seq1 = pF1KF0065.tfa, 552 bp
seq2 = pF1KF0065/gi568815583r_39991790.tfa (gi568815583r:39991790_40206086), 214297 bp

>pF1KF0065 552
>gi568815583r:39991790_40206086 (Chr15)

(complement)

1-292  (100001-100292)   100% ->
293-453  (101747-101907)   100% ->
454-552  (114199-114297)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCATCTCAGTGTGTGGAGGAGCTGGAGGATGATGTGTTCCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCATCTCAGTGTGTGGAGGAGCTGGAGGATGATGTGTTCCAACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAGGATGGGGAGCCGGTGACCCAACCCGGGAGCTTGCTCTCTGCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAGGATGGGGAGCCGGTGACCCAACCCGGGAGCTTGCTCTCTGCTGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTTTGCCCAGAGCCTACTGGACTGCCCCCTCAGCCGACTTCAGCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTTTGCCCAGAGCCTACTGGACTGCCCCCTCAGCCGACTTCAGCTCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCTCTCACCCACTGCTGTGGCCCTGGCCTTCGACCCACCAGCCAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCTCTCACCCACTGCTGTGGCCCTGGCCTTCGACCCACCAGCCAGGAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAAAGCTACCCAGACTCTCAGCCCAGCCTCCCCCAGCCAAGGTGTCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAAAGCTACCCAGACTCTCAGCCCAGCCTCCCCCAGCCAAGGTGTCATGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCCTTGTGGGGTGACTGAGGAACCCCAGCGACTCTTTTATG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100251 TGCCTTGTGGGGTGACTGAGGAACCCCAGCGACTCTTTTATGGTG...CA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    293  GCAATGCTGGCTATCGGCTTCCTCTCCCTGCCAGTTTCCCAGCAGTCTT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101746 GGCAATGCTGGCTATCGGCTTCCTCTCCCTGCCAGTTTCCCAGCAGTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCCCATTGGGGAGCAGCCCCCCGAAGGGCAGTGGCAACATCAAGCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101796 GCCCATTGGGGAGCAGCCCCCCGAAGGGCAGTGGCAACATCAAGCAGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TACAGATTGCCCGAAAGCTTCAGTGCATTGCAGACCAGTTCCACCGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101846 TACAGATTGCCCGAAAGCTTCAGTGCATTGCAGACCAGTTCCACCGGCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CATGTGCAGCAA         CACCAGCAGAACCAAAATCGTGTGTGGTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101896 CATGTGCAGCAAGTA...CAGCACCAGCAGAACCAAAATCGTGTGTGGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCAGATCCTCCTCTTCCTGCACAACCTTGCTTTGAATGGAGAAGAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114228 GCAGATCCTCCTCTTCCTGCACAACCTTGCTTTGAATGGAGAAGAGAACA

    550     .    :    .    :
    533 GGAACGGGGCAGGCCCTAGG
        ||||||||||||||||||||
 114278 GGAACGGGGCAGGCCCTAGG