seq1 = pF1KE9684.tfa, 2514 bp
seq2 = pF1KE9684/gi568815594f_1623422.tfa (gi568815594f:1623422_1845010), 221589 bp

>pF1KE9684 2514
>gi568815594f:1623422_1845010 (Chr4)

1-162  (100001-100162)   100% ->
163-305  (100307-100449)   100% ->
306-1385  (104287-105366)   99% ->
1386-1461  (107466-107541)   100% ->
1462-1591  (107751-107880)   99% ->
1592-1644  (111852-111904)   100% ->
1645-1748  (112310-112413)   100% ->
1749-1836  (113820-113907)   100% ->
1837-1941  (114177-114281)   100% ->
1942-2018  (116281-116357)   100% ->
2019-2062  (116538-116581)   100% ->
2063-2223  (117405-117565)   100% ->
2224-2330  (121097-121203)   100% ->
2331-2451  (121291-121411)   100% ->
2452-2514  (121527-121589)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTCTGCAGGTCTTAAACGACAAAAATGTCAGCAATGAAAAAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTCTGCAGGTCTTAAACGACAAAAATGTCAGCAATGAAAAAAATAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAAAATTGCGACTTCCTGTTTTCGCCACCAGAAGTTACCGGAAGATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAAAATTGCGACTTCCTGTTTTCGCCACCAGAAGTTACCGGAAGATCGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGTTCTTCGTGTGTCACAGAAAGAAAATGTGCCACCCAAGAACCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGTTCTTCGTGTGTCACAGAAAGAAAATGTGCCACCCAAGAACCTGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAAGCTATGAAG         GTGACTTTTCAGACACCTCTGCGGGATCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAAGCTATGAAGGTA...CAGGTGACTTTTCAGACACCTCTGCGGGATCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACAGACGCACAGGATTCTAAGTCCTAGCATGGCCAGCAAACTTGAGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100336 ACAGACGCACAGGATTCTAAGTCCTAGCATGGCCAGCAAACTTGAGGCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTTTCACTCAGGATGACACCCTTGGACTGGAAAACTCACACCCGGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100386 CTTTCACTCAGGATGACACCCTTGGACTGGAAAACTCACACCCGGTCTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACACAGAAAGAGAA         CCAACAGCTCATCAAGGAAGTGGATGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100436 ACACAGAAAGAGAAGTA...AAGCCAACAGCTCATCAAGGAAGTGGATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAAACTACTCATGGAATTCTACAGAAACCAGTGGAGGCTGACACCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104314 CAAAACTACTCATGGAATTCTACAGAAACCAGTGGAGGCTGACACCGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCCTGGGGGATGCAAGCCCAGCCTTTGGGAGTGGCAGCTCCAGCGAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104364 TCCTGGGGGATGCAAGCCCAGCCTTTGGGAGTGGCAGCTCCAGCGAGTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGCCCAGGTGCCCTGGCTGACCTGGACTGCTCAAGCTCTTCCCAGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104414 GGCCCAGGTGCCCTGGCTGACCTGGACTGCTCAAGCTCTTCCCAGAGCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGGAAGTTCTGAGAACCAAATGGTGTCTCCAGGAAAAGTGTCTGGCAGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 104464 AGGAAGTTCTGAGAACCAAATGGTGTCTCCAGGAAAAGTGTCTGGCAGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTGAGCAAGCCGTGGAGGAAAACCTTAGTTCCTATTCCTTAGACAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104514 CTGAGCAAGCCGTGGAGGAAAACCTTAGTTCCTATTCCTTAGACAGAAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GTGACACCCGCCTCTGAGACCCTAGAAGACCCTTGCAGGACAGAGTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104564 GTGACACCCGCCTCTGAGACCCTAGAAGACCCTTGCAGGACAGAGTCCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCACAAAGCGGAGACTCCGCACGGAGCCGAGGAAGAATGCAAAGCGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104614 GCACAAAGCGGAGACTCCGCACGGAGCCGAGGAAGAATGCAAAGCGGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CTCCGCACGGAGCCGAGGAGGAATGCCGGCACGGTGGGGTCTGTGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104664 CTCCGCACGGAGCCGAGGAGGAATGCCGGCACGGTGGGGTCTGTGCTCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GCAGCAGTGGCCACTTCGCCTCCTGGTGCAATCCCTAAGGAAGCCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104714 GCAGCAGTGGCCACTTCGCCTCCTGGTGCAATCCCTAAGGAAGCCTGCGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 AGGAGCACCCCTGCAGGGTCTGCCTGGCGAAGCCCTGGGCTACCCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 104764 AGGAGCACCCCTGCAGGGTCTGCCTGGCGAAGCCCTGGGCTGCCCTGCGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GTGTGGGCACCCCCGTGCCAGCAGATAGCACTCAGACCCTTACCTGTGCA
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 104814 GTGTGGGCACCCCCGTGCCAGCAGATGGCACTCAGACCCTTACCTGTGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CACACCTCTGCTCCTGAGAGCACAGCCCCAACCAACCACCTGGTGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104864 CACACCTCTGCTCCTGAGAGCACAGCCCCAACCAACCACCTGGTGGCTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CAGGGCCATGACCCTGAGTCCTCAGGAAGAAGTGGCTGCAGGCCAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104914 CAGGGCCATGACCCTGAGTCCTCAGGAAGAAGTGGCTGCAGGCCAAATGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CCAGCTCCTCGAGGAGCGGACCTGTAAAACTAGAATTTGATGTATCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104964 CCAGCTCCTCGAGGAGCGGACCTGTAAAACTAGAATTTGATGTATCTGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GGCGCCACCAGCAAAAGGGCACCCCCACCAAGGAGACTGGGAGAGAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105014 GGCGCCACCAGCAAAAGGGCACCCCCACCAAGGAGACTGGGAGAGAGGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CGGCCTCAAGCCTCCCTTGAGGAAAGCAGCAGTGAGGCAGCAAAAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105064 CGGCCTCAAGCCTCCCTTGAGGAAAGCAGCAGTGAGGCAGCAAAAGGCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 CGCAGGAGGTGGAGGAGGACGACGGTAGGAGCGGAGCGGGAGAGGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 105114 CGCAGGAGGTGGAGGAGGACGACGGTAGGAGCGGAGCAGGAGAGGACCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 CCCATGCCAGCTTCTCGGGGCTCTTACCACCTCGACTGGGACAAAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105164 CCCATGCCAGCTTCTCGGGGCTCTTACCACCTCGACTGGGACAAAATGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 TGACCCAAACTTCATCCCGTTCGGAGGTGACACCAAGTCTGGTTGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105214 TGACCCAAACTTCATCCCGTTCGGAGGTGACACCAAGTCTGGTTGCAGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 AGGCCCAGCCCCCAGAAAGCCCTGAGACCAGGCTGGGCCAGCCAGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105264 AGGCCCAGCCCCCAGAAAGCCCTGAGACCAGGCTGGGCCAGCCAGCGGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 GAACAGTTGCATGCTGGGCCTGCCACGGAGGAGCCAGGTCCCTGTCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105314 GAACAGTTGCATGCTGGGCCTGCCACGGAGGAGCCAGGTCCCTGTCTGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 CCA         GCAGCTGCATTCAGCCTCAGCGGAGGACACGCCTGTGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105364 CCAGTA...CAGGCAGCTGCATTCAGCCTCAGCGGAGGACACGCCTGTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 TGCAGTTGGCAGCCGAGACCCCAACAGCAGAGAGCAAG         GAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 107504 TGCAGTTGGCAGCCGAGACCCCAACAGCAGAGAGCAAGGTA...CAGGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 AGAGCCTTGAACTCTGCCAGCACCTCGCTTCCCACAAGCTGTCCAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107754 AGAGCCTTGAACTCTGCCAGCACCTCGCTTCCCACAAGCTGTCCAGGCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 TGAGCCAGTGCCCACCCATCAGCAGGAGCAGCCTGCCTTGGAGCTGAAAG
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 107804 TGAGCCAGTGCCCACCCATCAGCAGGGGCAGCCTGCCTTGGAGCTGAAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 AGGAGAGCTTCAGAGACCCCGCTGAGG         TTCTAGGCACGGGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 107854 AGGAGAGCTTCAGAGACCCCGCTGAGGGTA...CAGTTCTAGGCACGGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 GCGGAGGTGGATTACCTGGAGCAGTTTGGAACTTCCTCG         TT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 111866 GCGGAGGTGGATTACCTGGAGCAGTTTGGAACTTCCTCGGTA...CAGTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 TAAGGAGTCGGCCTTGAGGAAGCAGTCCTTATACCTCAAGTTCGACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112312 TAAGGAGTCGGCCTTGAGGAAGCAGTCCTTATACCTCAAGTTCGACCCCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 TCCTGAGGGACAGTCCTGGTAGACCAGTGCCCGTGGCCACCGAGACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112362 TCCTGAGGGACAGTCCTGGTAGACCAGTGCCCGTGGCCACCGAGACCAGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 AG         CATGCACGGTGCAAATGAGACTCCCTCAGGACGTCCGCG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112412 AGGTA...CAGCATGCACGGTGCAAATGAGACTCCCTCAGGACGTCCGCG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 GGAAGCCAAGCTTGTGGAGTTCGATTTCTTGGGAGCACTGGACATTCCT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 113859 GGAAGCCAAGCTTGTGGAGTTCGATTTCTTGGGAGCACTGGACATTCCTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1837         GTGCCAGGCCCACCCCCAGGTGTTCCCGCGCCTGGGGGCCCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113909 TA...CAGGTGCCAGGCCCACCCCCAGGTGTTCCCGCGCCTGGGGGCCCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 CCCCTGTCCACCGGACCTATAGTGGACCTGCTCCAGTACAGCCAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114219 CCCCTGTCCACCGGACCTATAGTGGACCTGCTCCAGTACAGCCAGAAGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 CCTGGATGCAGTG         GTAAAGGCGACACAGGAGGAGAACCGGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 114269 CCTGGATGCAGTGGTA...CAGGTAAAGGCGACACAGGAGGAGAACCGGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 AGCTGAGGAGCAGGTGTGAGGAGCTCCACGGGAAGAACCTGGAACTGGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 116309 AGCTGAGGAGCAGGTGTGAGGAGCTCCACGGGAAGAACCTGGAACTGGGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2019         GAAGATCATGGACAGGTTCGAAGAGGTTGTGTACCAGGCCAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116359 TA...CAGGAAGATCATGGACAGGTTCGAAGAGGTTGTGTACCAGGCCAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 GG         AGGAAGTTCAGAAGCAGAAGGAACTTTCCAAAGCTGAAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116580 GGGTG...AAGAGGAAGTTCAGAAGCAGAAGGAACTTTCCAAAGCTGAAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 TCCAGAAAGTTCTAAAAGAAAAAGACCAACTTACCACAGATCTGAACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117444 TCCAGAAAGTTCTAAAAGAAAAAGACCAACTTACCACAGATCTGAACTCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 ATGGAGAAGTCCTTCTCCGACCTCTTCAAGCGTTTTGAGAAACAGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117494 ATGGAGAAGTCCTTCTCCGACCTCTTCAAGCGTTTTGAGAAACAGAAAGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 GGTGATCGAGGGCTACCGCAAG         AACGAAGAGTCACTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 117544 GGTGATCGAGGGCTACCGCAAGGTA...TAGAACGAAGAGTCACTGAAGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 AGTGCGTGGAGGATTACCTGGCAAGGATCACCCAGGAGGGCCAGAGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121116 AGTGCGTGGAGGATTACCTGGCAAGGATCACCCAGGAGGGCCAGAGGTAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 CAAGCCCTGAAGGCCCACGCGGAGGAGAAGCTGCAGCT         GGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 121166 CAAGCCCTGAAGGCCCACGCGGAGGAGAAGCTGCAGCTGTG...CAGGGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2334 AAACGAGGAGATCGCCCAGGTCCGGAGCAAGGCCCAGGCGGAAGCGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121294 AAACGAGGAGATCGCCCAGGTCCGGAGCAAGGCCCAGGCGGAAGCGTTGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2384 CCCTCCAGGCCAGCCTGAGGAAGGAGCAGATGCGCATCCAGTCGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121344 CCCTCCAGGCCAGCCTGAGGAAGGAGCAGATGCGCATCCAGTCGCTGGAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2434 AAGACAGTGGAGCAGAAG         ACTAAAGAGAACGAGGAGCTGAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 121394 AAGACAGTGGAGCAGAAGGTG...CAGACTAAAGAGAACGAGGAGCTGAC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :
   2475 CAGGATCTGCGACGACCTCATCTCCAAGATGGAGAAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121550 CAGGATCTGCGACGACCTCATCTCCAAGATGGAGAAGATC