seq1 = pF1KF0417.tfa, 1617 bp
seq2 = pF1KF0417/gi568815597f_2330515.tfa (gi568815597f:2330515_2603083), 272569 bp

>pF1KF0417 1617
>gi568815597f:2330515_2603083 (Chr1)

1-115  (100001-100115)   100% ->
116-262  (147962-148108)   100% ->
263-340  (149220-149297)   100% ->
341-418  (168237-168314)   100% ->
419-565  (168570-168716)   99% ->
566-645  (169127-169206)   100% ->
646-1617  (171598-172569)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGGCTCCCCCGACAGCCGGCCCCCTTCCTGGCCCAGCTCTTCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGGCTCCCCCGACAGCCGGCCCCCTTCCTGGCCCAGCTCTTCCGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAGGACCCAGGGCCGGATCCGGAGAGCAGGTGGCTTTTCTTGAGCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAGGACCCAGGGCCGGATCCGGAGAGCAGGTGGCTTTTCTTGAGCGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACATTCTGCCCGTGG         TGGAGCGGTGCATGGGTGCCATGCAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACATTCTGCCCGTGGGTG...CAGTGGAGCGGTGCATGGGTGCCATGCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGGGATGCAGATGGTGAAGCTGCGTGGCGGCTCCAAGGGCCTGGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147988 GAGGGGATGCAGATGGTGAAGCTGCGTGGCGGCTCCAAGGGCCTGGTCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTCTACTACCTGGACGAGCACCGCTCCTGCATCCGCTGGAGGCCCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148038 CTTCTACTACCTGGACGAGCACCGCTCCTGCATCCGCTGGAGGCCCTCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCAAGAACGAGAAGGCCAAGA         TCTCCATCGACTCCATCCAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 148088 GCAAGAACGAGAAGGCCAAGAGTG...CAGTCTCCATCGACTCCATCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGGTGAGTGAGGGGCGGCAGTCGGAGGTCTTCCAGCGCTACCCTGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149240 GAGGTGAGTGAGGGGCGGCAGTCGGAGGTCTTCCAGCGCTACCCTGACGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGCTTCG         ACCCCTTTGTGGAGGTGGAGATCATTGGGCTCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 149290 CAGCTTCGACC...TCGACCCCTTTGTGGAGGTGGAGATCATTGGGCTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGTGGACTGCAGCAGGGAGCAGACCCGCGTGGTGGACGACAACG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 168270 CTGTGGACTGCAGCAGGGAGCAGACCCGCGTGGTGGACGACAACGGTG..

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    419     GGTTCAACCCCACCTGGGAGGAGACCCTGGTTTTCATGGTGCACAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168320 .CAGGGTTCAACCCCACCTGGGAGGAGACCCTGGTTTTCATGGTGCACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCCGGAGATCGCGCTGGTCCGCTTCCTCGTCTGGGACCACGATCCCATTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 168616 GCCGGAGATCGCGCTGGTCCGCTTCCTCGTCTGGGACCACGATCCCATCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGCGTGACTTCATTGGCCAGAGGACGCTGGCCTTCAGCAGCATGATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168666 GGCGTGACTTCATTGGCCAGAGGACGCTGGCCTTCAGCAGCATGATGCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 G         GCTACAGACACGTGTACCTAGAAGGGATGGAAGAGGCCTC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168716 GGTG...CAGGCTACAGACACGTGTACCTAGAAGGGATGGAAGAGGCCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CATCTTCGTGCATGTGGCTGTCAGTGACATCAGCGGTAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 169167 CATCTTCGTGCATGTGGCTGTCAGTGACATCAGCGGTAAGGTG...CAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TCAAGCAGGCTCTGGGCCTAAAAGGCCTCTTCCTCCGAGGCCCAAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171599 TCAAGCAGGCTCTGGGCCTAAAAGGCCTCTTCCTCCGAGGCCCAAAGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGCTCGCTGGACAGTCATGCTGCTGGGCGGCCCCCGGCCCGGCCCTCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171649 GGCTCGCTGGACAGTCATGCTGCTGGGCGGCCCCCGGCCCGGCCCTCCGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TAGCCAGCGGATCCTGCGGCGCACGGCCAGCGCCCCGACCAAGAGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171699 TAGCCAGCGGATCCTGCGGCGCACGGCCAGCGCCCCGACCAAGAGCCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGCCGGGCCGCAGGGGCTTCCCGGAGCTGGTCCTGGGTACACGGGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171749 AGCCGGGCCGCAGGGGCTTCCCGGAGCTGGTCCTGGGTACACGGGACACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GGCTCCAAGGGGGTGGCAGACGATGTGGTGCCCCCCGGGCCCGGACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171799 GGCTCCAAGGGGGTGGCAGACGATGTGGTGCCCCCCGGGCCCGGACCTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TCCGGAAGCCCCAGCCCAGGAGGGGCCCGGCAGCGGCAGCCCCCGAGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171849 TCCGGAAGCCCCAGCCCAGGAGGGGCCCGGCAGCGGCAGCCCCCGAGGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGGCGCCAGCTGCGGTGGCAGAGAAGAGCCCTGTGCGAGTGCGGCCCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 171899 AGGCGCCAGCTGCGGTGGCAGAGAAGAGCCCTGTGCGAGTGCGGCCCCCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CGTGTCCTGGACGGCCCCGGGCCTGCTGGGATGGCCGCCACATGCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171949 CGTGTCCTGGACGGCCCCGGGCCTGCTGGGATGGCCGCCACATGCATGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GTGTGTGGTGGGATCCTGCGCCGGCGTGAACACCGGGGGCCTGCAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171999 GTGTGTGGTGGGATCCTGCGCCGGCGTGAACACCGGGGGCCTGCAGAGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AGCGGCCACCCAGCCCGGGGCCTGCAAGCAGGCAGGCAGCCATTCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172049 AGCGGCCACCCAGCCCGGGGCCTGCAAGCAGGCAGGCAGCCATTCGCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CAGCCCCGGGCCCGGGCTGACTCACTGGGGGCCCCCTGCTGTGGCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172099 CAGCCCCGGGCCCGGGCTGACTCACTGGGGGCCCCCTGCTGTGGCCTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CCCTCACGCTATCCCGGGGAGAAGCAGAGAGGCCCCCAAGGGTCCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172149 CCCTCACGCTATCCCGGGGAGAAGCAGAGAGGCCCCCAAGGGTCCTGGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CCTGGAGGCAGGGTCCAGGCGGTAGCGGCTCCATGTCCTCGGACTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172199 CCTGGAGGCAGGGTCCAGGCGGTAGCGGCTCCATGTCCTCGGACTCCAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 AGCCCAGACAGCCCGGGCATCCCCGAAAGGTCCCCCCGCTGGCCTGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172249 AGCCCAGACAGCCCGGGCATCCCCGAAAGGTCCCCCCGCTGGCCTGAGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 TGCCTGCAGGCAACCGGGGGCCCTGCAGGGAGAGATGAGTGCCTTGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172299 TGCCTGCAGGCAACCGGGGGCCCTGCAGGGAGAGATGAGTGCCTTGTTTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 CTCAAAAGCTGGAGGAGATCAGGAGTAAATCCCCCATGTTCTCCGCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172349 CTCAAAAGCTGGAGGAGATCAGGAGTAAATCCCCCATGTTCTCCGCCGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 AAGCCCCTCTTGCCCTGCGTGGTCCTCCCGCACGCCCCTGGCATGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172399 AAGCCCCTCTTGCCCTGCGTGGTCCTCCCGCACGCCCCTGGCATGGCTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 GCCTGGGTCACCTGCTGCTGCTTCTGCGTGGACGGTGTCGCCTCGTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172449 GCCTGGGTCACCTGCTGCTGCTTCTGCGTGGACGGTGTCGCCTCGTGTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 TCGTGCTCGTGGCTCTGTATCCGTGGCACTGTCTCCGTGGCACTCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172499 TCGTGCTCGTGGCTCTGTATCCGTGGCACTGTCTCCGTGGCACTCTGCTC

   1650     .    :    .    :
   1597 CCTTGGCTTGCCTGTGGCCCA
        |||||||||||||||||||||
 172549 CCTTGGCTTGCCTGTGGCCCA