seq1 = pF1KE9689.tfa, 1470 bp
seq2 = pF1KE9689/gi568815585r_30108543.tfa (gi568815585r:30108543_30383777), 275235 bp

>pF1KE9689 1470
>gi568815585r:30108543_30383777 (Chr13)

(complement)

1-162  (100001-100162)   100% ->
163-323  (103555-103715)   100% ->
324-492  (128163-128331)   100% ->
493-620  (142692-142819)   100% ->
621-726  (143213-143318)   100% ->
727-885  (152306-152464)   100% ->
886-1012  (153184-153310)   100% ->
1013-1147  (156232-156366)   100% ->
1148-1274  (173336-173462)   100% ->
1275-1470  (175040-175235)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATTTGGCTGAGATTTGTGATAATGCAAAGAAAGGAAGAGAATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATTTGGCTGAGATTTGTGATAATGCAAAGAAAGGAAGAGAATATGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTTCTTGGAAATTACGACTCATCAATGGTATATTACCAGGGGGTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTTCTTGGAAATTACGACTCATCAATGGTATATTACCAGGGGGTGATGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCAGATTCAGAGACATTGCCAGTCAGTCAGAGATCCAGCTATCAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCAGATTCAGAGACATTGCCAGTCAGTCAGAGATCCAGCTATCAAAGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAATGGCAACAG         GTTCGGCAGGAATTATTGGAGGAATATGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAATGGCAACAGGTA...AAGGTTCGGCAGGAATTATTGGAGGAATATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACAAGTTAAAAGTATTGTCAGCACTTTAGAAAGTTTTAAAATTGACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103584 ACAAGTTAAAAGTATTGTCAGCACTTTAGAAAGTTTTAAAATTGACAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTCCAGATTTCCCTGTGTCCTGTCAAGATGAACCATTTAGAGATCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103634 CTCCAGATTTCCCTGTGTCCTGTCAAGATGAACCATTTAGAGATCCTGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTTTGGCCACCCCCTGTTCCTGCAGAACACAG         AGCTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 103684 GTTTGGCCACCCCCTGTTCCTGCAGAACACAGGTA...CAGAGCTCCACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCAGATCAGGCGTCCCAATCGAGAAGTAAGACCTCTGAGGAAAGAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128172 TCAGATCAGGCGTCCCAATCGAGAAGTAAGACCTCTGAGGAAAGAAATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGGAGTAGGAGCCCGGGGACCTGTAGGCCGAGCACATCCTATATCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128222 CAGGAGTAGGAGCCCGGGGACCTGTAGGCCGAGCACATCCTATATCAAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGTGAAAAGCCTTCTACAAGTAGGGACAAGGACTATAGAGCAAGAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128272 AGTGAAAAGCCTTCTACAAGTAGGGACAAGGACTATAGAGCAAGAGGGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGATGACAAG         GGAAGGAAGAATATGCAAGATGGTGCAAGTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 128322 AGATGACAAGGCA...CAGGGAAGGAAGAATATGCAAGATGGTGCAAGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATGGTGAAATGCCAAAATTTGATGGTGCTGGTTATGATAAGGATCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142723 ATGGTGAAATGCCAAAATTTGATGGTGCTGGTTATGATAAGGATCTGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAAGCCCTTGAAAGAGACATTGTATCCAGGAATCCTAGCATTCATTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 142773 GAAGCCCTTGAAAGAGACATTGTATCCAGGAATCCTAGCATTCATTGGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    621       GGATGACATAGCAGATCTGGAAGAAGCTAAGAAGTTGCTAAGGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142823 ...AAGGGATGACATAGCAGATCTGGAAGAAGCTAAGAAGTTGCTAAGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAGCTGTTGTTCTTCCAATGTGGATGCCTGACTTTTTCAAAGGGATTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143257 AAGCTGTTGTTCTTCCAATGTGGATGCCTGACTTTTTCAAAGGGATTAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGGCCATGGAAG         GGTGTACTGATGGTTGGACCCCCAGGCAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 143307 AGGCCATGGAAGGTG...CAGGGTGTACTGATGGTTGGACCCCCAGGCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGGTAAAACTATGCTAGCTAAAGCTGTTGCCACTGAATGTGGTACAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152335 TGGTAAAACTATGCTAGCTAAAGCTGTTGCCACTGAATGTGGTACAACAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCTTCAACGTTTCGTCTTCTACACTGACATCTAAATACAGAGGTGAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152385 TCTTCAACGTTTCGTCTTCTACACTGACATCTAAATACAGAGGTGAATCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAGAAGTTAGTTCGTCTGTTGTTTGAGATG         GCTAGATTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 152435 GAGAAGTTAGTTCGTCTGTTGTTTGAGATGGTG...AAGGCTAGATTTTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGCCCCTACCACGATCTTCATTGATGAGATAGATTCTATCTGCAGTCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153195 TGCCCCTACCACGATCTTCATTGATGAGATAGATTCTATCTGCAGTCGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GAGGAACCTCTGATGAACATGAGGCAAGTCGCAGGGTCAAGTCTGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153245 GAGGAACCTCTGATGAACATGAGGCAAGTCGCAGGGTCAAGTCTGAACTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTCATTCAGATGGATG         GAGTTGGAGGAGCTTTAGAAAATGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 153295 CTCATTCAGATGGATGGTA...TAGGAGTTGGAGGAGCTTTAGAAAATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGATCCTTCCAAAATGGTTATGGTATTGGCTGCTACTAATTTCCCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156257 TGATCCTTCCAAAATGGTTATGGTATTGGCTGCTACTAATTTCCCGTGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACATTGATGAAGCTTTGCGAAGAAGGTTAGAAAAAAGGATATATATACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156307 ACATTGATGAAGCTTTGCGAAGAAGGTTAGAAAAAAGGATATATATACCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CTCCCAACAG         CAAAAGGAAGAGCTGAGCTTCTGAAGATCAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 156357 CTCCCAACAGGTA...CAGCAAAAGGAAGAGCTGAGCTTCTGAAGATCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCTTCGTGAGGTCGAATTAGATCCTGATATTCAACTGGAAGATATAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173367 CCTTCGTGAGGTCGAATTAGATCCTGATATTCAACTGGAAGATATAGCCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGAAGATTGAGGGCTATTCTGGTGCTGACATCACTAATGTTTGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 173417 AGAAGATTGAGGGCTATTCTGGTGCTGACATCACTAATGTTTGCAGGTA.

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275      GGATGCCTCTTTAATGGCAATGAGACGGCGTATCAATGGCTTAAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173467 ..TAGGGATGCCTCTTTAATGGCAATGAGACGGCGTATCAATGGCTTAAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TCCAGAAGAAATCCGTGCACTTTCTAAAGAGGAACTTCAGATGCCTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175085 TCCAGAAGAAATCCGTGCACTTTCTAAAGAGGAACTTCAGATGCCTGTTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CCAAAGGAGACTTTGAATTGGCCCTAAAGAAAATTGCTAAGTCTGTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175135 CCAAAGGAGACTTTGAATTGGCCCTAAAGAAAATTGCTAAGTCTGTCTCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GCTGCAGACTTGGAGAAGTATGAAAAATGGATGGTTGAATTTGGATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175185 GCTGCAGACTTGGAGAAGTATGAAAAATGGATGGTTGAATTTGGATCTGC

   1550 
   1470 T
        |
 175235 T