seq1 = pF1KSDA0215.tfa, 2469 bp
seq2 = pF1KSDA0215/gi568815575f_46884895.tfa (gi568815575f:46884895_47159074), 274180 bp

>pF1KSDA0215 2469
>gi568815575f:46884895_47159074 (ChrX)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-126  (100819-100898)   100% ->
127-284  (113226-113383)   100% ->
285-475  (139830-140020)   100% ->
476-687  (142998-143209)   100% ->
688-855  (148727-148894)   100% ->
856-972  (154055-154171)   100% ->
973-1443  (169264-169734)   100% ->
1444-1561  (171188-171305)   100% ->
1562-2469  (173273-174180)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAACGCCATAGGCCTGTCAGCAGCAGTGACAGTTCAGACGAAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGAAACGCCATAGGCCTGTCAGCAGCAGTGACAGTTCAGACGAAAGTG.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      GTCCTTCCACTTCCTTTACTTCTGGCTCAATGTATAGGATCAAGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..CAGGTCCTTCCACTTCCTTTACTTCTGGCTCAATGTATAGGATCAAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAAAAATTCCAAATGAACACAAGAAACCTGCTGAG         GTATTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100864 CAAAAATTCCAAATGAACACAAGAAACCTGCTGAGGTG...CAGGTATTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CGGAAGGACCTCATCAGTGCCATGAAACTTCCAGATTCTCACCACATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113232 CGGAAGGACCTCATCAGTGCCATGAAACTTCCAGATTCTCACCACATTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCCTGATAGCTATTACCTCTTTGCTGATACATGGAAGGAAGAATGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113282 TCCTGATAGCTATTACCTCTTTGCTGATACATGGAAGGAAGAATGGGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGGAGTCCAGGTACCAGCCAGTCCAGACACCGTTCCACAGCCTTCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113332 AGGGAGTCCAGGTACCAGCCAGTCCAGACACCGTTCCACAGCCTTCTCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AG         GATTATAGCTGAGAAGGTAAAGGACGTTCTGTTTATCCG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113382 AGGTA...TAGGATTATAGCTGAGAAGGTAAAGGACGTTCTGTTTATCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACCCCGGAAGTATATTCACTGCTCCAGCCCAGACACCACAGAGCCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139869 ACCCCGGAAGTATATTCACTGCTCCAGCCCAGACACCACAGAGCCTGGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACATCAACATCATGGAGTTGGCAGCATCTGTTTGCCGCTATGACCTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139919 ACATCAACATCATGGAGTTGGCAGCATCTGTTTGCCGCTATGACCTAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACATGGACATCTTCTGGCTTCAGGAACTCAATGAAGACCTTGCAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139969 GACATGGACATCTTCTGGCTTCAGGAACTCAATGAAGACCTTGCAGAAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GG         GTTGTGGGCCAGTTGATGAGAATCTTATGGAAAAGACAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140019 GGGTA...CAGGTTGTGGGCCAGTTGATGAGAATCTTATGGAAAAGACAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TAGAAGTCCTGGAACGCCATTGCCATGAAAATATGAACCATGCTATTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143037 TAGAAGTCCTGGAACGCCATTGCCATGAAAATATGAACCATGCTATTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACAGAGGAAGGGCTAGGCATAGAGTATGATGAAGATGTGATCTGTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143087 ACAGAGGAAGGGCTAGGCATAGAGTATGATGAAGATGTGATCTGTGATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTGCCGGTCTCCAGACAGTGAAGAAGGGAATGATATGGTGTTCTGTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143137 GTGCCGGTCTCCAGACAGTGAAGAAGGGAATGATATGGTGTTCTGTGATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGTGTAACGTCTGTGTGCATCAG         GCCTGCTATGGCATCCTC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 143187 AGTGTAACGTCTGTGTGCATCAGGTT...CAGGCCTGCTATGGCATCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAGGTCCCAGAAGGCAGCTGGCTGTGTCGCTCCTGTGTCCTGGGCATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148745 AAGGTCCCAGAAGGCAGCTGGCTGTGTCGCTCCTGTGTCCTGGGCATTTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TCCGCAATGTGTGTTATGTCCAAAGAAAGGTGGAGCCCTGAAGACCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148795 TCCGCAATGTGTGTTATGTCCAAAGAAAGGTGGAGCCCTGAAGACCACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGACAGGGACTAAATGGGCTCATGTCAGCTGTGCCCTGTGGATCCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148845 AGACAGGGACTAAATGGGCTCATGTCAGCTGTGCCCTGTGGATCCCAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856          GTCAGCATTGCTTGTCCTGAGAGGATGGAACCGATCACGAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148895 GTA...TAGGTCAGCATTGCTTGTCCTGAGAGGATGGAACCGATCACGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GATCTCCCACATCCCACCCAGTCGGTGGGCCTTAGTCTGCAACTTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154096 GATCTCCCACATCCCACCCAGTCGGTGGGCCTTAGTCTGCAACTTGTGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGTTGAAGACGGGGGCTTGTATTCAG         TGCTCTATAAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 154146 AGTTGAAGACGGGGGCTTGTATTCAGGTA...CAGTGCTCTATAAAAAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TGCATCACTGCCTTCCACGTCACCTGTGCCTTTGAGCACGGCCTAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169279 TGCATCACTGCCTTCCACGTCACCTGTGCCTTTGAGCACGGCCTAGAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GAAGACCATCCTAGATGAGGGAGACGAAGTGAAGTTCAAGTCATATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169329 GAAGACCATCCTAGATGAGGGAGACGAAGTGAAGTTCAAGTCATATTGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TCAAGCATAGCCAAAACAGGCAGAAACTTGGAGAAGCTGAGTACCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169379 TCAAGCATAGCCAAAACAGGCAGAAACTTGGAGAAGCTGAGTACCCCCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CACAGGGCTAAAGAGCAGAGCCAGGCCAAAAGTGAGAAAACCAGCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169429 CACAGGGCTAAAGAGCAGAGCCAGGCCAAAAGTGAGAAAACCAGCCTGCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GGCACAGAAGCTTCGGGAGCTGGAGGAGGAGTTCTATTCCTTGGTACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169479 GGCACAGAAGCTTCGGGAGCTGGAGGAGGAGTTCTATTCCTTGGTACGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TGGAAGATGTGGCCGCAGAGCTGGGTATGCCCACGCTAGCTGTGGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169529 TGGAAGATGTGGCCGCAGAGCTGGGTATGCCCACGCTAGCTGTGGACTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 ATCTATAACTACTGGAAACTGAAGCGGAAAAGTAACTTCAATAAGCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169579 ATCTATAACTACTGGAAACTGAAGCGGAAAAGTAACTTCAATAAGCCATT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 ATTTCCTCCAAAGGAGGATGAAGAAAATGGGCTGGTGCAGCCAAAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169629 ATTTCCTCCAAAGGAGGATGAAGAAAATGGGCTGGTGCAGCCAAAAGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 AAAGCATTCACACTCGAATGAGAATGTTTATGCATCTACGCCAGGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169679 AAAGCATTCACACTCGAATGAGAATGTTTATGCATCTACGCCAGGACCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GAGAGG         GTCCGAAATCTGTGCTATATGATAAGCAGACGAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169729 GAGAGGGTA...CAGGTCCGAAATCTGTGCTATATGATAAGCAGACGAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GAAGCTGAAGCTGTCACACAACAAAATACAGGAACAGATCTTCGGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171223 GAAGCTGAAGCTGTCACACAACAAAATACAGGAACAGATCTTCGGTTTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 AAGTCCAGCTTCTTAACCAAGAAATTGATGCAG         GGCTTCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 171273 AAGTCCAGCTTCTTAACCAAGAAATTGATGCAGGTA...CAGGGCTTCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 TTGACAAATGCACTTGAAAACTCACTGTTTTACCCACCACCAAGAATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173281 TTGACAAATGCACTTGAAAACTCACTGTTTTACCCACCACCAAGAATTAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 CTTGAAGTTAAAAATGCCCAAATCAACCCCAGAAGACCACAGAAACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173331 CTTGAAGTTAAAAATGCCCAAATCAACCCCAGAAGACCACAGAAACAGCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 CCACAGAAACCGATCAGCAGCCCCACTCTCCTGACAGCAGCTCATCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173381 CCACAGAAACCGATCAGCAGCCCCACTCTCCTGACAGCAGCTCATCTGTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 CACAGTATAAGGAACATGCAGGTGCCTCAGGAGTCACTAGAAATGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173431 CACAGTATAAGGAACATGCAGGTGCCTCAGGAGTCACTAGAAATGAGAAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 AAAATCGTATCCGAGATACCCACTAGAGAGCAAGAATAACCGTTTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173481 AAAATCGTATCCGAGATACCCACTAGAGAGCAAGAATAACCGTTTGCTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 CCAGTCTCAGCCATTCTAGGAGTGAAGCAAAGGAGTCCAGTCCTGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173531 CCAGTCTCAGCCATTCTAGGAGTGAAGCAAAGGAGTCCAGTCCTGCTTGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 AGAACCCCGTCCTCGGAGTGCTATCATGGGCAGTCACTGGGAAAGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173581 AGAACCCCGTCCTCGGAGTGCTATCATGGGCAGTCACTGGGAAAGCCTCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 GGTCCTTCAGGCTGCCCTCCATGGACAGTCTTCCATTGGGAATGGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173631 GGTCCTTCAGGCTGCCCTCCATGGACAGTCTTCCATTGGGAATGGGAAAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 GTCAGCCTAACTCCAAGTTTGCCAAATCCAATGGCCTGGAGGGCAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173681 GTCAGCCTAACTCCAAGTTTGCCAAATCCAATGGCCTGGAGGGCAGCTGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 TCTGGGAATGTCACCCAAAAAGACAGCTCGAGTGAGATGTTCTGTGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173731 TCTGGGAATGTCACCCAAAAAGACAGCTCGAGTGAGATGTTCTGTGACCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 GGAGCCTGTGTTCAGCCCCCACTTGGTCAGTCAGGGCAGCTTTAGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173781 GGAGCCTGTGTTCAGCCCCCACTTGGTCAGTCAGGGCAGCTTTAGAAAAT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2120 CCACTGTAGAACACTTTAGTAGGTCCTTTAAAGAGACCACCAATAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173831 CCACTGTAGAACACTTTAGTAGGTCCTTTAAAGAGACCACCAATAGGTGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2170 GTGAAGAACACAGAGGACCTCCAGTGCTATGTGAAGCCAACCAAGAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173881 GTGAAGAACACAGAGGACCTCCAGTGCTATGTGAAGCCAACCAAGAATAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2220 GAGCCCCAAGGAGCAGTTCTGGGGTAGACAGGTTCTCAGGCGGTCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173931 GAGCCCCAAGGAGCAGTTCTGGGGTAGACAGGTTCTCAGGCGGTCTGCAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2270 GGAGAGCTCCATATCAGGAAAATGATGGCTATTGCCCAGATTTGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173981 GGAGAGCTCCATATCAGGAAAATGATGGCTATTGCCCAGATTTGGAGCTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2320 AGTGATTCAGAGGCAGAAAGTGATGGGAATAAAGAAAAAGTCAGGGTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174031 AGTGATTCAGAGGCAGAAAGTGATGGGAATAAAGAAAAAGTCAGGGTAAG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2370 GAAAGATAGCTCAGACAGGGAAAATCCTCCCCATGACTCTAGACGGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174081 GAAAGATAGCTCAGACAGGGAAAATCCTCCCCATGACTCTAGACGGGATT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2420 GCCATGGTAAAAGCAAGACACATCCCCTTTCCCACAGTTCAATGCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174131 GCCATGGTAAAAGCAAGACACATCCCCTTTCCCACAGTTCAATGCAAAGG