seq1 = pF1KSDA0201.tfa, 2574 bp
seq2 = pF1KSDA0201/gi568815585r_31037321.tfa (gi568815585r:31037321_31261582), 224262 bp

>pF1KSDA0201 2574
>gi568815585r:31037321_31261582 (Chr13)

(complement)

1-107  (100001-100107)   100% ->
108-165  (102720-102777)   100% ->
166-306  (105929-106069)   100% ->
307-429  (106828-106950)   100% ->
430-529  (108632-108731)   100% ->
530-663  (109841-109974)   100% ->
664-908  (110392-110636)   100% ->
909-1137  (111401-111629)   100% ->
1138-1244  (113103-113209)   100% ->
1245-1378  (113491-113624)   100% ->
1379-1584  (115815-116020)   100% ->
1585-1716  (117660-117791)   100% ->
1717-1854  (120324-120461)   100% ->
1855-1980  (121274-121399)   100% ->
1981-2088  (122476-122583)   100% ->
2089-2208  (122683-122802)   100% ->
2209-2370  (123015-123176)   100% ->
2371-2574  (124059-124262)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGTGGTGGGGTTGGACGTGGGCTCGCAGAGCTGCTACATCGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGTGGTGGGGTTGGACGTGGGCTCGCAGAGCTGCTACATCGCGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCCCGGGCCGGGGGCATCGAGACCATCGCCAATGAGTTCAGCGACCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCCCGGGCCGGGGGCATCGAGACCATCGCCAATGAGTTCAGCGACCGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCACCCC         GTCAGTCATATCATTTGGATCAAAAAATAGAACA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCACCCCGTA...TAGGTCAGTCATATCATTTGGATCAAAAAATAGAACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCGGAGTTGCAGCCAAAAATCAG         CAAATCACTCATGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102754 ATCGGAGTTGCAGCCAAAAATCAGGTA...CAGCAAATCACTCATGCAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAATACGGTGTCTAACTTCAAAAGATTTCATGGCCGAGCATTCAATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105946 CAATACGGTGTCTAACTTCAAAAGATTTCATGGCCGAGCATTCAATGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCTTCATTCAAAAGGAGAAGGAAAACTTGAGTTACGATTTGGTTCCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105996 CCTTCATTCAAAAGGAGAAGGAAAACTTGAGTTACGATTTGGTTCCATTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAAATGGTGGAGTTGGAATAAAG         GTAATGTACATGGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 106046 AAAAATGGTGGAGTTGGAATAAAGGTA...TAGGTAATGTACATGGGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGAACATCTATTTAGTGTGGAGCAGATAACAGCCATGTTGTTGACTAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106845 AGAACATCTATTTAGTGTGGAGCAGATAACAGCCATGTTGTTGACTAAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGAAGGAAACTGCTGAAAACAGCCTCAAGAAACCAGTAACAGATTGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106895 TGAAGGAAACTGCTGAAAACAGCCTCAAGAAACCAGTAACAGATTGTGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATTTCA         GTCCCCTCCTTCTTTACAGATGCTGAGAGGCGATC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106945 ATTTCAGTA...TAGGTCCCCTCCTTCTTTACAGATGCTGAGAGGCGATC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGTGTTAGATGCTGCACAGATTGTTGGCCTAAACTGTTTAAGACTTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108667 TGTGTTAGATGCTGCACAGATTGTTGGCCTAAACTGTTTAAGACTTATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGACATGACAGCTG         TTGCTTTGAATTACGGAATTTATAAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 108717 ATGACATGACAGCTGGTA...TAGTTGCTTTGAATTACGGAATTTATAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAGGATCTCCCAAGCCTGGATGAGAAACCTCGGATAGTGGTTTTTGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109867 CAGGATCTCCCAAGCCTGGATGAGAAACCTCGGATAGTGGTTTTTGTTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TATGGGACATTCAGCTTTTCAAGTGTCTGCTTGTGCTTTTAACAAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109917 TATGGGACATTCAGCTTTTCAAGTGTCTGCTTGTGCTTTTAACAAGGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AATTGAAG         GTACTGGGAACAGCTTTTGATCCTTTCTTAGGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 109967 AATTGAAGGTA...TAGGTACTGGGAACAGCTTTTGATCCTTTCTTAGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGAAAAAACTTCGATGAAAAGTTAGTGGAACATTTTTGTGCAGAATTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110425 GGAAAAAACTTCGATGAAAAGTTAGTGGAACATTTTTGTGCAGAATTTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AACTAAGTACAAGTTGGATGCAAAATCCAAAATACGAGCACTCCTACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110475 AACTAAGTACAAGTTGGATGCAAAATCCAAAATACGAGCACTCCTACGTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGTATCAGGAATGTGAAAAACTGAAAAAGCTAATGAGCTCTAACAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110525 TGTATCAGGAATGTGAAAAACTGAAAAAGCTAATGAGCTCTAACAGCACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GACCTTCCACTGAATATCGAATGCTTTATGAATGATAAAGATGTTTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110575 GACCTTCCACTGAATATCGAATGCTTTATGAATGATAAAGATGTTTCCGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AAAGATGAACAG         GTCACAATTTGAAGAACTCTGTGCTGAAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 110625 AAAGATGAACAGGTG...AAGGTCACAATTTGAAGAACTCTGTGCTGAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTCTGCAAAAGATAGAAGTACCCCTTTATTCACTGTTGGAACAAACTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111430 TTCTGCAAAAGATAGAAGTACCCCTTTATTCACTGTTGGAACAAACTCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTCAAAGTAGAAGATGTGAGTGCAGTTGAGATTGTTGGAGGCGCTACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111480 CTCAAAGTAGAAGATGTGAGTGCAGTTGAGATTGTTGGAGGCGCTACACG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AATTCCAGCTGTGAAGGAAAGAATTGCCAAATTCTTTGGAAAAGATATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111530 AATTCCAGCTGTGAAGGAAAGAATTGCCAAATTCTTTGGAAAAGATATTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GCACAACACTCAATGCAGATGAAGCAGTAGCCAGAGGATGTGCATTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111580 GCACAACACTCAATGCAGATGAAGCAGTAGCCAGAGGATGTGCATTACAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138          TGTGCAATACTTTCCCCGGCATTTAAAGTTAGAGAATTTTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111630 GTA...AAGTGTGCAATACTTTCCCCGGCATTTAAAGTTAGAGAATTTTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CGTCACAGATGCAGTTCCTTTTCCAATATCTCTGATCTGGAACCATGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113144 CGTCACAGATGCAGTTCCTTTTCCAATATCTCTGATCTGGAACCATGATT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CAGAAGATACTGAAGG         TGTTCATGAAGTCTTTAGTCGAAAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 113194 CAGAAGATACTGAAGGGTA...TAGTGTTCATGAAGTCTTTAGTCGAAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CATGCTGCTCCTTTCTCCAAAGTTCTCACCTTTCTGAGAAGGGGGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113516 CATGCTGCTCCTTTCTCCAAAGTTCTCACCTTTCTGAGAAGGGGGCCTTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TGAGCTAGAAGCTTTCTATTCTGATCCCCAAGGAGTTCCATATCCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113566 TGAGCTAGAAGCTTTCTATTCTGATCCCCAAGGAGTTCCATATCCAGAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CAAAAATAG         GCCGCTTTGTAGTTCAGAATGTTTCTGCACAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 113616 CAAAAATAGGTA...TAGGCCGCTTTGTAGTTCAGAATGTTTCTGCACAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 AAAGATGGAGAAAAATCTAGAGTAAAAGTCAAAGTGCGAGTCAACACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115847 AAAGATGGAGAAAAATCTAGAGTAAAAGTCAAAGTGCGAGTCAACACCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TGGCATTTTCACCATCTCTACGGCATCTATGGTGGAGAAAGTCCCAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115897 TGGCATTTTCACCATCTCTACGGCATCTATGGTGGAGAAAGTCCCAACTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AGGAGAATGAAATGTCTTCTGAAGCTGACATGGAGTGTCTGAATCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115947 AGGAGAATGAAATGTCTTCTGAAGCTGACATGGAGTGTCTGAATCAGAGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CCACCAGAAAACCCAGACACTGAT         AAAAATGTCCAGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 115997 CCACCAGAAAACCCAGACACTGATGTA...CAGAAAAATGTCCAGCAAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CAACAGTGAAGCTGGAACACAGCCCCAGGTACAAACTGATGCTCAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117677 CAACAGTGAAGCTGGAACACAGCCCCAGGTACAAACTGATGCTCAACAAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 CCTCACAGTCTCCCCCTTCACCTGAACTTACCTCAGAAGAAAACAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117727 CCTCACAGTCTCCCCCTTCACCTGAACTTACCTCAGAAGAAAACAAAATC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 CCAGATGCTGACAAA         GCAAATGAAAAAAAAGTTGACCAGCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 117777 CCAGATGCTGACAAAGTG...AAGGCAAATGAAAAAAAAGTTGACCAGCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 TCCAGAAGCTAAAAAGCCCAAAATAAAGGTGGTGAATGTTGAGCTGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120350 TCCAGAAGCTAAAAAGCCCAAAATAAAGGTGGTGAATGTTGAGCTGCCTA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TTGAAGCCAACTTGGTCTGGCAGTTAGGGAAAGACCTTCTTAACATGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120400 TTGAAGCCAACTTGGTCTGGCAGTTAGGGAAAGACCTTCTTAACATGTAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 ATTGAGACAGAG         GGTAAGATGATAATGCAAGATAAATTGGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 120450 ATTGAGACAGAGGTA...CAGGGTAAGATGATAATGCAAGATAAATTGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 AAAAGAAAGGAATGATGCTAAAAATGCAGTTGAGGAATATGTGTATGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121303 AAAAGAAAGGAATGATGCTAAAAATGCAGTTGAGGAATATGTGTATGAGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 TCAGAGACAAGCTGTGTGGACCATATGAAAAATTTATATGTGAGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 121353 TCAGAGACAAGCTGTGTGGACCATATGAAAAATTTATATGTGAGCAGGTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1981       GATCATCAAAATTTTTTGAGACTCCTCACAGAAACTGAAGACTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121403 ...AAGGATCATCAAAATTTTTTGAGACTCCTCACAGAAACTGAAGACTG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 GCTGTATGAAGAAGGAGAGGACCAAGCTAAACAAGCATATGTTGACAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122520 GCTGTATGAAGAAGGAGAGGACCAAGCTAAACAAGCATATGTTGACAAGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 TGGAAGAATTAATG         AAAATTGGCACTCCAGTTAAAGTTCGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 122570 TGGAAGAATTAATGGTA...TAGAAAATTGGCACTCCAGTTAAAGTTCGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 TTTCAGGAAGCTGAAGAACGGCCAAAAATGTTTGAAGAACTAGGACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122710 TTTCAGGAAGCTGAAGAACGGCCAAAAATGTTTGAAGAACTAGGACAGAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 GCTGCAGCATTATGCCAAGATAGCAGCTGACTTCAGAAATAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 122760 GCTGCAGCATTATGCCAAGATAGCAGCTGACTTCAGAAATAAGGTG...C

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2209   GATGAGAAATACAACCATATTGATGAGTCTGAAATGAAAAAAGTGGAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123013 AGGATGAGAAATACAACCATATTGATGAGTCTGAAATGAAAAAAGTGGAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 AAGTCTGTTAATGAAGTGATGGAATGGATGAATAATGTCATGAATGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123063 AAGTCTGTTAATGAAGTGATGGAATGGATGAATAATGTCATGAATGCTCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 GGCTAAAAAGAGTCTTGATCAGGATCCAGTTGTACGTGCTCAGGAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123113 GGCTAAAAAGAGTCTTGATCAGGATCCAGTTGTACGTGCTCAGGAAATTA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 AAACAAAAATCAAG         GAATTGAACAACACATGTGAACCCGTT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 123163 AAACAAAAATCAAGGTG...TAGGAATTGAACAACACATGTGAACCCGTT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 GTAACACAACCGAAACCAAAAATTGAATCACCCAAACTGGAAAGAACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124086 GTAACACAACCGAAACCAAAAATTGAATCACCCAAACTGGAAAGAACTCC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 AAATGGCCCAAATATTGATAAAAAGGAAGAAGATTTAGAAGACAAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124136 AAATGGCCCAAATATTGATAAAAAGGAAGAAGATTTAGAAGACAAAAACA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 ATTTTGGTGCTGAACCTCCACATCAGAATGGTGAATGTTACCCTAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124186 ATTTTGGTGCTGAACCTCCACATCAGAATGGTGAATGTTACCCTAATGAG

   2700     .    :    .    :    .
   2548 AAAAATTCTGTTAATATGGACTTGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||
 124236 AAAAATTCTGTTAATATGGACTTGGAC