTGAGTTCTGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115117 GGTCCCTTTCCAGATGCTAGATGGCAACAGTGGCTTGAGTTCTGAGAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCAGCCACAACCCCTGGAGCCTGCGTTGTCACAAGCAGCAGCTGAGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115167 TCAGCCACAACCCCTGGAGCCTGCGTTGTCACAAGCAGCAGCTGAGCCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ATGCGCTCCGAGTCCAAGGACCGAAAGCTCTACA         AGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 115217 ATGCGCTCCGAGTCCAAGGACCGAAAGCTCTACAGTA...CAGAGTTCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCTGCTTGAGAACGTGGTGCACCACTTCAAGTACCCCTGCGTGTTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119770 CCTGCTTGAGAACGTGGTGCACCACTTCAAGTACCCCTGCGTGTTGGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGAAGATGGGCACGCGGCAGCATGGCGATGACGCGTCAGCTGAGAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119820 TGAAGATGGGCACGCGGCAGCATGGCGATGACGCGTCAGCTGAGAAGGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GCCCGGCAGATGCGGAAATGCGAGCAGAGCACATCAGCCACGCTGGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119870 GCCCGGCAGATGCGGAAATGCGAGCAGAGCACATCAGCCACGCTGGGCGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CAGGGTCTGCGGCATGCAG         GTGTACCAGCTGGACACAGGGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 119920 CAGGGTCTGCGGCATGCAGGTG...CAGGTGTACCAGCTGGACACAGGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ATTACCTCTGCAGGAACAAGTACTATGGCCGTGGGCTCTCCATTGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120408 ATTACCTCTGCAGGAACAAGTACTATGGCCGTGGGCTCTCCATTGAAGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TTCCGCAATGCCCTCTATCAATATCTGCACAATGGCCTGGACCTGCGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120458 TTCCGCAATGCCCTCTATCAATATCTGCACAATGGCCTGGACCTGCGACG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TGACCTGTTTGAGCCTATCCTGAGCAAACTGCGGGGCCTGAAAGCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120508 TGACCTGTTTGAGCCTATCCTGAGCAAACTGCGGGGCCTGAAAGCTGTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TGGAGCGGCAGGCCTCTTACCGCTTCTACTCCAGTTCCCTGCTTGTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120558 TGGAGCGGCAGGCCTCTTACCGCTTCTACTCCAGTTCCCTGCTTGTCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TATGATGGCAAGGAGTGCCGGGCTGAGTCCTGCCTGGACCGCCGGTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120608 TATGATGGCAAGGAGTGCCGGGCTGAGTCCTGCCTGGACCGCCGGTCTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GATGCGTCTCAAGCACCTGGACATGGTGCTCCCTGAGGTGGCGTCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120658 GATGCGTCTCAAGCACCTGGACATGGTGCTCCCTGAGGTGGCGTCATCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GTGGCCCCAGCACCAGCCCCAGCAACACCAGCCCCGAGGCGGGTCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120708 GTGGCCCCAGCACCAGCCCCAGCAACACCAGCCCCGAGGCGGGTCCCTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 TCTCAGCCCAAGGTGGATGTCCGCATGATTGACTTTGCACACAGCACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120758 TCTCAGCCCAAGGTGGATGTCCGCATGATTGACTTTGCACACAGCACATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CAAGGGCTTCCGGGATGACCCCACCGTGCATGATGGGCCAGACAGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120808 CAAGGGCTTCCGGGATGACCCCACCGTGCATGATGGGCCAGACAGAGGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 ACGTGTTTGGCCTGGAGAACCTCATCAGCATCATGGAACAGATGCGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120858 ACGTGTTTGGCCTGGAGAACCTCATCAGCATCATGGAACAGATGCGGGAC

   1350     .
   1315 GAGAACCAG
        |||||||||
 120908 GAGAACCAG