seq1 = pF1KSDA0028.tfa, 2709 bp
seq2 = pF1KSDA0028/gi568815595f_45294454.tfa (gi568815595f:45294454_45647527), 353074 bp

>pF1KSDA0028 2709
>gi568815595f:45294454_45647527 (Chr3)

1-234  (100001-100234)   100% ->
235-363  (105792-105920)   100% ->
364-455  (123029-123120)   100% ->
456-516  (125216-125276)   100% ->
517-606  (152438-152527)   100% ->
607-750  (164290-164433)   100% ->
751-858  (179790-179897)   100% ->
859-1018  (182015-182174)   100% ->
1019-1123  (191239-191343)   100% ->
1124-1239  (194244-194359)   100% ->
1240-1523  (197064-197347)   100% ->
1524-1622  (201822-201920)   100% ->
1623-1760  (205989-206126)   100% ->
1761-1861  (218682-218782)   100% ->
1862-2044  (221641-221823)   100% ->
2045-2214  (223450-223619)   100% ->
2215-2292  (225766-225843)   100% ->
2293-2404  (229544-229655)   100% ->
2405-2532  (247376-247503)   100% ->
2533-2709  (252898-253074)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCTGTTTGGCAGAGATTGGGTTTTTATGCCTCTCTTCTGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTCTGTTTGGCAGAGATTGGGTTTTTATGCCTCTCTTCTGAAAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACAGCTAAATGGTGGGCCAGATGTCATCAAGTGGGAAAGGAGAGTAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACAGCTAAATGGTGGGCCAGATGTCATCAAGTGGGAAAGGAGAGTAATTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGGATGTACCAGAAGCATCTACAGTGCCACGGGAAAGTGGACAAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGGATGTACCAGAAGCATCTACAGTGCCACGGGAAAGTGGACAAAAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TATACATTGCAGACAAGAAAGGATGTTGAGAAATGGTGGCATCAACGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TATACATTGCAGACAAGAAAGGATGTTGAGAAATGGTGGCATCAACGAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AAAAGAACAGGCCTCCAAAATTTCAGAAGCTGAT         AAATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100201 AAAAGAACAGGCCTCCAAAATTTCAGAAGCTGATGTG...TAGAAATCGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCCAAAATTTTACGTGCTTTCCATGTTCCCTTATCCTTCTGGTAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105799 AGCCAAAATTTTACGTGCTTTCCATGTTCCCTTATCCTTCTGGTAAGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CACATGGGCCATGTGCGTGTCTACACCATCAGCGACACCATAGCACGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105849 CACATGGGCCATGTGCGTGTCTACACCATCAGCGACACCATAGCACGGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCAGAAGATGAGAGGGATGCAG         GTCATCAACCCCATGGGAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 105899 CCAGAAGATGAGAGGGATGCAGGTA...TAGGTCATCAACCCCATGGGAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGGATGCTTTTGGATTGCCTGCTGAAAATGCCGCAGTCGAGAGGAATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123048 GGGATGCTTTTGGATTGCCTGCTGAAAATGCCGCAGTCGAGAGGAATCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CATCCACAAAGTTGGACACAAAG         TAATATTAAACACATGAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 123098 CATCCACAAAGTTGGACACAAAGGTA...CAGTAATATTAAACACATGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAAACAGCTTGATCGTCTGGGCCTGTGTTTCAGCTGGGATAGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 125234 GAAACAGCTTGATCGTCTGGGCCTGTGTTTCAGCTGGGATAGGGTA...C

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    517   GAAATAACTACGTGTTTGCCAGATTACTACAAGTGGACTCAGTATCTC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152436 AGGAAATAACTACGTGTTTGCCAGATTACTACAAGTGGACTCAGTATCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTTATTAAACTGTATGAGGCTGGGCTGGCCTATCAAAAGGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 152486 TTTATTAAACTGTATGAGGCTGGGCTGGCCTATCAAAAGGAGGTA...CA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    607  GCCCTGGTTAACTGGGACCCAGTGGATCAAACAGTGCTTGCCAATGAGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164289 GGCCCTGGTTAACTGGGACCCAGTGGATCAAACAGTGCTTGCCAATGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGGTGGATGAACATGGCTGTTCATGGCGTTCTGGAGCAAAGGTGGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164339 AGGTGGATGAACATGGCTGTTCATGGCGTTCTGGAGCAAAGGTGGAACAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAGTACCTCAGACAATGGTTTATTAAGACAACCGCTTATGCAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 164389 AAGTACCTCAGACAATGGTTTATTAAGACAACCGCTTATGCAAAGGTG..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751     GCCATGCAGGACGCGTTGGCAGACCTTCCAGAATGGTATGGAATAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164439 .CAGGCCATGCAGGACGCGTTGGCAGACCTTCCAGAATGGTATGGAATAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAGGCATGCAAGCCCACTGGATTGGGGACTGTGTGGGCTGCCACCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179836 AAGGCATGCAAGCCCACTGGATTGGGGACTGTGTGGGCTGCCACCTGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTCACATTAAAG         GTTCATGGGCAAGCCACGGGCGAAAAGCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 179886 TTCACATTAAAGGTG...CAGGTTCATGGGCAAGCCACGGGCGAAAAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GACTGCCTATACGGCCACCCCTGAAGCCATTTATGGCACCTCCCACGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182044 GACTGCCTATACGGCCACCCCTGAAGCCATTTATGGCACCTCCCACGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCATCTCGCCCAGCCACAGACTCCTACATGGGCACAGCTCTCTGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182094 CCATCTCGCCCAGCCACAGACTCCTACATGGGCACAGCTCTCTGAAGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCCTTGAGGATGGCCCTTGTCCCTGGCAAAG         ATTGCCTCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 182144 GCCTTGAGGATGGCCCTTGTCCCTGGCAAAGGTG...CAGATTGCCTCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCCTGTAATGGCTGTGAACATGCTTACCCAGCAGGAGGTCCCTGTCGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191249 GCCTGTAATGGCTGTGAACATGCTTACCCAGCAGGAGGTCCCTGTCGTTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTTTGGCCAAAGCTGACTTGGAAGGCTCTCTGGATTCAAAAATAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 191299 TTTTGGCCAAAGCTGACTTGGAAGGCTCTCTGGATTCAAAAATAGGTA..

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124     GAATTCCCAGTACTAGCTCAGAGGACACCATCTTAGCCCAAACCCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191349 .TAGGAATTCCCAGTACTAGCTCAGAGGACACCATCTTAGCCCAAACCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGGCCTGGCCTACTCTGAAGTCATTGAAACTTTGCCAGATGGCACAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194290 GGGCCTGGCCTACTCTGAAGTCATTGAAACTTTGCCAGATGGCACAGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GACTGAGCAGCTCTGCTGAG         TTCACAGGTATGACCCGGCAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 194340 GACTGAGCAGCTCTGCTGAGGTT...CAGTTCACAGGTATGACCCGGCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GATGCTTTTCTAGCCCTGACTCAGAAAGCCCGGGGGAAGAGAGTGGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197085 GATGCTTTTCTAGCCCTGACTCAGAAAGCCCGGGGGAAGAGAGTGGGTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AGACGTGACAAGTGATAAACTGAAAGACTGGCTGATTTCACGGCAGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197135 AGACGTGACAAGTGATAAACTGAAAGACTGGCTGATTTCACGGCAGCGGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ACTGGGGCACACCAATCCCCATTGTCCACTGCCCAGTCTGTGGCCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197185 ACTGGGGCACACCAATCCCCATTGTCCACTGCCCAGTCTGTGGCCCCACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CCTGTGCCCCTGGAGGACTTGCCTGTGACCCTGCCCAACATCGCGTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197235 CCTGTGCCCCTGGAGGACTTGCCTGTGACCCTGCCCAACATCGCGTCTTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CACTGGCAAGGGAGGCCCCCCACTGGCCATGGCTTCAGAGTGGGTGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197285 CACTGGCAAGGGAGGCCCCCCACTGGCCATGGCTTCAGAGTGGGTGAACT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GCTCCTGCCCAAG         GTGCAAGGGAGCAGCCAAGAGAGAGACA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 197335 GCTCCTGCCCAAGGTA...TAGGTGCAAGGGAGCAGCCAAGAGAGAGACA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GACACGATGGATACCTTTGTTGATTCTGCTTGGTACTACTTCAGATACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201850 GACACGATGGATACCTTTGTTGATTCTGCTTGGTACTACTTCAGATACAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TGACCCTCATAATCCACACAG         CCCTTTTAACACAGCAGTGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 201900 TGACCCTCATAATCCACACAGGTA...CAGCCCTTTTAACACAGCAGTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CCGATTACTGGATGCCTGTGGATTTGTACATTGGAGGGAAAGAACATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206009 CCGATTACTGGATGCCTGTGGATTTGTACATTGGAGGGAAAGAACATGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GTCATGCACTTGTTCTATGCAAGATTCTTTAGTCATTTTTGCCATGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206059 GTCATGCACTTGTTCTATGCAAGATTCTTTAGTCATTTTTGCCATGATCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 AAAAATGGTTAAACATAG         GGAGCCTTTTCATAAGCTGCTGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 206109 AAAAATGGTTAAACATAGGTA...CAGGGAGCCTTTTCATAAGCTGCTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CCCAAGGCCTTATCAAGGGGCAGACATTCCGCCTACCATCTGGACAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218705 CCCAAGGCCTTATCAAGGGGCAGACATTCCGCCTACCATCTGGACAGTAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CTACAGAGAGAGGAAGTGGATCTCACAG         GTTCCGTTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 218755 CTACAGAGAGAGGAAGTGGATCTCACAGGTA...TAGGTTCCGTTCCTGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 TCATGCAAAAACGAAAGAGAAGTTAGAGGTGACGTGGGAGAAGATGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221654 TCATGCAAAAACGAAAGAGAAGTTAGAGGTGACGTGGGAGAAGATGAGTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 AGTCCAAACACAACGGGGTGGACCCAGAGGAAGTTGTGGAGCAGTATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221704 AGTCCAAACACAACGGGGTGGACCCAGAGGAAGTTGTGGAGCAGTATGGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 ATCGACACGATTCGGCTCTACATCCTTTTTGCTGCCCCTCCTGAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221754 ATCGACACGATTCGGCTCTACATCCTTTTTGCTGCCCCTCCTGAGAAGGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 TATCTTGTGGGATGTGAAAA         CTGATGCTCTCCCTGGGGTGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 221804 TATCTTGTGGGATGTGAAAAGTA...CAGCTGATGCTCTCCCTGGGGTGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 TGAGATGGCAACAACGACTGTGGACCTTGACAACTCGGTTTATTGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223471 TGAGATGGCAACAACGACTGTGGACCTTGACAACTCGGTTTATTGAGGCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 AGGGCTTCTGGGAAGTCTCCCCAGCCTCAGCTGCTGAGTAACAAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223521 AGGGCTTCTGGGAAGTCTCCCCAGCCTCAGCTGCTGAGTAACAAGGAGAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 AGCTGAGGCCAGGAAGCTCTGGGAGTACAAGAACTCCGTCATCTCTCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 223571 AGCTGAGGCCAGGAAGCTCTGGGAGTACAAGAACTCCGTCATCTCTCAGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2215         GTGACCACCCATTTCACAGAGGACTTCTCACTGAATTCTGCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223621 TC...TAGGTGACCACCCATTTCACAGAGGACTTCTCACTGAATTCTGCA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 ATTTCTCAGCTGATGGGACTCAGCAATGCCCTCTCG         CAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 225808 ATTTCTCAGCTGATGGGACTCAGCAATGCCCTCTCGGTA...TAGCAAGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 CTCTCAGAGCGTCATTCTCCACAGCCCCGAGTTTGAGGATGCTTTGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229549 CTCTCAGAGCGTCATTCTCCACAGCCCCGAGTTTGAGGATGCTTTGTGTG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 CCCTGATGGTAATGGCTGCTCCACTGGCCCCTCATGTAACCTCAGAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229599 CCCTGATGGTAATGGCTGCTCCACTGGCCCCTCATGTAACCTCAGAGATC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 TGGGCAG         GCCTGGCGCTGGTGCCGAGGAAGCTCTGTGCCCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229649 TGGGCAGGTA...CAGGCCTGGCGCTGGTGCCGAGGAAGCTCTGTGCCCA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2439 CTACACTTGGGATGCCAGTGTGCTGCTCCAGGCATGGCCTGCTGTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247410 CTACACTTGGGATGCCAGTGTGCTGCTCCAGGCATGGCCTGCTGTGGACC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2489 CGGAGTTCCTGCAGCAGCCTGAGGTTGTCCAGATGGCAGTTCTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 247460 CGGAGTTCCTGCAGCAGCCTGAGGTTGTCCAGATGGCAGTTCTGGTA...

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2533    ATCAACAATAAAGCTTGTGGCAAAATTCCTGTGCCCCAACAAGTTGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252895 CAGATCAACAATAAAGCTTGTGGCAAAATTCCTGTGCCCCAACAAGTTGC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2580 CCGGGACCAGGACAAAGTCCACGAATTTGTTCTTCAAAGCGAGCTGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252945 CCGGGACCAGGACAAAGTCCACGAATTTGTTCTTCAAAGCGAGCTGGGTG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2630 TCAGGCTTTTGCAAGGACGAAGCATCAAGAAGTCCTTCCTTTCCCCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252995 TCAGGCTTTTGCAAGGACGAAGCATCAAGAAGTCCTTCCTTTCCCCGAGA

   2850     .    :    .    :    .    :
   2680 ACTGCCCTCATCAACTTCCTGGTGCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 253045 ACTGCCCTCATCAACTTCCTGGTGCAAGAT