seq1 = pF1KSDA0093.tfa, 2700 bp
seq2 = pF1KSDA0093/gi568815583r_55729900.tfa (gi568815583r:55729900_56093555), 363656 bp

>pF1KSDA0093 2700
>gi568815583r:55729900_56093555 (Chr15)

(complement)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-119  (127010-127083)   100% ->
120-198  (141967-142045)   100% ->
199-237  (142142-142180)   100% ->
238-291  (168857-168910)   100% ->
292-342  (219548-219598)   100% ->
343-404  (221080-221141)   100% ->
405-507  (223875-223977)   100% ->
508-674  (230477-230643)   100% ->
675-792  (232778-232895)   99% ->
793-960  (232982-233149)   99% ->
961-1026  (237360-237425)   100% ->
1027-1146  (241013-241132)   100% ->
1147-1347  (242814-243014)   100% ->
1348-1428  (244670-244750)   100% ->
1429-1483  (244981-245035)   100% ->
1484-1542  (245126-245184)   100% ->
1543-1608  (246522-246587)   100% ->
1609-1838  (251393-251622)   100% ->
1839-1960  (252829-252950)   100% ->
1961-2031  (253039-253109)   100% ->
2032-2127  (254952-255047)   100% ->
2128-2201  (255376-255449)   100% ->
2202-2262  (255707-255767)   100% ->
2263-2322  (259270-259329)   100% ->
2323-2430  (259411-259518)   100% ->
2431-2527  (260452-260548)   100% ->
2528-2600  (262970-263042)   98% ->
2601-2700  (263557-263656)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAACTTGCGCGGTGGAGGTGTTCGGGCTCCTGGAGGACGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGGCAACTTGCGCGGTGGAGGTGTTCGGGCTCCTGGAGGACGAGGTG..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     GAAAATTCACGAATTGTGAGAGTAAGAGTTATAGCCGGAATAGGCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .TAGGAAAATTCACGAATTGTGAGAGTAAGAGTTATAGCCGGAATAGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGCCAAGAAGGATATATTGGGAGCTAG         TGATCCTTACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 127056 TTGCCAAGAAGGATATATTGGGAGCTAGGTA...CAGTGATCCTTACGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AGAGTGACGTTATATGACCCAATGAATGGAGTTCTTACAAGTGTGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141980 AGAGTGACGTTATATGACCCAATGAATGGAGTTCTTACAAGTGTGCAAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAAAACCATTAAAAAG         AGTTTGAATCCAAAGTGGAATGAAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 142030 AAAAACCATTAAAAAGGTT...TAGAGTTTGAATCCAAAGTGGAATGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AAATATTATTCAGA         GTTCATCCTCAGCAGCACCGGCTTCTT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 142167 AAATATTATTCAGAGTA...TAGGTTCATCCTCAGCAGCACCGGCTTCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 TTTGAAGTGTTTGACGAAAACCGATTG         ACAAGAGATGATTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 168884 TTTGAAGTGTTTGACGAAAACCGATTGGTA...TAGACAAGAGATGATTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 CCTAGGTCAAGTGGATGTTCCACTTTATCCATTACCG         ACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 219562 CCTAGGTCAAGTGGATGTTCCACTTTATCCATTACCGGTT...TAGACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    347 AAAATCCAAGATTGGAGAGACCATATACATTTAAGGATTTTGTTCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221084 AAAATCCAAGATTGGAGAGACCATATACATTTAAGGATTTTGTTCTTCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 CCAAGAAG         TCACAAATCAAGAGTTAAAGGTTATCTGAGACT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 221134 CCAAGAAGGTC...CAGTCACAAATCAAGAGTTAAAGGTTATCTGAGACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    438 AAAAATGACTTATTTACCTAAAACCAGTGGCTCAGAAGATGATAATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223908 AAAAATGACTTATTTACCTAAAACCAGTGGCTCAGAAGATGATAATGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 AACAGGCTGAGGAATTAGAG         CCTGGCTGGGTTGTTTTGGAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 223958 AACAGGCTGAGGAATTAGAGGTG...CAGCCTGGCTGGGTTGTTTTGGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    529 CAACCAGATGCTGCTTGCCATTTGCAGCAACAACAAGAACCTTCTCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230498 CAACCAGATGCTGCTTGCCATTTGCAGCAACAACAAGAACCTTCTCCTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579 ACCTCCAGGGTGGGAAGAGAGGCAGGATATCCTTGGAAGGACCTATTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230548 ACCTCCAGGGTGGGAAGAGAGGCAGGATATCCTTGGAAGGACCTATTATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 TAAACCATGAATCTAGAAGAACACAGTGGAAAAGACCAACCCCTCA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 230598 TAAACCATGAATCTAGAAGAACACAGTGGAAAAGACCAACCCCTCAGTA.

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    675      GGACAACCTAACAGATGCTGAGAATGGCAACATTCAACTGCAAGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230648 ..TAGGGACAACCTAACAGATGCTGAGAATGGCAACATTCAACTGCAAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 ACAACGTGCATTTACCACCAGGCGGCAGATATCCGAGGAAACAGAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232823 ACAACGTGCATTTACCACCAGGCGGCAGATATCCGAGGAAACAGAAAGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 TTGACAACCAAGAGTCTTCCGAG         AACTGGGAAATTATAAGA
        ||||||||| |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 232873 TTGACAACCGAGAGTCTTCCGAGGTA...TAGAACTGGGAAATTATAAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 GAAGATGAAGCCACCATGTATAGCAGCCAGGCCTTCCCATCACCTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 233000 GAAGATGAAGCCACCATGTATAGCAACCAGGCCTTCCCATCACCTCCACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 GTCAAGTAACTTGGATGTTCCAACTCATCTTGCAGAAGAATTGAATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233050 GTCAAGTAACTTGGATGTTCCAACTCATCTTGCAGAAGAATTGAATGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 GACTCACCATTTTTGGAAATTCAGCCGTGAGCCAGCCAGCATCGAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233100 GACTCACCATTTTTGGAAATTCAGCCGTGAGCCAGCCAGCATCGAGCTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961          AATCATTCCAGCAGAAGAGGCAGCTTACAAGCCTATACTTT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233150 GTA...AAGAATCATTCCAGCAGAAGAGGCAGCTTACAAGCCTATACTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 TGAGGAACAACCTACACTTCCTGTG         CTTTTGCCTACTTCAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 237401 TGAGGAACAACCTACACTTCCTGTGGTG...TAGCTTTTGCCTACTTCAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 CTGGATTACCACCAGGTTGGGAAGAAAAACAAGATGAAAGAGGAAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241029 CTGGATTACCACCAGGTTGGGAAGAAAAACAAGATGAAAGAGGAAGATCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 TATTATGTAGATCACAATTCCAGAACGACTACTTGGACAAAGCCCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241079 TATTATGTAGATCACAATTCCAGAACGACTACTTGGACAAAGCCCACTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 ACAG         GCCACAGTGGAGACCAGTCAGCTGACCTCAAGCCAGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241129 ACAGGTA...TAGGCCACAGTGGAGACCAGTCAGCTGACCTCAAGCCAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 GTTCTGCAGGCCCTCAATCACAAGCCTCCACCAGTGATTCAGGCCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242851 GTTCTGCAGGCCCTCAATCACAAGCCTCCACCAGTGATTCAGGCCAGCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 GTGACCCAGCCATCTGAAATTGAGCAAGGATTCCTTCCTAAAGGCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242901 GTGACCCAGCCATCTGAAATTGAGCAAGGATTCCTTCCTAAAGGCTGGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 AGTCCGGCATGCACCAAATGGGAGGCCTTTCTTTATTGACCACAACACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242951 AGTCCGGCATGCACCAAATGGGAGGCCTTTCTTTATTGACCACAACACTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 AAACCACCACCTGG         GAAGATCCAAGATTGAAAATTCCAGCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 243001 AAACCACCACCTGGGTA...AAGGAAGATCCAAGATTGAAAATTCCAGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 CATCTGAGAGGAAAGACATCACTTGATACTTCCAATGATCTAGGGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244697 CATCTGAGAGGAAAGACATCACTTGATACTTCCAATGATCTAGGGCCTTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 ACCT         CCAGGATGGGAAGAGAGAACTCACACAGATGGAAGAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244747 ACCTGTA...TAGCCAGGATGGGAAGAGAGAACTCACACAGATGGAAGAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 TCTTCTACATAAATCACA         ATATAAAAAGAACACAATGGGAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 245018 TCTTCTACATAAATCACAGTA...CAGATATAAAAAGAACACAATGGGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 GATCCTCGGTTGGAGAATGTAGCAATAACTGGACCA         GCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 245149 GATCCTCGGTTGGAGAATGTAGCAATAACTGGACCAGTA...AAGGCAGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1548 GCCCTACTCCAGGGATTACAAAAGAAAGTATGAGTTCTTCCGAAGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246527 GCCCTACTCCAGGGATTACAAAAGAAAGTATGAGTTCTTCCGAAGAAAGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1598 TGAAGAAGCAG         AATGACATTCCAAACAAATTTGAAATGAAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 246577 TGAAGAAGCAGGTT...CAGAATGACATTCCAAACAAATTTGAAATGAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1639 CTTCGCCGAGCAACTGTTCTTGAAGACTCTTACCGGAGAATTATGGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251423 CTTCGCCGAGCAACTGTTCTTGAAGACTCTTACCGGAGAATTATGGGTGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1689 CAAGAGAGCAGACTTCCTGAAGGCTCGACTGTGGATTGAGTTTGATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251473 CAAGAGAGCAGACTTCCTGAAGGCTCGACTGTGGATTGAGTTTGATGGTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1739 AAAAGGGATTGGATTATGGAGGAGTTGCCAGAGAATGGTTCTTCCTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251523 AAAAGGGATTGGATTATGGAGGAGTTGCCAGAGAATGGTTCTTCCTGATC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 TCAAAGGAAATGTTTAACCCTTATTATGGGTTGTTTGAATATTCTGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251573 TCAAAGGAAATGTTTAACCCTTATTATGGGTTGTTTGAATATTCTGCTAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839          GGACAATTATACCCTACAGATAAATCCAAACTCTGGATTGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251623 GTA...CAGGGACAATTATACCCTACAGATAAATCCAAACTCTGGATTGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1880 GTAACGAAGATCACCTCTCTTACTTCAAGTTTATTGGTCGGGTAGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252870 GTAACGAAGATCACCTCTCTTACTTCAAGTTTATTGGTCGGGTAGCTGGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930 ATGGCAGTTTATCATGGCAAACTGTTGGATG         GTTTTTTCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 252920 ATGGCAGTTTATCATGGCAAACTGTTGGATGGTT...AAGGTTTTTTCAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1971 CCGCCCATTTTACAAGATGATGCTTCACAAACCAATAACCCTTCATGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253049 CCGCCCATTTTACAAGATGATGCTTCACAAACCAATAACCCTTCATGATA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2021 TGGAATCTGTG         GATAGTGAATATTACAATTCCCTAAGATGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 253099 TGGAATCTGTGGTA...TAGGATAGTGAATATTACAATTCCCTAAGATGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2062 ATTCTTGAAAATGACCCAACAGAATTGGACCTCAGGTTTATCATAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254982 ATTCTTGAAAATGACCCAACAGAATTGGACCTCAGGTTTATCATAGATGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2112 AGAACTTTTTGGACAG         ACACATCAACATGAGCTGAAAAATG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 255032 AGAACTTTTTGGACAGGTT...TAGACACATCAACATGAGCTGAAAAATG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2153 GTGGATCAGAAATAGTTGTCACCAATAAGAACAAAAAGGAATATATTTA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 255401 GTGGATCAGAAATAGTTGTCACCAATAAGAACAAAAAGGAATATATTTAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202         TCTTGTAATACAATGGCGATTTGTAAACCGAATCCAGAAGCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255451 TA...TAGTCTTGTAATACAATGGCGATTTGTAAACCGAATCCAGAAGCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2244 AATGGCTGCTTTTAAAGAG         GGATTCTTTGAACTAATACCAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 255749 AATGGCTGCTTTTAAAGAGGTA...TAGGGATTCTTTGAACTAATACCAC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2285 AGGATCTCATCAAAATTTTTGATGAAAATGAACTAGAG         CTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 259292 AGGATCTCATCAAAATTTTTGATGAAAATGAACTAGAGGTA...TAGCTT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2326 CTTATGTGTGGACTGGGAGATGTTGATGTGAATGACTGGAGGGAACATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 259414 CTTATGTGTGGACTGGGAGATGTTGATGTGAATGACTGGAGGGAACATAC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2376 AAAGTATAAAAATGGCTACAGTGCAAATCATCAGGTTATACAGTGGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 259464 AAAGTATAAAAATGGCTACAGTGCAAATCATCAGGTTATACAGTGGTTTT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2426 GGAAG         GCTGTTTTAATGATGGATTCAGAAAAAAGAATAAGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 259514 GGAAGGTA...CAGGCTGTTTTAATGATGGATTCAGAAAAAAGAATAAGA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2467 TTACTTCAGTTTGTCACTGGCACATCTCGGGTGCCTATGAATGGATTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 260488 TTACTTCAGTTTGTCACTGGCACATCTCGGGTGCCTATGAATGGATTTGC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2517 TGAACTATACG         GTTCAAATGGACCACAGTCATTTACAGTTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 260538 TGAACTATACGGTA...TAGGTTCAAATGGACCACAGTCATTTACAGTTG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2558 AACAGTGGGGTACGCCTGAAAAGCTGCCAAGAGCTCATACCTG       
        ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 263000 AACAGTGGGGTACTCCTGAAAAGCTGCCAAGAGCTCATACCTGGTA...C

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2601   TTTTAATCGCCTGGACTTGCCACCTTATGAATCATTTGAAGAATTATG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 263555 AGTTTTAATCGCCTGGACTTGCCACCTTATGAATCATTTGAAGAATTATG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2649 GGATAAACTTCAGATGGCAATTGAAAACACCCAGGGCTTTGATGGAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 263605 GGATAAACTTCAGATGGCAATTGAAAACACCCAGGGCTTTGATGGAGTTG

   2950 
   2699 AT
        ||
 263655 AT