seq1 = pF1KSDA0122.tfa, 2787 bp
seq2 = pF1KSDA0122/gi568815575f_47069314.tfa (gi568815575f:47069314_47286596), 217283 bp

>pF1KSDA0122 2787
>gi568815575f:47069314_47286596 (ChrX)

1-17  (78169-78185)   100% ->
18-201  (100002-100185)   100% ->
202-432  (101715-101945)   100% ->
433-502  (103815-103884)   100% ->
503-576  (105706-105779)   100% ->
577-663  (107187-107273)   100% ->
664-724  (109790-109850)   100% ->
725-901  (110006-110182)   100% ->
902-1059  (110567-110724)   100% ->
1060-1157  (110899-110996)   100% ->
1158-1245  (111106-111193)   100% ->
1246-1432  (111902-112088)   100% ->
1433-1572  (112194-112333)   99% ->
1573-1690  (112436-112553)   100% ->
1691-1782  (112638-112729)   100% ->
1783-1947  (112849-113013)   100% ->
1948-2097  (115742-115891)   100% ->
2098-2163  (115989-116054)   100% ->
2164-2352  (116129-116317)   100% ->
2353-2427  (116403-116477)   100% ->
2428-2534  (116752-116858)   100% ->
2535-2664  (116945-117074)   100% ->
2665-2787  (117161-117283)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTATGAAAGACG         TGGTGGTCGTGGTGACAGGACTGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
  78169 ATGGAGTATGAAAGACGGTG...TAGTGGTGGTCGTGGTGACAGGACTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCGCTATGGAGCCACTGACCGCTCGCAGGATGATGGTGGGGAGAACCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100026 CCGCTATGGAGCCACTGACCGCTCGCAGGATGATGGTGGGGAGAACCGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCGAGACCACGACTACCGGGACATGGACTACCGTTCATATCCTCGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100076 GCCGAGACCACGACTACCGGGACATGGACTACCGTTCATATCCTCGCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TATGGCAGCCAGGAGGGCAAGCATGACTATGACGACTCATCTGAGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100126 TATGGCAGCCAGGAGGGCAAGCATGACTATGACGACTCATCTGAGGAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGTGCGGAG         GATTCCTACGAGGCCTCCCCGGGCTCCGAGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100176 GAGTGCGGAGGTG...CAGGATTCCTACGAGGCCTCCCCGGGCTCCGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTCAGCGTAGGCGGCGGCGGCGGCACAGGCACAGCCCCACCGGCCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101746 CTCAGCGTAGGCGGCGGCGGCGGCACAGGCACAGCCCCACCGGCCCGCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCTTCCCCCGAGACGGCGACTATCGGGACCAGGACTATCGGACCGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101796 GGCTTCCCCCGAGACGGCGACTATCGGGACCAGGACTATCGGACCGAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGGGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGATGAGGAGGAGGAGGAGAAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101846 AGGGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGATGAGGAGGAGGAGGAGAAGGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTAACATCGTCATGCTGAGGATGCTGCCACAGGCAGCCACTGAGGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101896 GTAACATCGTCATGCTGAGGATGCTGCCACAGGCAGCCACTGAGGATGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433          ATCCGTGGCCAGCTGCAGTCGCACGGCGTGCAAGCACGGGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101946 GTA...TAGATCCGTGGCCAGCTGCAGTCGCACGGCGTGCAAGCACGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGTTCGGCTGATGCGGAACAAATCTTCAG         GTCAGAGCCGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103856 GGTTCGGCTGATGCGGAACAAATCTTCAGGTG...CAGGTCAGAGCCGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCTTCGCCTTCGTCGAGTTTAGTCACTTGCAGGACGCTACACGATGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105718 GCTTCGCCTTCGTCGAGTTTAGTCACTTGCAGGACGCTACACGATGGATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAAGCCAATCAG         CACTCCCTCAACATCCTGGGCCAGAAGGT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 105768 GAAGCCAATCAGGTT...CAGCACTCCCTCAACATCCTGGGCCAGAAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTCGATGCACTACAGTGACCCCAAGCCCAAGATCAATGAGGACTGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107216 GTCGATGCACTACAGTGACCCCAAGCCCAAGATCAATGAGGACTGGCTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCAATAAG         TGTGGCGTCCAGAACTTCAAACGCCGAGAGAAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 107266 GCAATAAGGTA...CAGTGTGGCGTCCAGAACTTCAAACGCCGAGAGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TGCTTCAAATGTGGCGTGCCCAAGTCAG         AGGCAGAGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 109823 TGCTTCAAATGTGGCGTGCCCAAGTCAGGTG...CAGAGGCAGAGCAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GCTGCCCCTCGGCACGAGGCTGGATCAGCAGACACTGCCACTGGGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110019 GCTGCCCCTCGGCACGAGGCTGGATCAGCAGACACTGCCACTGGGTGGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GGGAGCTGAGCCAGGGCCTGCTTCCCCTGCCGCAGCCCTACCAGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110069 GGGAGCTGAGCCAGGGCCTGCTTCCCCTGCCGCAGCCCTACCAGGCCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGAGTCCTGGCCTCCCAAGCCCTGTCACAGGGCTCGGAGCCAAGCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110119 GGAGTCCTGGCCTCCCAAGCCCTGTCACAGGGCTCGGAGCCAAGCTCAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GAACGCCAATGACA         CCATCATTTTGCGCAACCTGAACCCAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 110169 GAACGCCAATGACAGTG...CAGCCATCATTTTGCGCAACCTGAACCCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACAGCACCATGGATTCCATCCTGGGGGCCCTGGCACCCTACGCGGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110594 ACAGCACCATGGATTCCATCCTGGGGGCCCTGGCACCCTACGCGGTGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TCCTCCTCCAACGTGCGCGTCATAAAGGACAAGCAGACCCAACTGAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110644 TCCTCCTCCAACGTGCGCGTCATAAAGGACAAGCAGACCCAACTGAACCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CGGCTTTGCCTTCATCCAGCTCTCCACCATC         GAGGCAGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 110694 CGGCTTTGCCTTCATCCAGCTCTCCACCATCGTG...CAGGAGGCAGCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGCTGCTGCAGATCCTGCAGGCCCTGCACCCACCACTCACTATCGACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110909 AGCTGCTGCAGATCCTGCAGGCCCTGCACCCACCACTCACTATCGACGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAGACCATCAATGTTGAGTTTGCCAAGGGTTCTAAGAG         GGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 110959 AAGACCATCAATGTTGAGTTTGCCAAGGGTTCTAAGAGGTC...CAGGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CATGGCCTCCAATGAAGGCAGTCGCATCAGTGCTGCCTCTGTGGCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111109 CATGGCCTCCAATGAAGGCAGTCGCATCAGTGCTGCCTCTGTGGCCAGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CTGCCATTGCTGCGGCCCAGTGGGCCATCTCACAG         GCCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 111159 CTGCCATTGCTGCGGCCCAGTGGGCCATCTCACAGGTA...CAGGCCTCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CAAGGTGGGGAGGGTACCTGGGCCACCTCCGAGGAGCCGCCGGTCGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111908 CAAGGTGGGGAGGGTACCTGGGCCACCTCCGAGGAGCCGCCGGTCGACTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CAGCTACTACCAACAGGATGAGGGCTATGGCAACAGCCAGGGCACAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111958 CAGCTACTACCAACAGGATGAGGGCTATGGCAACAGCCAGGGCACAGAGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CTTCCCTCTATGCCCATGGCTACCTCAAGGGCACCAAGGGCCCTGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112008 CTTCCCTCTATGCCCATGGCTACCTCAAGGGCACCAAGGGCCCTGGCATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ACTGGAACCAAAGGGGATCCCACTGGAGCAG         GTCCCGAGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 112058 ACTGGAACCAAAGGGGATCCCACTGGAGCAGGTG...CAGGTCCCGAGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CTCCCTAGAGCCTGGGGCCGACTCTGTGTCGATGCAGGCTTTCTCTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 112204 CTCCCTAGAGCCTGGGGCCGACTCTGTGTCGATGCAGGCTTTCTCTCGCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CCCAGCCTGGTGCTGCTCCTGGCATCTACCAACAATCAGCCGAGGCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112254 CCCAGCCTGGTGCTGCTCCTGGCATCTACCAACAATCAGCCGAGGCGAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 AGTAGCCAGGGCACTGCTGCCAACAGCCAG         TCGTATACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 112304 AGTAGCCAGGGCACTGCTGCCAACAGCCAGGTG...CAGTCGTATACCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CATGTCACCCGCTGTGCTCAAATCTGAGCTCCAGAGCCCTACCCATCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112447 CATGTCACCCGCTGTGCTCAAATCTGAGCTCCAGAGCCCTACCCATCCTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 GTTCTGCTCTCCCACCGGCTACCAGCCCCACTGCCCAGGAATCCTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112497 GTTCTGCTCTCCCACCGGCTACCAGCCCCACTGCCCAGGAATCCTACAGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CAGTACC         CTGTTCCCGACGTCTCTACCTACCAGTACGATGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112547 CAGTACCGTG...TAGCTGTTCCCGACGTCTCTACCTACCAGTACGATGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GACCTCCGGCTACTACTATGACCCCCAGACCGGCCTCTACTATGACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112672 GACCTCCGGCTACTACTATGACCCCCAGACCGGCCTCTACTATGACCCCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 ACTCCCAG         TATTACTACAATGCTCAGAGCCAGCAGTACCTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 112722 ACTCCCAGGTA...CAGTATTACTACAATGCTCAGAGCCAGCAGTACCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 TACTGGGATGGGGAGAGGCGGACCTATGTTCCCGCCCTGGAGCAGTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112882 TACTGGGATGGGGAGAGGCGGACCTATGTTCCCGCCCTGGAGCAGTCGGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 CGACGGACATAAGGAGACAGGGGCACCCTCGAAGGAGGGCAAAGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112932 CGACGGACATAAGGAGACAGGGGCACCCTCGAAGGAGGGCAAAGAGAAGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 AGGAGAAGCACAAGACCAAGACAGCTCAACAG         ATTGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 112982 AGGAGAAGCACAAGACCAAGACAGCTCAACAGGTG...CAGATTGCCAAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 GACATGGAACGCTGGGCCCGCAGTCTCAACAAACAAAAAGAAAACTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115751 GACATGGAACGCTGGGCCCGCAGTCTCAACAAACAAAAAGAAAACTTCAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 AAATAGCTTCCAGCCTATCAGCTCCCTGCGAGATGACGAGAGGCGGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115801 AAATAGCTTCCAGCCTATCAGCTCCCTGCGAGATGACGAGAGGCGGGAGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 CAGCCACTGCAGATGCTGGCTATGCCATCCTCGAGAAGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 115851 CAGCCACTGCAGATGCTGGCTATGCCATCCTCGAGAAGAAGGTG...CAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 GGAGCACTAGCCGAGAGACAGCACACCAGCATGGATCTCCCGAAATTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115989 GGAGCACTAGCCGAGAGACAGCACACCAGCATGGATCTCCCGAAATTGGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 CAGTGACGACCGCCCA         AGCCCTCCGCGAGGACTGGTGGCAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 116039 CAGTGACGACCGCCCAGTG...CAGAGCCCTCCGCGAGGACTGGTGGCAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 CCTACAGCGGGGAGAGTGACAGTGAGGAGGAGCAGGAGCGTGGGGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116154 CCTACAGCGGGGAGAGTGACAGTGAGGAGGAGCAGGAGCGTGGGGGCCCT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 GAGCGGGAGGAGAAGCTCACCGACTGGCAGAAGCTGGCCTGTCTGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116204 GAGCGGGAGGAGAAGCTCACCGACTGGCAGAAGCTGGCCTGTCTGCTCTG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 CCGACGCCAGTTCCCCAGCAAAGAGGCGCTCATCCGGCACCAGCAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116254 CCGACGCCAGTTCCCCAGCAAAGAGGCGCTCATCCGGCACCAGCAGCTCT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 CAGGGCTCCACAAG         CAAAACCTTGAGATTCACCGGCGAGCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 116304 CAGGGCTCCACAAGGTA...CAGCAAAACCTTGAGATTCACCGGCGAGCC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2380 CACTTGTCAGAAAACGAGCTAGAAGCACTAGAGAAGAATGACATGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 116430 CACTTGTCAGAAAACGAGCTAGAAGCACTAGAGAAGAATGACATGGAGGT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2428        CAAATGAAGTACCGGGACCGTGCAGCTGAACGCAGAGAAAAGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116480 G...CAGCAAATGAAGTACCGGGACCGTGCAGCTGAACGCAGAGAAAAGT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2471 ATGGCATCCCCGAGCCGCCAGAGCCCAAGAGGAGGAAGTACGGCGGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116795 ATGGCATCCCCGAGCCGCCAGAGCCCAAGAGGAGGAAGTACGGCGGCATA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2521 TCCACAGCCTCTGT         AGACTTCGAGCAGCCTACTCGGGACGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 116845 TCCACAGCCTCTGTGTG...CAGAGACTTCGAGCAGCCTACTCGGGACGG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2562 GCTGGGCAGTGACAACATTGGCAGTCGGATGCTGCAGGCCATGGGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116972 GCTGGGCAGTGACAACATTGGCAGTCGGATGCTGCAGGCCATGGGCTGGA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2612 AAGAGGGCAGCGGCCTGGGCCGCAAGAAGCAGGGCATTGTAACGCCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117022 AAGAGGGCAGCGGCCTGGGCCGCAAGAAGCAGGGCATTGTAACGCCTATC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2662 GAG         GCCCAAACACGGGTGCGGGGCTCCGGCCTGGGTGCACG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117072 GAGGTG...CAGGCCCAAACACGGGTGCGGGGCTCCGGCCTGGGTGCACG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2703 GGGCAGCTCCTACGGGGTCACCTCAACCGAGTCCTACAAGGAGACACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117199 GGGCAGCTCCTACGGGGTCACCTCAACCGAGTCCTACAAGGAGACACTGC

   2950     .    :    .    :    .    :    .
   2753 ACAAGACAATGGTGACCCGCTTCAACGAGGCCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117249 ACAAGACAATGGTGACCCGCTTCAACGAGGCCCAG