seq1 = pF1KSDA0253.tfa, 2127 bp
seq2 = pF1KSDA0253/gi568815597f_160243397.tfa (gi568815597f:160243397_160458268), 214872 bp

>pF1KSDA0253 2127
>gi568815597f:160243397_160458268 (Chr1)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-190  (101326-101430)   100% ->
191-314  (105603-105726)   100% ->
315-436  (106153-106274)   100% ->
437-582  (106709-106854)   100% ->
583-733  (107826-107976)   100% ->
734-843  (108300-108409)   100% ->
844-996  (108658-108810)   100% ->
997-1101  (109491-109595)   100% ->
1102-1179  (109764-109841)   100% ->
1180-1352  (110722-110894)   100% ->
1353-1455  (112259-112361)   100% ->
1456-1551  (112467-112562)   100% ->
1552-1639  (112864-112951)   100% ->
1640-1794  (113204-113358)   100% ->
1795-2007  (113645-113857)   100% ->
2008-2127  (114753-114872)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTACGGCAGGGGGTGGCTCTGGGGCTGACCCGGGAAGTCGGGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTACGGCAGGGGGTGGCTCTGGGGCTGACCCGGGAAGTCGGGGTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTTCGCCTTCTGTCTTTCTGCGTCCTACTAGCAG         GTTTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 CCTTCGCCTTCTGTCTTTCTGCGTCCTACTAGCAGGTG...CAGGTTTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCAGGGGAAACTCAGTGGAGAGGAAGATATATATCCCCTTAAATAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101332 GCAGGGGAAACTCAGTGGAGAGGAAGATATATATCCCCTTAAATAAAACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTCCCTGTGTTCGCCTGCTCAACGCCACTCATCAGATTGGCTGCCAGT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101382 GCTCCCTGTGTTCGCCTGCTCAACGCCACTCATCAGATTGGCTGCCAGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191         CTTCAATTAGTGGAGACACAGGGGTTATCCACGTAGTAGAGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101432 TG...CAGCTTCAATTAGTGGAGACACAGGGGTTATCCACGTAGTAGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGAGGAGGACCTACAGTGGGTATTGACTGATGGCCCCAACCCCCCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105645 AAGAGGAGGACCTACAGTGGGTATTGACTGATGGCCCCAACCCCCCTTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGGTTCTGCTGGAGAGCAAGCATTTTACCAG         GGATTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 105695 ATGGTTCTGCTGGAGAGCAAGCATTTTACCAGGTA...CAGGGATTTAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGAGAAGCTGAAAGGGAGAACCAGCCGAATTGCTGGTCTTGCAGTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106162 GGAGAAGCTGAAAGGGAGAACCAGCCGAATTGCTGGTCTTGCAGTGTCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGACCAAGCCCAGTCCTGCCTCAGGCTTCTCTCCTAGTGTACAGTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106212 TGACCAAGCCCAGTCCTGCCTCAGGCTTCTCTCCTAGTGTACAGTGCCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATGATGGGTTTG         GTGTTTACTCCAATTCCTATGGGCCAGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 106262 AATGATGGGTTTGGTA...CAGGTGTTTACTCCAATTCCTATGGGCCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GTTTGCTCACTGCAGAGAAATACAGTGGAATTCGCTGGGCAATGGTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106737 GTTTGCTCACTGCAGAGAAATACAGTGGAATTCGCTGGGCAATGGTTTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTTATGAAGACTTTAGTTTCCCCATCTTTCTTCTTGAAGATGAAAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106787 CTTATGAAGACTTTAGTTTCCCCATCTTTCTTCTTGAAGATGAAAATGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACCAAAGTCATCAAGCAG         TGCTATCAAGATCACAACCTGAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 106837 ACCAAAGTCATCAAGCAGGTA...CAGTGCTATCAAGATCACAACCTGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TCAGAATGGCTCAGCACCAACCTTCCCACTATGTGCCATGCAGCTCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107849 TCAGAATGGCTCAGCACCAACCTTCCCACTATGTGCCATGCAGCTCTTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CACACATGCATGCTGTCATCAGCACTGCCACCTGCATGCGGCGCAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107899 CACACATGCATGCTGTCATCAGCACTGCCACCTGCATGCGGCGCAGCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATCCAAAGCACCTTCAGCATCAACCCAG         AAATCGTCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 107949 ATCCAAAGCACCTTCAGCATCAACCCAGGTA...TAGAAATCGTCTGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCCCCTGTCTGATTACAATGTGTGGAGCATGCTAAAGCCTATAAATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108313 CCCCCTGTCTGATTACAATGTGTGGAGCATGCTAAAGCCTATAAATACAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTGGGACATTAAAGCCTGACGACAGGGTTGTGGTTGCTGCCACCCGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 108363 CTGGGACATTAAAGCCTGACGACAGGGTTGTGGTTGCTGCCACCCGGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    844       CTGGATAGTCGTTCCTTTTTCTGGAATGTGGCCCCAGGGGCTGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108413 ...TAGCTGGATAGTCGTTCCTTTTTCTGGAATGTGGCCCCAGGGGCTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AAGCGCAGTGGCTTCCTTTGTCACCCAGCTGGCTGCTGCTGAAGCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108702 AAGCGCAGTGGCTTCCTTTGTCACCCAGCTGGCTGCTGCTGAAGCTTTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAAAGGCACCTGATGTGACCACCCTGCCCCGCAATGTCATGTTTGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108752 AAAAGGCACCTGATGTGACCACCCTGCCCCGCAATGTCATGTTTGTCTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTTCAAGGG         GAAACTTTTGACTACATTGGCAGCTCGAGGAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 108802 TTTCAAGGGGTA...CAGGAAACTTTTGACTACATTGGCAGCTCGAGGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGTCTACGATATGGAGAAGGGCAAGTTTCCCGTGCAGTTAGAGAATGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109523 GGTCTACGATATGGAGAAGGGCAAGTTTCCCGTGCAGTTAGAGAATGTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ACTCATTTGTGGAGCTGGGACAG         GTGGCCTTAAGAACTTCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 109573 ACTCATTTGTGGAGCTGGGACAGGTA...CAGGTGGCCTTAAGAACTTCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TTAGAGCTTTGGATGCACACAGATCCTGTTTCTCAGAAAAATGAGTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109782 TTAGAGCTTTGGATGCACACAGATCCTGTTTCTCAGAAAAATGAGTCTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 ACGGAACCAG         GTGGAGGATCTCCTGGCCACATTGGAGAAGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 109832 ACGGAACCAGGTA...CAGGTGGAGGATCTCCTGGCCACATTGGAGAAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GTGGTGCTGGTGTCCCTGCTGTCATCCTCAGGAGGCCAAATCAGTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110753 GTGGTGCTGGTGTCCCTGCTGTCATCCTCAGGAGGCCAAATCAGTCCCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CCTCTCCCACCATCTTCCCTGCAGCGATTTCTTCGAGCTCGAAACATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110803 CCTCTCCCACCATCTTCCCTGCAGCGATTTCTTCGAGCTCGAAACATCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGGCGTTGTTCTGGCTGACCACTCTGGTGCCTTCCATAACAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 110853 TGGCGTTGTTCTGGCTGACCACTCTGGTGCCTTCCATAACAAGTA...CA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1353  ATATTACCAGAGTATTTACGACACTGCTGAGAACATTAATGTGAGCTAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112258 GATATTACCAGAGTATTTACGACACTGCTGAGAACATTAATGTGAGCTAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CCCGAATGGCTGAGCCCTGAAGAGGACCTGAACTTTGTAACAGACACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112308 CCCGAATGGCTGAGCCCTGAAGAGGACCTGAACTTTGTAACAGACACTGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CAAG         GCCCTGGCAGATGTGGCCACGGTGCTGGGACGTGCTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112358 CAAGGTA...CAGGCCCTGGCAGATGTGGCCACGGTGCTGGGACGTGCTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TGTATGAGCTTGCAGGAGGAACCAACTTCAGCGACACAGTTCAGGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112504 TGTATGAGCTTGCAGGAGGAACCAACTTCAGCGACACAGTTCAGGCTGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CCCCAAACG         GTTACCCGCCTGCTCTATGGGTTCCTGATTAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 112554 CCCCAAACGGTA...TAGGTTACCCGCCTGCTCTATGGGTTCCTGATTAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 AGCCAACAACTCATGGTTCCAGTCTATCCTCAGGCAGGACCTAAGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112896 AGCCAACAACTCATGGTTCCAGTCTATCCTCAGGCAGGACCTAAGGTCCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 ACTTGG         GTGACGGGCCTCTTCAACATTACATCGCTGTCTCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112946 ACTTGGGTA...CAGGTGACGGGCCTCTTCAACATTACATCGCTGTCTCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 AGCCCCACCAACACCACTTATGTTGTACAGTATGCCTTGGCAAATTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113239 AGCCCCACCAACACCACTTATGTTGTACAGTATGCCTTGGCAAATTTGAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TGGCACAGTGGTCAACCTCACCCGAGAGCAGTGCCAGGATCCAAGTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113289 TGGCACAGTGGTCAACCTCACCCGAGAGCAGTGCCAGGATCCAAGTAAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TCCCAAGTGAAAACAAGGAT         CTGTATGAGTACTCATGGGTC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 113339 TCCCAAGTGAAAACAAGGATGTG...CAGCTGTATGAGTACTCATGGGTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 CAGGGCCCTTTGCATTCTAATGAGACGGACCGACTCCCCCGGTGTGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113666 CAGGGCCCTTTGCATTCTAATGAGACGGACCGACTCCCCCGGTGTGTGCG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 TTCTACTGCACGATTAGCCAGGGCCTTGTCTCCTGCCTTTGAACTGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113716 TTCTACTGCACGATTAGCCAGGGCCTTGTCTCCTGCCTTTGAACTGAGTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 AGTGGAGCTCTACTGAATACTCTACATGGACTGAGAGCCGCTGGAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113766 AGTGGAGCTCTACTGAATACTCTACATGGACTGAGAGCCGCTGGAAAGAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 ATCCGTGCCCGGATATTTCTCATCGCCAGCAAAGAGCTTGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 113816 ATCCGTGCCCGGATATTTCTCATCGCCAGCAAAGAGCTTGAGGTG...CA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2008  TTGATCACCCTGACAGTGGGCTTCGGCATCCTCATCTTCTCCCTCATCG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114752 GTTGATCACCCTGACAGTGGGCTTCGGCATCCTCATCTTCTCCCTCATCG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 TCACCTACTGCATCAATGCCAAAGCTGATGTCCTTTTCATTGCTCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114802 TCACCTACTGCATCAATGCCAAAGCTGATGTCCTTTTCATTGCTCCCCGG

   2250     .    :    .    :
   2107 GAGCCAGGAGCTGTGTCATAC
        |||||||||||||||||||||
 114852 GAGCCAGGAGCTGTGTCATAC