seq1 = pF1KSDA0115.tfa, 1368 bp
seq2 = pF1KSDA0115/gi568815597r_20552382.tfa (gi568815597r:20552382_20761401), 209020 bp

>pF1KSDA0115 1368
>gi568815597r:20552382_20761401 (Chr1)

(complement)

1-205  (100001-100205)   99% ->
206-316  (100411-100521)   100% ->
317-403  (105215-105301)   100% ->
404-507  (105623-105726)   100% ->
508-602  (105868-105962)   100% ->
603-696  (106695-106788)   100% ->
697-845  (107031-107179)   100% ->
846-993  (107628-107775)   100% ->
994-1114  (108431-108551)   100% ->
1115-1221  (108675-108781)   100% ->
1222-1368  (108874-109020)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGTACTTCCGGTGTGCAGGTGCTGGGTCCTTCGGCAGGAGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGTACTTCCGGTGTGCACGTGCTGGGTCCTTCGGCAGGAGGAGGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATGGAGCCCAGCACCGCGGCCCGGGCTTGGGCCCTCTTTTGGTTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATGGAGCCCAGCACCGCGGCCCGGGCTTGGGCCCTCTTTTGGTTGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCCCTTGCTTGGCGCGGTTTGCGCCAGCGGACCCCGCACCTTAGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCCCTTGCTTGGCGCGGTTTGCGCCAGCGGACCCCGCACCTTAGTGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGACAACCTCAACGTGCGGGAGACTCATTCGCTTTTCTTCCGGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGACAACCTCAACGTGCGGGAGACTCATTCGCTTTTCTTCCGGAGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAAGG         ACCGGGGCTTTGAGCTCACATTCAAGACCGCTGATG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAAGGGTG...CAGACCGGGGCTTTGAGCTCACATTCAAGACCGCTGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCCCAGCCTGTCTCTCATAAAGTATGGGGAATTCCTCTATGACAATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100447 ACCCCAGCCTGTCTCTCATAAAGTATGGGGAATTCCTCTATGACAATCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATCATTTTCTCCCCTTCGGTAGAAG         ATTTTGGAGGCAACAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100497 ATCATTTTCTCCCCTTCGGTAGAAGGTA...CAGATTTTGGAGGCAACAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAACGTGGAGACCATCAGTGCCTTTATTGACGGCGGAGGCAGTGTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105231 CAACGTGGAGACCATCAGTGCCTTTATTGACGGCGGAGGCAGTGTGCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAGCTGCCAGCTCCGACATTG         GTGACCCTCTTCGAGAGCTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 105281 TAGCTGCCAGCTCCGACATTGGTG...CAGGTGACCCTCTTCGAGAGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGCAGTGAGTGCGGGATTGAGTTTGACGAGGAGAAAACGGCTGTCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105643 GGCAGTGAGTGCGGGATTGAGTTTGACGAGGAGAAAACGGCTGTCATTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCATCACAACTATGACATCTCAGACCTTGGCCAG         CATACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 105693 CCATCACAACTATGACATCTCAGACCTTGGCCAGGTA...CAGCATACGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCATCGTGGCTGACACTGAGAACCTGCTGAAGGCCCCAACCATCGTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105875 TCATCGTGGCTGACACTGAGAACCTGCTGAAGGCCCCAACCATCGTTGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAATCATCTCTAAATCCCATCCTCTTTCGAGGTGTTGG         GAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 105925 AAATCATCTCTAAATCCCATCCTCTTTCGAGGTGTTGGGTG...CAGGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGTGGCCGATCCTGATAACCCTTTGGTGCTGGACATCCTGACGGGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106698 GGTGGCCGATCCTGATAACCCTTTGGTGCTGGACATCCTGACGGGCTCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCACCTCTTACTCCTTCTTCCCGGACAAGCCTATCACCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106748 CCACCTCTTACTCCTTCTTCCCGGACAAGCCTATCACCCAGGTA...CAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TATCCACATGCGGTGGGGAAGAACACCCTCCTCATTGCTGGGCTCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107031 TATCCACATGCGGTGGGGAAGAACACCCTCCTCATTGCTGGGCTCCAGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CAGGAACAATGCCCGCGTCATCTTCAGCGGCTCCCTCGACTTCTTCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107081 CAGGAACAATGCCCGCGTCATCTTCAGCGGCTCCCTCGACTTCTTCAGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACTCCTTCTTCAACTCAGCAGTGCAGAAGGCGGCGCCCGGCTCCCAGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 107131 ACTCCTTCTTCAACTCAGCAGTGCAGAAGGCGGCGCCCGGCTCCCAGAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    846         GTATTCCCAGACAGGCAACTATGAACTAGCTGTGGCCCTCTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107181 TA...CAGGTATTCCCAGACAGGCAACTATGAACTAGCTGTGGCCCTCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCGCTGGGTGTTCAAGGAGGAGGGTGTCCTCCGTGTGGGGCCTGTGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107670 CCGCTGGGTGTTCAAGGAGGAGGGTGTCCTCCGTGTGGGGCCTGTGTCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATCATCGGGTGGGCGAGACAGCCCCACCCAATGCCTACACTGTCACTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107720 ATCATCGGGTGGGCGAGACAGCCCCACCCAATGCCTACACTGTCACTGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTAGTG         GAGTATAGCATCGTGATCCAGCAGCTCTCAAATGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107770 CTAGTGGTA...CAGGAGTATAGCATCGTGATCCAGCAGCTCTCAAATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CAAATGGGTCCCCTTTGATGGCGATGACATTCAGCTGGAGTTTGTCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108466 CAAATGGGTCCCCTTTGATGGCGATGACATTCAGCTGGAGTTTGTCCGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTGATCCTTTTGTGAGGACCTTCCTGAAGAAGAAAG         GTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 108516 TTGATCCTTTTGTGAGGACCTTCCTGAAGAAGAAAGGTG...CAGGTGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAATACAGTGTTCAGTTCAAGTTGCCCGACGTGTATGGTGTATTCCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108680 AAATACAGTGTTCAGTTCAAGTTGCCCGACGTGTATGGTGTATTCCAGTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TAAAGTGGATTACAACCGGCTAGGCTACACACACCTGTACTCTTCCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108730 TAAAGTGGATTACAACCGGCTAGGCTACACACACCTGTACTCTTCCACTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AG         GTATCCGTGCGGCCACTCCAGCACACGCAGTATGAGCGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108780 AGGTA...CAGGTATCCGTGCGGCCACTCCAGCACACGCAGTATGAGCGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TTCATCCCCTCGGCCTACCCCTACTACGCCAGCGCCTTCCCCATGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 108913 TTCATCCCCTCGGCCTACCCCTACTACGCCAGCGCCTTCTCCATGATGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GGGGCTCTTCATCTTCAGCATCGTCTTCTTGCACATGAAGGAGAAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108963 GGGGCTCTTCATCTTCAGCATCGTCTTCTTGCACATGAAGGAGAAGGAGA

   1450     .
   1361 AGTCCGAC
        ||||||||
 109013 AGTCCGAC