seq1 = pF1KSDA0036.tfa, 1794 bp
seq2 = pF1KSDA0036/gi568815595r_121670348.tfa (gi568815595r:121670348_121928960), 258613 bp

>pF1KSDA0036 1794
>gi568815595r:121670348_121928960 (Chr3)

(complement)

1-100  (100001-100100)   100% ->
101-263  (100329-100491)   100% ->
264-393  (102781-102910)   100% ->
394-487  (119952-120045)   100% ->
488-587  (121518-121617)   99% ->
588-766  (129587-129765)   100% ->
767-876  (131734-131843)   100% ->
877-986  (133395-133504)   100% ->
987-1129  (138746-138888)   100% ->
1130-1278  (140529-140677)   100% ->
1279-1410  (147087-147218)   100% ->
1411-1567  (156248-156404)   100% ->
1568-1794  (158387-158613)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCCAACAGGTACAGACCCAAGGATCTTATCTATAGCTGCTGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCCAACAGGTACAGACCCAAGGATCTTATCTATAGCTGCTGAAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCAAAAAGCCCTGAGCAGAATGTCCCTGTTATACTGTTGAAGTTAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCAAAAAGCCCTGAGCAGAATGTCCCTGTTATACTGTTGAAGTTAAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101          AAATAATAAACATCACACCTTTAGGAAGCTCAGAGTTGAAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTA...TAGAAATAATAAACATCACACCTTTAGGAAGCTCAGAGTTGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAATCAAACAAGATATATATTGTTATGATCTCATTCAATATTGCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100370 AAAATCAAACAAGATATATATTGTTATGATCTCATTCAATATTGCCTCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTCCTCAGTCAAGATTATTCTCGAATCCAGGGTGGTTGGACTACAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100420 GGTCCTCAGTCAAGATTATTCTCGAATCCAGGGTGGTTGGACTACAATTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCAGCTTACACAGATATTAAG         CCATTGCTGTGTGGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100470 CCCAGCTTACACAGATATTAAGGTA...CAGCCATTGCTGTGTGGGCTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGCCAGGAGAAGATGCAGAGGAATTTTACAATGAATTACTTCCATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102800 GAGCCAGGAGAAGATGCAGAGGAATTTTACAATGAATTACTTCCATCAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCAGAAAATTTTCTAGTTTTGGGGAGACAATTACAAACATGTTTTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102850 TGCAGAAAATTTTCTAGTTTTGGGGAGACAATTACAAACATGTTTTATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGCAGCTAAG         GCTGAAGAAAAAGATGAATTACTACACTTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102900 ATGCAGCTAAGGTA...AAGGCTGAAGAAAAAGATGAATTACTACACTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTCCAAATTGTGACTGATTCTCTCTTCTGGCTTTTGGGAGGCCATGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119982 TTCCAAATTGTGACTGATTCTCTCTTCTGGCTTTTGGGAGGCCATGTTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACTTATTCAGAATG         TACTACAAAGTGATCATTTCTTACATT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 120032 ACTTATTCAGAATGGTA...TAGTACTACAAAGTGATCATTTCTTACATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TACTGCAAGCTGACAATGTCCAAATAGGATCTGCAGTCATGATGATGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121545 TACTGCAAGCTGACAATGTCCAAATAGGATCTGCAGTCATGATGATGCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGAATATATTACAGATCAACAG         TGGTGATTTACTCAGAAT
        ||||||||| |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 121595 CAGAATATACTACAGATCAACAGGTG...TAGTGGTGATTTACTCAGAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGGAAGAAAAGCCCTGTATTCAATTTTAGATGAAGTTATTTTCAAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129605 AGGAAGAAAAGCCCTGTATTCAATTTTAGATGAAGTTATTTTCAAGCTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTTCAACTCCTAGTCCAGTTATAAGAAGTACTGCTACAAAACTCCTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129655 TTTCAACTCCTAGTCCAGTTATAAGAAGTACTGCTACAAAACTCCTACTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTGATGGCTGAATCCCATCAGGAAATTTTGATTTTACTGAGACAAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129705 TTGATGGCTGAATCCCATCAGGAAATTTTGATTTTACTGAGACAAAGTAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTGCTACAAAG         GACTCAGACGTCTACTAAGTAAACAGGAAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 129755 CTGCTACAAAGGTA...CAGGACTCAGACGTCTACTAAGTAAACAGGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTGGGACTGAATTCAGTCAAGAACTTAGACAGCTTGTTGGCCTTTTAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131764 CTGGGACTGAATTCAGTCAAGAACTTAGACAGCTTGTTGGCCTTTTAAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCAATGGTCTATCAGGAAGTAGAAGAGCAG         AAACTACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 131814 CCAATGGTCTATCAGGAAGTAGAAGAGCAGGTA...CAGAAACTACATCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGCAGCATGCTTGATTCAAGCCTATTGGAAGGGTTTTCAGACAAGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133406 AGCAGCATGCTTGATTCAAGCCTATTGGAAGGGTTTTCAGACAAGAAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GATTAAAGAAGCTTCCATCTGCTGTGATTGCTTTGCAGAGGAGTTTCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 133456 GATTAAAGAAGCTTCCATCTGCTGTGATTGCTTTGCAGAGGAGTTTCAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    987         ATCCAAACGATCAAAGATGTTGCTGGAGATAAATAGGCAGAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133506 TA...CAGATCCAAACGATCAAAGATGTTGCTGGAGATAAATAGGCAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGAAGAAGAGGACCTCAAATTACAATTGCAACTTCAAAGACAGAGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138788 GGAAGAAGAGGACCTCAAATTACAATTGCAACTTCAAAGACAGAGAGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGAGACTTTCCCGAGAATTGCAGCTGAGTATGCTCGAAATAGTTCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138838 TGAGACTTTCCCGAGAATTGCAGCTGAGTATGCTCGAAATAGTTCATCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 G         GTCAGGTGGAGAAACACTATCGGGAAATGGAAGAGAAATC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138888 GGTG...TAGGTCAGGTGGAGAAACACTATCGGGAAATGGAAGAGAAATC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AGCACTGATTATCCAGAAACATTGGAGAGGGTACAGGGAAAGGAAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140569 AGCACTGATTATCCAGAAACATTGGAGAGGGTACAGGGAAAGGAAAAATT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TTCACCAACAGAGGCAGTCTCTCATAGAGTATAAAGCAGCTGTCACACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140619 TTCACCAACAGAGGCAGTCTCTCATAGAGTATAAAGCAGCTGTCACACTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CAAAGAGCA         GCGCTTAAATTCCTAGCGAAGTGCCGTAAGAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 140669 CAAAGAGCAGTG...CAGGCGCTTAAATTCCTAGCGAAGTGCCGTAAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AAAGAAACTATTTGCTCCTTGGCGAGGACTCCAAGAACTCACTGATGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147119 AAAGAAACTATTTGCTCCTTGGCGAGGACTCCAAGAACTCACTGATGCAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GCCGAGTTGAACTGAAGAAACGAGTGGATGACTATGTCAGAAGACATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147169 GCCGAGTTGAACTGAAGAAACGAGTGGATGACTATGTCAGAAGACATTTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411          GGCTCTCCAATGTCAGATGTGGTCAGTAGGGAGCTCCATGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147219 GTA...CAGGGCTCTCCAATGTCAGATGTGGTCAGTAGGGAGCTCCATGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CCAAGCTCAAGAACGACTGCAACACTACTTTATGGGCAGGGCCCTAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156289 CCAAGCTCAAGAACGACTGCAACACTACTTTATGGGCAGGGCCCTAGAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AGCGAGCCCAGCAGCACAGAGAAGCTCTGATAGCACAGATCAGCACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156339 AGCGAGCCCAGCAGCACAGAGAAGCTCTGATAGCACAGATCAGCACCAAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GTTGAACAGCTAATGA         AGGCACCAAGTCTGAAGGAGGCAGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 156389 GTTGAACAGCTAATGAGTA...CAGAGGCACCAAGTCTGAAGGAGGCAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 AGGGAAAGAACCTGAGCTCTTCCTAAGTAGATCCAGGCCTGTGGCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158412 AGGGAAAGAACCTGAGCTCTTCCTAAGTAGATCCAGGCCTGTGGCAGCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 AGGCCAAGCAGGCCCATCTCACAACCCTGAAGCACATACAAGCACCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158462 AGGCCAAGCAGGCCCATCTCACAACCCTGAAGCACATACAAGCACCCTGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 TGGAAGAAGCTTGGAGAAGAATCTGGAGATGAGATTGATGTTCCAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158512 TGGAAGAAGCTTGGAGAAGAATCTGGAGATGAGATTGATGTTCCAAAGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 TGAGCTTAGTATAGAATTAGAAAATTTATTCATTGGTGGAACCAAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158562 TGAGCTTAGTATAGAATTAGAAAATTTATTCATTGGTGGAACCAAACCAC

   1900 
   1793 CT
        ||
 158612 CT