seq1 = pF1KSDA0212.tfa, 1971 bp
seq2 = pF1KSDA0212/gi568815595f_5087806.tfa (gi568815595f:5087806_5315915), 228110 bp

>pF1KSDA0212 1971
>gi568815595f:5087806_5315915 (Chr3)

1-509  (100001-100509)   100% ->
510-582  (107404-107476)   100% ->
583-686  (111787-111890)   99% ->
687-858  (113948-114119)   100% ->
859-1042  (115161-115344)   100% ->
1043-1217  (117262-117436)   100% ->
1218-1338  (119348-119468)   100% ->
1339-1509  (120288-120458)   100% ->
1510-1583  (122370-122443)   100% ->
1584-1680  (123315-123411)   100% ->
1681-1884  (125514-125717)   100% ->
1885-1971  (128024-128110)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAATGGCGAGCGCTCGTCCTGGGGCTGGTGCTCCTCCGGCTTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAATGGCGAGCGCTCGTCCTGGGGCTGGTGCTCCTCCGGCTTGGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCATGGAGTATTGTGGCTCGTCTTCGGGCTGGGGCCCAGCATGGGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCATGGAGTATTGTGGCTCGTCTTCGGGCTGGGGCCCAGCATGGGCTTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCAGCGCTTTCCGCTCAGCTTCGGCTTCCAGCGTCTGAGGAGCCCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCAGCGCTTTCCGCTCAGCTTCGGCTTCCAGCGTCTGAGGAGCCCCGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCCCCGCGTCGCCCACCTCGGGGCCCGTGGGCCGGCCTGGGGGGGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCCCCGCGTCGCCCACCTCGGGGCCCGTGGGCCGGCCTGGGGGGGTATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGGCCGTCGTGGCTGCAGCCGCCGGGGACCGGGGCAGCGCAGAGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGGCCGTCGTGGCTGCAGCCGCCGGGGACCGGGGCAGCGCAGAGCCCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCAAGGCTCCGCGGCGTCCTGGGCCGGGGATGTGCGGCCCAGCCAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCAAGGCTCCGCGGCGTCCTGGGCCGGGGATGTGCGGCCCAGCCAACTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCTACGTGCTGGGCGGCCGGGGCCGCGGCCCGGACGAGTACGAGAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGCTACGTGCTGGGCGGCCGGGGCCGCGGCCCGGACGAGTACGAGAAGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTACAGCGGCGCCTTCCCTCCGCAGCTGCGTGCCCAGATGCGCGACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTACAGCGGCGCCTTCCCTCCGCAGCTGCGTGCCCAGATGCGCGACCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CACGGGGCATGTTCGTCTTTGGCTACGACAACTACATGGCTCACGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CACGGGGCATGTTCGTCTTTGGCTACGACAACTACATGGCTCACGCCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCCCAGGACGAGCTCAACCCCATCCACTGCCGCGGCCGTGGGCCCGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCCCAGGACGAGCTCAACCCCATCCACTGCCGCGGCCGTGGGCCCGACCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CGGGGACCC         TTCAAATCTGAACATCAATGATGTACTAGGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CGGGGACCCGTG...CAGTTCAAATCTGAACATCAATGATGTACTAGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACTACTCATTGACTCTTGTTGATGCATTGGATACACTTGCA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 107436 ACTACTCATTGACTCTTGTTGATGCATTGGATACACTTGCAGTA...AAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ATAATGGGAAATTCATCCGAGTTCCAGAAAGCAGTCAAGTTAGTGATCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 111787 ATAATGGGAAATTCATCCGAGTTCCAGAAAGCCGTCAAGTTAGTGATCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CACAGTTTCATTTGACAAAGATTCCACCGTCCAAGTCTTTGAGGCCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111837 CACAGTTTCATTTGACAAAGATTCCACCGTCCAAGTCTTTGAGGCCACGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TAAG         GGTCCTGGGAAGCCTCCTTTCTGCTCACAGAATAATA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111887 TAAGGTA...TAGGGTCCTGGGAAGCCTCCTTTCTGCTCACAGAATAATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ACTGACTCCAAGCAGCCCTTTGGTGACATGACAATTAAGGACTATGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113985 ACTGACTCCAAGCAGCCCTTTGGTGACATGACAATTAAGGACTATGATAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGAGTTGTTATACATGGCCCATGACCTGGCGGTGCGGCTCCTCCCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114035 TGAGTTGTTATACATGGCCCATGACCTGGCGGTGCGGCTCCTCCCTGCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TTGAAAACACCAAGACAGGGATTCCATATCCTCGG         GTGAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 114085 TTGAAAACACCAAGACAGGGATTCCATATCCTCGGGTG...CAGGTGAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTAAAGACAGGAGTTCCTCCTGACACCAATAATGAGACATGCACAGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115167 CTAAAGACAGGAGTTCCTCCTGACACCAATAATGAGACATGCACAGCGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AGCCGGTTCCCTCCTGGTGGAATTTGGGATTCTGAGTCGACTCCTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115217 AGCCGGTTCCCTCCTGGTGGAATTTGGGATTCTGAGTCGACTCCTGGGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ACTCCACATTTGAGTGGGTGGCCAGACGAGCAGTGAAAGCCCTTTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115267 ACTCCACATTTGAGTGGGTGGCCAGACGAGCAGTGAAAGCCCTTTGGAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CTCCGGAGCAATGATACAGGATTACTAG         GCAATGTCGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 115317 CTCCGGAGCAATGATACAGGATTACTAGGTG...CAGGCAATGTCGTGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CATTCAGACGGGCCACTGGGTTGGAAAGCAGAGTGGCCTGGGTGCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117275 CATTCAGACGGGCCACTGGGTTGGAAAGCAGAGTGGCCTGGGTGCCGGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TGGACTCCTTCTATGAATACCTCTTGAAATCTTACATTCTCTTTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117325 TGGACTCCTTCTATGAATACCTCTTGAAATCTTACATTCTCTTTGGAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 AAAGAAGACCTAGAAATGTTTAATGCTGCATATCAGAGTATTCAGAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117375 AAAGAAGACCTAGAAATGTTTAATGCTGCATATCAGAGTATTCAGAACTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CTTAAGAAGAGG         GCGGGAAGCCTGCAATGAAGGAGAAGGAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 117425 CTTAAGAAGAGGGTA...CAGGCGGGAAGCCTGCAATGAAGGAGAAGGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 ACCCTCCACTCTATGTCAACGTGAACATGTTCAGTGGGCAGCTGATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119377 ACCCTCCACTCTATGTCAACGTGAACATGTTCAGTGGGCAGCTGATGAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 ACCTGGATTGACTCTCTGCAGGCCTTTTTCCCTGGACTGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 119427 ACCTGGATTGACTCTCTGCAGGCCTTTTTCCCTGGACTGCAGGTA...TA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1339  GTGCTGATAGGAGATGTGGAAGATGCCATCTGCCTTCATGCCTTCTACT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120287 GGTGCTGATAGGAGATGTGGAAGATGCCATCTGCCTTCATGCCTTCTACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 ATGCCATATGGAAACGATATGGTGCCCTCCCTGAGAGATATAACTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120337 ATGCCATATGGAAACGATATGGTGCCCTCCCTGAGAGATATAACTGGCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CTGCAGGCCCCTGACGTTCTCTTCTACCCACTGAGACCAGAGTTAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120387 CTGCAGGCCCCTGACGTTCTCTTCTACCCACTGAGACCAGAGTTAGTGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 ATCCACATATCTCCTCTACCAG         GCAACCAAGAATCCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 120437 ATCCACATATCTCCTCTACCAGGTA...TAGGCAACCAAGAATCCCTTCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 ACCTCCATGTAGGAATGGATATTCTGCAGAGTCTGGAAAAGTACACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122389 ACCTCCATGTAGGAATGGATATTCTGCAGAGTCTGGAAAAGTACACAAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GTCAA         GTGTGGGTACGCCACGCTGCATCACGTCATTGACAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122439 GTCAAGTC...TAGGTGTGGGTACGCCACGCTGCATCACGTCATTGACAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GTCCACAGAAGACCGGATGGAGAGCTTCTTTCTCAGTGAGACCTGTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123351 GTCCACAGAAGACCGGATGGAGAGCTTCTTTCTCAGTGAGACCTGTAAAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 ATTTGTATCTG         CTGTTTGATGAAGACAATCCAGTACACAAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 123401 ATTTGTATCTGGTA...TAGCTGTTTGATGAAGACAATCCAGTACACAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 TCTGGAACCAGATACATGTTCACAACAGAGGGACACATTGTATCTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125544 TCTGGAACCAGATACATGTTCACAACAGAGGGACACATTGTATCTGTGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 TGAGCATCTTCGGGAATTGCCATGGAAGGAATTCTTCTCTGAAGAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125594 TGAGCATCTTCGGGAATTGCCATGGAAGGAATTCTTCTCTGAAGAGGGAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 GGCAGGACCAAGGGGGAAAGTCTGTGCACAGGCCGAAACCTCATGAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125644 GGCAGGACCAAGGGGGAAAGTCTGTGCACAGGCCGAAACCTCATGAGTTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 AAAGTCATCAACTCCAGCTCCAAC         TGCAATCGTGTACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 125694 AAAGTCATCAACTCCAGCTCCAACGTG...TAGTGCAATCGTGTACCTGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 TGAGAGGAGGTACTCCCTGCCCTTAAAGAGCATCTACATGCGACAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128041 TGAGAGGAGGTACTCCCTGCCCTTAAAGAGCATCTACATGCGACAGATTG

   2050     .    :    .    :
   1952 ACCAGATGGTTGGTTTGATT
        ||||||||||||||||||||
 128091 ACCAGATGGTTGGTTTGATT