seq1 = pF1KSDA0098.tfa, 1623 bp
seq2 = pF1KSDA0098/gi568815593f_10150341.tfa (gi568815593f:10150341_10364780), 214440 bp

>pF1KSDA0098 1623
>gi568815593f:10150341_10364780 (Chr5)

1-105  (100001-100105)   100% ->
106-166  (103805-103865)   100% ->
167-331  (104334-104498)   99% ->
332-530  (105615-105813)   99% ->
531-723  (107771-107963)   100% ->
724-873  (108046-108195)   100% ->
874-993  (110452-110571)   100% ->
994-1179  (111220-111405)   100% ->
1180-1317  (112141-112278)   100% ->
1318-1498  (112794-112974)   100% ->
1499-1623  (114316-114440)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCCATGGGGACCCTCGCCTTCGATGAATATGGGCGCCCTTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTCCATGGGGACCCTCGCCTTCGATGAATATGGGCGCCCTTTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCATCAAGGATCAGGACCGCAAGTCCCGTCTTATGGGACTTGAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCATCAAGGATCAGGACCGCAAGTCCCGTCTTATGGGACTTGAGGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAAG         TCTCATATAATGGCAGCAAAGGCTGTAGCAAATACA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCAAGGTA...TAGTCTCATATAATGGCAGCAAAGGCTGTAGCAAATACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGAGAACATCACTTGGACCAAATG         GGCTTGATAAGATGAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 103841 ATGAGAACATCACTTGGACCAAATGGTA...TAGGGCTTGATAAGATGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGTGGATAAGGATGGGGATGTGACTGTAACTAATGATGGGGCCACCATCT
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104350 GGTGGATAAGGATGGAGATGTGACTGTAACTAATGATGGGGCCACCATCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAAGCATGATGGATGTTGATCATCAGATTGCCAAGCTGATGGTGGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104400 TAAGCATGATGGATGTTGATCATCAGATTGCCAAGCTGATGGTGGAACTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCCAAGTCTCAGGATGATGAAATTGGAGATGGAACCACAGGAGTGGTTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 104450 TCCAAGTCTCAGGATGATGAAATTGGAGATGGAACCACAGGAGTGGTTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332         TCCTGGCTGGTGCCTTGTTAGAAGAAGCGGAGCAATTGCTAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104500 TA...CAGTCCTGGCTGGTGCCTTGTTAGAAGAAGCGGAGCAATTGCTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACCGAGGCATTCACCCAATCAGAATAGCCGATGGCTATGAGCAGGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105657 ACCGAGGCATTCACCCAATCAGAATAGCCGATGGCTATGAGCAGGCTGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CGCGTTGCTATTGAACACCTGGACAAGATCAGCGATAGCGTCCTTGTTGA
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105707 CGTGTTGCTATTGAACACCTGGACAAGATCAGCGATAGCGTCCTTGTTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATAAAGGACACCGAACCCCTGATTCAGACAGCAAAAACCACGCTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105757 CATAAAGGACACCGAACCCCTGATTCAGACAGCAAAAACCACGCTGGGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCAAAGT         GGTCAACAGTTGTCACCGACAGATGGCTGAGATT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105807 CCAAAGTGTA...CAGGGTCAACAGTTGTCACCGACAGATGGCTGAGATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCTGTGAATGCCGTCCTCACTGTAGCAGATATGGAGCGGAGAGACGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107805 GCTGTGAATGCCGTCCTCACTGTAGCAGATATGGAGCGGAGAGACGTTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTTTGAGCTTATCAAAGTAGAAGGCAAAGTGGGCGGCAGGCTGGAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107855 CTTTGAGCTTATCAAAGTAGAAGGCAAAGTGGGCGGCAGGCTGGAGGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTAAACTGATTAAGGGCGTGATTGTGGACAAGGATTTCAGTCACCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107905 CTAAACTGATTAAGGGCGTGATTGTGGACAAGGATTTCAGTCACCCACAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATGCCAAAA         AAAGTGGAAGATGCGAAGATTGCAATTCTCAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 107955 ATGCCAAAAGTG...TAGAAAGTGGAAGATGCGAAGATTGCAATTCTCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ATGTCCATTTGAACCACCCAAACCAAAAACAAAGCATAAGCTGGATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108078 ATGTCCATTTGAACCACCCAAACCAAAAACAAAGCATAAGCTGGATGTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCTCTGTCGAAGATTATAAAGCCCTTCAGAAATACGAAAAGGAGAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108128 CCTCTGTCGAAGATTATAAAGCCCTTCAGAAATACGAAAAGGAGAAATTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAAGAGATGATTCAACAA         ATTAAAGAGACTGGTGCTAACCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 108178 GAAGAGATGATTCAACAAGTA...CAGATTAAAGAGACTGGTGCTAACCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGCAATTTGTCAGTGGGGCTTTGATGATGAAGCAAATCACTTACTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110475 AGCAATTTGTCAGTGGGGCTTTGATGATGAAGCAAATCACTTACTTCTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGAACAACTTGCCTGCGGTTCGCTGGGTAGGAGGACCTGAAATTGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 110525 AGAACAACTTGCCTGCGGTTCGCTGGGTAGGAGGACCTGAAATTGAGGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    994       CTGATTGCCATCGCAACAGGAGGGCGGATCGTCCCCAGGTTCTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110575 ...TAGCTGATTGCCATCGCAACAGGAGGGCGGATCGTCCCCAGGTTCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGAGCTCACAGCCGAGAAGCTGGGCTTTGCTGGTCTTGTACAGGAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111264 AGAGCTCACAGCCGAGAAGCTGGGCTTTGCTGGTCTTGTACAGGAGATCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CATTTGGGACAACTAAGGATAAAATGCTGGTCATCGAGCAGTGTAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111314 CATTTGGGACAACTAAGGATAAAATGCTGGTCATCGAGCAGTGTAAGAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TCCAGAGCTGTAACCATTTTTATTAGAGGAGGAAATAAGATG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 111364 TCCAGAGCTGTAACCATTTTTATTAGAGGAGGAAATAAGATGGTG...TA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1180  ATCATTGAGGAGGCGAAACGATCCCTTCACGATGCTTTGTGTGTCATCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112140 GATCATTGAGGAGGCGAAACGATCCCTTCACGATGCTTTGTGTGTCATCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GGAACCTCATCCGCGATAATCGTGTGGTGTATGGAGGAGGGGCTGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112190 GGAACCTCATCCGCGATAATCGTGTGGTGTATGGAGGAGGGGCTGCTGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 ATATCCTGTGCCCTGGCAGTTAGCCAAGAGGCGGATAAG         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 112240 ATATCCTGTGCCCTGGCAGTTAGCCAAGAGGCGGATAAGGTA...CAGTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CCCCACCTTAGAACAGTATGCCATGAGAGCGTTTGCCGACGCACTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112796 CCCCACCTTAGAACAGTATGCCATGAGAGCGTTTGCCGACGCACTGGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TCATCCCCATGGCCCTCTCTGAAAACAGTGGCATGAATCCCATCCAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112846 TCATCCCCATGGCCCTCTCTGAAAACAGTGGCATGAATCCCATCCAGACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ATGACCGAAGTCCGAGCCAGACAGGTGAAGGAGATGAACCCTGCTCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112896 ATGACCGAAGTCCGAGCCAGACAGGTGAAGGAGATGAACCCTGCTCTTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CATCGACTGTTTGCACAAGGGGACAAATG         ATATGAAGCAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 112946 CATCGACTGTTTGCACAAGGGGACAAATGGTG...CAGATATGAAGCAAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AGCATGTCATAGAAACCTTGATTGGCAAAAAGCAACAGATATCTCTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114328 AGCATGTCATAGAAACCTTGATTGGCAAAAAGCAACAGATATCTCTTGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 ACACAAATGGTTAGAATGATTTTGAAGATTGATGACATTCGTAAGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114378 ACACAAATGGTTAGAATGATTTTGAAGATTGATGACATTCGTAAGCCTGG

   1700     .    :
   1611 AGAATCTGAAGAA
        |||||||||||||
 114428 AGAATCTGAAGAA