seq1 = pF1KSDA0202.tfa, 1287 bp
seq2 = pF1KSDA0202/gi568815593r_132660802.tfa (gi568815593r:132660802_132865530), 204729 bp

>pF1KSDA0202 1287
>gi568815593r:132660802_132865530 (Chr5)

(complement)

1-30  (88394-88423)   100% ->
31-151  (100002-100122)   100% ->
152-347  (101112-101307)   99% ->
348-534  (101639-101825)   100% ->
535-696  (102886-103047)   100% ->
697-793  (103635-103731)   100% ->
794-962  (103905-104073)   100% ->
963-1095  (104266-104398)   100% ->
1096-1287  (104539-104729)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCACCGACCTGGAGCGCTTCTCG         AATGCAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  88394 ATGGCGGCCACCGACCTGGAGCGCTTCTCGGTG...CAGAATGCAGAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGAGCCCCGGAGCCTCTCCCTGGGCGGCCATGTGGGTTTCGACAGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100013 AGAGCCCCGGAGCCTCTCCCTGGGCGGCCATGTGGGTTTCGACAGCCTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCGACCAGCTGGTCAGCAAGTCGGTCACTCAGGGCTTCAGCTTCAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100063 CCGACCAGCTGGTCAGCAAGTCGGTCACTCAGGGCTTCAGCTTCAACATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCTGTGTGG         GGGAGACCGGCATTGGCAAATCCACACTGAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100113 CTCTGTGTGGGTG...CAGGGGAGACCGGCATTGGCAAATCCACACTGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAACACACTCTTCAACACGACCTTCGAGACTGAGGAAGCCAGTCACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101143 GAACACACTCTTCAACACGACCTTCGAGACTGAGGAAGCCAGTCACCATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGCATGCGTGCGCCTGCGGCCCCAGACCTACGACCTCCAGGAGAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 101193 AGGCATGCGTGCGCCTGCGGCCCCAGACCTATGACCTCCAGGAGAGCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGCAGCTCAAGCTGACCATTGTGGATGCCGTGGGCTTTGGGGATCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101243 GTGCAGCTCAAGCTGACCATTGTGGATGCCGTGGGCTTTGGGGATCAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAATAAGGATGAGAG         TTACAGGCCCATAGTTGACTACATCG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101293 CAATAAGGATGAGAGGCA...TAGTTACAGGCCCATAGTTGACTACATCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGCGCAGTTTGAAAATTATCTGCAGGAGGAGCTGAAGATCCGCCGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101665 ATGCGCAGTTTGAAAATTATCTGCAGGAGGAGCTGAAGATCCGCCGCTCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTCTTCGACTACCATGACACAAGGATCCACGTTTGCCTCTACTTCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101715 CTCTTCGACTACCATGACACAAGGATCCACGTTTGCCTCTACTTCATCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCCCACAGGGCACTCCCTGAAGTCTCTAGATCTAGTGACCATGAAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101765 GCCCACAGGGCACTCCCTGAAGTCTCTAGATCTAGTGACCATGAAGAAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TAGACAGCAAG         GTGAACATTATTCCCATCATCGCCAAGGCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 101815 TAGACAGCAAGGTA...CAGGTGAACATTATTCCCATCATCGCCAAGGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GACACCATCTCCAAGAGCGAGCTCCACAAGTTCAAGATCAAGATCATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102916 GACACCATCTCCAAGAGCGAGCTCCACAAGTTCAAGATCAAGATCATGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGAGTTGGTCAGCAACGGGGTCCAGATCTACCAGTTCCCCACGGATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102966 CGAGTTGGTCAGCAACGGGGTCCAGATCTACCAGTTCCCCACGGATGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGGCTGTTGCAGAGATTAACGCAGTCATGAAT         GCACATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 103016 AGGCTGTTGCAGAGATTAACGCAGTCATGAATGTG...CAGGCACATCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCCTTTGCCGTGGTGGGCAGCACCGAGGAGGTGAAGGTGGGGAACAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103644 CCCTTTGCCGTGGTGGGCAGCACCGAGGAGGTGAAGGTGGGGAACAAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGTCCGAGCACGGCAGTACCCCTGGGGAGTGGTGCAGG         TGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 103694 GGTCCGAGCACGGCAGTACCCCTGGGGAGTGGTGCAGGGTG...CAGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGAATGAGAATCACTGCGACTTCGTGAAGCTGCGGGAGATGTTGATCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103908 AGAATGAGAATCACTGCGACTTCGTGAAGCTGCGGGAGATGTTGATCCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTGAACATGGAAGACCTCCGCGAGCAGACCCACAGCCGGCACTACGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103958 GTGAACATGGAAGACCTCCGCGAGCAGACCCACAGCCGGCACTACGAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTACCGGCGCTGCAAGTTGGAGGAGATGGGCTTTCAGGACAGCGATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104008 CTACCGGCGCTGCAAGTTGGAGGAGATGGGCTTTCAGGACAGCGATGGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACAGCCAGCCCTTCAG         CCTACAAGAGACATACGAGGCCAAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 104058 ACAGCCAGCCCTTCAGGTG...CAGCCTACAAGAGACATACGAGGCCAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGGAAGGAGTTCCTAAGTGAGCTGCAGAGGAAGGAGGAAGAGATGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104291 AGGAAGGAGTTCCTAAGTGAGCTGCAGAGGAAGGAGGAAGAGATGAGGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GATGTTTGTCAACAAAGTGAAGGAGACAGAGCTGGAGCTGAAGGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104341 GATGTTTGTCAACAAAGTGAAGGAGACAGAGCTGGAGCTGAAGGAGAAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AAAGGGAG         CTCCATGAGAAGTTTGAGCACCTGAAGCGGGTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104391 AAAGGGAGGTA...CAGCTCCATGAGAAGTTTGAGCACCTGAAGCGGGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CACCAGGAGGAGAAGCGCAAGGTGGAGGAAAAGCGCCGGGAACTGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104572 CACCAGGAGGAGAAGCGCAAGGTGGAGGAAAAGCGCCGGGAACTGGAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGAGACCAACGCCTTCAATCGCCGGAAGGCTGCGGTGGAGGCCCTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104622 GGAGACCAACGCCTTCAATCGCCGGAAGGCTGCGGTGGAGGCCCTGCAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CGCAGGCCTTGCACGCCACCTCGCAGCAGCCCCTGAGGAAGGACAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104672 CGCAGGCCTTGCACGCCACCTCGCAGCAGCCCCTGAGGAAGGACAAGGAC

   1350     .
   1279 AAGAAGAAT
        ||||||||-
 104722 AAGAAGAA